Orthrus, XBB : nouveaux variants Covid 2023, c'est quoi ?

Le variant Omicron est toujours dominant en France. Mais de nouvelles sous-variantes sont surveillées comme le variant CH 1.1 ou Orthrus en Anglette et le XBB 1.5 aux Etats-Unis.

Orthrus, XBB : nouveaux variants Covid 2023, c'est quoi ?
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[Mise à jour le 24 janvier 2023 à 11h27] La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est depuis répandue dans le monde mute régulièrement. Après trois ans de pandémie, les scientifiques surveillent toujours de près les nouveaux variants du Covid comme le variant CH 1.1 aussi appelé "Orthrus" qui se diffuse en Angleterre à la mi-janvier 2023 et le variant XBB 1.5 aux Etats-Unis. Sans oublier  la surveillance des variants en Chine où l'épidémie de Covid repart depuis quelques semaines. La France a mis en place une surveillance renforcée des voyages en provenance de Chine. "À ce jour, les variants identifiés chez ces voyageurs sont cohérents avec les données publiées par la Chine et ont tous déjà circulé dans le reste du monde (et notamment en France) sans avoir eu d'impact particulier" a rassuré Santé Publique France le 19 janvier. Les premiers variants du Covid préoccupants (VOC) sont apparus fin 2020. Le variant Alpha venu d'Angleterre s'est d'abord propagé en France et est devenu majoritaire en mars 2021. Les variants Beta et Gamma ont également circulé au premier semestre 2021, de manière toutefois moindre. Le variant Delta est apparu en mai 2021 et est devenu majoritaire en France en juillet 2021. Le variant Omicron est le dernier VOC ("variant of concern" en anglais ou "variant préoccupant" en français) apparu, fin novembre 2021. Il est devenu majoritaire en 2022 et l'est toujours en janvier 2023 selon la dernière analyse de Santé Publique France.  

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

Nouveaux variants Covid 2023

A la mi-janvier, le variant CH 1.1 aussi appelé "Orthrus" (variant d'Omicron) se diffuse au Royaume-Uni (25% des tests au 8 janvier selon le gouvernement). "L'évaluation des risques menée par l'UKHSA (agence de santé britannique) a révélé que CH.1.1 et XBB.1.5 (variant venu des Etats-Unis) sont actuellement les variantes les plus susceptibles de remplacer BQ.1 en tant que prochaine variante dominante au Royaume-Uni, à moins que de nouvelles variantes nouvelles n'apparaissent. Ni l'un ni l'autre n'ont été désignés comme variants préoccupants par l'UKHSA" peut-on lire sur le site du gouvernement. Santé Publique France n'a pas remonté ce variant en France à date. En janvier, les scientifiques surveillent aussi de près ce variant XBB 1.5 (ou Kraken) aux Etats-Unis associé à "un signal clair d'augmentation de la détection" mais qui reste à des niveaux faibles en France. Sans oublier les variants qui peuvent venir de Chine, pays en proie à une recrudescence des cas de Covid-19. "À ce jour, les variants identifiés chez ces voyageurs sont cohérents avec les données publiées par la Chine et ont tous déjà circulé dans le reste du monde (et notamment en France) sans avoir eu d'impact particulier" a rassuré Santé Publique France le 19 janvier.

Quels sont les variants actuels en France ?

Le VOC Omicron reste hégémonique en France et à l'international. Au sein du VOC Omicron, BA.5 est majoritaire depuis maintenant plusieurs mois. A ce jour on dénombre plus d'une centaine de souslignages au sein de BA.5. Parmi eux, le sous-lignage BQ.1.1 est le plus détecté mais tend à se stabiliser en janvier 2023. Le recombinant XBB s'est stabilisé à des niveaux faibles, et représente 1 à 1,5% des séquences interprétables. Au sein de XBB, le sous-lignage XBB.1.5, qui circule largement aux Etats-Unis, semble circuler "à bas bruit" en France métropolitaine.

Evolution des variants en france
Classement des variants au 11 janvier 2023 en France © Santé Publique France
 
évolution des variants en france
Evolution de la circulation des variants du Covid en France © Santé Publique France

Le premier cas de variant du Covid - il s'agissait du variant Alpha (anglais) - en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant Beta venu d'Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.

Quel variant en Chine ?

Une vague épidémique due aux variants Omicron sévit en Chine depuis plusieurs mois, comportant une vague importante en Avril/Mai 2022 suivie d'un plateau puis d'une vague d'intensité majeure depuis l'arrêt des mesures barrières "Zero-Covid". La population a de fait une faible immunité face au virus. "La situation en Chine fait aussi l'objet d'une attention internationale soutenue, la circulation intense du SARS-CoV-2 observée actuellement étant un facteur susceptible de favoriser l'émergence de nouveaux variants" explique Santé Publique France dans l'analyse de risque des variants du 11 janvier 2023. Mais "à ce stade, les variants identifiés en Chine ont tous déjà circulé dans le reste du monde sans avoir eu un impact particulier. S'il est probable que de nouveaux sous-lignages d'Omicron émergent suite à la circulation importante du SARS-CoV-2 en Chine, ces variants ne seront pas forcément compétitifs dans d'autres régions du monde, le statut immunologique de la population chinoise étant très différent d'autres pays."

Quelle est la liste des variants du Covid ?

'Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu" rappelle Santé Publique France. Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : VOC, VOI et VUM par l'OMS.

Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : Un variant préoccupant du SARS-CoV-2 est un variant qui répond à la définition du variant à suivre (voir ci-dessous) et dont on a montré, au moyen d'une évaluation comparative, qu'il est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui ont une certaine importance pour la santé publique mondiale :

  • Augmentation de la transmissibilité ou évolution préjudiciable de l'épidémiologie de la COVID‑19 ; ou
  • Augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ; ou
  • Diminution de l'efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.
variant voc septembre 2022
Variant préoccupant (VOC) circulant en ce moment, OMS, décembre 2022 © OMS
VOC circulant avant Omicron
Variant préoccupant (VOC) circulant avant Omicron, OMS, décembre 2022 © OMS

Le variant XBB

Aux Etats-Unis et en particulier à New York, un signal clair d'augmentation de la détection de XBB.1.5 a été observé. XBB.1.5 est un sous-lignage du recombinant XBB, qui a largement circulé dans certains pays d'Asie. "Les données disponibles sur XBB.1.5 sont encore trop parcellaires pour évaluer de manière robuste les caractéristiques de ce sous-lignage, prédire sa diffusion dans d'autres pays et anticiper son impact. La situation aux Etats-Unis est suivie de près, mais les autorités américaines n'ont pas, à ce jour, rapporté de signaux préoccupants en termes de sévérité" indique Santé Publique France le 11 janvier. Il reste à des niveaux faibles en France.

Le variant Omicron

Le variant Omicron a été classé VOC par l'OMS le 26 novembre 2021. Ce variant moins virulent que les variants précédents est beaucoup plus contagieux. Il est rapidement devenu dominant en France entre novembre 2021 et janvier 2022 pour totalement remplacer le variant Delta en 2022. Il est toujours majoritaire en janvier 2023.

Le variant BQ 1.1

Le variant BQ 1.1 circule en France depuis octobre 2022. Il semble se stabiliser en janvier en France. "Cette tendance à la stabilisation est aussi observée à l'international. Aucun signal clinique préoccupant n'a été associé à BQ.1.1, mais ce sous-lignage échappe très fortement aux traitements par anticorps monoclonaux" indique Santé Publique France.

C'est quoi les mutations L452 et K417N ?

En France, les laboratoires ne recherchent plus directement le variant lors d'un dépistage positif à la Covid mais la présence de mutations caractéristiques de tel ou tel variant. Actuellement, les indicateurs suivis sont la présence de la mutation E484K (A1), la présence de mutations en position L452 (C1) et la présence d'une mutation associée à Omicron (del69-70 et/ou K417N et/ou S371L-S373P et/ou Q493R, D1). Le criblage C1 (liée à la mutation L452) a été utilisé lors de la circulation du variant Delta. Il correspond aujourd'hui majoritairement aux sous-lignages d'Omicron BA.5. En janvier : 

► La proportion de prélèvements ayant un résultat de criblage compatible avec Omicron (D1) est de 98%.

► Niveaux élevés de mutations R346T, N444T et N460K portées par BQ.1.1.

► Augmentation de K147E, W152R, F157L, I210V, G257S, G339H, G446S, K356T et F490S associées à BA.2.75.

► Augmentation à des niveaux faibles de V83A, H146Q, Q183E, V213E, L368I et V445P présentes chez XBB.

► La proportion de détection de mutations en position L452 (C1) reste à des niveaux élevés avec 84%.

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais"). L'alphabet grec compte 24 lettres.

Numéro des lettres Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron
16 Pi
17 Rhô
18 Sigma
19 Tau
20 Upsilon
21 Phi
22 Khi/Chi
23 Psi
24 Oméga

Liste complète des noms de tous les variants du Covid

Les variants du Covid sont-ils dangereux ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève

Nom Impact en santé publique
Variant Omicron

70% plus contagieux que le Delta (données sud-africaines et écossaises)

Risque 5 fois plus élevé de réinfection que Delta

Réduction de 70-80% du risque d'hospitalisation  (données sud-africaines et écossaises)

Formes moins sévères que Delta

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta Variant Omicron Variant Omicron BA2
+29% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +25%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +38%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2 +97%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2  +30% par rapport au variant Delta +30% par rapport à Omicron initial (BA1)

Quels sont les symptômes des variants du Covid ?

Selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant du coronavirus n'ont pas différé des signes observés avec le virus originel. Avec le variant Omicron, cependant, les spécialistes ont rapporté des formes plus bénignes de la maladie, des maux de tête, une grosse fatigue, un rhume ou une grippe, et moins de formes sévères à type de pneumopathies qu'observées auparavant.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

La stratégie de dépistage des variants a évolué au fil des virus observés. Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance de l'épidémie de Covid-19 et de ses variants. Cette surveillance des variants s'appuie sur deux méthodes complémentaires : le criblage et le séquençage. L'objectif du criblage est d'identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d'environ 24 heures après le diagnostic de l'infection. Les résultats remontent à Santé publique France via le système d'information SIDEP et permettent de produire des indicateurs aidant au suivi, de manière très réactive, de la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Le séquençage est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L'objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l'infection. 

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Le variant Omicron est caractérisé par un avantage de transmission par rapport aux variants circulants précédemment, en particulier le variant Delta qui était majoritaire lors de l'émergence d'Omicron. Cet avantage explique le remplacement rapide de Delta par Omicron observé à l'échelle mondiale. Si une part de cet avantage de transmissibilité est intrinsèque à Omicron, qui présente également une stabilité accrue dans l'environnement, un facteur majeur est l'important échappement d'Omicron à la réponse immunitaire. Cet échappement est associé à des taux de réinfection par Omicron plus élevés que pour les variants circulant précédemment. Les études in vitro ont montré une séroneutralisation réduite d'Omicron par les anticorps post-vaccinaux et post-infection. Une "diminution supplémentaire de la neutralisation par les anticorps post-vaccinaux et post-infectieux" a été observée avec les sous-lignages circulant fin 2022 comme le BQ 1.1 ce qui "pourraient contribuer à l'avantage compétitif" de ce variant, indique Santé Publique France dans l'analyse de risque des variants du 16 novembre.

Sources

Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2. Santé Publique France.

Sources principales d'information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.