Sous-variant Delta (AY.4.2) : cas en France, surveillance

L'un des sous-lignages du variant Delta baptisé AY.4.2, circulant intensément au Royaume-Uni, a été placé sous surveillance par l'OMS. Sa présence en France est actuellement très faible. Quels sont les dangers de ce sous-variant du Covid ? Sa contagiosité ? Nombre de cas et connaissances à date.

Sous-variant Delta (AY.4.2) : cas en France, surveillance
© ahmetagalamz - 123RF

En France, la totalité des contaminations sont liées au variant Delta, apprend-on dans le point épidémiologique de Santé publique France du 28 octobre 2021. L'une des sous-lignées de ce variant, responsable de 10% des cas au Royaume-Uni, est dans le viseur des autorités sanitaires et de la comité scientifique. Baptisé AY.4.2, ce sous-variant a été placé sous surveillance par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS), indique-t-elle le 26 octobre 2021. Que sait-on de ce sous-variant ? Quels sont ses dangers ? Son niveau de contagiosité ? Doit-on en avoir peur en France ? Connaissances à date.

Définition : c'est quoi le sous-variant AY.4.2 ?

AY.4.2 est un sous-lignage du variant Delta, responsable de 100% des séquences interprétables en France métropolitaine au 26 octobre 2021. Le variant AY.4.2 se caractérise par la présence de deux mutations additionnelles dans la protéine Spike (la "clé" permettant au virus du Covid de pénétrer dans nos cellules) : Y145H et A222V. A noter qu'environ 10% des séquences de AY.4.2 ne portent pas ces mutations. A ce jour, l'impact sanitaire de ces deux mutations (transmissibilité, sévérité, échappement vaccinal...), prises seules ou en association n'a pas été décrit. Ce sous-variant fait l'objet d'une surveillance renforcée au niveau international et en France par l'OMS (VUI-21OCT-01) et des études épidémiologiques et en laboratoire sont en cours pour évaluer ses risques.

Où le sous-variant Delta est-il présent ?

Si ce variant semble avoir émergé il y a déjà plusieurs mois, sa détection semble progresser de façon notable depuis le mois de septembre, très majoritairement au Royaume-Uni, repérée à date dans 10% des tests. Au 21 octobre 2021, environ 13 000 séquences correspondant à AY.4.2 ont été déposées dans la base de données virologiques internationale GISAID, avec des premières détections remontant au printemps 2021, au Royaume-Uni. A l'heure actuelle, la majorité des séquences AY.4.2 de GISAID proviennent :

  • du Royaume-Uni (96%),
  • de l'Allemagne (1,3%),
  • de la Pologne (0,6%),
  • de l'Irlande (0,4%),
  • de l'Italie (0,4%)
  • du Danemark (0,3%),
  • de la France (0,1%)
Nombre de séquences correspondant au sous-lignage AY.4.2, par pays et par semaine de prélèvement (source : GISAID)
Nombre de séquences correspondant au sous-lignage AY.4.2, par pays et par semaine de prélèvement1 (source : GISAID).
Nombre de séquences correspondant au sous-lignage AY.4.2, par pays et par semaine de prélèvement (source : GISAID). © Santé publique France

Combien de cas en France ?

Ce sous-variant circule de façon très minoritaire en France.

Le sous-lignage de Delta AY.4.2, qui fait l'objet d'une surveillance renforcée suite à l'augmentation de sa circulation au Royaume-Uni, a été détecté de manière très faible en France métropolitaine, avec 19 séquences rapportées. La majorité des prélèvements des 19 séquences possiblement AY.4.2 proviennent d'Île-de-France (16 sur 19). Cependant, sur un nombre de détections aussi faible, la surreprésentation de cette région est à interpréter avec précaution, précise Santé publique France dans son Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 du 21 octobre 2021. D'après les informations disponibles dans la base de données EMERGEN, au moins deux patients infectés par ce variant étaient vaccinés et aucun cas n'aurait été prélevé dans le cadre d'une investigation de cluster, d'un retour de voyage ou d'une admission en réanimation. Pour résumer sur la situation française liée à ce variant, AY.4.2 est sporadiquement détecté depuis le mois d'août, mais de façon très minoritaire par rapport aux autres sous-lignages de Delta. Le fait qu'il ait été détecté lors de plusieurs enquêtes Flash successives indique toutefois une possible circulation à bas bruit, notamment en Ile-de-France, mais sans signal en faveur d'une diffusion significative à ce stade.

Quels sont les dangers du sous-variant Delta ?

Le sous-variant Delta a des caractéristiques qui lui sont propres. Son taux de croissance, calculé à partir des données épidémiologiques, est supérieur de 17% par rapport aux autres sous-lignages de Delta, même si le taux de croissance est très dépendant du contexte épidémiologique et n'indique pas forcément de différence biologique. Les mutations dans la protéine Spike pourraient par ailleurs avoir un impact sur l'échappement à la réponse immunitaire. En d'autres termes, les vaccins anti Covid pourraient être moins efficaces contre ce sous-variant, mais cela reste encore à démontrer. 

Sources : Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 (21/10/2021) / Suivi des variants du SARS-CoV-2, OMS.