Variant BA5 Covid : symptômes, incubation, transmission

"Variant BA5 Covid : symptômes, incubation, transmission"

OMICRON BA5. Le sous-variant du variant Omicron BA.5 est toujours majoritaire en France en décembre mais tend à être remplacé par un de ses sous-lignages : le BQ 1.1.

[Mis à jour le 2 décembre 2022 à 10h09] Le virus initial de la maladie Covid-19, le Sars-Cov-2, a muté plusieurs fois. Le variant Omicron est arrivé fin 2021 en France. Aujourd'hui omniprésent, ce variant a plusieurs sous-lignages dont le BA.5 qui est majoritaire en France. "BA.5 représentait 93% des séquences interprétables de l'enquête Flash semaine 45 (11 novembre)indique Santé Publique France dans son point épidémiologique du 1er décembre. BA.5 est également dominant dans le monde représentant 72% des séquences. Plus d'une centaine de sous-lignages de BA.5 circulent actuellement en France. Parmi eux, les plus détectés sont BQ.1.1, BF.7, BA.5.2 et BA.5.2.1. "La détection du sous-lignage BQ.1.1 continue d'augmenter, avec 49% des séquences interprétables en semaine 45" ajoute l'organisme de santé. "Cette diversification génétique est une conséquence normale de la circulation soutenue de ce variant. Cette situation de co-circulation et de diversification a déjà été observée a plusieurs reprises depuis le début de la pandémie de COVID-19, mais doit cependant être surveillée de près" indique Santé Publique France dans l'analyse de risques des variants du 16 novembre. Parmi les symptômes les plus fréquents de BA.5, la fatigue, la toux et la fièvre.

C'est quoi le variant BA.5 ?

BA.5 est un sous-lignage du variant Omicron du Covid-19. Il a commencé à être identifié en janvier et février 2022 en Afrique du Sud selon l'ECDC ; début avril selon Santé Publique France. Il s'est diffusé au Portugal, entraînant une nouvelle vague de Covid-19 en mai particulièrement virulente pour les plus de 80 ans. Il est particulièrement surveillé car il possède des mutations L452 (comme le BA.4) associée à la transmissibilité accrue de Delta.

Quels sont les symptômes du variant BA.5 ?

Selon Santé Publique France, les signes cliniques les plus fréquents en cas d'infection aux variants BA.4 et BA.5 sont la fatigue, la toux, la fièvre et les maux de tête. De plus, "la probabilité de présenter anosmie [perte d'odorat] et agueusie [perte du goût], mais aussi nausées, vomissements et diarrhée est plus élevée pour les cas de BA.4/BA.5" indique l'agence de santé. "Au lieu de durer en moyenne 4 jours, ils durent plutôt 7 jours voire 10 jours donc on contamine plus longtemps" a expliqué le Dr Damien Mascret le 27 juin. Un nouveau symptôme est rapporté par le Professeur Luke O'Neill du Trinity College de Dublin (Irlande) : les sueurs nocturnes : "La maladie est différente parce que le virus a changé, les sueurs nocturnes étant un nouveau symptôme" a déclaré l'immunologiste à la radio irlandaise Newstalk le 7 juillet.

Âge et symptômes des cas de BA.4 et BA.5 comparés aux cas de BA.1
Âge et symptômes des cas de BA.4 et BA.5 comparés aux cas de BA.1 au 15 juin © Santé Publique France

Combien de temps durent les symptômes du variant BA5 ?

La durée des signes cliniques est en moyenne de 7 jours pour les cas de BA.4 et BA.5 contre 4 jours pour les autres cas Omicron.

Quelle est la durée d'incubation du variant BA5 ?

Il n'y a pas de données précises sur le temps d'incubation du variant BA5 d'Omicron. En revanche, on sait que la durée d'incubation du variant Omicron est plus courte que celles des précédents variants du Covid soit 3 jours contre 5 jours avant.

Les vaccins sont-ils efficaces contre le variant BA.5 ?

Le 20 septembre, la HAS a donné son autorisation à la diffusion en France d'un nouveau vaccin de Pfizer ciblant les sous-lignages BA4 et BA5. Ce vaccin à ARNm est réservé à une utilisation pour la dose de rappel uniquement. Cette campagne concerne les personnes à risque de faire une forme sévère de la maladie ainsi qu'à leur entourage et aux professionnels de soins. Ce vaccin bivalent (qui cible la souche originale du Sars-Cov-2 et les sous-lignages Omicron) n'est pas un nouveau vaccin mais un vaccin adapté aux souches circulantes, un peu comme le vaccin contre la grippe qui change chaque année. "Les vaccins précédents restent efficaces contre les formes graves, les hospitalisations et les décès. Cependant, les vaccins bivalents sont mieux adaptés aux variants circulants, et peuvent contribuer à l'efficacité vaccinale contre l'infection. Une troisième dose avec un vaccin monovalent augmente fortement la neutralisation de l'ensemble des principaux sous-lignage Omicron. Mais cette augmentation est encore plus importante chez les personnes vaccinées puis infectées par un sous-lignage d'Omicron. Enfin, une étude chez la souris a montré que les vaccins bivalents amélioraient la production d'anticorps neutralisants efficaces contre BA.5" indique Santé Publique France dans sa dernière analyse de risque des variants du 5 octobre. Concernant les personnes de moins de 30 ans, la HAS maintient sa recommandation de n'utiliser que les vaccins Comirnaty® (Pfizer BioNTech). 

Quel est le taux du variant BA.5 en France ?

Le variant Omicron est dominant en France et son sous-lignage BA.5 est toujours majoritaire. En France métropolitaine, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 93% des séquences interprétables lors de l'enquête Flash du 7 novembre, rapporte Santé Publique FranceBA.5 est aussi majoritaire à l'échelle mondiale (72%), illustrant sa compétitivité plus élevée par rapport à BA.2. Le sous-lignage d'Omicron BA.4 continue à circuler dans le monde et en France, mais à des niveaux faibles (2%). Plus d'une centaine de sous-lignages de BA.5 circulent actuellement en France, illustrant la diversification au sein de ce sous-lignage.  Parmi eux, les plus détectés sont BQ.1.1 (32%), BF.7 (12%), BA.5.2 (8%) et BA.5.2.1 (5%).

Sous-lignages Omicron en France
Sous-lignages Omicron 14 novembre en France © Santé Publique France

Le variant BA.5 est-il plus contagieux ?

"Le BA5 est plus contagieux que le BA2. Compte tenu du fait qu'il est plus contagieux, il échappe un peu mieux à l'immunité post-vaccinal", a expliqué Yves Buisson, président de la cellule Covid de l'Académie de Médecine sur Europe le 7 juin. Les symptômes durent plus longtemps (7-10 jours) "donc on contamine plus longtemps" a expliqué le Dr Damien Mascret le 27 juin. "Une étude récente sur la charge virale des personnes infectées par BA.5 suggère que l'avantage compétitif de BA.5 par rapport au BA.2 n'est pas dû à une charge virale plus élevée mais dépend plus probablement d'une affinité accrue pour son récepteur et/ou d'un échappement immunitaire, ces deux composantes pouvant être liés à la présence de la mutation L452R" indique Santé Publique France.

Le variant BA.5 est-il plus dangereux ?

Les données accumulées dans plusieurs pays n'ont pas observé d'augmentation de la sévérité associée à BA.4 et BA.5. "En Afrique du Sud, une étude comparant les taux de létalité [proportion de décès liés au BA.5] lors des différentes vagues a montré un taux de létalité de 7,1% sur la période de circulation de BA.4/BA.5, contre 10,9% lors de la circulation de BA.1/BA.2" rapporte Santé Publique France le 7 septembre. Une première étude d'Afrique du Sud rapportée par Santé Publique France le 6 juillet comparant le risque d'évènements graves entre la vague Omicron BA.1 et la vague BA.4/BA.5 avait montré que le risque d'hospitalisation/décès était moindre chez les cas précédemment infectés (70% plus faible) ou vaccinés 3 doses (83% plus faible) par rapport aux cas non-infecté/vaccinés. "La durée médiane d'hospitalisation (pour les cas BA4 ou BA5, ndlr) est de 5 jours" indiquait Santé Publique France le 15 juin.

Quels traitements sont efficaces si on est contaminé par le variant BA.5 ?

Le Paxlovid reste le traitement curatif de première intention quel que soit le variant ou sous-variant de SARS-CoV2. "Son activité n'est pas modifiée vis-à-vis de BA.4 et BA.5 par rapport aux sous-variants BA.1 et BA.2" confirme la Direction générale de la santé le 11 juillet. Cet antiviral est administré par voie orale. Il peut être prescrit par tout médecin, et est disponible dans les établissements de santé et dans les pharmacies d'officine depuis le 2 février 2022. En cas de contre-indications au Paxlovid (notamment liées aux interactions médicamenteuses), le traitement Evusheld (tixagévimab 150 mg /cilgavimab 150 mg) est disponible. Il est administré en établissements de santé par voie intramusculaire. "Chez des patients français traités par l'Evusheld, la séroneutralisation semblait plus faible pour BA.5 par rapport à BA.2. Les niveaux de neutralisation diminuaient au cours du temps, à un rythme plus rapide pour BA.5" souligne Santé Publique France.

Sources :

- Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires, 28 octobre 2022.

- Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires, 10 août 2022.

- Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires, 6 juillet 2022.

- Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires, 15 juin 2022.

- Mise à jour épidémiologique : SARS-CoV-2 Omicron sous-lignées BA.4 et BA.5, ECDC, 13 mai 2022

- Bulletin épidémiologique, Santé Publique France

- Kislaya I, Casaca P, Borges V, Sousa C, Ferreira BI, Fernandes E, et al. SARS-CoV-2 BA.5 vaccine breakthrough risk and severity compared with BA.2: a case-case and cohort study using Electronic Health Records in Portugal. medRxiv. 2022:2022.07.25.22277996.