Variant Omicron : en France, symptômes, incubation

"Variant Omicron : en France, symptômes, incubation"

Le variant Omicron du Covid est dominant en France. C'est son sous-lignage BA.5 qui est omniprésent depuis juin et toujours en septembre 2022. C'est le variant le plus contagieux du Covid par rapport aux précédents. Quels sont les symptômes ? Quelle durée d'incubation ?

[Mise à jour le 12 septembre 2022 à 11h55] Apparu en Afrique du Sud en novembre 2021, le variant Omicron du coronavirus "circule de manière quasi exclusive en France et son sous-lignage BA.5 est actuellement omniprésent" indique Santé Publique France dans le point épidémiologique du 8 septembre. Omicron représente aussi la majorité des contaminations Covid dans le monde. "La circulation soutenue du VOC Omicron dans le monde est associée à une diversification génétique au sein de ce variant, indique Santé Publique France dans l'analyse de risque des variants du 7 septembre. De nouveaux sous-lignages d'Omicron ont donc été définis au sein du sous-lignage BA.5, mais aussi dans d'autres sous-lignages, comme BA.2.75 et BA.4.6. Cette émergence de nouveaux sous-lignages est un phénomène évolutif normal et attendu. En l'absence d'un signal épidémiologique ou clinique, cela ne constitue pas un signal préoccupant en termes de santé publique." Omicron est le variant le plus contagieux du Covid par rapport aux précédents (Alpha, Delta...). Et on peut le contracter deux fois -même si le risque de réinfection par Omicron est encore plus élevé si on a été contaminé avant par un autre variant (Delta...). Les symptômes les plus fréquents sont la fatigue, la fièvre, les maux de tête. Définition, durée d'incubation, symptômes fréquents avec Omicron, contagion, efficacité des vaccins, traitement... Tout savoir sur le variant Omicron.

C'est quoi le variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Le Royaume-Uni a été avec la Norvège et le Danemark un des premiers pays du continent européen touché par le variant Omicron. L'épidémie a débuté à Londres en décembre 2021 puis est arrivée en France. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529."C'est un variant qui a un grand nombre de mutations", expliquait le Dr Maria Van Kerkhove de l'Organisation Mondiale de la Santé le 25 novembre 2021. Parmi ces mutations spécifiques : la délétion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R. 

L'apparition progressive de sous-lignages est un phénomène attendu.

Dans un Avis de décembre 2021, le Conseil scientifique français rappelait que "la plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d'autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus". Selon Santé Publique France, les trois caractéristiques majeures d'Omicron sont sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité. 

Le variant Omicron inclut les cinq sous-lignages BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. "La circulation soutenue du VOC Omicron dans le monde est associée à une diversification génétique au sein de ce variant. De nouveaux sous-lignages d'Omicron ont donc été définis au sein du sous-lignage BA.5, mais aussi dans d'autres sous-lignages, comme BA.2.75 et BA.4.6. Cette émergence de nouveaux sous-lignages est un phénomène évolutif normal et attendu. En l'absence d'un signal épidémiologique ou clinique, cela ne constitue pas un signal préoccupant en termes de santé publique" rassure Santé Publique France dans l'analyse des variants publiée en septembre 2022. Le variant Omicron a été classé comme "préoccupant" ou VOC par l'OMS le 26 novembre 2021. Il y a trois types de variants selon le classement de l'OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron), les VOI (variant à suivre) et les VUM (variant sous surveillance comme le variant XD).

C'est quoi les variants BA4 et BA5 ?

Les sous-lignages BA.4 et BA.5 ont été identifiés début avril 2022. Ces deux sous-lignages, détectés majoritairement en Afrique du Sud, sont assez similaires à BA.2 mais leur protéine Spike possède en plus la mutation L452R (qui était responsable de la transmissibilité accrue du variant Delta) ce qui explique pourqui ils sont surveillés de près par les autorités sanitaires. A la mi-juin, le sous-lignage BA.5 est devenu majoritaire en France et l'est toujours en septembre (95% des tests Covid) : le BA.4 continue à circuler mais à des niveaux plus faibles (4% des tests). Au sein de BA.4, le sous-lignage BA.4.6 a été détecté pour la première fois au cours de la semaine S24 (13-19 juin) et sa détection au cours des enquêtes Flash semble se stabiliser autour de 2%.

Combien de cas du variant Omicron en France ?

Les données de séquençage confirment l'omniprésence d'Omicron en France et de son sous-lignage BA.5. En métropole, BA.5 (tous sous-lignages confondus) représentait 95% des séquences interprétables lors de l'enquête Flash S33 (16/08). La proportion de BA.4 (tous sous-lignages compris) au cours des enquêtes Flash diminue, avec 4% des séquences interprétables au cours de Flash S33 contre 6% lors de Flash S32. La détection de mutations en position L452 par les tests de criblage s'est stabilisée à des niveaux élevés (93%), en lien avec la circulation de BA.5.

Circulation des variants préoccupants en France
Circulation des variants préoccupants en France, septembre 2022 © Santé publique France

Parmi les premiers cas identifiés d'Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l'ARS de la région Grand Est en décembre 2021, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l'Agence régionale de santé d'Ile-de-France

Sous-lignages du variant Omicron au cours des enquêtes Flash (EMERGEN)
Sous-lignages du variant Omicron au cours des enquêtes Flash, en France métropolitaine (source : EMERGEN, au 05/09/2022). © Santé publique France

La charge virale diminuerait au bout de 6 jours.

Combien de jours est-on contagieux avec Omicron ?

Selon l'étude de chercheurs japonais publiée en janvier 2022, les cas vaccinés d'Omicron seraient contagieux au maximum 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes. La quantité d'ARN viral (que l'on peut assimiler à la "charge virale") est la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l'apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps. Selon des études rapportées par Santé Publique France, "Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta". Son sous-lignage BA2 était "plus contagieux (+30%) (que le BA1, ndlr)" informait le Pr Arnaud Fontanet sur France Inter le 14 mars. Le BA.5 l'est encore plus. "Omicron se réplique extrêmement rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui s'est lui-même répliqué plus rapidement que toutes les variantes précédemment caractérisées" ont confirmé des chercheurs anglais dans une analyse publiée fin décembre. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d'entrée supplémentaire dans les cellules : "Omicron est capable d'entrer efficacement dans les cellules d'une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d'infecter un plus grand nombre de cellules dans l'épithélium respiratoire, ce qui lui permet d'être plus infectieux à des doses d'exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée." ont précisé les scientifiques. Par contre il serait "moins susceptible de se répliquer dans les poumons" réduisant le risque de maladie grave.

Quelle est la durée d'incubation d'Omicron ?

La durée d'incubation du variant Omicron est plus courte que celle des variants précédents du Covid original : "On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d'incubation, ndlr), avant l'apparition des symptômes, qui est passée de 5 à 3 jours" a déclaré le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier. 

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

Le rapport des symptômes observés chez les personnes atteintes par Omicron émane des données de Santé Publique France et d'une étude anglaise publiée par The Lancet en avril 2022, menée sur plus de 60 000 volontaires. La présentation clinique des infections par Omicron a différé de celle des variants circulant précédemment avec moins de formes sévères. Omicron provoque moins de détresse respiratoire que Delta car il touche moins les poumons. Les premiers cas présentaient également moins de perte du goût ou de l'odorat comme on a pu le voir avec les cas Covid contaminés par le virus initial du Sars-Cov-2 et les variants Alpha ou encore Delta. Ce qui semble changer avec les variants BA4 et BA5. "La probabilité de présenter perte du goût, perte de l'odorat mais aussi nausées, vomissements et diarrhée est plus élevée pour les cas positifs aux variants de BA.4 et BA.5" rapporte Santé Publique France dans son analyse de risque des variants publiée en juin 2022. Une étude suédoise a par ailleurs mis en avant des cas d'odynophagie aiguë chez les personnes contaminées par Omicron (douleur ressentie lors de la déglutition et mal de gorge).

Symptômes les plus fréquents (Santé Publique France) Symptômes les plus fréquents (The Lancet)
  • fatigue
  • toux
  • fièvre
  • céphalées
  • myalgies
  • mal de gorge
  • écoulement nasal
  • nez qui coule
  • maux de tête
  • maux de gorge
  • éternuements
  • toux persistante et voix rauque
Symptômes omicron
Comparaison des symptômes Omicron BA1 (présent fin 2021 en France) avec BA4 et BA5 © Santé Publique France

Quelle est la durée des symptômes ?

Selon les cas analysés par Santé Publique France, la durée des symptômes est en moyenne de 4 jours chez les personnes contaminées par Omicron, 3 jours chez les vaccinées avec dose de rappel. Cette durée est un peu plus longue pour les personnes contaminées par les lignages BA4 et BA5 : 7 jours en moyenne, selon les chiffres de Santé Publique France.

Quels sont les risques de réinfection avec Omicron ?

.Le variant Omicron est caractérisé par une transmissibilité accrue et un échappement immunitaire "important". "L'échappement à la réponse immunitaire d'Omicron est aussi associé à des taux de réinfection par Omicron (suite à une infection préalable par un autre variant) plus élevés que pour les variants circulant précédemment" a indiqué Santé Publique France. D'après des données portugaises, une précédente infection par BA.1 ou BA.2 confèrerait en revanche une protection importante contre l'infection avec BA4 et BA5 mais qui diminue avec le temps.

Pourquoi ce variant s'appelle Omicron ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma... Omicron est le nom d'une lettre de l'alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature "plus accessible à un public non scientifique" et "non stigmatisant" mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l'OMS. L'alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n'ont pas été attribuées à un variant, l'OMS n'ayant pas encore indiqué pour quelle raison. 

Numéro des lettres Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron

Quelle est l'efficacité des vaccins ?

La vaccination protège surtout du risque de forme grave du Covid. Moins de l'infection. Surtout avec le variant Omicron qui est plus contagieux et échappe davantage à l'immunité que ce soit après avoir eu le Covid ou après la vaccination. Selon les données in vitro rapportées par Santé Publique France en septembre 2022, les anticorps post-vaccinaux sont encore moins efficaces pour neutraliser BA.4 et BA.5 que BA.2. La durée de protection contre BA4 et BA5 serait de 5,5 mois après la troisième dose de vaccin contre 11,5 mois pour la souche indexe du Covid (Wuhan). Une étude française publiée en juillet 2022 a estimé que l'efficacité de la dose de rappel (3ème dose) dans la prévention du risque d'hospitalisation était de 85% pendant la période du variant Delta prédominant et de 81% pendant la période Omicron (81% avec Pfizer / 85% avec Moderna). Le taux d'efficacité tombait à 72% au-delà de 3 mois après le rappel.

    Après la 1ère dose de vaccin ARN Après la 2e dose Après la 3e dose
Taux de protection contre les formes graves Omicron (hospitalisation) 1 mois après la vaccination 50% 64% 81%
  3 mois après la vaccination     72%
Taux de protection contre l'infection symptomatique Omicron 1 mois après la vaccination     70%
  3 mois après la vaccination     50%

Quelle est l'origine du variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d'un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.

Test : comment savoir si on est contaminé par Omicron ?

"L'efficacité des tests de diagnostic (PCR ou antigéniques) ne semble pas être réduite pour Omicron" a confirmé Santé Publique France en juin 2022. La stratégie de criblage a évolué en France pour se focaliser sur la recherche des mutations propres à chaque variant. A date, les indicateurs suivis sont la présence de la mutation E484K (A1), la présence de mutations en position L452 (C1) et la présence d'une mutation associée à Omicron (del69-70 et/ou K417N et/ou S371L-S373P et/ou Q493R, D1). Les résultats de criblages de toutes les régions de France métropolitaine et tous les DROM indiquent une dominance d'Omicron et de ses sous-lignages porteurs de mutations en position L452.

Est-il moins dangereux ?

En terme de sévérité, aucun signal préoccupant n'a été associé aux variants Omicron BA.4 et BA.5, informe Santé Publique France le 7 septembre. En Afrique du Sud, une étude comparant les taux de létalité lors des différentes vagues a montré un taux de létalité de 7,1% sur la période de circulation de BA.4/BA.5, contre 10,9% lors de la circulation de BA.1/BA.2. La diffusion du variant Omicron a été associée à une diminution importante du taux d'hospitalisation par rapport aux autres variants ce qui a permis de limiter son impact en santé publique. "Cette sévérité moindre est portée en partie par l'immunité pré-existante dans la population, qui reste protectrice contre les formes sévères" explique Santé Publique France. Les données Sud Africaines et Écossaises ont suggéré une réduction de 70-80% du risque d'hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta et les données anglaises une réduction de 50-70%. Cette moindre dangerosité viendrait du fait que le variant Omicron s'attaque moins au système pulmonaire. Omicron "donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)" a confirmé le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. "Le variant Omicron envoie moins les patients en réanimation" a déclaré l'ex-ministre de la Santé Olivier Véran ce même jour. Il "provoque des séjours hospitaliers plus courts pour les nouveaux patients que pour ceux contaminés par les variants précédents".  Selon lui, les personnes hospitalisées vont avoir des besoins en oxygène durant trois à quatre jours avant de pouvoir sortir de l'hôpital. Cependant, le variant Omicron étant très contagieux, beaucoup de personnes hospitalisées à cause du Covid sont positives à ce variant. 

Proportion de suspicion d’Omicron parmi les cas confirmés, les patients nouvellement hospitalisés pour COVID-19 selon le type d’hospitalisation et les patients décédés, par semaine calendaire, S48-2021 à S03-2022, France
Proportion de suspicion d’Omicron parmi les cas confirmés, les patients nouvellement hospitalisés pour COVID-19 selon le type d’hospitalisation et les patients décédés, par semaine calendaire, S48-2021 à S03-2022, France © Santé Publique France

Quels sont les traitements contre Omicron ?

Les traitements d'une infection par le variant Omicron ne diffèrent pas d'une infection Covid classique (paracétamol contre le mal de tête...). En revanche, les anticorps monoclonaux qui peuvent être administrés à certains patients ne semblent pas efficaces contre Omicron. "Les études sur l'efficacité des anticorps monoclonaux font état d'une activité neutralisante conservée pour trois anticorps monoclonaux à large activité neutralisante (Sotrovimab, S2X259 et S2H97) mais d'une réduction de l'efficacité des autres" rapporte Santé Publique France le 18 mai. Selon les analyses de chercheurs de l'Institut Pasteur publiées en décembre 2021 sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique, six perdent totalement leur activité antivirale, et les trois autres sont de 3 à 80 fois moins efficaces contre Omicron par rapport à Delta. L'efficacité des anticorps monoclonaux est similaire entre BA.4 et BA.5, avec des pertes/gains d'efficacité par rapport à BA.2 pour certains anticorps/combinaisons. Chez des patients français traités par l'Evusheld, la séroneutralisation était réduite pour BA.2 par rapport à Delta et, de manière moins claire, semblait plus faible pour BA.5 par rapport à BA.2. "Les niveaux de neutralisation diminuaient au cours du temps, à un rythme plus rapide pour BA.5" informe Santé Publique France.

Sources : 

Symptom prevalence, duration, and risk of hospital admission in individuals infected with SARS-CoV-2 during periods of omicron and delta variant dominance: a prospective observational study from the ZOE COVID Study. 7 avril 2022.

Analyse des données disponibles sur les réinfections possibles par le SARS-CoV-2 à partir de la base de données SIDEP 31 mars 2022. Données au 20 mars 2022. Santé Publique France.

Covid-19 : Premières estimations de la place des variants Delta et Omicron chez les patients hospitalisés à l'AP-HP du 1er décembre 2021 au 4 janvier 2022. 10 janvier 2022. AP-HP.

The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG

Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.

Point sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021

Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021

Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d'Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.

Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.