Contagion du Covid : incubation, combien de temps ça dure ?

Apparue en Chine en décembre 2019, la maladie Covid-19 avait contaminé plus d'un million de personnes dans le monde au début du mois d'avril 2020, preuve de la forte contagiosité de son virus, le Sars-CoV-2. La capacité de transmission du coronavirus Sars-CoV-2 est évaluée à travers la mesure du "R0". Ce "R" correspond au taux de reproduction du virus et indique le nombre de personnes que contamine un cas positif au Covid-19. Plus il est élevé, plus la maladie se transmet. La diffusion de variants, d'abord l'Alpha venu d'Angleterre puis le Delta venu d'Inde et l'Omicron d'Afrique du Sud ont changé la donne car ils étaient beaucoup plus contagieux que la souche initiale du Sars-Cov-2 de 2020. Plusieurs sous-lignages Omicron ont circulé et circulent toujours en France. Le XBB 1.5, dominant en mai 2023, "semble bénéficier d'un avantage de croissance, qui pourrait être lié à un échappement immunitaire important et à une augmentation de transmissibilité conférée par une mutation de sa protéine Spike (486P)" a indiqué Santé Publique France dans une analyse sur les variants publiée fin mars 2023. "Les taux d'incidence et de positivité sont en baisse" indique Santé Publique France le 26 avril 2023. Le taux de reproduction repasse sous 1, preuve que le virus circule moins désormais. Combien de jours est-on contagieux quand on est positif au Covid ? 5 jours ? 10 jours soit le temps de l'isolement ? Est-on contagieux si on n'a pas de symptômes ? Pendant la période d'incubation ? Point sur les connaissances.

Quelle est la définition du terme "contagion" ?

Le mot "contagion" vient du latin "cum" qui veut dire "avec" et "tangere" pour " toucher". Dans le langage médical, la contagion est définie par la transmission d'un agent infectieux et le cas échéant de la maladie correspondante, depuis un sujet contaminé vers un individu sain, par contact direct (peau, muqueuse) ou indirect (transmission aérienne (salive, postillons...), digestive...).

Comment le Covid se transmet d'une personne à une autre ?

Le virus Sars-CoV-2 se propage essentiellement en cas de contact étroit avec une personne infectée, par des petites particules liquides expulsées par la bouche ou par le nez si la personne contaminée tousse, éternue, parle ou respire profondément. "On peut aussi contracter la Covid-19 lorsque le virus entre dans la bouche, le nez ou les yeux, une situation plus probable lorsque les personnes sont en contact direct ou étroit (moins d'un mètre de distance) avec une personne infectée" indique l'OMS. On peut aussi être contaminé si on se touche les yeux, le nez ou la bouche avant de s'être lavé les mains, après avoir touché une surface contaminée. La transmission du virus est majorée dans des espaces intérieurs, bondés et insuffisamment ventilés. 

Durée : combien de temps est-on contagieux quand on a le Covid ?

Quand le virus du Covid est apparu fin 2019-début 2022, la durée de contagion s'étalait de 2 jours avant le début des symptômes pour se poursuivre jusqu'à 8 jours en moyenne. Avec le variant Omicron, "la réplication est plus rapide dont tout se raccourcit, y compris la phase symptomatique - ou asymptomatique mais contagieuse" a expliqué le Pr Alain Fisher à la tête de l'ex-Conseil de la stratégie vaccinale pour la France, aux Echos en janvier 2022. Selon une étude japonaise, la quantité d'ARN viral (ou "charge virale") des malades positifs au Covid est surtout élevée 3 à 6 jours après le diagnostic (test) ou après l'apparition de leurs symptômes pour ensuite diminuer progressivement. On serait donc contagieux environ une semaine mais cette durée de contagiosité varie selon les individus a rappelé la présidente du Covars (nouveau "Conseil scientifique") Brigitte Autran le 10 octobre sur France Inter : "La charge virale varie énormément en fonction de la gravité de la maladie et de la symptomatologie. On n'excrète pas les mêmes quantités de virus si on a un virus qui infecte plutôt le nez ou plutôt la gorge. Il y a bien sûr une proportionnalité entre le nombre de particules virales qu'on produit et le nombre de contaminations qu'on risque de faire."

Quelle est la contagiosité du variant Omicron ?

Le variant Omicron est devenu majoritaire en France fin 2021 en quelques semaines seulement. Le nombre d'infections doublait tous les 2-3 jours fin novembre-début décembre 2021, bien plus vite qu'à l'époque de la diffusion du Delta. Selon les études rapportées par Santé Publique France, "Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta". "Un professeur de médecine au Royaume-Uni affirme que, sans mesures barrières, le R0, le taux de reproduction serait proche de 10" a informé l'épidémiologiste Éric d'Ortenzio de l'Inserm sur TV5Monde, le 31 décembre. Plusieurs sous-lignages Omicron ont circulé et circulent toujours en France en 2023.

Le variant XBB 1.5 est encore plus contagieux que les précédents lignages Omicron.

Le XBB 1.5, dominant en avril, "semble bénéficier d'un avantage de croissance, qui pourrait être lié à un échappement immunitaire important et à une augmentation de transmissibilité conférée par une mutation de sa protéine Spike (486P)" a indiqué Santé Publique France dans une analyse publiée fin mars 2023. En clair, le variant XBB 1.5 est encore plus contagieux que les précédents lignages Omicron. Invitée de France Inter en octobre 2022, la présidente du Covars Brigitte Autran a rappelé que "la charge virale varie énormément en fonction de la gravité de la maladie et de la symptomatologie", donc d'un individu à l'autre. "On n'excrète pas les mêmes quantités de virus si on a un virus qui infecte plutôt le nez ou plutôt la gorge." Comprenez que plus les symptômes sont présents, plus la personne transmettrait le virus du Covid.

Quelle est la durée d'incubation du Covid ?

L'incubation couvre la période entre la contamination par le virus et l'apparition des premiers symptômes. La durée médiane d'incubation de la Covid-19 est initialement de 5 jours mais elle s'est réduite avec Omicron. Cette durée "avant l'apparition des symptômes est passée de 5 à 3 jours" a expliqué le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier 2022. On peut ainsi être en contact avec le virus et avoir les premiers signes de contamination trois jours après. Pendant cette période, la personne peut être contagieuse. Une méta-analyse publiée en août 2022 dans le JAMA Network par des chercheurs chinois s'appuyant sur 142 publications (8112 patients Covid) a confirmé la réduction de la durée d'incubation du virus avec Omicron. Précisément :

• 3,4 jours avec le variant Omicron.
• 4,4 jours avec le variant Delta
• 5 jours d'incubation avec le variant Alpha

La charge virale culmine au cours de la première semaine de la maladie.

Combien de temps est-on contagieux avant le début des symptômes du Covid ?

"D'après les données de laboratoire, c'est surtout juste avant que les personnes infectées développent des symptômes (phase d'incubation, ndlr) et au tout début de la maladie qu'elles sont les plus contagieuses" a expliqué l'OMS en 2020. Les recherches menées sur les cas positifs au variant Omicron ont mis en évidence une contagion au cours de la première semaine.

Combien de temps est-on contagieux après le début des symptômes du Covid ?

Selon les analyses japonaises de janvier 2022 sur des cas Omicron, la charge virale du virus serait maximale 3 à 6 jours après le diagnostic ou le début des symptômes puis diminuerait. Les auteurs ont par ailleurs estimé qu'il était "peu probable que les cas vaccinés d'Omicron excrètent le virus infectieux 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes". La contagion est donc particulièrement forte la première semaine suivant le début des symptômes. L'OMS informe par ailleurs que "les personnes qui développent une forme grave de la maladie peuvent être contagieuses plus longtemps". De même que ceux qui ont davantage de symptômes semblent plus contagieux que les cas asymptomatiques. "On n'excrète pas les mêmes quantités de virus si on a un virus qui infecte plutôt le nez ou plutôt la gorge. Il y a une proportionnalité entre le nombre de particules virales qu'on produit et le nombre de contaminations qu'on risque de faire" a expliqué Brigitte Autran le 10 octobre sur France Inter.

Est-on contagieux quand on n'a pas de symptômes du Covid (asymptomatique) ?

Une personne contaminée par le virus Sars-CoV-2 mais qui n'a pas de symptômes est contagieuse et peut contaminer d'autres personnes. De même, quelqu'un qui ne développe jamais de symptômes peut aussi transmettre le virus même si "on ne sait pas encore très bien dans quelle mesure cela se produit" précise l'OMS. A noter que si les cas asymptomatiques sont contagieux, "la transmission de la Covid-19 se produit principalement à partir de personnes présentant des symptômes" indique l'agence. 

Quel est le risque d'avoir le Covid 2 fois ou plus ?

Santé Publique France a rapporté en juillet 2022 une augmentation de la proportion de réinfections Covid depuis décembre 2021, début de la diffusion du variant Omicron (12 % des cas confirmés de COVID-19 en semaine 23 (6-12 juin 2022) étaient des cas possibles de réinfection). Un nombre élevé de réinfections par Omicron après une première infection par ce même variant est observée. Néanmoins, la probabilité qu'une réinfection survienne après une première infection par un autre variant (Alpha, Delta ou autre) est encore plus élevée. "La probabilité de réinfection augmente avec l'ancienneté de la première infection pour atteindre un plateau environ 6 mois après la première infection".

Quel risque d'être contaminé si on est cas contact ?

Un cas contact est une personne qui a été en contact sans mesures de protection (comme un masque de type 1) avec une personne positive au Covid. Plus le contact est long et rapproché, plus le risque de contamination augmente (plus de 15 minutes, à moins de deux mètres), souligne le ministère de la Santé. Une personne contact doit se faire tester à J+2.

Sources :

The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG

Recommandations relatives à la stratégie vaccinale. Conférence de presse du Sénat jeudi 1er juillet 2021.

Covid-19 – Se vacciner ? Décider avec son médecin. 29 janvier 2021. HAS

Vaccination contre la Covid-19 : transparence, pragmatisme et flexibilité sont les clés d'une campagne efficace. Communiqué de presse. 9 novembre 2020. HAS. 

Réponses rapides dans le cadre de la Covid-19 – Prise en charge de premier recours des patients suspectés de Covid-19. Validée par le Collège le 18 juin 2020. Mise à jour le 5 novembre 2020. HAS.

Comment se transmet la COVID-19 ? 9 juillet 2020. OMS.