Variant Covid JN.1 : septembre 2024, symptômes, contagieux ?

Au fil du temps, le virus du Covid-19 mute et de nouveaux variants circulent dans le monde et en France. L'un des derniers, nommé JN.1 ou "Juno" est un sous-lignage de BA.2.86 (surnommé le variant Pirola), lui-même sous-variant d'Omicron. Identifié pour la première fois en août 2023 et majoritaire depuis novembre 2023, JN.1 l'est toujours en ce mois de septembre 2024 "en France et au niveau mondial" précise Santé Publique France dans son dernier bulletin du 5 août. Récemment, ce variant a lui aussi muté et a donné plusieurs sous lignages qui, pour certains, sont particulièrement surveillés comme le KP.3 et sa mutation KP.3.1.1. JN.1 représente, avec tous ses sous-lignages, 98% des séquences interprétables de l'enquête Flash du 08 juillet 2024.

Symptômes typiques du variant JN1

Parmi les personnes infectées par le variant JN.1, 97% présentent des symptômes. Dans son analyse de risque, Santé Publique France informe que les symptômes les plus fréquents sont :

• Un asthénie/fatigue,
• Des céphalées (importants maux de tête)
• De la fièvre
• De la toux
• Un écoulement nasal / Un nez bouché
• Parfois, une perte de goût (agueusie) / perte d'odorat (anosmie)

En 2024, la NHS (Agence de Santé britannique) a rapporté un nouveau symptôme de ce variant : la diarrhée. En France aussi. "on observe depuis les premiers variants que le coronavirus donne des diarrhées. Ce symptôme semble un plus fréquent avec le nouveau variant mais il n'est pas nouveau", tient à rétablir Antoine Flahault, épidémiologiste et professeur à la faculté de médecine de l'université de Genève qui rassure sur le fait que "cela ne va pas entraîner des formes plus graves" de Covid. 

Durée des symptômes

Les symptômes se développent généralement en moyenne 5 à 7 jours après la contamination, mais cette période peut s'étendre de 2 à 14 jours dans certains cas. Les symptômes disparaissent généralement en 2 à 3 semaines. 

Combien de cas en France en 2024 ?

La France fait partie des pays qui rapporte le plus de cas de JN.1 : depuis début décembre 2023, le variant JN.1 (sous-lignage de BA.2.86), incluant ses sous-lignages, est le lignage le plus détecté à l'échelle mondiale avec plus de 90 % des séquences déposées sur la base de données internationale GISAID depuis début février 2024.

► KP.2 diminue jusqu'à représenter environ 12 % des séquences mi-juillet.

► KP.3 tend à se stabiliser autour des 30 % sur la même période

► KP.3.1.1 est en augmentation : il représente 19 % durant la semaine du 15/07

Quelles sont les caractéristiques de JN.1 ? 

Par rapport à son sous-lignage parental BA.2.86.1, JN.1 présente trois mutations d'acides aminés dont une seule dans la protéine Spike (L455S). Malgré cela, aucun signal préoccupant en termes de sévérité ne lui a été associé, rapporte Santé publique France. 

Plus dangereux que les autres ?

Selon Santé publique France, les données in vitro disponibles suggèrent un échappement immunitaire plus important de JN.1 par rapport à BA.2.86 mais qui pourrait être partiellement compensé par une diminution de transmissibilité. Autrement dit, ce variant serait "plus résistant" aux anticorps mais il serait moins transmissible. Les autorités de santé, telles que la FDA (Food and Drug Administration) et l'EMA (European Medicines Agency), recommandent d'adapter les vaccins à JN.1 pour les campagnes de vaccination 2024/2025 afin de mieux cibler les variants en circulation.