Covid : le variant FLiRT gagne du terrain, quels symptômes ?

Depuis plusieurs mois se propage sur le territoire et dans le reste du monde une nouvelle mutation du virus Sars-Cov-2, surnommée "FLiRT". Ce nouveau variant s'est répandu rapidement, surtout aux Etats-Unis. "Les virus mutent tout le temps, je ne suis donc pas surpris de voir une nouvelle variante du coronavirus prendre le dessus" a commenté le Dr Scott Roberts, spécialiste des maladies infectieuses à Yale Medicine. Le variant JN.1 (descendant d'Omicron) est le plus détecté à l'échelle mondiale avec plus de 80% des séquences déposées, en incluant ses sous-lignages, selon le dernier rapport de Santé publique France (juillet 2024).

Une "propagation rapide"

"Suite à la circulation large de JN.1 dans le monde, ce variant s'est diversifié génétiquement et des sous-lignages ont été définis" explique Santé Publique France. En plus des quatre sous-lignages précédemment classés VUM (variant en cours d'évaluation), "un nouveau sous-lignage, LB.1, a été classé VUM en raison des mutations supplémentaires qu'il porte dans la protéine Spike : F456L et R346T. Ces deux mutations ont été associées à des modifications de la transmissibilité et de l'échappement à la réponse immunitaire chez de précédents variants à l'instar de KP.2 et KP3", précise l'agence. C'est en lien avec le nom de mutations supplémentaires portées par les sous-lignages (mutations F456L et R346T pour KP.2) que les variants ont été baptisés "FLiRT" ( F456L et R346T).

KP.3 représente 36.9% des cas de Covid-19 aux Etats-Unis en juillet 2024 d'après le Center of Disease Control and Prevention (CDC) ; KP.2 22.5%. Ces nouveaux sous-variants du JN1 gagnent du terrain depuis le début de l'année 2024. "La différence entre eux est que KP.3 possède une mutation supplémentaire appelée F456L, située dans la protéine de pointe. Cette mutation permet au virus de s'accrocher plus facilement à nos récepteurs ACE2 - c'est ce qu'on appelle l'affinité de liaison - ce qui le rend plus infectieux. C'est pourquoi le KP.3 commence désormais à dominer (aux USA, ndlr)", explique le Pr Adrian Asterman, épidémiologiste et professeur de biostatistique à l'Université d'Australie du Sud à Newsweek. "Le sous-lignage KP.3 est en légère augmentation, il représentait autour de 38 % des séquences interprétables le même mois", selon le rapport de juillet 2024 de Santé publique France.

Cette propagation fait craindre un regain épidémique, d'autant que pour beaucoup de personnes, la dernière dose de vaccin anti Covid-19 remonte à plusieurs mois. Santé publique France précise dans son rapport que "le vaccin adapté XBB.1.5 confère une protection contre les formes sévères de COVID-19 au cours des premiers mois après la vaccination ; des études montrent toutefois une légère réduction de l'efficacité vaccinale contre JN.1, par rapport aux variants de la lignée XBB." Cependant pour le Pr Pekosz "même si les taux de cas continuent d'augmenter et de diminuer tout au long de l'année, nous constatons un nombre de cas d'hospitalisations ou de décès bien inférieur à celui observé au cours des deux premières années de la pandémie". La plus grande question, selon le Dr Roberts, "est peut-être de savoir si le virus nouvellement muté continuera d'évoluer avant l'hiver, lorsque les infections et les hospitalisations augmentent généralement, et si les souches FLiRT seront incluses dans un vaccin anti-Covid d'automne".

En ce qui concerne les symptômes, les sous-variants FLiRT auraient pour l'instant les mêmes que ses prédécesseurs. "Ils sont très similaires en termes de gravité de la maladie et de capacité à échapper à notre système immunitaire", d'après le Pr Adrian Asterman. Le fait qu'il soit génétiquement similaire au variant JN.1 serait plutôt rassurant selon le Dr Roberts puisque celui-ci avait des symptômes "plus légers que ceux provoqués par les variantes au cours des premières années de la pandémie". Pour l'heure, Santé Publique France rappelle que les mesures de prévention des virus respiratoires "restent d'actualité, en particulier de la stratégie vaccinale au regard de l'évolution de la circulation des variants".