Variant Epsilon : origine, vaccins, dangers, en France ?

Le variant Epsilon, détecté en Californie entre mars et juillet 2020 est présent en France. Parce qu'il contient la mutation L452R, il peut être résistant aux vaccins. Ce variant californien est-il plus dangereux ? Plus mortel ? Où est-il présent ? Etat des lieux à date.

Variant Epsilon : origine, vaccins, dangers, en France ?
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[Mise à jour le vendredi 16 juillet à 10h06] Un nouveau variant de la Covid-19, détecté en Californie entre mars et juillet 2020 inquiète aujourd'hui en France. Baptisé "Epsilon" par l'OMS, ce variant porte la mutation "L452R" (comme le variant Delta) associée à un échappement immunitaire et à une plus grande transmissibilité. Au 30 avril 2021, il était présent dans 34 pays du monde selon une étude américaine publiée dans la revue ScienceQue sait-on du variant Epsilon ? Est-il plus mortel que les autres variants ? Y a-t-il eu des cas en France ?  Etat des lieux à date. 

Quelle est l'origine du variant Epsilon ?

Le virus SRAS-CoV-2, responsable de la pandémie Covid-19, ne cesse d'évoluer et mute régulièrement. C'est un virus à ARN qui, pour survivre, doit se répliquer. Après la détection des variants anglais, sud-africain, brésilien, une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 a émergé dans le sud de la Californie entre mars et juillet 2020. Ce variant (B.1.427/B.1.429) a été baptisé Epsilon par l'OMS en mai 2021 et est classé comme "variant à suivre" (VOI). On l'appelle aussi CAL.20C. Selon une étude menée par des chercheurs américains (notamment des médecins du Centre médical Cedars-Sinaï, un grand hôpital de Los Angeles) et publiée le 11 février 2021 sur la plateforme scientifique Jama Network, ce variant est définie par trois mutations dans la protéine Spike, la "clé" qui permet au virus de pénétrer dans nos cellules et contre laquelle les vaccins sont dirigés. Ces trois mutations sont S13I, W152C et L452R.

Le variant Epsilon est-il en France ?

Le variant Epsilon serait présent en Alsace depuis le mois de janvier 2021, soit un peu avant le variant anglais ou le variant sud-africain, rapporte les Dernières Nouvelles d'Alsace le 17 février. En effet, 180 séquençages du Sars-CoV-2, dont 60 provenaient de patients hospitalisés pour la Covid-19, ont été réalisés au sein des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg entre le 18 janvier et le 9 février 2021. Le séquençage est un procédé permettant de déterminer l'ordre des acides aminés d'une protéine ou des bases dans les acides nucléiques (ADN ou ARN). "Cela permet de connaître au jour le jour la part de variants dans l'épidémie", précise Olivier Véran, ministre de la Santé, lors d'une conférence de presse le 18 février. Parmi les patients atteints de la Covid-19, plus de 70% avaient dans leur organisme un variant inconnu (ni anglais, ni sud-africain, ni brésilien). 6 d'entre eux présentaient une trace du variant californien. En analysant les génomes de ces patients, il a été prouvé que le variant californien était apparu au sein d'un cluster à Saverne, une commune du Bas-Rhin.  

Combien a-t-il fait de cas aux Etats-Unis ?

Les chercheurs de cette étude américaine ont analysé plus de 10 000 échantillons de Californie, dont la moitié provenait du sud de la Californie. Au terme de leurs analyses, ils ont pu montrer que :

  • En juillet 2020, le variant californien a été observé pour la première dans l'un des 1 247 échantillons du comté de Los Angeles.
  • De juillet à octobre 2020, le variant californien n'a pas été détecté dans le sud de la Californie.
  • Dès octobre 2020, la prévalence du variant californien a augmenté dans l'État de Californie et dans le sud de la Californie.
  • En novembre 2020, 30 cas du variant californien ont été identifiés en Californie du Nord et des cas individuels dans 5 États américains supplémentaires.
  • Au 22 janvier 2021, le variant californien représentait 44% de tous les échantillons collectés en janvier en Californie du Sud et a été détecté dans 26 états et/ou autres pays
  • Au 30 avril, il est détecté dans 34 pays du monde. 

Est-il plus mortel, plus résistant au vaccin ?

"Ils se transmettent très facilement, mais ne sont pas forcément préoccupants"

Parce qu'il porte la mutation L452R, le variant Epsilon est plus contagieux que la souche initiale du SARS-Cov-2. Selon l'étude américaine publiée dans la revue Science en juillet 2021, il est aussi plus résistant aux vaccins du Covid. Les chercheurs rapportent que le plasma d'individus vaccinés avec un vaccin à base d'ARNm présentait des titres neutralisants réduits de 2 à 3,5 fois contre le variant B.1.427/B.1.429. "La mutation L452R a réduit l'activité neutralisante de 14 des 34 anticorps monoclonaux. Les mutations S13I et W152C ont entraîné une perte totale de neutralisation pour 10 des 10 anticorps monoclonaux." Dans le Figaro, en mars 2021, Samira Fafi-Kremer, responsable du laboratoire de virologie des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg estimait qu' "il ne faut pas s'en inquiéter, mais simplement les considérer comme d'autres déclinaisons du Sars-CoV-2. Ils se transmettent très facilement, mais ne sont pas forcément préoccupants".

Fusion du variant anglais et du variant californien : quel risque ?

Les variants britannique (B.1.1.7) et californien (B.1.429) auraient fusionné et combiné leurs génomes pour donner naissance à un variant-hybride, qui pourraient présenter les mêmes caractéristiques que ses deux "parents", rapporte un article du New Scientist du 16 février 2021. Cette "recombinaison" aurait été détectée par Bette Korber, un chercheur du Los Alamos National Laboratory (Nouveau-Mexique) dans un échantillon de virus en Californie. Les scientifiques le savent : le SARS-CoV-2 a la capacité de muter régulièrement. Mais, jusqu'à présent, ces mutations se faisaient à l'intérieur du génome d'un seul virus, avec des petits changements dans le code génétique qui s'effectuaient seulement l'un à la fois. Donc si cette découverte est confirmée, il s'agirait du premier virus "recombinant" a être détecté depuis le début de la pandémie. La sphère scientifique surveille de près cette recombinaison, dont on ignore pour le moment sa contagiosité ou sa dangerosité. 

Sources : 

Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California, 11 février 2021, JAMA NETWORK. 

SARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern. Science  01 Jul 2021.