Variant Covid : nouveau d'Afrique, France, Delta, Mu, liste

La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est répandue dans le monde en 2020 mute régulièrement. C'est ce qu'on appelle un "variant". Le Delta est majoritaire en France mais un nouveau identifié d'Afrique du Sud en novembre inquiète les autorités. Tout savoir sur les variants du virus Sars-Cov-2.

Variant Covid : nouveau d'Afrique, France, Delta, Mu, liste
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[Mise à jour le 26 novembre 2021 à 19h29] La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est répandue dans le monde en 2020 mute régulièrement. Un nouveau variant a été détecté le 22 novembre en Afrique du Sud, le B.1.1.529. La France a décidé de suspendre les vols en provenance d'Afrique du Sud, du Lesotho, du Botswana, du Zimbabwe, du Mozambique, de Namibie et d'Eswatini (ex-Swaziland). "Si aucun cas n'a été détecté à date sur le territoire français, le principe de précaution maximale doit s'appliquer" indique le gouvernement dans un communiqué. Le Gouvernement appelle les voyageurs qui avaient prévu de se rendre dans ces pays à suspendre leur voyage. Ce variant est classé comme VUM c'est-à-dire qu'il est sous surveillance. Le stade le plus élevé étant le classement en VOC (comme les variants Alpha, Bêta, Gamma et Delta) quand ils sont préoccupants car beaucoup plus contagieux et à risque d'échapper à l'efficacité des vaccins. En France, c'est le variant Delta qui est majoritaire désormais et qui a complètement remplacé le virus originel du Sars-Cov-2. Qu'est-ce qu'un variant ? Quels sont les nouveaux variants ? Quelle est sa transmission ? L'efficacité des vaccins ? Que sait-on de leurs symptômes ? Infos à date.

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

L'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu.

Quelle est la liste des variants du Covid ?

'Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu" rappelle Santé Publique France.

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais").

  • le variant "anglais" (B.1.1.7) est nommé Alpha
  • le variant "sud-africain" (B.1.351) est nommé Beta
  • le variant "brésilien" (P1) est nommé Gamma
  • le variant "indien" (B.1.617.2) est nommé Delta et le variant indien B.1.617.1 est nommé Kappa.
  • le variant "péruvien" (C.37) est nommé Lambda

Liste complète des noms de tous les variants du Covid

VOC, VOI, VUM : comment sont classés les variants ?

Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : VOC, VOI et VUM.

• Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : Un variant préoccupant du SARS-CoV-2 est un variant qui répond à la définition du variant à suivre (voir ci-dessous) et dont on a montré, au moyen d'une évaluation comparative, qu'il est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui ont une certaine importance pour la santé publique mondiale :

  • Augmentation de la transmissibilité ou évolution préjudiciable de l'épidémiologie de la COVID‑19 ; ou
  • Augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ; ou
  • Diminution de l'efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.
Variants préoccupants actuellement désignés VOC OMS
Variants préoccupants (VOC) désignés par l'OMS en novembre 2021 © OMS

• Variant à suivre, ou VOI ("variant under investigation" ou "variant of interest" en anglais) : Variant du SARS-CoV-2 :

  • qui présente des modifications génétiques dont on sait qu'elles affectent ou dont on prévoit qu'elles affecteront les caractéristiques du virus telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l'échappement immunitaire, la capacité d'échapper au diagnostic ou au traitement ; ET
  • qui cause une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers de COVID-19, dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu'une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d'autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale. 
Variants à suivre (VOI) désignés par l'OMS septembre 2021
Variants à suivre (VOI) désignés par l'OMS en novembre 2021 © OMS

• Variant sous surveillance : Variant du SARS-CoV-2 qui présente des modifications génétiques soupçonnées d'affecter les caractéristiques du virus, certains éléments indiquant qu'il peut poser un risque futur sans que les preuves de répercussions phénotypiques ou épidémiologiques ne soient claires à l'heure actuelle, et qui doit donc faire l'objet d'une surveillance renforcée et d'une évaluation répétée en attendant de nouvelles preuves.

Variants en cours d'évaluation (VUM) désignés par l'OMS
Variants sous surveillance désignés par l'OMS - novembre 2021 © OMS

Quels sont les variants dominants en France ?

Le variant dominant en France au 25 novembre est le variant Delta : "Le variant Delta représentait 99,6% des virus séquencés sur les prélèvements interprétables de la dernière enquête Flash (du 1er au 05 novembre)" indique Santé Publique France. La mutation L452R (portée principalement par le variant Delta) était détectée dans 96,8% des prélèvements positifs criblés en S46 (vs 96,6% en S45). 

Evolution des variants en france
Evolution des variants en France © Santé Publique France

Le premier cas de variant du Covid - il s'agissait du variant Alpha (anglais) - en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant Beta venu d'Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.

Le variant Delta

Le variant Delta (21A/478K) lignage B.1.617 a été détecté pour la première fois en Inde à la fin de l'année 2020. Il est devenu le variant prédominant au Royaume-Uni, où il a été introduit en avril 2021. Il est plus transmissible que les virus historiques (environ 2 fois plus) et que les VOC Alpha (environ 40 à 60% plus transmissible), Beta (environ 60%) et Gamma (environ 30%). Le VOC Delta demeure le variant dominant en France. Les données disponibles indiquent clairement une transmissibilité accrue de Delta et une augmentation du taux de reproduction de base (R0) par rapport aux souches virales de référence et aux autres VOC. Ce variant est également associé à une augmentation du risque d'hospitalisation et de la mortalité. Toutefois, les principaux vaccins utilisés en France restent efficaces (après schéma vaccinal complet) pour prévenir les infections symptomatiques et les formes sévères. Le variant Delta est aussi largement dominant à l'échelle internationale.

Le variant Mu ou "colombien"

Le variant Mu n'a pas été détecté dans l'enquête Flash du 7 septembre de Santé Publique France. Sa prévalence a aussi fortement diminué au niveau mondial (<0.1% des séquences déposées sur GISAID entre le 12/09 et le 11/10/21).

Carte des variants en France

Quels sont leurs dangers ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève. Les données disponibles indiquent clairement une transmissibilité accrue de Delta et une augmentation du taux de reproduction de base (R0) par rapport aux souches virales de référence et aux autres VOC. Ce variant est également associé à une augmentation du risque d'hospitalisation et de la mortalité.

Nom Impact en santé publique
Variant Alpha anglais 20l/501.Y.V1 (B.1.1.7)

Augmentation de la transmission de 29%

Taux d'attaque secondaire : +11%

Augmentation probable du risque d'hospitalisation : +40-64%

Augmentation probable du risque de décès : +30-70%

Pas d'impact sur l'échappement immunitaire post-infection ou post-vaccinal.

Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée et d'une détection prolongée dans les voies respiratoires supérieures

Variant Beta sud-africain 20H/501.V2 (B.1.351)

Augmentation de la transmission de 25%

Augmentation probable de la mortalité hospitalière : +20%

Impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal

• Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence

Variant Gamma brésilien 20J/501Y.V3 (P.1)

Augmentation de la transmission de 38%

Augmentation possible du risque d'hospitalisation

Peu de données en vie réelle disponibles sur l'impact sur l'échappement post-vaccinal. Les données expérimentales en faveur d'une baisse limitée de la neutralisation par les sérums de convalescents et post-vaccinaux.

Variant Delta  20A/484Q (B.1.617)

Augmentation de la transmission de 97% vs le virus de référence

55% plus transmissible que le variant Alpha.

Données en faveur d'un impact sur l'échappement immunitaire post-vaccinal supérieur à celui de Alpha, surtout en cas de vaccination incomplète (1 seule des 2 doses)

Augmentation du risque d'hospitalisation ; augmentation possible du risque de forme sévère et de décès

Eléments en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence et à Alpha

Diminution possible de l'intervalle intergénérationnel

Données préliminaires in vitro et en vie réelle sur un risque accru de réinfection par rapport à Alpha et au virus de référence

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé publique France indique les risques de transmissibilité des variants Covid préoccupants par rapport à la souche initiale. 

  Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta
Augmentation de la transmissibilité par rapport à la souche initiale +29% +25% +38% +97% 

Quels sont les symptômes ?

Pour l'heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais Alpha sont exactement les mêmes que lors d'une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l'odorat, difficultés respiratoires, etc…). Pas de signes spécifiques non plus pour les deux autres variants brésilien et sud-africain. Des symptômes typiques d'un gros rhume sont rapportés avec le variant Delta.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

Une nouvelle stratégie nationale de criblage systématique par RT-PCR des tests positifs pour le SARS-CoV-2 a été mise en place le 31 mai 2021. Jusqu'à cette date, les kits de criblage utilisés ciblaient la mutation N501Y commune aux quatre VOC Alpha (20I/501Y.V1), Beta (20H/501Y.V2), Gamma (20J/501Y.V3) et 20I/484K, et une ou plusieurs autres mutations permettant de distinguer le VOC Alpha des VOC Beta et Gamma. Avec l'introduction et la diffusion progressive d'un nombre plus important de variants porteurs d'autres mutations d'intérêt, notamment ceux porteurs de la mutation E484K et du VOC Delta (21A/4778K) qui est porteur de la mutation L452R, cette stratégie ne permettait plus un suivi précis de l'évolution des variants d'intérêt en France. Désormais, les kits de criblage utilisés ciblent systématiquement les trois mutations d'intérêt E484K, E484Q et L452R, permettant un suivi réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d'intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés, de façon complémentaire à la stratégie nationale de surveillance génomique.

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Concernant le variant Delta, plusieurs études ont montré une efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca limitée après une seule dose par contre en cas de schéma vaccinal complet, l'efficacité de ces vaccins reste très élevée pendant 6 mois (environ 90% d'efficacité) contre les formes graves de COVID-19. Passé ce délai, l'efficacité des vaccins peut tomber à 40% seulement contre l'infection

Sources

Sources principales d'information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France

Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.