Variant Covid : en France, liste, nombre, carte, Omicron, Delta...

La souche initiale du coronavirus Sars-CoV-2 mute régulièrement. C'est ce qu'on appelle un "variant". L'Omicron a est dominant en France en janvier 2022 alors que le Delta décline. Nombre de variants, liste, nom, danger, carte... Infos.

Variant Covid : en France, liste, nombre, carte, Omicron, Delta...
© Santé Publique France

[Mise à jour le 11 janvier 2022 à 13h15] La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est répandue dans le monde en 2020 mute régulièrement. Un nouveau variant détecté en novembre 2021 en Afrique du Sud et classé comme "préoccupant" ou VOC par l'OMS est désormais majoritaire en France : le variant Omicron. Sa diffusion a rapidement augmenté, explique Santé Publique France dans analyse de risque du 5 janvier : il représentait 10,7% des séquences interprétables dans l'enquête Flash du 13 décembre 2021 et près de 50% de celles du 20 décembre. Au 3 janvier 2022, le variant Omicron a été détecté dans toutes les régions de France métropolitaine et d'Outre-mer. Au cours de l'été 2021, les variants Alpha, Beta et Gamma ont fortement régressé au niveau mondial au profit du variant Delta. "Delta est resté ultra-majoritaire dans le monde jusqu'à l'émergence du VOC Omicron, pour voir ensuite sa prévalence diminuer rapidement de 98% début décembre 2021 à 30% fin décembre" souligne Santé Publique France. Qu'est-ce qu'un variant ? Quels sont les nouveaux variants ? Quelle est sa transmission ? L'efficacité des vaccins ? Que sait-on de leurs symptômes ? Infos à date.

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

L'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu.

Quelle est la liste des variants du Covid ?

'Les virus se caractérisent dans leur immense majorité par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment suite à des mutations introduites dans leur génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l'émergence de variants au cours du temps est donc un phénomène attendu" rappelle Santé Publique France. Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : VOC, VOI et VUM par l'OMS.

• Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : Un variant préoccupant du SARS-CoV-2 est un variant qui répond à la définition du variant à suivre (voir ci-dessous) et dont on a montré, au moyen d'une évaluation comparative, qu'il est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui ont une certaine importance pour la santé publique mondiale :

  • Augmentation de la transmissibilité ou évolution préjudiciable de l'épidémiologie de la COVID‑19 ; ou
  • Augmentation de la virulence ou modification du tableau clinique ; ou
  • Diminution de l'efficacité des mesures de santé publique et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.
    Variants préoccupants actuellement désignés VOC OMS
    Variants préoccupants (VOC) désignés par l'OMS en décembre 2021 © OMS

• Variant à suivre, ou VOI ("variant under investigation" ou "variant of interest" en anglais) : Variant du SARS-CoV-2 :

  • qui présente des modifications génétiques dont on sait qu'elles affectent ou dont on prévoit qu'elles affecteront les caractéristiques du virus telles que la transmissibilité, la gravité de la maladie, l'échappement immunitaire, la capacité d'échapper au diagnostic ou au traitement ; ET
  • qui cause une transmission communautaire importante ou plusieurs foyers de COVID-19, dans plusieurs pays, entraînant une prévalence relative croissante ainsi qu'une augmentation du nombre de cas dans le temps, ou d'autres conséquences épidémiologiques observables qui font craindre un risque émergent pour la santé publique mondiale. 
Variants à suivre (VOI) désignés par l'OMS septembre 2021
Variants à suivre (VOI) désignés par l'OMS en novembre 2021 © OMS

 • Variant sous surveillance : Variant du SARS-CoV-2 qui présente des modifications génétiques soupçonnées d'affecter les caractéristiques du virus, certains éléments indiquant qu'il peut poser un risque futur sans que les preuves de répercussions phénotypiques ou épidémiologiques ne soient claires à l'heure actuelle, et qui doit donc faire l'objet d'une surveillance renforcée et d'une évaluation répétée en attendant de nouvelles preuves.

Variants en cours d'évaluation (VUM) désignés par l'OMS
Variants sous surveillance désignés par l'OMS - décembre 2021 © OMS
 

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais"). L'alphabet grec compte 24 lettres.

Numéro des lettres Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron
16 Pi
17 Rhô
18 Sigma
19 Tau
20 Upsilon
21 Phi
22 Khi/Chi
23 Psi
24 Oméga

Liste complète des noms de tous les variants du Covid

Quels sont les variants présents en France ?

AU 5 janvier, selon Santé Publique France, 5 variants du coronavirus Sars-Cov-2 sont classés comme "préoccupant" en France (VOC), 3 sont "à suivre" (VOI) et 2 sont "sous surveillance" (VUM). Depuis l'été 2021, le variant Delta était dominant en France métropolitaine après avoir remplacé le variant Alpha. Depuis novembre 2021 et l'arrivée du variant Omicron, le variant Delta décroit à tel point qu'il n'est plus majoritaire au 5 janvier 2022. Les VOC Beta et Gamma n'ont pas été détectés depuis l'enquête Flash du 14 septembre 2021. Un cas de VOC Alpha a été détecté au cours de l'enquête Flash du 6 décembre. Le variant Lambda n'a pas été détecté depuis l'enquête Flash du 20 juillet 2021 et le variant Mu, détecté pour la première fois le 6 juillet n'a pas été détecté dans les dernières enquêtes Flash. Le variant 20A/C B.1.640, classé VOI à partir du 5 janvier 2022 continue à circuler en France métropolitaine : il représentait 0,5% des séquences interprétables en novembre et 0.6% en décembre 2021.

Evolution des variants en france
Classement des variants au 05/01/2022 et détection en France © Santé Publique France
évolution des variants en france
Evolution de la circulation des variants du Covid en France © Santé Publique France

Le premier cas de variant du Covid - il s'agissait du variant Alpha (anglais) - en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant Beta venu d'Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.

Le variant Delta

Le variant Delta (21A/478K) lignage B.1.617 a été détecté pour la première fois en Inde à la fin de l'année 2020. Il est devenu le variant prédominant au Royaume-Uni, où il a été introduit en avril 2021. Il est plus transmissible que les virus historiques (environ 2 fois plus) et que les VOC Alpha (environ 40 à 60% plus transmissible), Beta (environ 60%) et Gamma (environ 30%). Depuis l'été 2021, le variant Delta était dominant en France métropolitaine après avoir remplacé le variant Alpha. Depuis novembre 2021 et l'arrivée du variant Omicron, le variant Delta décroit à tel point qu'il n'est plus majoritaire au 5 janvier 2022.

Le variant Omicron

Le variant Omicron (21K, B.1.1.529) a été classé VOC par l'OMS le 26 novembre. Ce variant moins virulent que les variants précédents est par contre beaucoup plus contagieux. Il est rapidement devenu dominant en France entre novembre 2021 et janvier 2022.

Le variant Mu ou "colombien"

Le variant Mu n'a pas été détecté détecté pour la première fois en France le 6 juillet n'a pas été détecté dans les dernières enquêtes Flash, rapporte Santé Publique France en janvier 2022. 

Carte des variants en France

Carte du variant delta en France au 20 décembre 2021
Carte du variant delta en France au 20 décembre 2021 © Santé Publique France
Carte du variant omicron en France au 20 décembre 2021
Carte du variant omicron en France au 20 décembre 2021 © Santé Publique France

Quels sont leurs dangers ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève

Nom Impact en santé publique
Variant Alpha anglais 20l/501.Y.V1 (B.1.1.7)

Augmentation de la transmission de 29%

Taux d'attaque secondaire : +11%

Augmentation probable du risque d'hospitalisation : +40-64%

Augmentation probable du risque de décès : +30-70%

Pas d'impact sur l'échappement immunitaire post-infection ou post-vaccinal.

Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée et d'une détection prolongée dans les voies respiratoires supérieures

Variant Beta sud-africain 20H/501.V2 (B.1.351)

Augmentation de la transmission de 25%

Augmentation probable de la mortalité hospitalière : +20%

Impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal

• Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence

Variant Gamma brésilien 20J/501Y.V3 (P.1)

Augmentation de la transmission de 38%

Augmentation possible du risque d'hospitalisation

Peu de données en vie réelle disponibles sur l'impact sur l'échappement post-vaccinal. Les données expérimentales en faveur d'une baisse limitée de la neutralisation par les sérums de convalescents et post-vaccinaux.

Variant Delta  20A/484Q (B.1.617)

Augmentation de la transmission de 97% vs le virus de référence

55% plus transmissible que le variant Alpha.

Données en faveur d'un impact sur l'échappement immunitaire post-vaccinal supérieur à celui de Alpha, surtout en cas de vaccination incomplète (1 seule des 2 doses)

Augmentation du risque d'hospitalisation ; augmentation possible du risque de forme sévère et de décès

Eléments en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence et à Alpha

Diminution possible de l'intervalle intergénérationnel

Données préliminaires in vitro et en vie réelle sur un risque accru de réinfection par rapport à Alpha et au virus de référence

Variant Omicron

70% plus contagieux que le Delta (données sud-africaines et écossaises)

Risque 5 fois plus élevé de réinfection que Delta

Réduction de 70-80% du risque d'hospitalisation  (données sud-africaines et écossaises)

Formes moins sévères que Delta

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé publique France indique les risques de transmissibilité des variants Covid préoccupants par rapport à la souche initiale. Pour le variant Omicron "les analyses réalisées à l'international ont confirmé qu'Omicron présente un taux de croissance jusqu'à 3,7 fois plus élevé que Delta" informe Santé Publique France le 5 janvier. 

  Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta
Augmentation de la transmissibilité par rapport à la souche initiale +29% +25% +38% +97% 

Quels sont les symptômes ?

Selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant du coronavirus n'ont pas différé des signes observés avec le virus originel. Avec le variant Omicron, cependant, les spécialistes rapportent plutôt des formes plus bénignes de la maladie, un rhume ou une grippe, et moins de formes sévères à type de pneumopathies qu'observées auparavant.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

Lors de leur mise en place, les tests RT-PCR de criblage permettaient de suspecter la présence du VOC Alpha et de manière non distincte des VOC Beta ou Gamma. Depuis le 31 mai 2021, la stratégie de criblage a évolué pour rechercher certaines mutations d'intérêt pouvant être retrouvées dans différents variants. Elle ne permet donc plus d'assigner avec certitude l'infection à un variant spécifique mais permet de suivre l'évolution dans le temps et sur le territoire de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations. Pour la première phase de déploiement, les mutations E484K, E484Q et L452R avaient été sélectionnées car elles étaient potentiellement liées à un échappement immunitaire et/ou à une augmentation de transmissibilité. Les résultats de criblage pour ces trois mutations sont soumis dans la base de données SI-DEP sous la nomenclature A (E484K), B (E484K) et C (L452R). Pour ces trois indicateurs, l'absence de la mutation recherchée est notée 0 et sa présence est notée 1. Ainsi un résultat C1 correspond à la présence de la mutation L452R, portée principalement par le VOC Delta. Suite à l'émergence du VOC Omicron, une évolution de la doctrine de criblage a été engagée. Une nouvelle variable D a été inclue dans la base de données SI-DEP. Cette variable D combine plusieurs mutations portées par Omicron. L'indication D1 correspond à l'identification d'une ou plusieurs de ces mutations et D0 à la recherche et l'absence d'identification d'une ou plusieurs de ces mutations.

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Après deux doses, l'efficacité vaccinale contre Omicron est "très réduite ou absente", et "diminue encore avec le temps après la deuxième injection" informe Santé Publique France le 5 janvier. Une dose de rappel est nécessaire pour restaurer les titres d'anticorps neutralisants et réduire les risques d'infection (efficacité vaccinale entre 37 et 86%), d'hospitalisation (efficacité vaccinale entre 70 et 88%) et de forme sévère (efficacité vaccinale de 98%). Il a aussi été montré que la protection contre Omicron induite par une infection antérieure (sans vaccination) était plus élevée que celle induite par une vaccination complète (deux doses) mais inférieure à celle induite après une dose de rappel (trois doses). Concernant le variant Delta, plusieurs études ont montré une efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca limitée après une seule dose par contre en cas de schéma vaccinal complet, l'efficacité de ces vaccins reste très élevée pendant 6 mois (environ 90% d'efficacité) contre les formes graves de COVID-19. Passé ce délai, l'efficacité des vaccins peut tomber à 40% seulement contre l'infection. 

Sources

Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires Mise à jour du 05/01/2022. Santé Publique France.

Sources principales d'information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France

Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.