Variants Covid : actuel, en France, en 2023

La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est depuis répandue dans le monde mute régulièrement. Depuis fin 2021, la situation mondiale est caractérisée par la dominance du variant Omicron, la majorité des pays rapportant une circulation quasi exclusive d'Omicron, rappelle Santé Publique France en avril 2023. "Des sous-lignages d'Omicron se sont succédé, avec des dynamiques variables dans les différents pays. Si un nouveau variant préoccupant devait émerger, il est probable qu'il soit issu d'Omicron et il est donc important de continuer à surveiller l'ensemble des lignages circulants" souligne l'agence de santé. Plusieurs sous-lignages de ce variant circulent dont le recombinant XBB 1.5, majoritaire en ce moment en France.

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

Quel est le nouveau variant Covid ?

Un nouveau variant du Covid appelé XBB.1.16 ou Arcturus est surveillé par les autorités, car il serait plus transmissible et responsable de symptômes inattendus comme une conjonctivite (œil rose).

Quels sont les variants du Covid actuels (2023) ?

XBB.1.5 est le lignage Omicron le plus détecté depuis mars 2023, en France comme à l'échelle mondiale. Il était retrouvé dans 48% des tests analysés en mai 2023 et semble se stabiliser. Le lignage Omicron BA.5, qui était majoritaire depuis l'été 2022, a été remplacé par le recombinant XBB.1.5.

Le premier cas de variant du Covid - il s'agissait du variant Alpha (anglais) - en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant Beta venu d'Afrique du Sud en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre 2020.

Quelle est la liste des variants du Covid ?

Classement des variants Covid par l'OMS 

Le 15 mars 2023, l'OMS a modifié l'organisation de son classement afin de mieux refléter la situation internationale en terme de variants circulants. Les critères selon lesquels un variant est classé comme VUM, VOI ou VOC ont été mis à jour :

► VUM = variant en cours d'investigation/sous surveillance (variant under monitoring) : modifications génétiques avec effet possible sur ses caractéristiques ET signaux précoce d'un avantage de croissance MAIS incertitudes quant à son impact épidémiologique et clinique

► VOI : variant à suivre (variant of interest) : modifications génétiques avec effet possible ou démontré sur ses caractéristiques ET avantage de croissance dans plus d'une région OMS associée à une augmentation du nombre de cas, ou autre signal épidémiologique suggérant un risque accru pour la santé publique

► VOC : variant préoccupant (variant of concern) : variant répondant à la définition d'un VOI ET sévérité accrue OU diminution importante de l'efficacité vaccinale contre les formes sévères OU modification de caractéristiques pouvant affecter la capacité des structures de soin à prendre en charge les patients COVID-19.

Le variant XBB

Le recombinant XBB est un recombinant issu des sous-lignages d'Omicron BJ.1 (sous-lignage de BA.2.10) et BM.1.1.1 (sous-lignage de BA.2.75). Il a circulé très largement en Inde et à Singapour avant de diffuser dans d'autres pays d'Asie et d'Amérique latine principalement. La circulation de XBB a mené à une diversification génétique et à la définition de nouveaux sous-lignages. Parmi eux, le sous-lignage XBB.1.5 est majoritaire en France.

Le variant Omicron

Le variant Omicron a été classé VOC par l'OMS le 26 novembre 2021. Ce variant moins virulent que les variants précédents est beaucoup plus contagieux. Il est rapidement devenu dominant en France entre novembre 2021 et janvier 2022 pour totalement remplacer le variant Delta en 2022. Il est toujours majoritaire en 2023.

Comment sont donnés les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais"). L'alphabet grec compte 24 lettres.

Numéro des lettres	Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1	Alpha
2	Bêta
3	Gamma
4	Delta
5	Epsilon
6	Zêta
7	Eta
8	Thêta
9	Iota
10	Kappa
11	Lambda
12	Mu
13	Nu
14	KSI/Xi
15	Omicron
16	Pi
17	Rhô
18	Sigma
19	Tau
20	Upsilon
21	Phi
22	Khi/Chi
23	Psi
24	Oméga

► Liste complète des noms de tous les variants du Covid

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

"Les sous-lignages du variant Omicron circulants restent caractérisés par des formes cliniques moins sévères, mais cette moindre sévérité est en partie liée à une efficacité vaccinale conservée contre les formes graves" précise Santé Publique France dans son analyse de risque d'avril 2023.

Variant Alpha	Variant Beta	Variant brésilien Gamma	Variant Delta	Variant Omicron
+29% par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2	+25%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2	+38%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2	+97%  par rapport à la souche initiale du Sars-Cov-2	+30% par rapport au variant Delta

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

La stratégie de dépistage des variants a évolué au fil des virus observés. Santé publique France et ses partenaires ont mis en place un système de surveillance de l'épidémie de Covid-19 et de ses variants. Cette surveillance des variants s'appuie sur deux méthodes complémentaires : le criblage et le séquençage. L'objectif du criblage est d'identifier les mutations permettant de suspecter certains variants connus, dans un délai d'environ 24 heures après le diagnostic de l'infection. Les résultats remontent à Santé publique France via le système d'information SIDEP et permettent de produire des indicateurs aidant au suivi, de manière très réactive, de la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Le séquençage est la méthode de référence permettant de confirmer les suspicions de variant. L'objectif du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l'infection. 

Sources

• Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2. Santé Publique France.
• Tracking SARS-CoV-2 variants, OMS