Variant Covid : indien, anglais, symptômes, vaccin, le plus dangereux ?

Alpha, Beta, Delta... Cinq variants préoccupants du virus initial du Sars-CoV-2 circulent en France. Le variant Alpha (anglais) est toujours prédominant. La proportion du variant Delta est minoritaire mais en augmentation. Quelle est la définition d'un variant ? Quelles différences ? Symptômes ? Les vaccins sont-ils efficaces ?

Variant Covid : indien, anglais, symptômes, vaccin, le plus dangereux ?
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[Mise à jour le vendredi 18 juin à 13h34] De nombreux variants du coronavirus SARS-CoV-2 circulent aujourd'hui sur le territoire français dont cinq classés comme "préoccupants". "La proportion du variant Delta, bien que minoritaire, est en augmentation" informe Santé Publique France dans son point épidémiologique du 17 juin. Les données confirment la prédominance du variant préoccupant Alpha. La stratégie de dépistage des variants a changé le 31 mai. Désormais, les kits de criblage utilisés ciblent les trois mutations d'intérêt E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou l'échappement à la réponse immunitaire (E484K et E484Q). Les dernières analyses de Santé Publique France confirment la place toujours prédominante du variant préoccupant 20I/501Y.V1 (Alpha-anglais) et montrent une stabilisation de la part des variants portant les mutations E484K ou E484Q à 11,8% (13,0% pour Flash #9 et 11,0% pour Flash #8), même si cette part restait élevée. Quel est la part de variant anglais Alpha, sud-africain Beta et brésilien Gamma parmi les tests positifs Covid en France ? Comment évolue la diffusion du variant Delta ? Que sait-on d'eux ? Quelles différences ? Que sait-on de leurs symptômes ? Leur transmission ? Infos à date.

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C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais").

  • le variant "anglais" (B.1.1.7) est nommé Alpha
  • le variant "sud-africain" (B.1.351) est nommé Beta
  • le variant "brésilien" (P1) est nommé Gamma
  • le variant "indien" (B.1.617.2) est nommé Delta et le variant indien B.1.617.1 est nommé Kappa.
NOMS DES VARIANTS COVID
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Liste complète des noms de tous les variants du Covid

VOC, VOI, VUM : comment sont classés les variants ?

Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques :

  • Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence : Une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l'épidémiologie du COVID-19, comme par exemple un échappement à l'immunité naturelle post-infection ; Une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ; Une diminution de l'efficacité des mesures de contrôle et de prévention mises en place (tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques).
  • Variant à suivre, ou VOI (" variant under investigation " ou " variant of interest " en anglais) : variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET Responsable d'une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays.
  • Variant en cours d'évaluation, ou VUM (" variant under monitoring ") : absence d'éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d'un impact en santé publique en France ou à l'international, malgré la présence de mutations partagées avec un ou plusieurs variants préoccupant(s) / à suivre.

Classement au 2 juin 2021 (source : Santé Publique France, enquête Flash#9)

VOC VOI VUM
  • Alpha = 84.9% des séquences)
  • Beta = 8.8% des séquences
  • Gamma = 0.5% des séquences
  • 20I/484K ou 484Q = 2,6% et 0,1% des séquences
  • Delta (Inde) = 0.1% des séquences
  • variant 20C/484K ou 20C/477N (B.1.526) : cas sporadiques
  • 20C/655Y (variant breton) = cluster uniquement en Bretagne (Côte d'Armor)
  • 20A/484K = 1.1% des séquences
  • 20B/681H = non détecté.
  • Kappa (Inde) = non détecté
  • 20C/452R = cas sporadique
  • 20A/214lns = 0.1% des séquences
  • 20A/440K = 0.3% des séquences
  • 20A/477N = 0.6% des séquences
  • 20I/452R = cas sporadiques
  • 20A/145Ins = 1 cas détecté en IDF
  • 20C/452R = cas sporadiques
  • 19B/501Y = 0.1% des séquences
  • 20B/484K = non détecté

Les variants avec la mutation E484K continuent d'augmenter.

Combien de cas en France ?

À ce jour, cinq variants ont été qualifiés de préoccupants (VOC) en raison de leur transmissibilité augmentée et/ou d'un risque d'échappement à la réponse immunitaire. Les résultats de l'enquête Flash #10 du 25 mai 2021 confirment :

  • la place toujours prédominante du variant préoccupant 20I/501Y.V1 (Alpha), qui représentait 87,8% des séquences interprétables.
  • le variant préoccupant 20H/501Y.V2 (Beta) représentait 6,0% des résultats interprétables disponibles.
  • Les variants préoccupants 20J/501Y.V3 (Gamma), 20I/484K, 20I/484Q et 21A/478K (Delta) restaient très minoritaires.
  • La proportion de tous les variants portant la mutation E484K/Q (à risque d'échappement vaccinal) a été recalculée et reste élevée (10,8%).

→ Le variant Delta reste minoritaire, avec toutefois une augmentation dans les données de surveillance génomique. Plusieurs foyers de transmission communautaire localisée en lien avec le variant Delta ou des suspicion de variant Delta sur la base des données de criblage ont été rapportés. Cette émergence du variant Delta est suivie avec la plus grande attention, compte-tenu de sa transmissibilité accrue par rapport aux souches virales de référence et au VOC Alpha, d'une possible augmentation de la sévérité de l'infection et de données préliminaires en faveur d'une efficacité vaccinale légèrement diminuée, surtout lors d'un schéma vaccinal incomplet.

Le premier cas associé au variant anglais en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection au variant VOC 202012/01. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien. 

Le premier cas associé au variant sud-africain en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre.  "Il s'agit d'un homme résidant dans le département du Haut-Rhin à proximité de la frontière avec la Suisse. Après un séjour en Afrique du Sud, à la suite de symptômes évocateurs de la Covid19 apparus quelques jours après son retour, il a réalisé un prélèvement RT-PCR en Suisse, qui s'est révélé positif" précise le communiqué. La personne s'est immédiatement isolée à son domicile dès l'apparition des symptômes et est guérie.

Y-a-t-il beaucoup de variants avec la mutation E484 ou L452?

La stratégie française de criblage des tests positifs à la recherche des trois variants préoccupants VOC 20I/501Y.V1 (Alpha) et indistinctement VOC 20H/501Y.V2 (Beta) et 20J/501Y.V3 (Gamma) est abandonnée le 31 mai 2021 au profit d'une nouvelle stratégie de criblage à la recherche de mutations d'intérêt E484K (identifié en France le 12/11/2020), E484Q (identifié en France le 21/02/2021) et L452R (identifié en France le 15/10/2020) en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou l'échappement à la réponse immunitaire (E484K et E484Q). Au 17 juin, Santé Publique France indique :

  • La proportion des variants porteurs de la mutation E484K/Q semble se stabiliser mais reste élevée (11,8%).
  • Le variant 20I/484K, ayant émergé au Royaume-Uni début 2021, était peu détecté en France jusqu'à la mi-mars. Une transmission communautaire a été rapportée depuis début avril dans plusieurs régions : en Bretagne, où la situation semble contenue à ce jour, en Île-de-France et en Hauts-de-France. Plusieurs cas d'infection à ce variant 20I/484K ont également été détectés en Normandie en mai. L
  • Depuis début 2021, le variant 20I/484Q n'avait été détecté que chez de rares cas sporadiques en France. En Île-de-France, un cluster est survenu dans un établissement de soins en avril. En Nouvelle-Aquitaine, une transmission communautaire a été identifiée depuis le début du mois de mai, initialement limitée à un quartier de Bordeaux mais des cas ont également été identifiés dans d'autres quartiers et communes de Gironde. Une transmission communautaire du variant 20I/484Q a également été identifiée dans le secteur de Niort depuis le début du mois de mai.

Au niveau national, sur la semaine du 8 au 14 juin 2021, 12 105 résultats de criblages ont été saisis en nouvelle nomenclature, soit 37,1% du nombre de tests (TAG et PCR) positifs. 

  • 1 842 résultats positifs pour la mutation E484K ont été enregistrés, soit 17,7% des PCR criblées en nouvelle nomenclature où la mutation E484K est recherchée, avec un résultat interprétable.
  • 45 résultats positifs pour la mutation E484Q ont été enregistrés, soit 0,8% des PCR criblées en nouvelle nomenclature où la mutation E484Q est recherchée, avec un résultat interprétable.
  • 320 résultats positifs pour la mutation L452R ont été enregistrés, soit 5,7% des PCR criblées en nouvelle nomenclature où la mutation L452R est recherchée, avec un résultat interprétable.

Quels sont leurs dangers ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève. Le 11 mars, Olivier Véran a confirmé que "les variants étaient plus contagieux et plus dangereux".  Une étude anglaise publiée, mercredi 10 mars, a indiqué que le variant anglais était 64 % plus mortel que le coronavirus classique. Pour 1 000 cas détectés, il provoque 4,1 morts, contre 2,5 pour le coronavirus classique, ont indiqué les auteurs dont les résultats ont été publiés dans la revue British Medical Journal (BMJ). Concernant le variant indien, prédominant au Royaume-Uni début juin, une étude des autorités sanitaires britanniques rapportée le 11 juin indique qu'il est 60% plus contagieux que le variant anglais qu'il a remplacé. Selon cette étude des autorités sanitaires britanniques (Public Health England), 42.323 cas (29.892 de plus qu'il y a une semaine) de ce variant ont été détectés au Royaume-Uni. Il représente plus de 90% des nouveaux cas.

Données sur les variants du Covid - Santé Publique France - 2 juin 2021
Nom Impact en santé publique
Variant Alpha anglais 20l/501.Y.V1 (B.1.1.7)

Transmissibilité : +43-90%

Taux d'attaque secondaire : +11%

Augmentation probable du risque d'hospitalisation : +40-64%

Augmentation probable du risque de décès : +30-70%

Pas d'impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection ou post-vaccinal.

Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée et d'une détection prolongée dans les voies respiratoires supérieures

Variant Beta sud-africain 20H/501.V2 (B.1.351)

Transmissibilité : +50%

Augmentation probable de la mortalité hospitalière : +20%

Impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal

Possible augmentation de la charge virale

Variant Gamma brésilien 20J/501Y.V3 (P.1)

Eléments préliminaires en faveur d'une augmentation de la transmissibilité : +40-120%

Augmentation probable du risque d'hospitalisation

Impact sur l'échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal

Variant Delta indien 20A/484Q (B.1.617)

Plus transmissible que le variant Alpha.

Données préliminaires en faveur d'un impact sur l'échappement immunitaire post-vaccinal supérieure à celui du variant Alpha surtout si vaccination incomplète (1 seule des 2 doses).

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé publique France indique le 21 avril 2021 les risques de transmissibilité des variants Covid préoccupants par rapport à la souche initiale. 

  Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta
Augmentation de la transmissibilité par rapport à la souche initiale +43-90% +50% +40-120%  

Que sait-on des variants anglais Alpha ?

Deux variants venus d'Angleterre sont présents en France. Un premier identifié en septembre 2020 et annoncé par l'Angleterre le 14 décembre. Ce variant appelé 20I/501Y.V1 est classé comme "préoccupant" tout comme sa version identifiée en janvier 2021 et baptisée VOC 202102/02 porteuse de la mutation 484K. Il est prédominant en France.

Que sait-on du variant sud-africain Beta ?

Les autorités sud-africaines ont indiqué le 18 décembre 2020 qu'une nouvelle souche de Covid-19, plus contagieuse, circulait à grande échelle dans le pays. Les résultats des séquençages génétiques indiquent la présence de ce variant en Afrique du Sud depuis novembre. Aujourd'hui, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. La version mutée du virus Sars-CoV-2 repérée en Afrique du Sud est nommée "501.V2" du fait d'une mutation N501Y sur la protéine S du virus. Ce virus est différent du variant anglais. Des études préliminaires suggèrent que ce variant est associé à une transmissibilité plus élevée de 50% et un risque plus élevé d'échappement immunitaire et de réinfection. Certaines recherches indiquent un risque accru de décès à l'hôpital (20%).

Que sait-on du variant brésilien Gamma ?

Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l'OMS la détection d'un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Après étude du génome, l'Institut japonais de recherche sur les maladies infectieuses a indiqué qu'il présentait des similitudes avec les variants découverts au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Ce variant comporte deux mutations biologiquement importantes : la mutation E484K, retrouvée sur le variant anglais VOC 202012/01, et la mutation N501Y, retrouvée sur le variant sud-africain 501Y.V2. Plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante par rapport aux souches autres que variantes (40-120%). De plus, ce variant aurait la capacité d'échapper à la réponse immunitaire induite par un premier contact avec des souches d'origine, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection. L'impact de la vaccination sur ce variant est en cours d'étude.

Que sait-on du variant indien Delta ?

Les premiers cas d'un variant venu d'Inde, le B.1.617, ou communément appelé le "variant indien" sont confirmés en France le 29 avril. Ce variant est un mutant détecté pour la première fois en octobre 2020 dans l'Etat de Maharashtra au centre du pays. Il serait porteur de deux mutations particulièrement puissantes et résistantes aux vaccins, d'où le nom de "double mutant". Des cas confirmés du variant B.1.617 ont également été signalés dans plusieurs pays d'Europe (Allemagne, Belgique, Italie, Espagne, Suisse, Irlande, France). 

Que sait-on du variant breton ?

Un variant de la Covid-19 a été détecté au centre hospitalier de Lannion, en Bretagne. Baptisé "VOI 20C/H655Y" (lignage B.1.616) , il a été classé comme variant à suivre le 14/03/2021.

C'est quoi le variant Henri Mondor ?

Le variant "Henri Mondor" n'est pas nouveau du moins il est apparu avant mars 2021. Dans un Avis du 12 février 2021, le Conseil scientifique du Covid en France en parlait déjà : "Un nouveau variant du clade 19B a été identifié à Henri Mondor, baptisé HMN.19B, porteur de 8 mutations dans Spike, responsable d'un cluster de 4 personnes dans un hôpital, dont a priori 2 réinfections (personnel soignant et compagnon). L'acquisition récente de nouvelles substitutions sur la protéine Spike (y compris N501Y et L452R), qui sont présentes sur le variant HMN.19B isolé à Henri Mondor, améliore l'interaction de la protéine Spike avec le récepteur ACE-2, ce qui pourrait permettre une meilleure transmissibilité de ce variant et pourrait expliquer la réapparition de ce clade en France et en Europe." Les virus SARS CoV-2 du clade 19B ont été rarement détectés après la première vague en Europe et ont pratiquement disparu au dernier trimestre 2020, car ils ont été dépassés par les virus de clades 20A, 20B et 20C (qui portent la mutation D614G, cette mutation améliorant la transmissibilité virale). Aujourd'hui, "il circule activement en France" explique l'AP-HP. "Dans les quatre semaines qui ont suivi sa découverte, le nouveau variant Henri-Mondor a été trouvé chez 29 patients d'origine géographiques diverses (Ile-de-France, Sud-Est et Sud-Ouest de la France). Dans l'enquête Flash du 2 mars 2021, le variant représentait 1.8% des souches séquencées sur le territoire national."

Que sait-on du variant californien ?

Un nouveau variant de la Covid-19 aurait été pour la première fois détecté aux Etats-Unis, plus précisément en Californie du Sud, une fois en juillet 2020 puis fréquemment en octobre. Au 22 janvier 2021, le variant californien représentait 44% des cas positifs à la Covid-19 dans le sud de la Californie. Ce variant californien se serait répandu dans de nombreux états américains. Mais aussi en France. En Alsace, dans le Grand Est, plusieurs personnes auraient été contaminées par cette nouvelle souche de la Covid-19. Que sait-on de cette nouvelle variante ?

Que sait-on du variant hybride détecté au Vietnam ?

Le 29 mai 2021, le ministre de la Santé du Vietnam, Nguyen Thanh, a annoncé la découverte d'un nouveau variant circulant sur le territoire. Cette nouvelle mutation a été présentée comme "un variant hybride combinant les caractéristiques du variant indien et du variant britannique". 

Carte des variants en France

Quels sont les symptômes ?

Pour l'heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais Alpha sont exactement les mêmes que lors d'une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l'odorat, difficultés respiratoires, etc…). Pas de signes spécifiques non plus pour les deux autres variants brésilien et sud-africain. Des symptômes typiques d'un gros rhume sont rapportés avec le variant Delta.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

Une nouvelle stratégie nationale de criblage systématique par RT-PCR des tests positifs pour le SARS-CoV-2 a été mise en place le 31 mai 2021. Jusqu'à présent, les kits de criblage utilisés ciblaient la mutation N501Y commune aux quatre VOC Alpha (20I/501Y.V1), Beta (20H/501Y.V2), Gamma (20J/501Y.V3) et 20I/484K, et une ou plusieurs autres mutations permettant de distinguer le VOC Alpha des VOC Beta et Gamma. Toutefois, avec l'introduction et la diffusion progressive d'un nombre plus important de variants porteurs d'autres mutations d'intérêt, notamment ceux porteurs de la mutation E484K et du VOC Delta (21A/4778K) qui est porteur de la mutation L452R, cette stratégie ne permettait plus un suivi précis de l'évolution des variants d'intérêt en France. Désormais, les kits de criblage utilisés ciblent systématiquement les trois mutations d'intérêt E484K, E484Q et L452R, permettant un suivi réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d'intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés, de façon complémentaire à la stratégie nationale de surveillance génomique.

Que faire si on est cas contact ?

L'ensemble des cas contacts à risque identifiés autour des porteurs de variants sont contactés par l'Assurance maladie et doivent se faire tester comme tous cas contacts à risque d'une personne positive à la Covid-19. La durée de la quarantaine pour les contacts à risque reste à 7 jours après le dernier contact avec le cas confirmé ou probable qu'il s'agisse du virus ou des variantes. Ils doivent prévenir eux-mêmes (contact-warning) les personnes avec qui elles ont été en contact à risque (sans masque...). Ces personnes doivent : 

  • Renforcer l'application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d'autres personnes.
  • Télétravailler dès lors que cela est possible.
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant.
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au 1er symptôme.

Les contacts à risque des personnes porteuses d'une variante sud-africaine ou brésilienne doivent faire un test PCR dès l'identification de la souche chez le porteur qui les a peut-être contaminés.

  • En cas de résultat positif, le criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé.
  • En cas de test négatif, il faut respecter la période de quarantaine de 7 jours depuis le dernier contact à risque et réaliser un test RT-PCR au 7e jour, à l'issue de cette période.

Peuvent-ils remettre en cause l'efficacité des vaccins ?

Selon le Conseil scientifique du Covid en France "les vaccins à ARNm (comme Pfizer et Moderna) semblent être actifs de façon comparable contre le variant VOC (anglais)". Par contre, les variants sud-africain et brésilien semblent être plus résistants. Dans son analyse de risque du 21 avril, Santé Publique France indique que des données récentes suggèrent un impact différent en termes d'échappement immunitaire (post-infection et post-vaccinal) entre les deux VOC V2 (sud-africain) et V3 (brésilien) qui sont porteurs de la mutation E484K. Les variants porteurs de cette mutation (également présente dans un variant apparu en Angleterre en janvier 2021 et qui se diffuse en France) résistent davantage à l'efficacité des vaccins. Concernant le variant Delta, les données sont en faveur "d'un possible impact sur le plan de l'échappement immunitaire post-vaccination (efficacité diminuée vis-à-vis de l'infection par le Delta par rapport à l'Alpha, en particulier en cas de vaccination incomplète)" indique Santé Publique France le 17 juin.

Quelles sont les nouvelles conditions de voyage ?

Tous les déplacements depuis l'étranger vers la France et de France vers l'étranger, même lorsqu'ils sont autorisés, restent strictement encadrés jusqu'à nouvel ordre selon des modalités spécifiques en fonction du pays de provenance ou de destination. Dans le cadre de la stratégie de réouverture des frontières françaises à compter du 9 juin 2021, une classification des pays et des modalités spécifiques d'encadrement des déplacements vers la France sont définies en fonction de la situation sanitaire et de la vaccination des voyageurs.

DATES CLES

A la fin du mois de janvier 2020, l'OMS a été prévenue d'une mutation du virus Sars-CoV-2 appelée D614G, ayant une infectiosité et une transmissibilité accrues. "Sur une période de plusieurs mois, il a remplacé la souche initiale du SARS-CoV-2 identifiée en Chine et est devenu en juin 2020 le virus dominant en circulation dans le monde" explique l'OMS sur son site.

En août et septembre 2020, un variant du Sars-CoV-2 lié à l'infection de visons d'élevage et transmis ensuite à l'homme a été identifié au Danemark. "Ce variant, appelé "Cluster 5" par les autorités danoises, présentait une combinaison de mutations jamais observée auparavant" indique l'OMS. Au 31 décembre 2020, les autorités danoises avaient identifié 12 cas humains du variant et sa propagation semblait "limitée".

Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont notifié à l'OMS un variant qu'elles ont désigné sous le nom de "VOC 202012/01", désigné aujourd'hui comme le "variant anglais". 

Le 18 décembre, les autorités nationales sud-africaines ont annoncé avoir détecté un nouveau variant du Sars-CoV-2 qui se propage rapidement dans trois provinces du pays. Il s'agit du variant désigné aujourd'hui comme le "variant sud-africain". 

Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l'OMS la détection d'un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Celui que l'on appelle aujourd'hui "variant brésilien".

Le 15 mars 2021, la Direction générale de la Santé déclare l'identification d'un nouveau variant (dérivé du Clade 20C) dans le cadre d'un cluster au centre hospitalier de Lannion, dans les Côtes d'Armor. Le 13 mars, 79 cas ont été identifiés, dont 8 cas porteurs du variant, confirmés par séquençage.

Le 29 avril, le ministère de la Santé confirme les premiers cas de variant indien en France.

Sources

Sources principales d'information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France Mise à jour du 19/05/2021

Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

COVID-19 : point épidémiologique du 25 février 2021. Santé Publique France.

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

COVID-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France. 14 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.