Variant Covid : symptômes, classement, combien en France ?

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"Variant Covid : symptômes, classement, combien en France ?"

Trois variants du coronavirus qualifiés de "préocuppants" circulent en France. Le variant anglais étant le plus prédominant. Les variants sud-africain et brésilien sont stables. D'autres variants sont suivis de près. Quelle est la définition d'un variant ? Combien de cas en France ? Quelle évolution ? Chez les enfants ? Quels symptômes ? Quel danger ? Infos.

[Mise à jour le lundi 12 avril à 18h26] De nombreux variants du coronavirus SARS-CoV-2 circulent aujourd'hui sur le territoire français, dont certains sont qualifiés de "variants préoccupants (VOC)" car leur impact (sur le plan de la transmissibilité, de la virulence ou de l'échappement immunitaire potentiel) justifie la mise en place d'une surveillance et de mesures de gestion spécifiques au niveau national, dans l'objectif de contenir leur progression. Les variants anglais, sud-africain et brésilien en font partie et sont présents dans toutes les régions métropolitaines. L'analyse des résultats des tests de criblage des variants préoccupants montre toujours une augmentation de la proportion de suspicions de variant anglais qui représente 81.9% des tests criblés en semaine 13 (29 mars-4 avril) indique Santé Publique France le 8 avril. La proportion du variant sud-africain et brésilien est stable à 4%. Quels sont les variants présents en France ? Que sait-on de leurs symptômes ? Leur transmission ? Infos à date.

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

VOC, VOI, VUM : comment sont classés les variants ?

Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques :

  • Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence : Une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l'épidémiologie du COVID-19, comme par exemple un échappement à l'immunité naturelle post-infection ; Une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ; Une diminution de l'efficacité des mesures de contrôle et de prévention mises en place (tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques).
  • Variant à suivre, ou VOI (" variant under investigation " ou " variant of interest " en anglais) : variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET Responsable d'une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays.
  • Variant en cours d'évaluation, ou VUM (" variant under monitoring ") : absence d'éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d'un impact en santé publique en France ou à l'international, malgré la présence de mutations partagées avec un ou plusieurs variants préoccupant(s) / à suivre.

Classement au 8 avril 2021 (source : Santé Publique France)

VOC VOI VUM
  • 20I/501Y.V1 (lignage B.1.1.7) = variant anglais détecté en sept 2020.
  • 20H/501Y.V2 (lignage B.1.351) = variant sud-africain
  • 20J/501Y.V3 (lignage P.1) = variant brésilien
  • 20I/501Y.V1 ayant acquis la mutation E484K (VOC 202102/02) = variant anglais détecté en janv 2021.
  • variant 20C/H655Y (B.1.616) = variant breton
  • variant A.27 (19B/501Y) détecté dans le cadre de clusters dans différentes régions en France = variant "Henri Mondor"
  • variants B.1.427 (détecté une fois en Ile-de-France) et B.1.429 (détecté sporadiquement en France), qui ont émergé aux Etats-Unis.
  • variant B.1.525, détecté initialement au Nigéria et aux Etats-Unis et détecté sporadiquement en France (Auvergne-Rhône-Alpes, Centre-Val-de-Loire, Grand-Est, Hauts-de-France, Ile-France, Normandie, Nouvelle-Aquitaine, Pays-de-la-Loire).
  • variant B.1.526 + E484K ou S477N, a été détecté initialement aux Etats-Unis. Deux cas de ce variant avec la mutation S477N ont été détectés en France (AuvergneRhône-Alpes) à ce jour.
  • variant P.2, qui a émergé du Brésil dès avril 2020. 22 cas ont été détectés en France métropolitaine.
  • variant P.3 qui aurait émergé aux Philippines, il n'a pas été détecté en France à ce jour.
  • variant B.1.214.2 qui a été récemment décrit en Belgique. 46 détections en France.
  • variant A.28 (19B/501T), une détection en France.
  • variant N.9, qui aurait émergé au Brésil, non détecté en France à date.
  • variant B.1.526.1. Ce variant a été détecté dans un foyer de cas intrafamilial en France, en Guadeloupe.
  • variant B.1.617 : ce variant a été détecté pour la première fois en Inde. Deux cas ont été détectés en Guadeloupe.

La diffusion du variant anglais semble devenir plus homogène au sein de la population.

Combien de cas en France ?

Les variants sont présents dans dans toutes les régions métropolitaines. Jean Castex a confirmé que ces variants, et surtout le variant britannique, était responsable de la troisième vague observée actuellement en France et dans plusieurs autres pays européens. Celui-ci est "à la fois plus virulent et potentiellement plus grave". Selon le dernier bulletin de Santé Publique France du 8 avril, le variant anglais représentait 81.9% des tests positifs Covid en semaine 13 (29 mars-4 avril), toujours en hausse alors que les cas de variants sud-africain et brésilien se stabilisent autour de 4%. 

Pour la semaine 13 (29 mars-4 avril) : 

  • 43% des tests Covid positifs étaient associés à un test de criblage donc à un variant (en baisse par rapport à la semaine précédente).
  • Parmi ces tests positifs criblés, 81.9% correspondaient à une suspicion de variant anglais (contre 79.9% en semaine 12).
  • 4.2% correspondaient à une suspicion de variant sud-africain ou brésilien (contre 4.4% en semaine 12).
  • La proportion de tests positifs criblés variait peu selon la classe d'âge : de 39.8% chez les 20-29 ans à 49.1% chez les 80-89 ans et plus.
  • La proportion de suspicions de variant anglais était comprise entre 74.6% chez les 90 ans et plus et 83.8% chez les 40-49 ans.
  • La proportion de suspicions de variant sud-africain ou brésilien allait de 3,8% chez les 10-19 ans à 5.1% chez les 90 ans et plus.
  • 6 départements avaient une proportion de suspicions de variant sud-africain ou brésilien supérieure à 10%. Cette proportion était toujours particulièrement élevée en Moselle ainsi qu'en Meurthe-et-Moselle, en Vendée et dans les Vosges.

Le premier cas associé au variant anglais en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection au variant VOC 202012/01. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien. 

Le premier cas associé au variant sud-africain en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre.  "Il s'agit d'un homme résidant dans le département du Haut-Rhin à proximité de la frontière avec la Suisse. Après un séjour en Afrique du Sud, à la suite de symptômes évocateurs de la Covid19 apparus quelques jours après son retour, il a réalisé un prélèvement RT-PCR en Suisse, qui s'est révélé positif" précise le communiqué. La personne s'est immédiatement isolée à son domicile dès l'apparition des symptômes et est guérie.

Les enfants sont-ils plus touchés ?

Selon une étude de l'Imperial College de Londres rapportée par la BBC, il semblait qu'au Royaume-Uni, les enfants soient davantage contaminés par la variante anglaise. Ce qui pouvait expliquer pourquoi le Premier ministre anglais avait décidé de ne pas rouvrir les écoles après les fêtes de fin d'année. En France, l'enquête Flash du 16 mars porté sur près de 3 000 prélèvements en France indique que le variant anglais représentait plus de 50% des prélèvements quelle que soit la classe d'âge, avec une présence plus marquée (près de 80%) chez les 0-9 ans. "La diffusion de ce variant semble devenir plus homogène au sein de la population" indique Santé Publique France le 1er avril. 

Proportion de suspicions de variant d'intérêt parmi les tests de criblage positifs 20I/501Y.V1 (UK), 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR), en fonction des classes d'âge, France (données au 7 avril 2021) (source : Santé Publique France)

   Tests criblés positifs  Variant anglais Variant sud-africain ou brésilien
0-9 ans 47.2 % 76.9% 3.9%
10-19 ans 43.4% 82.4% 3.8%
20-29 ans 39.8% 81.6% 4.5%

C'est quoi le variant Henri Mondor ?

Le variant "Henri Mondor" n'est pas nouveau du moins il est apparu avant mars 2021. Dans un Avis du 12 février 2021, le Conseil scientifique du Covid en France en parlait déjà : "Un nouveau variant du clade 19B a été identifié à Henri Mondor, baptisé HMN.19B, porteur de 8 mutations dans Spike, responsable d'un cluster de 4 personnes dans un hôpital, dont a priori 2 réinfections (personnel soignant et compagnon). L'acquisition récente de nouvelles substitutions sur la protéine Spike (y compris N501Y et L452R), qui sont présentes sur le variant HMN.19B isolé à Henri Mondor, améliore l'interaction de la protéine Spike avec le récepteur ACE-2, ce qui pourrait permettre une meilleure transmissibilité de ce variant et pourrait expliquer la réapparition de ce clade en France et en Europe." Les virus SARS CoV-2 du clade 19B ont été rarement détectés après la première vague en Europe et ont pratiquement disparu au dernier trimestre 2020, car ils ont été dépassés par les virus de clades 20A, 20B et 20C (qui portent la mutation D614G, cette mutation améliorant la transmissibilité virale). Aujourd'hui, "il circule activement en France" explique l'AP-HP. "Dans les quatre semaines qui ont suivi sa découverte, le nouveau variant Henri-Mondor a été trouvé chez 29 patients d'origine géographiques diverses (Ile-de-France, Sud-Est et Sud-Ouest de la France). Dans l'enquête Flash du 2 mars 2021, le variant représentait 1.8% des souches séquencées sur le territoire national."

Que sait-on du variant breton ?

Un variant de la Covid-19 a été détecté au centre hospitalier de Lannion, en Bretagne. Baptisé "VOI 20C/H655Y" (lignage B.1.616) , il a été classé comme variant à suivre le 14/03/2021. Au 7 avril, 25 cas confirmés d'infection ont été rapportés en France, dont 22 en Bretagne et 3 dans d'autres régions chez des personnes ayant un lien avec la zone de circulation du virus en Bretagne (actuellement constituée par plusieurs communautés d'agglomération autour de Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc, Paimpol). Les cas sont principalement survenus chez des patients âgés et ayant des comorbidités. Douze décès ont été rapportés, majoritairement chez des personnes âgées ou avec des comorbidités.

Que sait-on des variants anglais ?

Deux variants venus d'Angleterre sont présents en France. Un premier identifié en septembre 2020 et annoncé par l'Angleterre le 14 décembre. Ce variant appelé 20I/501Y.V1 est classé comme "préoccupant" tout comme sa version identifiée en janvier 2021 et baptisée VOC 202102/02. Le variant anglais 20I/501Y.V1 se transmet 36 à 75% de plus que la souche initiale du Sars-Cov-2 et augmente le risque d'hospitalisation (40-64%) et celui de décès (30-70%). Il n'a pas d'impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection ou post-vaccinal.

Que sait-on du variant sud-africain ?

Les autorités sud-africaines ont indiqué le 18 décembre 2020 qu'une nouvelle souche de Covid-19, plus contagieuse, circulait à grande échelle dans le pays. Les résultats des séquençages génétiques indiquent la présence de ce variant en Afrique du Sud depuis novembre. Aujourd'hui, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. La version mutée du virus Sars-CoV-2 repérée en Afrique du Sud est nommée "501.V2" du fait d'une mutation N501Y sur la protéine S du virus. Ce virus est différent du variant anglais. Des études préliminaires suggèrent que ce variant est associé à une transmissibilité plus élevée de 50% et un risque plus élevé d'échappement immunitaire et de réinfection. Certaines recherches indiquent un risque accru de décès à l'hôpital (20%).

Que sait-on du variant brésilien ?

Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l'OMS la détection d'un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Après étude du génome, l'Institut japonais de recherche sur les maladies infectieuses a indiqué qu'il présentait des similitudes avec les variants découverts au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Ce variant comporte deux mutations biologiquement importantes : la mutation E484K, retrouvée sur le variant anglais VOC 202012/01, et la mutation N501Y, retrouvée sur le variant sud-africain 501Y.V2. Plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante par rapport aux souches autres que variantes (40-120%). De plus, ce variant aurait la capacité d'échapper à la réponse immunitaire induite par un premier contact avec des souches d'origine, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection. L'impact de la vaccination sur ce variant est en cours d'étude.

Que sait-on du variant californien ?

Un nouveau variant de la Covid-19 aurait été pour la première fois détecté aux Etats-Unis, plus précisément en Californie du Sud, une fois en juillet 2020 puis fréquemment en octobre. Au 22 janvier 2021, le variant californien représentait 44% des cas positifs à la Covid-19 dans le sud de la Californie. Ce variant californien se serait répandu dans de nombreux états américains. Mais aussi en France. En Alsace, dans le Grand Est, plusieurs personnes auraient été contaminées par cette nouvelle souche de la Covid-19. Que sait-on de cette nouvelle variante ?

Carte des variants en France

Carte du variant anglais : dans quelles régions ?

Carte du variant sud-africain ou brésilien : dans quelles régions ?

Quels sont les symptômes ?

Pour l'heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais VUI-202012/01 sont exactement les mêmes que lors d'une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l'odorat, difficultés respiratoires, etc…). Pas de signes spécifiques non plus pour les deux autres variants.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

Le dépistage des variants de la Covid est recherché lors d'un test positif au coronavirus Sars-CoV-2. A compter du 22 février, la durée d'isolement des cas confirmés ou probables de SARS-CoV2 est harmonisée à 10 jours qu'il s'agisse du virus initial ou des variants. La fin de l'isolement des cas symptomatiques et asymptomatiques n'est pas conditionnée à la réalisation d'un test de sortie d'isolement, même pour les variants.

Que faire si on est cas contact ?

L'ensemble des cas contacts à risque identifiés autour des porteurs de variants sont contactés par l'Assurance maladie et doivent se faire tester comme tous cas contacts à risque d'une personne positive à la Covid-19. La durée de la quarantaine pour les contacts à risque reste à 7 jours après le dernier contact avec le cas confirmé ou probable qu'il s'agisse du virus ou des variantes. Ils doivent prévenir eux-mêmes (contact-warning) les personnes avec qui elles ont été en contact à risque (sans masque...). Ces personnes doivent : 

  • Renforcer l'application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d'autres personnes.
  • Télétravailler dès lors que cela est possible.
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant.
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au 1er symptôme.

Les contacts à risque des personnes porteuses d'une variante sud-africaine ou brésilienne doivent faire un test PCR dès l'identification de la souche chez le porteur qui les a peut-être contaminés.

  • En cas de résultat positif, le criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé.
  • En cas de test négatif, il faut respecter la période de quarantaine de 7 jours depuis le dernier contact à risque et réaliser un test RT-PCR au 7e jour, à l'issue de cette période.

Sont-ils dangereux ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève. Le 11 mars, Olivier Véran a confirmé que "les variants étaient plus contagieux et plus dangereux".  Une étude anglaise publiée, mercredi 10 mars, a indiqué que le variant anglais était 64 % plus mortel que le coronavirus classique. Pour 1 000 cas détectés, il provoque 4,1 morts, contre 2,5 pour le coronavirus classique, ont indiqué les auteurs dont les résultats ont été publiés dans la revue British Medical Journal (BMJ)" La probabilité que le risque de mortalité soit augmenté par l'infection par VOC-202012/01 est élevée. L'infection par VOC-202012/1 a le potentiel de provoquer une mortalité supplémentaire substantielle par rapport aux variantes précédemment en circulation.

Peuvent-ils remettre en cause l'efficacité des vaccins ?

Selon le Conseil scientifique du Covid en France "les vaccins à ARNm (comme Pfizer et Moderna) semblent être actifs de façon comparable contre le variant VOC (anglais)". Par contre, les variants sud-africain et brésilien semblent être plus résistants. Dans son point du 25 février, Santé Publique France confirme que le variant anglais "ne semble pas associé à une réduction de l'efficacité des vaccins Pfizer-BioNTech, Oxford/AstraZeneca, Moderna, Novavax et Bharatalors que les mutations du variant sud-africain "pourraient contribuer à un échappement à la réponse immunitaire développée suite à une infection antérieure ou à la vaccination".  Des études préliminaires de laboratoire suggèrent que l'effet de la vaccination est aussi potentiellement réduit pour le variant brésilien. Ce qui pose problème avec ces deux souches c'est leur mutation spécifique E484K.

Quelles sont les nouvelles conditions de voyage ?

La sortie du territoire métropolitain vers un pays de l'espace européen ne fait pas l'objet de restrictions (sauf entre la Moselle et l'Allemagne). Un test PCR négatif est par contre obligatoire pour rentrer en France pour les voyageurs arrivant par avion depuis un pays européen (sauf travailleurs transfrontaliers). Hors espace européen, les déplacements vers et depuis un pays extérieur à l'espace européen sont depuis le 31 janvier 2021 limités aux motifs impérieux. La liste complète de ces motifs et des conditions est disponible sur les nouvelles attestations de voyage téléchargeables sur le site du ministère de l'Intérieur.

 

DATES CLES

A la fin du mois de janvier 2020, l'OMS a été prévenue d'une mutation du virus Sars-CoV-2 appelée D614G, ayant une infectiosité et une transmissibilité accrues. "Sur une période de plusieurs mois, il a remplacé la souche initiale du SARS-CoV-2 identifiée en Chine et est devenu en juin 2020 le virus dominant en circulation dans le monde" explique l'OMS sur son site.

En août et septembre 2020, un variant du Sars-CoV-2 lié à l'infection de visons d'élevage et transmis ensuite à l'homme a été identifié au Danemark. "Ce variant, appelé "Cluster 5" par les autorités danoises, présentait une combinaison de mutations jamais observée auparavant" indique l'OMS. Au 31 décembre 2020, les autorités danoises avaient identifié 12 cas humains du variant et sa propagation semblait "limitée".

Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont notifié à l'OMS un variant qu'elles ont désigné sous le nom de "VOC 202012/01", désigné aujourd'hui comme le "variant anglais". 

Le 18 décembre, les autorités nationales sud-africaines ont annoncé avoir détecté un nouveau variant du Sars-CoV-2 qui se propage rapidement dans trois provinces du pays. Il s'agit du variant désigné aujourd'hui comme le "variant sud-africain". 

Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l'OMS la détection d'un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Celui que l'on appelle aujourd'hui "variant brésilien".

Le 15 mars 2021, la Direction générale de la Santé déclare l'identification d'un nouveau variant (dérivé du Clade 20C) dans le cadre d'un cluster au centre hospitalier de Lannion, dans les Côtes d'Armor. Le 13 mars, 79 cas ont été identifiés, dont 8 cas porteurs du variant, confirmés par séquençage.

Sources

Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

COVID-19 : point épidémiologique du 25 février 2021. Santé Publique France.

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

COVID-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France. 14 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.

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