Variant Covid : en France, liste, vaccin, quelle évolution ?

Le variant Delta est majoritaire en France. Il représente plus de 80% des séquençages contre 12% pour le variant Alpha (anglais). Santé Publique France a actualisé son analyse de risque. Définition, efficacité des vaccins, symptômes, circulation... Tout savoir sur les variants de la Covid et leur circulation dans l'Hexagone.

Variant Covid : en France, liste, vaccin, quelle évolution ?
© 123rf-dmitrydemidovich

[Mise à jour le lundi 2 août à 15h31] La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est répandue dans le monde en 2020 a muté plusieurs fois. Des variants classés VOC pour les plus contagieux (Alpha, Beta, Gamma et Delta), et VOI ou VUM pour les autres sont suivis de près par l'OMS. En France, le variant Delta est majoritaire (82% des tests séquences) alors que le variant Alpha ("anglais") ne représente plus que 12% des contaminations dans l'enquête Flash #15 du 13 juilletacé. Le variant Gamma semble circuler davantage depuis plusieurs semaines (2,5% lors de Flash #15, soit 19 détections, dont 14 dans la région Grand Est). En revanche, Beta semble régresser depuis le mois de juillet, avec une prévalence inférieure à 1% lors de Flash #15. Quelles différences entre ces variants du Covid ? Leur transmission ? L'efficacité des vaccins ? Que sait-on de leurs symptômes ? Infos à date.

C'est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais").

  • le variant "anglais" (B.1.1.7) est nommé Alpha
  • le variant "sud-africain" (B.1.351) est nommé Beta
  • le variant "brésilien" (P1) est nommé Gamma
  • le variant "indien" (B.1.617.2) est nommé Delta et le variant indien B.1.617.1 est nommé Kappa.

Liste complète des noms de tous les variants du Covid

VOC, VOI, VUM : comment sont classés les variants ?

Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : VOC, VOI et VUM.

• Variant préoccupant, ou VOC (" variant of concern " en anglais) : variant pour lequel il a été démontré en comparant avec un/plusieurs virus de référence : Une augmentation de la transmissibilité ou un impact défavorable sur l'épidémiologie du COVID-19, comme par exemple un échappement à l'immunité naturelle post-infection ; Une augmentation de la gravité ou un changement de présentation clinique ; Une diminution de l'efficacité des mesures de contrôle et de prévention mises en place (tests diagnostiques, vaccins, molécules thérapeutiques).

variant voc france
Classement des variants VOC par l'OMS au 1er juillet 2021 © OMS

• Variant à suivre, ou VOI (" variant under investigation " ou " variant of interest " en anglais) : variant caractérisé par un changement phénotypique par rapport à un virus de référence ou des mutations qui conduisent à des changements en acides aminés associés à des implications phénotypiques confirmées ou suspectées ET Responsable d'une transmission communautaire ou multiples cas confirmés ou clusters, ou a été détecté dans de multiples pays.

variant voi oms
Classement des variants VOI par l'OMS au 1er juillet 2021 © OMS

• Variant en cours d'évaluation, ou VUM (" variant under monitoring ") : absence d'éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d'un impact en santé publique en France ou à l'international, malgré la présence de mutations partagées avec un ou plusieurs variants préoccupant(s) / à suivre.

Les variants avec la mutation E484K continuent d'augmenter.

Quels sont les variants dominants en France ?

Le premier cas de variant du Covid - il s'agissait du variant Alpha (anglais)-  en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre National de Référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien.  Le premier cas associé au variant sud-africain en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre.

Classement des variants au 28 juillet 2021 (source : Santé Publique France, enquête Flash#15)

VOC VOI VUM
  • Alpha =12,3% des séquences)
  • Beta = 0.8% des séquences
  • Gamma = 2,5% des séquences
  • 20I/484K = 1% des séquences
  • Delta (Inde) =82,8% des séquences
  • Eta = non détecté
  • Kappa (Inde) = non détecté
  • 20B (B.1.1.318) = 0,5 des séquences
  • 20D = non détecté
  • 20I/484Q = non détecté
  • Lambda = non détecté
  • Iota = Aucun cas détecté depuis mai 2021
  • 20A (B.1.214.2)= non détecté
  • 20A (B.1.619) = non détecté
  • 20A (B.1.620) = non détecté
  • Epsilon = non détecté
  • Zeta = non détecté
  • 21H (B.1.621) = non détecté
  • 20I/452R (B.1.1.7 + L452R)= 0,1% des séquences

À ce jour, cinq variants ont été qualifiés de préoccupants en France en raison de leur transmissibilité augmentée et/ou d'un risque d'échappement à la réponse immunitaire.

Le variant Alpha

Deux variants venus d'Angleterre sont présents en France. Un premier identifié en septembre 2020 et annoncé par l'Angleterre le 14 décembre. Ce variant appelé 20I/501Y.V1 est classé comme "préoccupant" tout comme sa version identifiée en janvier 2021 et baptisée VOC 202102/02 porteuse de la mutation 484K. Il n'est plus prédominant en France depuis fin juin 2021.

Le variant Beta

Le variant Beta (20H/501Y.V2), identifié initialement en Afrique de Sud, est le variant majoritaire à La Réunion en juin 2021. Il circule à bas bruit sur le territoire métropolitain. 

Le variant Gamma

Le variant Gamma (20J/501Y.V3) identifié au Brésil en janvier 2021 est largement majoritaire en Guyane en juin 2021, où la situation épidémiologique reste préoccupante, avec une prévalence supérieure à 90% depuis plusieurs semaines. Sa progression en France se confirme. Les données préliminaires de Flash #15 montrent une prévalence de 2,5%, même si cela ne représentait que 19 détections au total. Ce variant comporte deux mutations biologiquement importantes : la mutation E484K, retrouvée sur le variant anglais VOC 202012/01, et la mutation N501Y. Plusieurs études montrent une transmissibilité plus importante par rapport aux souches autres que variantes (40-120%). De plus, ce variant aurait la capacité d'échapper à la réponse immunitaire induite par un premier contact avec des souches d'origine, et pourrait par conséquent accroître le risque de réinfection. L'impact de la vaccination sur ce variant est en cours d'étude.

Le variant Delta

Le variant Delta (21A/478K) lignage B.1.617 a été détecté pour la première fois en Inde à la fin de l'année 2020. Il est devenu le variant prédominant au Royaume-Uni, où il a été introduit en avril 2021. Il est désormais majoritaire en France. Il poursuit sa progression rapide en Europe et au niveau mondial, touchant plus d'une centaine de pays à la mi-juillet. Il est plus transmissible que les virus historiques (environ 2 fois plus) et que les VOC Alpha (environ 40 à 60% plus transmissible), Beta (environ 60%) et Gamma (environ 30%).

Quels sont les autres variants du Covid suivis en France ?

​​​​​​Carte des variants en France

Quelle évolution ?

évolution variant en france
Evolution des variants en France © Santé Publique France

Quels sont leurs dangers ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève. Concernant la variant Delta "la diffusion croissante est suivie avec la plus grande attention, compte tenu de sa transmissibilité accrue par rapport aux souches virales de référence et au VOC Alpha, d'une possible augmentation de la sévérité de l'infection et de données préliminaires en faveur d'une efficacité vaccinale légèrement diminuée, surtout lors d'un schéma vaccinal incomplet".

Données sur les variants du Covid - Santé Publique France - 28 juillet 2021
Nom Impact en santé publique
Variant Alpha anglais 20l/501.Y.V1 (B.1.1.7)

Augmentation de la transmission de 29%

Taux d'attaque secondaire : +11%

Augmentation probable du risque d'hospitalisation : +40-64%

Augmentation probable du risque de décès : +30-70%

Pas d'impact sur l'échappement immunitaire post-infection ou post-vaccinal.

Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée et d'une détection prolongée dans les voies respiratoires supérieures

Variant Beta sud-africain 20H/501.V2 (B.1.351)

Augmentation de la transmission de 25%

Augmentation probable de la mortalité hospitalière : +20%

Impact significatif sur l'échappement immunitaire post-infection et post-vaccinal

• Eléments préliminaires en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence

Variant Gamma brésilien 20J/501Y.V3 (P.1)

Augmentation de la transmission de 38%

Augmentation possible du risque d'hospitalisation

Peu de données en vie réelle disponibles sur l'impact sur l'échappement post-vaccinal. Les données expérimentales en faveur d'une baisse limitée de la neutralisation par les sérums de convalescents et post-vaccinaux.

Variant Delta indien 20A/484Q (B.1.617)

Augmentation de la transmission de 97% vs le virus de référence

55% plus transmissible que le variant Alpha.

Données en faveur d'un impact sur l'échappement immunitaire post-vaccinal supérieur à celui de Alpha, surtout en cas de vaccination incomplète (1 seule des 2 doses)

Augmentation du risque d'hospitalisation ; augmentation possible du risque de forme sévère et de décès

Eléments en faveur d'une charge virale plus élevée par rapport au virus de référence et à Alpha

Diminution possible de l'intervalle intergénérationnel

Données préliminaires in vitro et en vie réelle sur un risque accru de réinfection par rapport à Alpha et au virus de référence

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé publique France indique les risques de transmissibilité des variants Covid préoccupants par rapport à la souche initiale. 

  Variant Alpha  Variant Beta  Variant brésilien Gamma  Variant Delta
Augmentation de la transmissibilité par rapport à la souche initiale +29% +25% +38% +97% 

Quels sont les symptômes ?

Pour l'heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais Alpha sont exactement les mêmes que lors d'une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l'odorat, difficultés respiratoires, etc…). Pas de signes spécifiques non plus pour les deux autres variants brésilien et sud-africain. Des symptômes typiques d'un gros rhume sont rapportés avec le variant Delta.

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

Une nouvelle stratégie nationale de criblage systématique par RT-PCR des tests positifs pour le SARS-CoV-2 a été mise en place le 31 mai 2021. Jusqu'à cette date, les kits de criblage utilisés ciblaient la mutation N501Y commune aux quatre VOC Alpha (20I/501Y.V1), Beta (20H/501Y.V2), Gamma (20J/501Y.V3) et 20I/484K, et une ou plusieurs autres mutations permettant de distinguer le VOC Alpha des VOC Beta et Gamma. Avec l'introduction et la diffusion progressive d'un nombre plus important de variants porteurs d'autres mutations d'intérêt, notamment ceux porteurs de la mutation E484K et du VOC Delta (21A/4778K) qui est porteur de la mutation L452R, cette stratégie ne permettait plus un suivi précis de l'évolution des variants d'intérêt en France. Désormais, les kits de criblage utilisés ciblent systématiquement les trois mutations d'intérêt E484K, E484Q et L452R, permettant un suivi réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d'intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés, de façon complémentaire à la stratégie nationale de surveillance génomique.

Part des mutations E484K, E484Q et L452R parmi l’ensemble des tests criblés pour chacune de ces mutations et part des tests criblés pour au moins une de ces trois mutations parmi l’ensemble des tests positifs pour le SARS-CoV-2 © Santé Publique France

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Santé Publique France indique le 28 juillet qu'en cas de schéma vaccinal complet, l'efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca contre le variant Delta demeure élevée contre les formes symptomatiques, même si elle semble moindre que pour le VOC Alpha, et très élevée contre les formes graves de COVID-19. Toutefois l'efficacité de ces vaccins est limitée après une seule dose.

Quelles sont les nouvelles conditions de voyage ?

Tous les déplacements depuis l'étranger vers la France et de France vers l'étranger, même lorsqu'ils sont autorisés, restent strictement encadrés jusqu'à nouvel ordre selon des modalités spécifiques en fonction du pays de provenance ou de destination. Dans le cadre de la stratégie de réouverture des frontières françaises à compter du 9 juin 2021, une classification des pays et des modalités spécifiques d'encadrement des déplacements vers la France sont définies en fonction de la situation sanitaire et de la vaccination des voyageurs. Il est fortement recommandé de ne pas voyager vers les pays/territoires de catégorie 2 classés " rouges " pour des raisons sanitaires. Pour tous les autres pays/territoires, notamment ceux de catégorie 3 classés " orange " pour des raisons sanitaires, il convient de consulter les Conseils aux voyageurs pour la destination, afin de s'assurer des conditions d'entrée et de séjour en vigueur dans ce pays.

DATES CLES

A la fin du mois de janvier 2020, l'OMS a été prévenue d'une mutation du virus Sars-CoV-2 appelée D614G, ayant une infectiosité et une transmissibilité accrues. "Sur une période de plusieurs mois, il a remplacé la souche initiale du SARS-CoV-2 identifiée en Chine et est devenu en juin 2020 le virus dominant en circulation dans le monde" explique l'OMS sur son site.

En août et septembre 2020, un variant du Sars-CoV-2 lié à l'infection de visons d'élevage et transmis ensuite à l'homme a été identifié au Danemark. "Ce variant, appelé "Cluster 5" par les autorités danoises, présentait une combinaison de mutations jamais observée auparavant" indique l'OMS. Au 31 décembre 2020, les autorités danoises avaient identifié 12 cas humains du variant et sa propagation semblait "limitée".

Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont notifié à l'OMS un variant qu'elles ont désigné sous le nom de "VOC 202012/01", désigné aujourd'hui comme le "variant anglais". 

Le 18 décembre, les autorités nationales sud-africaines ont annoncé avoir détecté un nouveau variant du Sars-CoV-2 qui se propage rapidement dans trois provinces du pays. Il s'agit du variant désigné aujourd'hui comme le "variant sud-africain". 

Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l'OMS la détection d'un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Celui que l'on appelle aujourd'hui "variant brésilien".

Le 15 mars 2021, la Direction générale de la Santé déclare l'identification d'un nouveau variant (dérivé du Clade 20C) dans le cadre d'un cluster au centre hospitalier de Lannion, dans les Côtes d'Armor. Le 13 mars, 79 cas ont été identifiés, dont 8 cas porteurs du variant, confirmés par séquençage.

Le 29 avril, le ministère de la Santé confirme les premiers cas de variant indien en France.

Mi-juillet, le variant Delta est majoritaire en France remplaçant le variant Alpha.

Sources

Sources principales d'information: OMS, Weekly epidemiological update 25/05/2021 et 01/06/2021 ; US CDC ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France Mise à jour du 19/05/2021

Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SARS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

Variants du SARS-CoV-2. Bulletin d'information sur les flambées épidémiques. 31 décembre 2020. OMS

COVID-19 : point épidémiologique du 25 février 2021. Santé Publique France.

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

COVID-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France. 14 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.