Variant Covid : en France, carte, symptômes, c'est quoi ?

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"Variant Covid : en France, carte, symptômes, c'est quoi ?"

La hausse des contaminations de Covid en France est due à la diffusion du variant anglais (49% des tests positifs). Les variants anglais, sud-africain et brésilien sont présents dans toutes les régions métropolitaines, avec de fortes disparités départementales. Les plus fortes proportions de variants sont retrouvées chez les 0-19 ans. Infos.

[Mise à jour le vendredi 26 février à 16h00] L'arrivée de variants du coronavirus Sars-Cov-2 en France change la donne de l'épidémie, comme l'avaient prédit plusieurs scientifiques. Selon le ministre de la Santé Olivier Véran, la diffusion du variant "augmente d'environ 40% par semaine" en France et "a pris une telle place qu'il induit une hausse des contaminations". "Nous arrivons à faire reculer le Covid-19 tel que nous le connaissions dans notre pays mais du fait de sa plus grande contagiosité quand le virus est un variant, nous n'arrivons pas à faire reculer cette diffusion"  a-t-il expliqué lors de la conférence de presse du 25 février. Cette augmentation de circulation du virus sous forme de variant "a un impact hospitalier" a informé le ministre. La diffusion du variant concerne désormais tout le territoire français mais certains régions sont plus touchées que d'autres. Au global "plus d'un cas sur deux de nouvelles contaminations est lié au variant anglais, et 5 à 10% au variant brésilien ou sud-africain". Depuis le 7 février, les laboratoires recherchent systématiquement les variants anglais, brésilien et sud-africain en cas de test Covid positif en France. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Que sait-on de ces mutations du virus responsable de la Covid-19 ? Sont-ils plus dangereux ? Plus transmissibles chez les enfants ? Peuvent-ils remettre en cause l'efficacité des vaccins ? Comment se protéger ? Point sur les connaissances à date.

variant covid france
Evolution des contaminations du Covid-19 en France selon la part des variants, présentée par Olivier Véran lors de la conférence de presse du 25 février. © Gouvernement.fr

Combien de cas dans le monde et en Europe ?

Dans le monde, au 23 février 2021, le variant anglais a été rapporté dans 101 pays par l'OMS, soit 7 de plus que la semaine précédente. Une transmission communautaire (sans lien avec un voyage) a été rapportée dans au moins 45 pays et ce, dans toutes les régions. Plusieurs études suggèrent que ce variant n'aurait pas d'impact significatif sur l'efficacité des vaccins Moderna, Pfizer-BioNTech et Oxford-AstraZeneca. Le variant sud-africain a été rapporté dans 51 pays, soit 5 pays de plus que la semaine précédente. Le variant brésilien a été rapporté dans 28 nouveaux pays, soit 8 de plus.

Combien de cas en France ?

La proportion des variants augmente en France. Sur la semaine 7 (15-21 février), 50,8% des tests Covid positifs étaient associés à un variant. Parmi eux, 49% étaient positifs au variant anglais, et 6% aux variants sud-africain ou brésilien, rapporte Santé Publique France le 25 février. Pour la semaine 7 : 

  • La plus forte proportion variant anglais était observée chez les 0-9 ans (57,3%) et les 10-19 ans (52,7%). Cette proportion diminuait ensuite à mesure qu'augmentait l'âge pour atteindre 31,3% chez les 90 ans et plus.
  • La proportion de variant sud-africain ou brésilien était plus élevée chez les 10-19 ans (6,5%) et les 20-29 ans (6,4%). Elle était plus faible chez les personnes âgées de 70 ans et plus (entre 4,2% et 4,1%).
  • Ces variants ont été détectés dans toutes les régions métropolitaines, avec des disparités départementales. Parmi les 95 départements métropolitains présentant des données interprétables, 70 affichaient une proportion supérieure à 30% de suspicions de variant anglais, dont 33 avec une proportion supérieure à 50%. Cette proportion était comprise entre 10% et 30% pour les 25 départements restants.
  • 11 départements comptaient une proportion supérieure à 10% de suspicions de variant sud-africain ou brésilien. Cette proportion était particulièrement élevée en Moselle (53,7%), Meurthe-et-Moselle (26,7%) et dans la Meuse (21,6%)

Le premier cas associé au variant anglais en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre, à Tours. Il s'agissait d'un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Arrivé de Londres le 19 décembre, il a été pris en charge au CHU le 21 et détecté positif. Le résultat du test faisant évoquer le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l'infection au variant VOC 202012/01. La personne, asymptomatique pour la Covid19, a été isolée à son domicile et se porte bien. 

Le premier cas associé au variant sud-africain en France a été confirmé dans un communiqué du 31 décembre.  "Il s'agit d'un homme résidant dans le département du Haut-Rhin à proximité de la frontière avec la Suisse. Après un séjour en Afrique du Sud, à la suite de symptômes évocateurs de la Covid19 apparus quelques jours après son retour, il a réalisé un prélèvement RT-PCR en Suisse, qui s'est révélé positif" précise le communiqué. La personne s'est immédiatement isolée à son domicile dès l'apparition des symptômes et est guérie.

Carte des variants en France

carte variant anglais
Proportion de suspicions de variant d’intérêt 20I/501Y.V1 (UK) parmi les tests de criblage positifs et évolution du taux d’incidence du SARS-CoV-2, par département, France (données au 24 février 2021) © Santé Publique France
variant sud-africain brésilien carte france covid
Proportion de suspicions de variant d’intérêt 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) parmi les tests de criblage positifs et évolution du taux d’incidence du SARS-CoV-2, par département, France (données au 24 février 2021) © Santé Publique France

Comment savoir si on est contaminé par un variant ?

Le dépistage des variants de la Covid est recherché lors d'un test positif au coronavirus Sars-CoV-2. A compter du 22 février, la durée d'isolement des cas confirmés ou probables de SARS-CoV2 est harmonisée à 10 jours qu'il s'agisse du virus initial ou des variants. La fin de l'isolement des cas symptomatiques et asymptomatiques n'est pas conditionnée à la réalisation d'un test de sortie d'isolement, même pour les variants.

Que faire si on est cas contact ?

L'ensemble des cas contacts à risque identifiés autour des porteurs de variants sont contactés par l'Assurance maladie et doivent se faire tester comme tous cas contacts à risque d'une personne positive à la Covid-19. La durée de la quarantaine pour les contacts à risque reste à 7 jours après le dernier contact avec le cas confirmé ou probable qu'il s'agisse du virus ou des variantes. Ils doivent prévenir eux-mêmes (contact-warning) les personnes avec qui elles ont été en contact à risque (sans masque...). Ces personnes doivent : 

  • Renforcer l'application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d'autres personnes.
  • Télétravailler dès lors que cela est possible.
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant.
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au 1er symptôme.

Les contacts à risque des personnes porteuses d'une variante sud-africaine ou brésilienne doivent faire un test PCR dès l'identification de la souche chez le porteur qui les a peut-être contaminés.

  • En cas de résultat positif, le criblage par une RT-PCR de seconde intention est réalisé.
  • En cas de test négatif, il faut respecter la période de quarantaine de 7 jours depuis le dernier contact à risque et réaliser un test RT-PCR au 7e jour, à l'issue de cette période.

Les enfants sont-ils plus touchés ?

Selon une étude de l'Imperial College de Londres rapportée par la BBC, il semblait qu'au Royaume-Uni, les enfants soient davantage contaminés par la variante anglaise. Ce qui pouvait expliquer pourquoi le Premier ministre anglais avait décidé de ne pas rouvrir les écoles après les fêtes de fin d'année. En France, les données de Santé Publique France tendent à montrer que les variants contaminent plus les jeunes. En semaine 7 (15-21 février) : 

  • La plus forte proportion variant anglais était observée chez les 0-9 ans (57,3%) et les 10-19 ans (52,7%). Cette proportion diminuait ensuite à mesure qu'augmentait l'âge pour atteindre 31,3% chez les 90 ans et plus.
  • La proportion de variant sud-africain ou brésilien était plus élevée chez les 10-19 ans (6,5%) et les 20-29 ans (6,4%). Elle était plus faible chez les personnes âgées de 70 ans et plus (entre 4,2% et 4,1%).

Que sait-on du variant venu d'Angleterre ?

L'Angleterre a annoncé le 14 décembre qu'une version mutée du virus Sars-CoV-2 était présente sur son territoire et qu'elle serait responsable de l'accélération de l'épidémie Covid-19 dans le sud-est du pays. Cette nouvelle souche plus contagieuse a rapidement inquiété les autorités. Elle  a été nommée dans un premier temps "VUI-202012/01" (V pour "Variant / U pour "Under" / I pour "Investigation") pour "première variante investiguée en décembre 2020" et "202012/01" pour "décembre 2020". et "01" pour "premier". Il a été rebaptisé Variant of Concern (VOC) 202012/01. Ce VOC fait partie du lignage B.1.1.7. 

 

Que sait-on du variant sud-africain ?

Les autorités sud-africaines ont indiqué le 18 décembre 2020 qu'une nouvelle souche de Covid-19, plus contagieuse, circulait à grande échelle dans le pays. Les résultats des séquençages génétiques indiquent la présence de ce variant en Afrique du Sud depuis novembre. Aujourd'hui, ce variant est responsable de la majorité des cas dans le pays. La version mutée du virus Sars-CoV-2 repérée en Afrique du Sud est nommée "501.V2" du fait d'une mutation N501Y sur la protéine S du virus. Ce virus est différent du variant anglais.

Que sait-on du variant brésilien ?

Le 9 janvier 2021, le ministère de la Santé japonais notifiait à l'OMS la détection d'un nouveau variant, différent de ceux repérés au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, chez 4 voyageurs en provenance du Brésil : le variant avec lignage B.1.1.2.8. Après étude du génome, l'Institut japonais de recherche sur les maladies infectieuses a indiqué qu'il présentait des similitudes avec les variants découverts au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Ce variant comporte deux mutations biologiquement importantes : la mutation E484K, retrouvée sur le variant anglais VOC 202012/01, et la mutation N501Y, retrouvée sur le variant sud-africain 501Y.V2. Le 12 janvier 2021, une étude en prépublication réalisée par une équipe anglaise et brésilienne a décrit l'émergence de ce variant au mois de décembre dans la région de Manaus, où il était présent dans 42% des PCR positives (13 échantillons sur 31). Une seconde étude disponible en prépublication le 26 décembre 2020 indique que ce variant aurait émergé fin juillet 2020 et a été détecté pour la première fois à Rio de Janeiro fin octobre 2020.

Que sait-on du variant californien ?

Un nouveau variant de la Covid-19 aurait été pour la première fois détecté aux Etats-Unis, plus précisément en Californie du Sud, une fois en juillet 2020 puis fréquemment en octobre. Au 22 janvier 2021, le variant californien représentait 44% des cas positifs à la Covid-19 dans le sud de la Californie. Ce variant californien se serait répandu dans de nombreux états américains. Mais aussi en France. En Alsace, dans le Grand Est, plusieurs personnes auraient été contaminées par cette nouvelle souche de la Covid-19. Que sait-on de cette nouvelle variante ?

Sont-ils dangereux ?

La mutation d'un virus ne signifie pas forcément qu'il soit plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux donc faire plus de malades sans être plus graves pour les personnes contaminées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est forte et plus la mortalité s'élève. Concernant la souche anglaise, Santé Publique France confirme dans son point hebdomadaire du 25 février que "ce variant est associé à une transmissibilité plus accrue (de 36 à 75%) et possiblement à une forme plus sévère de la maladie et une mortalité plus élevée". Il semble par contre répondre aux vaccins Pfizer-BioNTech, Oxford/AstraZeneca ou Moderna. Alors que le variant sud-africain qui semble "associé à un risque plus élevé de réinfection" note Santé Publique France, "pourrait contribuer à un échappement à la réponse immunitaire développée suite à une infection antérieure ou à la vaccination". Concernant le variant brésilien, l'impact de la vaccination est en cours d'étude. "Des études préliminaires de laboratoire suggèrent que l'effet de la vaccination est potentiellement réduit pour ce variant. De plus, il a été observé au Brésil qu'un petit nombre de personnes ayant déjà été infectées par une souche de SARS-CoV-2 autre que variante ont été réinfectées par le variant" indique Santé Publique France.

Quels sont les symptômes ?

Pour l'heure, selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives au variant anglais VUI-202012/01 sont exactement les mêmes que lors d'une infection par le Sars-CoV-2 (fièvre, toux, perte du gout et de l'odorat, difficultés respiratoires, etc…).

Peuvent-ils remettre en cause l'efficacité des vaccins ?

Selon le Conseil scientifique du Covid en France "les vaccins à ARNm (comme Pfizer et Moderna) semblent être actifs de façon comparable contre le variant VOC (anglais)". Par contre, les variants sud-africain et brésilien semblent être plus résistants. Dans son point du 25 février, Santé Publique France confirme que le variant anglais "ne semble pas associé à une réduction de l'efficacité des vaccins Pfizer-BioNTech, Oxford/AstraZeneca ou Moderna" alors que les mutations du variant sud-africain "pourraient contribuer à un échappement à la réponse immunitaire développée suite à une infection antérieure ou à la vaccination".  Des études préliminaires de laboratoire suggèrent que l'effet de la vaccination est aussi potentiellement réduit pour le variant brésilien. Ce qui pose problème avec ces deux souches c'est leur mutation spécifique E484K.

Quelles sont les nouvelles conditions de voyage ?

La sortie du territoire métropolitain vers un pays de l'espace européen ne fait pas l'objet de restrictions. Un test PCR négatif est par contre obligatoire pour rentrer en France pour les voyageurs arrivant par avion depuis un pays européen (sauf travailleurs transfrontaliers). Hors espace européen, les déplacements vers et depuis un pays extérieur à l'espace européen sont depuis le 31 janvier 2021 limités aux motifs impérieux. La liste complète de ces motifs et des conditions est disponible sur les nouvelles attestations téléchargeables sur le site du ministère de l'Intérieur.

Sources

COVID-19 : point épidémiologique du 25 février 2021. Santé Publique France.

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique sur les variantes d'intérêt 20H/501Y.V2 ET 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil scientifique Covid-19 "Entre vaccins et variants : une course contre la montre". 12 janvier 2021.

COVID-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France. 14 janvier 2021.

Report 42 - Transmission of SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: insights from linking epidemiological and genetic data. Imperial College London. 31 décembre 2020.

The 2nd Covid-19 wave in South Africa:Transmissibility & a 501.V2 variant Ministerial Briefing, 18 décembre 2020.

Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID19 Virus. Cell. 20 août 2020.

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