Dépistage des variants Covid : comment ça se passe ?

Alors que les variants anglais, sud-africain et brésilien se propagent en France, le Ministère de la santé et des Solidarités a publié de nouvelles recommandations concernant leur dépistage. Dans quels cas les variants sont-ils recherchés ? Qu'est-ce qu'une PCR de criblage ? Que faire si on est positif à un variant ? Eclairages.

Dépistage des variants Covid : comment ça se passe ?
© Marian Vejcik

Les variants du coronavirus SARS-CoV-2 classique circulent en France. "En quelques semaines, la part des malades atteints par ces nouvelles formes du virus est passée d'environ 3,3% le 8 janvier 2021 à 14% aujourd'hui", a informé le Premier Ministre, Jean Castex, lors de sa conférence de presse du 4 février. Le variant anglais (20I/501Y.V1), le variant sud-africain (20H/501Y.V2) et le variant brésilien (20J/501Y.V3) sont ceux qui attirent le plus l'attention des autorités sanitaires. "Ces variants sont beaucoup plus contagieux que le virus classique. Ils se propagent donc plus vite, touchent davantage de personnes (...) Ces variants ne constituent pas une menace potentielle, mais bien réelle" a averti le Premier ministre. Le variant anglais est celui qui est le plus répandu dans l'Hexagone et il "deviendra majoritaire autour du 1er mars"  en France selon le Professeur Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique interrogé dans le Journal du Dimanche le 7 février 2021. Les deux autres variants sont moins présents mais plus à risque de ne pas répondre à la protection vaccinale. Afin de lutter contre la propagation de ces variants, le Ministère de la santé et des Solidarités a publié le 7 février de nouvelles recommandations de dépistage.

Dans quels cas sont-ils dépistés ? 

Les variants sont dépistés à chaque fois qu'un test PCR ou antigénique est positif au SARS-CoV-2, à partir du 7 février, pour renforcer le contact-tracing et l'isolement. "Tout test, TAG (test antigénique, nldr) ou PCR, donnant lieu à un résultat positif doit désormais obligatoirement faire l'objet d'une RT-PCR de criblage en seconde intention, réalisée dans un délai de 36h maximum, afin de déterminer s'il s'agit d'une contamination par une variante d'intérêt" a informé le Ministère de la Santé dans un communiqué publié à cette date.

Comment se déroule le dépistage des variants ?

Une fois qu'un test PCR ou antigénique est positif, le prélèvement est envoyé à un second le laboratoire qui effectue test PCR dit "de criblage" afin de savoir si la personne est infectée par la souche classique du virus ou par une mutation du virus, c'est-à-dire par un des variants : britannique, sud-africain ou brésilien. 

→ Si le premier test réalisé est une PCR, il sera automatiquement envoyé pour criblage à l'une des plateformes nationales adaptées.

→ Si le premier test réalisé est antigénique, le patient sera prélevé une deuxième fois pour la PCR de criblage. Lorsque ce second prélèvement peut être réalisé en même temps que celui destiné au test antigénique, il doit être privilégié. Dans le cas contraire, le patient doit être adressé à un laboratoire de biologie médicale pour le réaliser ou bénéficier d'un prélèvement réalisé à domicile par un professionnel de santé.

PCR de criblage : qu'est-ce que c'est ?

"Pour détecter un maximum de porteurs d'une variante, une PCR de criblage doit donc être obligatoirement réalisée pour l'ensemble des patients testés positifs, qu'ils aient été dépistés par un test RT-PCR ou par un test antigénique" informe le Ministère de la Santé dans son communiqué. Ce test PCR de criblage doit être réalisé moins de 36 heures après l'obtention du résultat positif. Pour détecter la présence d'un variant, les laboratoires doivent utiliser des kits RT-PCR spécifiques. Ces derniers ont "deux cibles dont au moins la mutation N501Y, commune aux 3 variantes d'intérêt actuellement circulantes, et permettant de distinguer la variante 20I/501Y.V1 (anglaise) d'une part et les variantes 20H/501Y.V2 (sud-africaine) et 20J/501Y.V3 (brésilienne) d'autre part" précise le document à destination des professionnels de santé de la Direction générale de la Santé (DGS). 

PCR de criblage et séquençage, quelles différences ? 

Si le test PCR de criblage permet de dépister le plus de personnes infectées par un variant du Covid-19 pour les isoler et ralentir la progression des variants, le séquençage "a pour objectif de réaliser une surveillance génomique des virus circulants sur le territoire national. Cette surveillance consiste à la fois à évaluer la diffusion et la répartition spatiale des variantes d'intérêt, mais aussi à identifier l'éventuelle émergence d'autres variantes" explique le Ministère de la Santé. Autre différence : le séquençage concerne un échantillon représentatif de prélèvements en population générale et au sein de populations d'intérêts particuliers (retour de voyage, immunodéprimés…), alors que le test PCR de criblage est réalisé sur tous les patients testés positif à la Covid-19 (via un test PCR ou antigénique). 

Test positif à un variant : que faire ?

Pour lutter contre la propagation des variants du SARS-CoV-2, le Ministère de la Santé a dévoilé de nouvelles recommandations. 

  • Les personnes dont la situation personnelle laisse présager un fort risque de propagation (personnes vivant en famille, notamment avec des proches à risque, etc.) se voient systématiquement proposer une offre spécifique d'hébergement via les cellules territoriales d'appui à l'isolement.
  • Pour les personnes contaminées par une variante qui décident de s'isoler à leur domicile, une visite infirmière est programmée par défaut.
  • La durée d'isolement est allongée à 10 jours pour les porteurs d'une variante d'intérêt 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien).
  • Au 10ème jour, l'isolement est levé en l'absence de fièvre depuis plus de 48h (pour les patients zéro symptomatiques) et après l'obtention d'un résultat de test négatif. 
  • Si le test revient positif, l'isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.
  • Les biologistes peuvent également indiquer aux patients qu'ils peuvent s'inscrire sur #TousAntiCovid afin d'indiquer leur contamination éventuelle et de prévenir les personnes ayant fait l'objet d'une exposition à risque.

Que faire si on est cas-contact ?

Le Ministère de la Santé a également fait part de ses recommandation aux personnes cas-contact d'une personnes positive à un des variants : 

  • Les personnes contact à risque d'un porteur d'une variante d'intérêt 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien) se verront proposer un test RT-PCR à J0 afin de démarrer des opérations de contact-tracing complémentaires sans délai. 
  • Un test RT-PCR à J+7 doit être réalisé par les personnes contacts.
  • Il est demandé au cas-contact de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition.

Si vous êtes cas contact de cas-contact d'une personne positive à un des variants, les recommandations suivantes sont proposées :

  • Renforcer l'application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d'autres personnes
  • Télétravailler dès lors que cela est possible
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au premier symptôme.

Sources : 

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-CoV-2 ; renforcement spécifique sur les variantes d'interet20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3, DGS-URGENT N°2021_12, Direction Générale de la Santé, 7 février 2021

Stratégie nationale de lutte contre l'émergence des variantes d'intérêt du SARS-CoV-2, Ministère de la Santé, 7 février 2021

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