Dépistage des variants Covid : comment ça se passe ?

Les variants Alpha (Anglais), Beta (Sud-Africain) et Gamma (Brésilien) continuent de se propager en France mais leur dépistage évolue pour ne cibler que la recherche des mutations à risque d'échappement vaccinal. Dans quels cas les variants sont-ils recherchés ? Qu'est-ce qu'une PCR de criblage ? Que faire si on est positif à un variant ? Eclairages.

Dépistage des variants Covid : comment ça se passe ?
© diy13

(Mise à jour le vendredi 11 juin 2021 à 18h10) Au regard de la diversité croissante des variants émergents du SARS-CoV-2, la stratégie de criblage se doit d'évoluer. Ainsi, la stratégie de criblage en place des tests positifs à la recherche des trois variants préoccupants VOC 20I/501Y.V1 (Alpha) et VOC 20H/501Y.V2 (Beta) et 20J/501Y.V3 (Gamma) est progressivement abandonnée au profit d'une nouvelle stratégie de criblage à la recherche de mutations d'intérêt E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou leur possible échappement à la réponse immunitaire (E484K, E484Q et L452R), informe Santé Publique France le 10 juin. Cette évolution permet un suivi plus réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d'intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés. Le variant anglais, dit "Alpha" reste toujours majoritaire : 74,6% des tests positifs criblés du 31 mai au 6 juin. La proportion de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (Beta, ayant émergé en Afrique du Sud) ou 20J/501Y.V3 (Gamma, ayant émergé au Brésil) était de 6,3% au niveau national avec des hétérogénéités départementales. 

Comment se déroule le dépistage des variants ?

Santé Publique France a indiqué dans un communiqué du 10 juin que les techniques de criblages des variants devaient changer au regard de la diversité croissante des variants émergents du SARS-CoV-2. Ainsi, ce ne sont plus les variants qui sont cherchés, mais des mutations d'intérêt (E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou leur possible échappement à la réponse immunitaire (E484K, E484Q et L452R): "Elles sont surveillées à l'aide de nouvelles techniques de criblage développées pour les identifier et dont les résultats sont intégrés selon une nouvelle nomenclature spécifique pour chacune des trois mutations retenues. Cette nouvelle nomenclature permettra de suivre l'évolution de la proportion des infections dues à un virus porteur de ces mutations dans le temps et à l'échelle du territoire." 

PCR de criblage : qu'est-ce que c'est ?

"Pour détecter un maximum de porteurs d'une variante, une PCR de criblage doit donc être obligatoirement réalisée pour l'ensemble des patients testés positifs, qu'ils aient été dépistés par un test RT-PCR ou par un test antigénique" informe le Ministère de la Santé dans son communiqué. Ce test PCR de criblage doit être réalisé moins de 36 heures après l'obtention du résultat positif. Pour détecter la présence d'un variant, les laboratoires doivent utiliser des kits RT-PCR spécifiques. L'idée est désormais de suivre non plus les variants, mais les mutations d'intérêt qui sont retrouvées dans un nombre important de variants, indique Santé Publique France le 10 juin. 

PCR de criblage et séquençage, quelles différences ? 

Si le test PCR de criblage permet de dépister le plus de personnes infectées par un variant du Covid-19 pour les isoler et ralentir la progression des variants, le séquençage "a pour objectif de réaliser une surveillance génomique des virus circulants sur le territoire national. Cette surveillance consiste à la fois à évaluer la diffusion et la répartition spatiale des variantes d'intérêt, mais aussi à identifier l'éventuelle émergence d'autres variantes" explique le Ministère de la Santé. Autre différence : le séquençage concerne un échantillon représentatif de prélèvements en population générale et au sein de populations d'intérêts particuliers (retour de voyage, immunodéprimés…), alors que le test PCR de criblage est réalisé sur tous les patients testés positif à la Covid-19 (via un test PCR ou antigénique). 

Test positif à un variant : que faire ?

Lors qu'un test Covid est positif, il faut rester isolé, qu'il y ait ou non un variant ou une mutation en cause.

  • La durée d'isolement est allongée à 10 jours depuis le 22 février pour les personnes positives à la Covid-19 contaminées par un variant ou pas. 
  • Au 10ème jour, l'isolement est levé en l'absence de fièvre depuis plus de 48h (pour les patients zéro symptomatiques) et après l'obtention d'un résultat de test négatif. Les autorités conseillent quand même de limiter "le plus possible les contacts" pendant 7 jours supplémentaires, expliquait le ministre de la Santé, Olivier Véran, lors de la conférence de presse du jeudi 4 février.
  • Si le test revient positif, l'isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.
  • Pour les personnes contaminées par une variante qui décident de s'isoler à leur domicile, une visite infirmière est programmée par défaut.
  • Les biologistes peuvent également indiquer aux patients qu'ils peuvent s'inscrire sur #TousAntiCovid afin d'indiquer leur contamination éventuelle et de prévenir les personnes ayant fait l'objet d'une exposition à risque.

Que faire si on est cas-contact ?

Le Ministère de la Santé a également fait part de ses recommandations aux personnes cas-contact d'une personnes positive à un des variants : 

  • Les personnes contact à risque d'un porteur d'une variante d'intérêt 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien) se verront proposer un test RT-PCR à J0 afin de démarrer des opérations de contact-tracing complémentaires sans délai. 
  • Un test RT-PCR à J+7 doit être réalisé par les personnes contacts.
  • Il est demandé au cas-contact de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition.

Si vous êtes cas contact de cas-contact d'une personne positive à un des variants, les recommandations suivantes sont proposées :

  • Renforcer l'application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d'autres personnes
  • Télétravailler dès lors que cela est possible
  • Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant
  • Réaliser un test diagnostic sans délai au premier symptôme.

Sources : 

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-CoV-2 ; renforcement spécifique sur les variantes d'interet20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3, DGS-URGENT N°2021_12, Direction Générale de la Santé, 7 février 2021

Stratégie nationale de lutte contre l'émergence des variantes d'intérêt du SARS-CoV-2, Ministère de la Santé, 7 février 2021