Variants Covid : nouveaux, majoritaires en France, en 2024

La souche initiale du Sars-CoV-2 apparue fin 2019 et qui s'est depuis répandue dans le monde mute régulièrement. Après les variants Alpha, Delta... c'est Omicron qui s'est imposé dans le monde depuis fin 2021. Plusieurs sous-lignages d'Omicron se sont succédés (XBB, Pirola, Eris). "Tous partagent ses caractéristiques : une transmissibilité élevée, un échappement immunitaire et une moindre sévérité par rapport aux variants antérieurs" indique Santé Publique France dans l'analyse des variants de juillet 2024. A cette date, il n'y a plus de variant classé comme "préoccupant" mais des lignages sous surveillance.

C'est quoi un variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent au fil du temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient en rien les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L'émergence de nouvelles variantes des virus n'est donc pas inattendue des scientifiques mais elles inquiètent dès lors qu'elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l'hôte, expliquait l'ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou "variantes" sont alors analysées et suivies de près. 

Quel est le variant majoritaire en France en ce moment ?

Une hausse des indicateurs du Covid est observée depuis la mi-mai 2024 mais elle reste faible par rapport aux années précédentes. Le variant qui est majoritaire en juillet 2024 est JN.1 (c'est le cas depuis fin novembre 2023). Ce variant représente avec tous ses sous-lignages, 98,5% des séquences interprétables. Parmi les séquences de JN.1, les sous-lignages les plus détectés sont KP.2 et KP.3 (18,7 % et 27,1 % respectivement des séquences interprétables de l'enquête Flash du 17/06/2024) dont la circulation augmentait depuis quelques semaines mais qui semblent se stabiliser.

Quel est le variant majoritaire dans le monde ?

Depuis début décembre 2023, le variant JN.1 (sous-lignage de BA.2.86) est le lignage le plus détecté dans le monde avec plus de 80 % des séquences déposées sur la base de données internationale GISAID depuis début février 2024. Au sein de JN.1, le sous-lignage KP.2 tend à se stabiliser autour de 20 % au mois de juin. Le sous-lignage KP.3 est en légère augmentation, il représentait autour de 38 % des séquences interprétables le même mois.

Quelle est la liste des variants du Covid ?

Définition et classement des variants VOC, VOI, VUM

Le 15 mars 2023, l'OMS a modifié l'organisation de son classement afin de mieux refléter la situation internationale en terme de variants circulants. Les critères selon lesquels un variant est classé comme VUM, VOI ou VOC ont été mis à jour :

► VUM = variant en cours d'investigation/sous surveillance (variant under monitoring) : modifications génétiques avec effet possible sur ses caractéristiques ET signaux précoce d'un avantage de croissance MAIS incertitudes quant à son impact épidémiologique et clinique

► VOI : variant à suivre (variant of interest) : modifications génétiques avec effet possible ou démontré sur ses caractéristiques ET avantage de croissance dans plus d'une région OMS associée à une augmentation du nombre de cas, ou autre signal épidémiologique suggérant un risque accru pour la santé publique

► VOC : variant préoccupant (variant of concern) : variant répondant à la définition d'un VOI ET sévérité accrue OU diminution importante de l'efficacité vaccinale contre les formes sévères OU modification de caractéristiques pouvant affecter la capacité des structures de soin à prendre en charge les patients COVID-19.

Comment sont donnés les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l'OMS a décidé de renommer les variants principaux de Covid avec des lettres grecques (c'est-à-dire Alpha, Beta, Gamma...) afin de faciliter leur prononciation, de les retenir plus facilement et d'éviter aussi leur association "stigmatisation et discriminatoire" avec les pays où ils ont émergé (comme on a appelé le variant "anglais", le variant "indien"...), a expliqué l'autorité dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (par exemple ceux attribués par GISAID, Nextstrain et Pango), qui véhiculent des informations scientifiques importantes et continueront à être utilisés dans la recherche (comme B.1.1.7 pour le variant dit "anglais"). L'alphabet grec compte 24 lettres.

► Liste complète des noms de tous les variants du Covid

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

"Les sous-lignages du variant Omicron circulants restent caractérisés par des formes cliniques moins sévères, mais cette moindre sévérité est en partie liée à une efficacité vaccinale conservée contre les formes graves" précise Santé Publique France.