Coproculture : interprétation des résultats d'une analyse des selles

La coproculture est un examen microbiologique des selles. Cette analyse est prescrite par un médecin dans certaines indications : en cas de diarrhée aiguë, d'une intoxication alimentaire, de fièvre supérieure à 40°C... Quels sont les bactéries et les virus recherchés ? Comment interpréter facilement les résultats ?

Coproculture : interprétation des résultats d'une analyse des selles
© ZAIRI AZMAL BIN BURHAM BORHAN - 123RF

Définition : qu'est-ce qu'une coproculture ?

La coproculture est un examen des matières fécales (selles) qui permet de rechercher et d'identifier des bactéries ou virus pathogènes pouvant être responsables d'infections digestives. Les diarrhées infectieuses bactériennes sont peu fréquentes mais potentiellement sévères en l'absence de traitement adéquat, suivant le germe impliqué.

Principe de l'examen bactériologique des selles

La coproculture permet de :

  • Rechercher et identifier les bactéries ou virus pathogènes responsables de symptômes digestifs tels qu'une diarrhée.
  • Investiguer dans le cadre d'une intoxication alimentaire ou d'une toxi-infection alimentaire collective (TIAC).

"Cet examen doit être effectué si possible en dehors d'un traitement antibiotique pour faciliter l'identification du pathogène, explique le Dr Géraldine Jacob, médecin biologiste. Si ce n'est pas le cas, le patient devra préciser la nature de l'antibiotique utilisé".

Indications d'un examen bactériologique des selles

La coproculture est prescrite par le praticien lorsqu'il suspecte une infection digestive bactérienne ou virale pouvant se manifester par :

  • Des maux de ventre.
  • Des diarrhées (fébriles ou non).
  • Des vomissements.
  • Une fièvre supérieure ou égale à 40 °C

Bactéries recherchées

Les bactéries recherchées en routine par les laboratoires de biologie médicale sont les suivantes :

  • Salmonelles.
  • Shigelles.
  • Campylobacter
  • Yersinia enterocolitica
  • Certains Escherichia coli

Les virus recherchés sont le Rotavirus (fréquent chez les enfants), l'Adénovirus, éventuellement le Norovirus. "Une recherche de levure de type Candida peut également être effectuée sur demande spécifique ou si des levures ont été observées à l'examen direct", poursuit notre interlocuteur.

Techniques de recueil d'un échantillon de selle pour coproculture

L'examen consiste à effectuer un petit prélèvement de selles (l'équivalent d'une noix ou plus). L'examen est réalisé par un laboratoire de biologie médicale sur des selles d'émission récente. Le prélèvement est réalisé par le patient lui-même à son domicile ou au laboratoire. Le flacon de recueil est fourni par le laboratoire et peut être également disponible en pharmacie. Si le délai est >2H entre le moment du recueil et l'acheminement au laboratoire, il est conseillé de conserver le prélèvement à 4°C.

"Une fiche de renseignement clinique est généralement jointe au flacon ; elle est destinée au biologiste médical afin de permettre une meilleure interprétation technique et biologique de la coproculture (symptômes, retour d'un pays tropical, notion de cas groupés, traitement antibiotique en cours...)", ajoute le Dr Jacob.

Comment se passe l'examen ?

L'examen consiste à analyser un prélèvement de selles. Le laboratoire réalise un examen direct  (coloration de Gram)  afin d'objectiver l'équilibre  de la flore et d'identifier des signes d'inflammation (leucocytes) ou de signe de diarrhée invasive (hématies) puis ensemence sur différents milieux de culture sélectifs l'échantillon. Un antibiogramme est effectué en cas de positivité.

Au bout de combien de temps a-t-on les résultats ?

Un délai de 48 à 72 heures est généralement observé pour le rendu des résultats complets.

Interprétation des résultats : est-ce normal ou pas ?

Les résultats sont interprétés comme normaux lorsqu'aucun germe pathogène n'est identifié au sein de la flore saprophyte (constituée de germes non pathogènes). Les résultats normaux sont indiqués par les mesures suivantes :

  • 50 à 70% de bactéries dites Gram négatif.
  • 30 à 50% de bactéries Gram positif.
  • Absence de globules blancs (leucocytes) ou de globules rouges (hématies).
  • Absence de bactéries pathogènes.

Mise en garde

"La coproculture standard ne permet pas d'identifier de façon exhaustive la totalité des bactéries ou virus potentiellement impliquées dans les infections digestives (par exemple, elle n'inclut pas l'identification des E.coli entérotoxinogène impliqués dans la Turista (diarrhée du voyageur) ou le Clostridium difficile (diarrhée post antibiotique) qui nécessite une prescription spécifique), insiste notre interlocutrice. La majorité des diarrhées infectieuses sont d'origine virale et guérissent spontanément en quelques jours. La coproculture vise prioritairement à éliminer les causes bactériennes nécessitant une prise en charge médicale spécifique".

La coproculture ne permet pas non plus de détecter une parasitose digestive qui relève d'un autre examen intitulé "examen parasitologique des selles" prescrit spécifiquement par le médecin.

Au moindre doute, il est important de consulter à nouveau un médecin, qui pourra se mettre en relation avec le laboratoire afin de prévoir d'éventuels examens plus approfondis et/ou adapter la prise en charge thérapeutique à la situation clinique rencontrée.

Merci au Dr Géraldine Jacob, médecin biologiste au laboratoire de biologie médicale Bioexcel à Bourges (18).