Décès Covid : définition, comment-sont ils comptés ?

La France a franchi la barre des 100 000 morts de l'épidémie de Covid-19 le 15 avril 2021, un peu plus d'un an après le début de la pandémie. Que comprend ce chiffre exactement ? Comment sont comptés les décès liés au virus Sars-CoV-2 ? Par l'Insee ? L'Inserm ? Quel impact sur la mortalité en France ? Décryptage.

Décès Covid : définition, comment-sont ils comptés ?
©  dekazigzag-123rf

La France a franchi la barre des 100 000 morts de l'épidémie de Covid-19 jeudi 15 avril 2021, un peu plus d'un an après le début de la pandémie, a annoncé Santé Publique France. Un chiffre en réalité plus élevé car il ne comprenait "que" le nombre de décès à l'hôpital, en Ehpad et en établissements médico-sociaux (EMS) et non ceux survenus à domicile, comptabilisés au fil des mois par le CépiDc (Centre d'épidémiologie sur les causes médicales de décès). Quels sont les chiffres réels des décès liés au Covid-19 en France ? Comment sont-ils comptés ? Combien de décès par pays d'Europe ? Dans le monde ? Quel pourcentage ? Le point.

Définition : qu'est-ce qu'un "décès dû à la Covid-19" ?

L'Organisation mondiale de la Santé (OMS) a publié en avril 2020 les "Lignes directrices internationales pour la certification et la classification (codage) des décès dus à la Covid-19" d'après la Classification statistique internationale des maladies (CIM). Dans ce document, l'OMS définit ce qu'elle considère comme un "décès du à la COVID-19" :

  • un décès résultant d'une maladie cliniquement compatible, chez un cas probable ou confirmé de la COVID-19, en l'absence de toute autre cause évidente de décès sans lien avec la maladie à coronavirus (par exemple, un traumatisme).
  • Aucune période de rémission complète de la Covid-19 ne devrait avoir eu lieu entre la maladie et le décès.
  • Un décès dû à la Covid-19 ne peut pas être imputé à une autre maladie (par exemple, à un cancer) et doit être comptabilisé indépendamment des affections préexistantes qui sont soupçonnées d'avoir déclenché une évolution grave de la Covid-19.

Comment sont remplis les certificats de décès en cas de Covid ?

Quelle que soit la cause de la mort, un certificat de décès est obligatoirement rempli par le médecin dans les 24 heures suivant le décès. Les causes du décès sont confidentielles et anonymes. Il existe deux modalités pour établir un certificat de décès : la certification électronique et la certification papier. Les certificats de décès constituent la base de données de l'Inserm et du CépiDc. "La Covid-19 doit être inscrite sur le certificat médical de décès pour toutes les personnes décédées lorsque cette maladie a causé ou contribué au décès, ou est soupçonnée de l'avoir fait", indique l'OMS. Les statistiques de mortalité par Covid-19 se fondent sur le texte saisi par le médecin certificateur. Les libellés des causes de décès sont analysés et un algorithme décisionnel a été élaboré pour identifier les cas de covid-19 suspectés ou confirmés pour lesquels une infection à covid-19 est mentionnée sur le certificat. 

certificat de décès covid
Exemple sur le modèle international du certificat médical avec les causes de décès en cas de décès dû à la COVID19. © OMS
  • La terminologie officielle, Covid-19, doit être utilisée pour toute certification de cette cause du décès. Étant donné qu'il existe de nombreux types de coronavirus, il est recommandé de ne pas utiliser le terme "coronavirus" au lieu du terme " COVID-19 ". Cela permettra de réduire l'incertitude quant à la classification ou au codage et de surveiller correctement ces décès. 
  • Le médecin doit préciser dans la partie 1 du certificat l'enchaînement des événements ayant conduit au décès. Par exemple, dans les cas où la COVID-19 provoque une pneumonie et une détresse respiratoire, la pneumonie et la détresse respiratoire doivent être toutes les deux mentionnées, de même que la COVID-19, dans la partie 1. Les certificateurs doivent donner autant de détails que possible en fonction de leur connaissance du cas, des dossiers médicaux et/ou des examens de laboratoires.
  • Si la personne décédée souffrait déjà de comorbidités comme des affections chroniques, ces affections doivent être déclarées dans la partie 2 du certificat médical de décès.
  • Les personnes infectées par la Covid-19 peuvent décéder des suites d'autres maladies ou d'accidents. De tels cas de décès ne sont pas dus à la Covid-19 et ne doivent pas être certifiés comme tels.
trajet certificat papier covid décès
Cheminement de la transmission d'un certificat de décès par papier © CépiDc
transmission électronique certificat de décès
Cheminement de la transmission d'un certificat de décès par voie électronique © CépiDc

Comment sont comptés les décès du Covid en France ?

Deux sources principales en France rapportent les décès liés à la Covid-19 : Santé Publique France et le Centre d'épidémiologie sur les causes médicales de décès (CépiDC), qui dépend de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm).

Le site de Santé Publique France publie quotidiennement le nombre cumulé de décès du Covid-19 recensés par :

  • le système d'information pour le suivi des victimes d'attentats et de situations sanitaires exceptionnelles (SI-VIC) qui comptabilise les décès survenus dans les établissements hospitaliers.
  • les collectivités de personnes âgées (Ehpad) et les établissements médico-sociaux (ESMS) qui enregistrent les décès dans une application spécifique dès la survenue au sein d'un de ces établissements.

Le CépiDC reçoit tous les certificats de décès et analyse ceux ayant une mention Covid-19. L'identification des cas de mortalité en présence du Covid-19 dans la base de données du CépiDc est faite à partir de l'analyse des libellés présents dans les causes brutes saisies par le médecin sur le certificat de décès. Sont considérés uniquement les décès ayant eu lieu après le 23 Janvier 2020, date d'identification, sur le territoire français, du premier cas de contamination par Covid-19 selon les autorités. Ces données mettent plusieurs mois à être publiées. Le CépiDC a par exemple publié le 5 février 2021 les données de mortalité sur la Covid-19 pour les mois de septembre et octobre 2020. Les données affichées les plus récentes sont issues de la certification électronique des décès. Elles sont ensuite enrichies par les données issues des certificats papiers.

Combien de décès du Covid en France ?

Pour la période du 1er mars 2020 au 31 décembre 2020 : le CépiDc qui reçoit tous les certificats de décès en France (tous lieux confondus) rapporte 76 522 décès liés à la Covid-19 dont : 3764 à domicile, 8600 dans les établissements de santé privé, 23128 dans les Ehpad-maison de retraite et 40371 dans les établissements de santé public (659 décès n'ont pas pu être catégorisés par lieux).

répartition décès covid lieux
© Journal des Femmes - CépiDc

Quelle est la surmortalité liée à la Covid-19 ?

Il existe deux méthodes pour mesurer le rôle d'une cause spécifique, comme la Covid-19, sur la mortalité dans une population :

  • La méthode directe : elle s'appuie sur les données recueillies et traitées par le CépiDc et consiste à identifier le rôle de cette cause pour chaque décès. Pour garantir une comparabilité internationale des données, la France respecte les recommandations de l'OMS inscrites dans la Classification Internationales des Maladies (CIM). Chaque décès en France doit faire l'objet d'un certificat médical renseigné par un médecin, suivant un format conforme à la CIM (voir plus haut). Il est ensuite possible de dénombrer toutes les causes mentionnées sur le certificat de décès sans distinction d'une cause par rapport à une autre.
  • La méthode indirecte : elle s'appuie sur les données d'état civil recueillies par l'Insee et consiste à comparer le nombre de décès observé dans une population exposée (à la crise du Covid-19 dans le cas présent) à ce qu'il aurait été en l'absence de cette crise. L'Insee n'a pas connaissance de la cause médicale des décès. La comparaison se fait donc sur le nombre de décès toutes causes confondues d'une période sur l'autre.
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Nombre de décès par jour depuis 2019 (année sans Covid) © Insee

Pour suivre l'évolution de la mortalité en 2021, l'Insee fait le choix de privilégier la comparaison avec l'année 2019, année sans épidémie Covid. 

  • Du 1er janvier au 12 avril 2021, 202 979 décès, toutes causes confondues, sont enregistrés en France à la date du 23 avril 2021, soit 7 % de plus qu'en 2019 (+ 13 153 décès - +9% chez les 65-74 ans), rapporte l'Insee.
  • Par rapport à 2020, les décès en 2021 sont nettement supérieurs sur la période janvier-février (+ 15 %) mais depuis le 1er mars les décès ont, à l'inverse, été nettement moins nombreux que l'an passé au cours de la même période (– 16 %) correspondant au pic épidémique de la première vague. 
  • Dans quasiment toutes les régions de France métropolitaine, le nombre de décès enregistrés entre le 1er janvier et le 12 avril 2021 est supérieur à celui mesuré sur la même période en 2019. En France métropolitaine, l'excédent de décès par rapport à 2019 est le plus important en Provence-Alpes-Côte d'Azur (+ 16 %), dans le Grand-Est (+ 12 %) et les Hauts-de-France (+ 11 %). 
  • Tous âges confondus, l'excédent de décès est plus élevé pour les hommes (+ 9 %) que pour les femmes (+ 5 %), sur la période du 1er janvier au 12 avril 2021 par rapport à la même période de 2019. 
  • Les décès à domicile augmentent également significativement (+ 14 %). 
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Mortalité toutes causes, tous âges confondus, de la semaine 36-2014 à la semaine 14-2021, France © Santé Publique France - Insee

Combien de décès Covid par pays dans le monde ?

L'OMS a indiqué en mai 2021 que le Covid-19 a causé en 2020 au moins 3 millions de décès directs ou indirects, tandis que le nombre de décès officiels attribué au virus s'est élevé à environ 1,8 million. La certification des décès par les médecins est encadrée par le format du certificat de décès et par le concept de cause initiale du décès. Ensuite, la codification des causes de décès par des codeurs-nosologistes s'appuie sur la Classification internationale des maladies (CIM) de l'OMS. Ce cadre garantit un certain niveau de qualité et de comparabilité internationale des données de mortalité. "Malgré cette standardisation, il existe des différences entre pays dans la certification et la codification qui peuvent influencer les données, comme par exemple le niveau de confidentialité des causes de décès ou le type de codification manuel ou automatique" indique le CépiDc. Dans le cas de l'épidémie de Covid, des pays ont sous-estimé leurs nombres de décès par manque de systèmes sanitaires et statistiques performants pour les comptabiliser et aussi par choix de certains dirigeants de conserver une certaine opacité.

Sources :

Centre européen de prévention et de contrôle des maladies - ECDC.

Université Johns Hopkins.

Nombre de décès quotidiens France, régions et départements. INSEE. 30/04/2021.

Centre d'épidémiologie sur les causes médicales de décès.

Coronavirus : chiffres clés et évolution de la COVID-19 en France et dans le Monde. Santé Publique France.