Variant breton du Covid : symptômes, test PCR, indétectable, décès ?

25 cas de variant breton du Covid-19 ont été détectés, rapporte Santé Publique France dans son dernier bulletin épidémiologique et 12 décès ont été enregistrés. Que sait-on de ce nouveau variant ? Quels sont ses symptômes ? Est-il indétectable? Le point sur les infos à date.

Variant breton du Covid : symptômes, test PCR, indétectable, décès ?
© Jacqueline Böttcher

[Mise à jour le lundi 13 avril à 15h55] Au 7 avril, 25 cas d'infection par le variant Breton (20C/655Y) ont été confirmés (22 en Bretagne, 3 dans d'autres régions), rapporte Santé Publique France le 8 avril. Ce variant est catégorisé comme "à suivre", le stade juste en-dessous de "préoccupants" où sont classés les variants anglais, sud-africain et brésilien. "Tous les cas ont un lien direct ou indirect avec la zone de surveillance renforcée en Bretagne. La majorité des cas est reliée à des transmissions au sein de clusters hospitaliers dans la zone", précise l'agence. "Les cas sont principalement survenus chez des patients âgés et ayant des comorbidités. Douze décès ont été rapportés, majoritairement chez des personnes âgées ou avec des comorbidités." A ce jour, il n'a pas été documenté de diffusion importante de ce variant dans la population, que ce soit en Bretagne ou ailleurs. Les investigations épidémiologiques se poursuivent pour caractériser l'épisode et suivre la diffusion de ce variant. Le 15 mars, la Direction Générale de Santé (DGS) avait annoncé dans un communiqué qu'un nouveau variant de la Covid-19 (20C/H655Y) avait été détecté dans un cluster du centre hospitalier de Lannion (Côtes d'Amor). Quels sont les symptômes en cas d'infection par ce variant ? Est-il plus contagieux ? Plus mortel ? Pourquoi n'est-il pas détectable avec un test PCR ? Résiste-il aux vaccins ? Infos à date.

Variant Breton : combien de cas en France ? 

Le 15 mars, la Direction Générale de Santé (DGS) a annoncé dans un communiqué qu'un nouveau variant avait été détecté le 13 mars dans un cluster du centre hospitalier de Lannion (Côtes d'Amor). Ce variant a été placé sous surveillance, c'est-à-dire dans la catégorie VUI (variant under investigation) de l'OMS car il pourrait tromper les tests PCR nasopharyngés et être intraçables. "Les premières analyses de ce nouveau variant ne permettent de conclure ni à une gravité ni à une transmissibilité accrues par rapport au virus historique" a indiqué la DGS.

  • Le 8 avril, Santé Publique France a indiqué que 25 cas avaient été recensés. Tous les cas ont un lien direct ou indirect avec la zone de surveillance renforcée en Bretagne. La majorité des cas est reliée à des transmissions au sein de clusters hospitaliers dans la zone. Quelques cas ont été rapportés en lien avec une chaine de transmission en communauté mais, à ce jour, il n'a pas été documenté de diffusion importante de ce variant dans la population, que ce soit en Bretagne ou ailleurs. 

Quel est son nom ?

Pour l'instant, le variant breton est désigné le variant "VUI dérivé de Clade 20C". Dans ses bulletins épidémiologiques, Santé Publique France parle du variant breton en le nommant : "20C/H655Y". Lors d'une conférence de presse à la sortie du Conseil des ministres du mercredi 17 mars, le porte-parole du Gouvernement Gabriel Attal a évoqué le variant breton en parlant du "variant du Trégor". Pourquoi ce nom ? Le Trégor est l'une des 9 anciennes divisions administratives du pays de Bretagne, dont les villes principales sont Lannion, Morlaix, Perros-Guirec, Guingamp et Tréguier.

Est-il plus grave, plus contagieux ?

Parmi les mutations portées par ce variant, plusieurs sont retrouvées chez un ou plusieurs autres variants, et pourraient entraîner une augmentation de la transmissibilité (H655Y notamment), un échappement immunitaire post-vaccinal ou post-infection ou encore une moindre efficacité de traitements par anticorps monoclonaux, rapporte Santé Publique France. Douze personnes infectées par le variant breton de la Covid-19 sont décédées a indiqué Santé Publique France dans son dernier bulletin épidémiologique. Cependant, l'ARS a précisé qu'il n'y a pas de lien causalité établi entre ces décès et le nouveau variant. Les personnes hospitalisées étaient "assez âgées avec des facteurs de comorbidités". Pour le moment, "il n'est pas démontré que ce variant serait plus transmissible ni qu'il entraînerait de formes plus sévères" a informé Santé Publique France dans son bulletin du 8 avril. "Les investigations épidémiologiques se poursuivent pour caractériser l'épisode et suivre la diffusion de ce variant." La virulence du virus n'est pas encore mesurable : "Il n'y a pas eu assez de cas. Il n'a pas l'air moins virulent que celui qu'on connait" a précisé le Pr Tattevin. Selon Le Télégramme, certains malades positifs au variant breton avaient déjà contracté le virus classique Sars-CoV-2 une première fois. 

Quels sont les symptômes ?

Les cas positifs au nouveau variant en Bretagne présentaient "des symptômes typiques suggérant une infection par le SARS-CoV-2" rapporte la Direction générale de la Santé. "La particularité associée aux premiers cas confirmés d'infections à ce variant est la possibilité de présenter des symptômes évocateurs de la Covid-19 avec une RT-PCR faiblement positive, voire négative, sur les prélèvements naso-pharyngés habituels" indique Santé Publique France dans son point épidémiologique du 25 mars.

 "Le diagnostic a pu être fait par la sérologie ou la réalisation de RT-PCR sur des prélèvements respiratoires profonds"

Pourquoi les tests PCR étaient négatifs ?

Le variant breton n'a pas été détecté par les tests PCR nasopharyngés au CHU de Lannion. "L'origine de ce phénomène n'est pas encore connue de façon certaine, plusieurs hypothèses étant actuellement investiguées, dont une excrétion virale plus courte et/ou plus faible dans le nasopharynx", rapporte l'analyse de Santé Publique France du 8 avril. Le virus n'était ainsi pas ou trop peu présent dans la muqueuse nasale des patients infectés. "Le diagnostic a pu être fait par la sérologie ou la réalisation de RT-PCR sur des prélèvements respiratoires profonds" rapporte la DGS. "La vraie difficulté associée à ce variant c'est qu'effectivement, il est plus difficile à détecter dans la sphère nasopharyngée. Quand vous faites ce test avec un tube dans le nez il peut revenir négatif alors que vous êtes infecté. Vous avez probablement une très faible concentration dans le nez et la maladie peut se révéler quand le virus présent dans les poumons, entraine une pneumopathie" a expliqué le Pr Arnaud Fontanet sur BFMTV mardi 23 mars. "La difficulté à détecter les cas d'infection par ce variant dans les prélèvements naso-pharyngés pourrait avoir pour conséquence une diminution de l'efficacité des mesures de contrôle actuelles de la transmission du SARS-CoV-2, basées sur l'isolement des malades ayant un test diagnostique positif et le contact-tracing" indique l'analyse de Santé Publique France du 8 avril.

Comment détecter le variant breton ? 

En cas de suspicion d'infection à ce variant, des prélèvements au-delà de la sphère naso-pharyngée chaque fois que possible doivent être proposés pour augmenter la sensibilité du diagnostic par RT-PCR, préconise Santé Publique France. Comme l'a indiqué la DGS, le dépistage du variant breton a été fait par la sérologie ou la réalisation de tests PCR sur des prélèvements respiratoires plus profonds. Dans un communiqué du 14 mars, l'Institut Pasteur indique aussi un autre moyen de détecter le variant breton : le prélèvement de selles ou écouvillon rectal.

  • Pour la sérologie : il s'agit d'un examen de biologie médicale utilisant le sérum pour établir des diagnostics médicaux. La sérologie est réalisée à partir d'un prélèvement sanguin. Elle est basée sur la recherche d'anticorps spécifiques (IgM ou IgG) liés au coronavirus. Ces anticorps peuvent être décelables à partir du 6e ou 7e jour de la maladie. La durée des résultats peut être de plusieurs jours.
  • Pour les tests PCR profonds : ils sont à privilégier. Le prélèvement est réalisé sur les voies respiratoires basses via crachats ou liquide bronchoalvéolaire à J0 et J7.
  • Prélèvement de selles ou écouvillon rectal à proposer en cas de signes digestifs à J0 et J7.

Que faire ?

Les autorités locales, préfectures et ARS, accentuent les mesures permettant de freiner la transmission du virus, par exemple en accélérant la vaccination, en rappelant l'importance des gestes barrières ou en limitant les rassemblements, indique la DGS. Santé Publique France a publié un communiqué détaillant la conduite à tenir en cas d'infection d'un patient.

Conduite à tenir devant un cas possible d'infection par ce variant du clade 20C du SARS-CoV-2 

  • Isolement du cas durant 10 jours.
  • Test RT-PCR classique sur prélèvement nasopharyngé J0 et J7, dans la mesure du possible associé à un test RT-PCR sur expectoration ou sur prélèvement profond.
  • Contact tracing incluant un isolement de 7 jours des contacts à risque (sans contact warning 2e génération), test immédiat par RT-PCR pour tous les contacts à risque.

Conduite à tenir devant un cas probable d'infection par ce variant du clade 20C du SARS-CoV-2 

  • Isolement du cas durant 10 jours
  • Test RT-PCR classique sur prélèvement nasopharyngé J0 et J7, dans la mesure du possible associé à un test RT-PCR sur expectoration ou sur prélèvement profond
  • Contact tracing incluant un isolement de 7 jours des contacts à risque (dont contact warning 2e génération), test immédiat par RT-PCR pour tous les contacts à risque
  • Contact tracing rétroactif pour ces cas

Conduite à tenir devant un cas confirmé d'infection par ce variant du clade 20C du SARS-CoV-2

  • Isolement du cas durant 10 jours
  • Contact tracing incluant un isolement de 7 jours des contacts à risque (dont contact warning 2e génération), test immédiat par RT-PCR pour tous les contacts à risque
  • Contact tracing rétroactif pour ces cas
  • Suivi de l'excrétion virale par la réalisation de prélèvements profonds tous les 3 à 5 jours, si possible

Variant breton et vaccin : sont-ils efficaces ? 

"Selon les analyses préliminaires réalisées au Centres Nationaux de Référence à partir de sérums de sujets vaccinés, de sujets infectés, ou d'anticorps monoclonaux, les données disponibles à ce stade ne montrent pas d'échappement majeur du variant 20C/655Y à la neutralisation" rapporte l'analyse de Santé Publique France. En somme, le vaccin serait efficace contre ce variant breton. "Des expérimentations vont avoir lieu afin de déterminer comment ce variant réagit à la vaccination et aux anticorps développés lors de précédentes infections" a indiqué la DGS. Un des 8 patients décédés avait reçu une première dose de vaccin, nous a confirmé l'ARS Bretagne vendredi 19 mars, sans préciser de quel vaccin il s'agissait. 

Source : COVID-19 : point épidémiologique du 8 avril 2021. Santé Publique France.

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