Variant breton du Covid : symptômes, test PCR, indétectable

Le 15 mars 2021, la Direction Générale de Santé (DGS) avait annoncé dans un communiqué qu'un nouveau variant de la Covid-19 nommé 20C/H655Y avait été détecté dans un cluster du centre hospitalier de Lannion (Côtes d'Amor). Initialement classé comme VOI (Variant of Interest) le 18 février 2021 puis comme VUM (variant en cours d'analyse) le 2 juin 2021, il a été retiré du classement des variants à surveillés en France mi-juillet car il n'a plus été détecté dans la zone géographique où il a émergé (Lannion, Bretagne, Côte d'Armor) depuis le mois d'avril 2021. Par ailleurs, il n'a jamais été détecté ailleurs dans le monde, et en France, les quelques cas détectés hors de Bretagne étaient tous liés au cluster initial à Lannion, rapporte Santé Publique France dans son analyse de risque des variants du 15 juillet. Quels sont les symptômes en cas d'infection par ce variant ? Est-il plus contagieux ? Plus mortel ? Pourquoi n'est-il pas détectable avec un test PCR ? Résiste-il aux vaccins ?

Variant Breton : combien de cas en France ? 

Santé Publique France rapportait au 27 mai 2021, 44 cas d'infection par le variant Breton : 41 en Bretagne, 3 dans d'autres régions chez des personnes ayant un lien avec la zone de circulation du virus dans les Côtes-d'Armor. 

Quel est son nom ?

Le variant breton est désigné le variant "Clade 20C". Dans ses bulletins épidémiologiques, Santé Publique France parle du variant breton en le nommant : "20C/H655Y" ou Variant B.1.616. Lors d'une conférence de presse à la sortie du Conseil des ministres du mercredi 17 mars, le porte-parole du Gouvernement Gabriel Attal a évoqué le variant breton en parlant du "variant du Trégor". Pourquoi ce nom ? Le Trégor est l'une des 9 anciennes divisions administratives du pays de Bretagne, dont les villes principales sont Lannion, Morlaix, Perros-Guirec, Guingamp et Tréguier.

Est-il plus grave, plus contagieux ?

Dix-huit personnes infectées par le variant breton de la Covid-19 sont décédées. Ces personnes étaient en majorité des personnes âgées ou présentant des comorbidités. L'ARS de la région Bretagne avait précisé qu'il n'y avait pas de lien de causalité établi entre ces décès et le nouveau variant. Selon Le Télégramme, certains malades positifs au variant breton avaient déjà contracté le virus classique Sars-CoV-2 une première fois. 

Quels sont les symptômes ?

Les cas positifs au nouveau variant en Bretagne présentaient "des symptômes typiques suggérant une infection par le SARS-CoV-2" rapportait la Direction générale de la Santé. "La particularité des cas confirmés d'infection par ce variant est la possibilité de présenter des symptômes évocateurs de COVID-19 avec une RT-PCR négative sur les prélèvements nasopharyngés habituels. Le virus est néanmoins détectable par les techniques de RT-PCR habituelles mais semble être identifié de manière préférentielle dans les voies aériennes basses." indique Santé Publique France le 6 mai 2021.

 "Le diagnostic a pu être fait par la sérologie ou la réalisation de RT-PCR sur des prélèvements respiratoires profonds"

Pourquoi les tests PCR étaient négatifs ?

Le variant breton n'avait pas été détecté par les tests PCR nasopharyngés au CHU de Lannion. "La vraie difficulté associée à ce variant c'est qu'effectivement, il est plus difficile à détecter dans la sphère nasopharyngée. Quand vous faites ce test avec un tube dans le nez il peut revenir négatif alors que vous êtes infecté. Vous avez probablement une très faible concentration dans le nez et la maladie peut se révéler quand le virus présent dans les poumons, entraine une pneumopathie" a expliqué le Pr Arnaud Fontanet sur BFMTV mardi 23 mars.

Que faire ?

Conduite à tenir devant un cas possible d'infection par ce variant du clade 20C du SARS-CoV-2 

• Isolement du cas durant 10 jours.
• Test RT-PCR classique sur prélèvement nasopharyngé J0 et J7, dans la mesure du possible associé à un test RT-PCR sur expectoration ou sur prélèvement profond.
• Contact tracing incluant un isolement de 7 jours des contacts à risque (sans contact warning 2e génération), test immédiat par RT-PCR pour tous les contacts à risque.

Conduite à tenir devant un cas probable d'infection par ce variant du clade 20C du SARS-CoV-2 

• Isolement du cas durant 10 jours
• Test RT-PCR classique sur prélèvement nasopharyngé J0 et J7, dans la mesure du possible associé à un test RT-PCR sur expectoration ou sur prélèvement profond
• Contact tracing incluant un isolement de 7 jours des contacts à risque (dont contact warning 2e génération), test immédiat par RT-PCR pour tous les contacts à risque
• Contact tracing rétroactif pour ces cas

Conduite à tenir devant un cas confirmé d'infection par ce variant du clade 20C du SARS-CoV-2

• Isolement du cas durant 10 jours
• Contact tracing incluant un isolement de 7 jours des contacts à risque (dont contact warning 2e génération), test immédiat par RT-PCR pour tous les contacts à risque
• Contact tracing rétroactif pour ces cas
• Suivi de l'excrétion virale par la réalisation de prélèvements profonds tous les 3 à 5 jours, si possible

Variant breton et vaccin : sont-ils efficaces ? 

"Selon les analyses préliminaires réalisées au Centres Nationaux de Référence à partir de sérums de sujets vaccinés, de sujets infectés, ou d'anticorps monoclonaux, les données disponibles à ce stade ne montrent pas d'échappement majeur du variant 20C/655Y à la neutralisation" rapporte l'analyse de Santé Publique France. En somme, les vaccins disponibles seraient efficaces contre ce variant breton. Un des 8 patients décédés avait reçu une première dose de vaccin, nous avait confirmé l'ARS Bretagne vendredi 19 mars, sans préciser de quel vaccin il s'agissait. 

Source : COVID-19 : points épidémiologiques. Santé Publique France.