Cluster de coronavirus : définition, villes, carte de France

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"Cluster de coronavirus : définition, villes, carte de France"

Près de 1500 clusters de Covid-19 sont en cours en France et ce nombre est très certainement sous-estimé, reconnaissent les autorités. Toulouse, Bordeaux et Nantes, où se trouvent les nouveaux ? Quelle est la définition d'un cluster ? Quelles régions en concentrent le plus ?

[Mise à jour le mardi 13 octobre à 12h42] Les nombres de clusters se maintiennent à des niveaux élevés en France (plus de 1450 en cours dont 300 en Ehpad selon Santé Publique France) et sont très certainement sous-estimés du fait de l'augmentation de la circulation virale, de l'allongement des délais de validation des cas et de la baisse du taux de dépistage, prévient Santé Publique France lors de ses points quotidiens sur l'évolution de l'épidémie. En Ile-de-France, les clusters sont principalement identifiés au sein des milieux d'enseignement et des entreprises mais la part des établissements de santé est en augmentation sensible, indique Santé Publique France dans le bilan régional du 8 octobre. Par ailleurs, le nombre de cluster au sein des milieux sportifs a fortement augmenté depuis le mois dernier, surtout dans les clubs de football, rugby, basket et handball. Au 5 octobre, 223 clusters en lien avec ce milieu sont recensés. Près d'un cluster sur 5 est survenu dans des structures professionnelles et 81% dans des associations amateurs. Quelle est la définition d'un cluster ? Où se répartissent les clusters à date ?

Dernières infos sur les clusters en France 

  • Prison à Toulouse. Une suspicion de cluster est en cours à la prise de Toulouse-Seysses, rapporte France 3 Occitanie le 12 octobre. Un dépistage sur 23 gardiens et 34 détenus a révélé trois cas positifs chez les gardiens et deux chez les détenus.
  • Ecole à Bordeaux. 11 étudiants en Master 1 et 2 à l'Institut de journalisme Bordeaux-Aquitaine ont été testés positifs au Covid-19. "Les premiers cas sont apparus en début de semaine dernière alors que l'école appliquait déjà le protocole avec seulement 50 % d'étudiants présents physiquement sur place" a indiqué un professeur à 20 Minutes le 12 octobre. La cause serait le regroupement des élèves lors de soirées privées organisées dans des bars et appartements le week-end précédent. Les étudiants vont continuer à suivre leur formation à distance au moins pendant une semaine. L'Agence Régionale de Santé en Nouvelle-Aquitaine demande que l'ensemble des élèves soient retestés avant de retrouver les salles de classe.
  • Ecole de commerce à Nantes. "Au total, 1013 tests ont été passés, 212 étudiants sont positifs depuis la rentrée, avec un taux de positivité de 24,1%" dans cette école, a déclaré l'ARS Pays-de-la-Loire dans un communiqué. "Il s'agit de l'un des plus gros clusters observés en France" depuis le début de l'épidémie. "Les premiers cas ont été observés début septembre. À la mi-septembre, il y a eu des soirées festives, entraînant une transmission plus importante chez les première et deuxième années." 1500 étudiants de première et deuxième années ont été renvoyés dans leurs foyers.
  • Hôpital à Marseille. 23 personnes, malades et soignants, ont été testées positives au Covid-19 dans le service d'hématologie et de thérapie cellulaire de l'hôpital universitaire de la Conception à Marseille le 8 octobre. L'origine de ce cluster n'a pas encore été identifiée mais l'hypothèse la plus probable est que la contamination a eu lieu au cours d'une visite de la famille d'un patient, informe Midi Libre.

Définition : que signifie "cluster" ?

Le terme de "cluster" a été employé dès le début de l'épidémie de coronavirus en France quand les premiers foyers de contamination ont été identifiés. "Cluster" est un terme anglais qui signifie en français "grappe" ou "groupe". Dans le cas de la pandémie de Covid-19, les autorités sanitaires emploient ce terme lors de la survenue d'au moins 3 cas confirmés ou probables, dans une période de 7 jours et qui appartiennent à une même communauté ou ont participé à un même rassemblement de personnes, qu'ils se connaissent ou non.

Où étaient les premiers clusters de coronavirus en France ?

Le virus Sars-CoV-2, virus responsable de l'épidémie de Covid-19, étant très contagieux, plusieurs clusters ont été identifiés en France dès la fin du mois de février. Dans le compte-rendu du Conseil des ministres du 29 février 2020, le gouvernement confirmait :

  • Un premier "cluster" dans l'Oise, et en particulier sur les communes de Creil, Crépy-en-Valois, Vaumoise, Lamorlaye et Lagny-le-Sec
  • Un second "cluster" en Haute-Savoie, dans la commune de La Balme
  • Un troisième cluster à Mulhouse causé par un rassemblement évangélique qui s'est tenu du 17 au 24 février. Sans ce rassemblement "la France serait probablement plus proche de l'Allemagne, a déclaré le PrJean-François Delfraissy, Président du Conseil Scientifique Covid-19 le 5 juin sur France Info. Ce cluster majeur de Mulhouse a ensuite disséminé dans l'ensemble de la France (le virus, ndlr), dans la deuxième période du mois de février".

"Le virus est encore là, et bien là, c'est certain."

En réaction à ces clusters et pour essayer de freiner la transmission du virus, le gouvernement avait décidé d'appliquer des mesures restrictives : interdiction des rassemblements collectifs dans les villes touchées, fermeture des établissements scolaires, limitation des déplacements... Le virus s'est ensuite largement répandu en France jusqu'au confinement de la population.

Carte des clusters en France

La dernière carte de France des clusters a été publiée par Santé Publique France le 17 septembre.

Répartition des clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) en cours d'investigation par département, au 14 septembre 2020

 Clusters en cours d’investigation (hors Ehpad et milieu familial restreint) par département au 14 septembre 2020
Clusters en cours d’investigation (hors Ehpad et milieu familial restreint) par département au 14 septembre 2020 © Santé Publique France

Cluster dans les écoles

Les clusters en milieu scolaire et universitaire représentent 35% des clusters en cours d'investigation, précise Santé Publique France dans son bulletin hebdomadaire du 8 octobre. Au 28 septembre, le bilan s'élevait à 550 clusters scolaires, la majorité étant rapportée depuis la rentrée. De la semaine 37 à 39, la moyenne était de 163 nouveaux clusters par semaine. Hormis la Corse, toutes les régions ont déclaré des clusters. Les régions qui en ont rapporté le plus sont l'Ile-de-France (24%), la Nouvelle-Aquitaine (15%) et l'Occitanie (10%).

  • 46% des clusters se trouvent dans l'enseignement secondaire et 33% dans l'enseignement supérieur.
  • La proportion de clusters à criticité élevée augmente avec le niveau d'enseignement, avec 43% des clusters dans l'enseignement supérieur à criticité élevée.
  • Le nombre moyen de cas par cluster augmente par ailleurs avec le niveau d'enseignement.

Nombre de clusters en milieu scolaire et universitaire par semaine de signalement ; N=550 clusters, données au 28 septembre 2020

courbe cluster école
Nombre de clusters en milieu scolaire et universitaire par semaine de signalement ; N=550 clusters, données au 28 septembre 2020 © Santé Publique France

Criticité des clusters selon le niveau d'enseignement sur les clusters au 28 septembre 2020, SI-MONIC, Santé publique France 

Niveau Scolaire % de clusters % de criticité élevé Nombre moyen de cas par cluster
Pré-primaire* 6.7 5.9 5
Primaire 14.3 11.1 6
Secondaire 45.7 15.2 7
Supérieur et post-secondaire 33.3 42.9 24
Total 100.0 23.2 13

*Le pré-primaire inclut les écoles maternelles, les jardins d'enfants, les centres d'éducation de la petite enfance, les sections spéciales rattachées aux écoles primaires ; il ne comprend pas les garderies d'enfants de jour (crèches, haltes-garderies, gardes d'enfants par assistantes maternelles ou au domicile).

Courbe d'évolution des clusters

Le nombre de clusters se maintient à un niveau élevé en France, y compris dans les Ehpad. Les régions Provence-Alpes-Côte d'Azur et Occitanie sont celles comptabilisant le plus de clusters en cours d'investigation en Ehpad. 

Nombre de clusters selon leur statut et nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement, entre le 09 mai et le 5 octobre 2020

Nombre de clusters selon leur statut et nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement, entre le 09 mai et le 5 octobre 2020
Nombre de clusters selon leur statut et nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement, entre le 09 mai et le 5 octobre 2020 © Santé Publique France

Comment est identifié un cluster ?

Depuis le 25 juillet, tous les Français peuvent être testés par PCR, sans obligatoirement présenter de symptômes ni avoir d'ordonnance du médecin. Le "contact tracing" (tracement des cas contacts, en français) est immédiatement entamé pour identifier les personnes contacts avec le malade de 48h avant l'apparition des premiers symptômes jusqu'à l'isolement. Si le test du patient est positif, les cas contacts à risque sont testés. C'est comme ça que de nouveaux clusters sont identifiés en France. 

Pour permettre le contact tracing de l'ensemble des malades, l'organisation suivante est mise en place : 

  • Niveau 1 – Le médecin consulté par le patient présentant les symptômes de Covid-19 est chargé de réaliser le contact tracing pour l'entourage proche du patient.
  • Niveau 2 – L'Assurance maladie étend la recherche des personnes contacts aux sphères professionnelle, amicale, de loisirs et autres. Elle prescrit aux personnes contacts un test PCR et peut délivrer un arrêt de travail pour les personnes contacts qui ne peuvent pas travailler.
  • Niveau 3 – L'Agence régionale de santé, avec les cellules régionales de Santé publique France, interviendront pour l'identification et l'investigation des clusters et situations complexes, en complément des niveaux 1 et 2.

Néanmoins, Santé Publique France prévient le 1er octobre, que face à l'augmentation de la circulation virale sur l'ensemble du territoire, le nombre de clusters identifié est probablement largement sous-estimé. La forte activité observée ces dernières semaines entraine un délai dans la validation et la notification des clusters. La dynamique du nombre de signalement hebdomadaire ne constitue donc plus un indicateur pertinent dans le suivi de l'épidémie. Cependant, les données des clusters restent pertinentes pour identifier les collectivités pour lesquelles la proportion de clusters à criticité élevée est la plus importante, contribuant à guider les mesures de gestion.

Que faire si on est cas contact dans un cluster ?

Quand on est "cas contact", il faut : 

  • Porter systématiquement un masque grand public en contact avec d'autres personnes à l'extérieur ; 
  • Contacter un centre de dépistage pour prendre rendez-vous. Le test doit avoir lieu immédiatement si vous vivez dans le même foyer que la personne contaminée ou en observant un délai de 7 jours après votre dernier contact avec cette personne, si vous ne vivez pas avec elle ;
  • Se rendre au centre de dépistage avec sa carte d'identité, sa Carte Vitale et son ordonnance et après avoir rempli un formulaire pour faire le prélèvement ;
  • Rentrer chez soi et rester confiné en attendant les résultats du test qui interviennent généralement dans les 48 heures. 
  • Les cas contacts doivent respecter une période d'isolement pour une durée de 7 jours selon la situation.

Les données collectées dans le cadre des examens de biologie Covid-19 pourront être réutilisées dans le cadre d'enquêtes sanitaires (suivi des patients diagnostiqués positifs au Covid-19 et/ou recherche des " cas contact "), de surveillance épidémiologique et de recherches via la plateforme des données de santé. Elles seront conservées pour une durée maximale d'un an. "Le patient qui effectue un test Covid-19 ne peut pas s'opposer au traitement de ses données dans l'outil SI-DEP, du fait de l'intérêt public que ce suivi représente" précise le gouvernement.

Sources

Protéger, tester, isoler : les mesures pour casser les chaînes de transmission du virus, communiqué de presse ARS Hauts-de-France, 13 mai 2020.

Tests et dépistage, Gouvernement.fr

Gestion de l'épidémie