Cluster de coronavirus : Lyon, Paris, où sont-ils en France ?

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"Cluster de coronavirus : Lyon, Paris, où sont-ils en France ?"

Une forte augmentation du nombre de clusters est observée en France en ce mois de septembre, notamment à Lyon ces derniers jours. Les clusters augmentent dans les Ehpad, les écoles, et les clubs de sport. Chiffres, cartes de France et point par région.

[Mise à jour le mardi 22 septembre à 12h41] Plus de 1000 clusters du coronavirus sont en cours d'investigation en France au 21 septembre, selon les chiffres de Santé Publique France. Les nouveaux clusters émergent surtout dans les entreprises puis le milieu familial et les évènements publics/privés. Les clusters en milieu scolaire et universitaire représentent environ 20% des clusters en cours d'investigation. Une hausse des clusters en Ehpad est aussi constatée de même que dans les clubs de sport, notamment de football et de rugby. Ces dernières heures, des clusters se multiplient dans le département du Rhône. A Lyon, sur 1500 élèves d'une grande école du nord, 520 cas contacts tracés ont révélé une positivité de 20%. Le préfet ne donne pas le nom de l'école concernée. Selon Le Progrès, il s'agit de l'École centrale de Lyon. Quelle est la définition d'un cluster ? Que faire si on est cas contact ? Où se répartissent les clusters à date ?

Définition : que signifie "cluster" ?

Le terme de "cluster" a été employé dès le début de l'épidémie de coronavirus en France quand les premiers foyers de contamination ont été identifiés. "Cluster" est un terme anglais qui signifie en français "grappe" ou "groupe". Dans le cas de la pandémie de Covid-19, les autorités sanitaires emploient ce terme lors de la survenue d'au moins 3 cas confirmés ou probables, dans une période de 7 jours et qui appartiennent à une même communauté ou ont participé à un même rassemblement de personnes, qu'ils se connaissent ou non.

Où étaient les premiers clusters de coronavirus en France ?

Le virus Sars-CoV-2, virus responsable de l'épidémie de Covid-19, étant très contagieux, plusieurs clusters ont été identifiés en France dès la fin du mois de février. Dans le compte-rendu du Conseil des ministres du 29 février 2020, le gouvernement confirmait :

  • Un premier "cluster" dans l'Oise, et en particulier sur les communes de Creil, Crépy-en-Valois, Vaumoise, Lamorlaye et Lagny-le-Sec
  • Un second "cluster" en Haute-Savoie, dans la commune de La Balme
  • Un troisième cluster à Mulhouse causé par un rassemblement évangélique qui s'est tenu du 17 au 24 février. Sans ce rassemblement "la France serait probablement plus proche de l'Allemagne, a déclaré le PrJean-François Delfraissy, Président du Conseil Scientifique Covid-19 le 5 juin sur France Info. Ce cluster majeur de Mulhouse a ensuite disséminé dans l'ensemble de la France (le virus, ndlr), dans la deuxième période du mois de février".

"Le virus est encore là, et bien là, c'est certain."

En réaction à ces clusters et pour essayer de freiner la transmission du virus, le gouvernement avait décidé d'appliquer des mesures restrictives : interdiction des rassemblements collectifs dans les villes touchées, fermeture des établissements scolaires, limitation des déplacements... Le virus s'est ensuite largement répandu en France jusqu'au confinement de la population.

Carte des clusters en France

Selon le point épidémiologique de Santé Publique France publié le 17 septembre, la carte des clusters en France est la suivante : 

Répartition des clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) en cours d'investigation par département, au 14 septembre 2020

 Clusters en cours d’investigation (hors Ehpad et milieu familial restreint) par département au 14 septembre 2020
Clusters en cours d’investigation (hors Ehpad et milieu familial restreint) par département au 14 septembre 2020 © Santé Publique France

Courbe d'évolution des clusters

Le 21 septembre, Santé Publique France rapporte que 1077 clusters sont en cours d'investigation en France dont 178 en Ehpad. Les clusters survenus en entreprises hors établissements de santé (ES) restent parmi les types de collectivités les plus représentés puis le milieu familial élargi (plusieurs foyers) et les événements publics/privés rassemblant de manière temporaire des personnes. Les clusters en milieu scolaire et universitaire représentent 22% des clusters en cours d'investigation à la mi-septembre. Depuis septembre, une augmentation des clusters est signalée en lien avec des clubs de sport et notamment dans les clubs de football et de rugby, sports générant de nombreux contacts rapprochés, est rapporté par Santé Publique France. Les clusters survenus en Ehpad sont aussi en forte augmentation et les régions Provence-Alpes-Côte d'Azur et Occitanie comptabilisaient chacune un quart des clusters en cours d'investigation.

Nombre de clusters selon leur statut et nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement, entre le 09 mai et le 14 septembre 2020

Nombre de clusters selon leur statut et nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement, entre le 09 mai et le 14 septembre 2020,
Nombre de clusters selon leur statut et nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement, entre le 09 mai et le 14 septembre 2020, © Santé Publique France

Où se trouvent les nouveaux clusters dans les régions de France ?

Du 17 mars au 11 mai 2020, la population française a été confinée pour freiner l'évolution de l'épidémie de coronavirus et éviter un afflux massif de malades dans les hôpitaux. Le dépistage du coronavirus était alors réservé uniquement aux cas à risque et à certains professionnels comme les soignants. Il n'y avait pas de dépistage des cas contacts donc plus d'identification de "cluster". Depuis le déconfinement, le dépistage des Français s'est intensifié. Plus encore depuis le 25 juillet où tout le monde peut être testé, même sans avoir de symptômes ni d'ordonnance médicale. Les dépistages s'intensifient depuis la rentrée de septembre avec une hausse des cas contacts en entreprise et dans les écoles. En dehors du dépistage, davantage de clusters sont signalés dans les clubs de sport (football, rugby) et dans les Ehpad, surtout en régions Provence-Alpes-Côte d'Azur et Occitanie.

Parmi les clusters connus : 

  • 119 clusters en cours d'investigation en Occitanie selon le bulletin régional de Santé publique France du 17 septembre. 29 en EHPAD, 7 en milieu scolaire et universitaire, 8 en entreprise, 3 en crèches. Le nombre hebdomadaire de clusters signalés dans la région est en forte augmentation et notamment en Ehpad et milieu scolaire/universitaire. La proportion des clusters à criticité élevée augmente au cours du temps. Concernant les hospitalisations quand elles étaient renseignées, 28,4% des clusters rapportaient au moins 1 cas hospitalisé. Au niveau des décès quand ils étaient renseignés, 13,7% des clusters rapportaient au moins 1 décès.
  • 107 clusters en cours dans la région Grand Est, selon le bulletin de l'ARS au 21 septembre. Toutefois, aucune diffusion communautaire (survenue de nouveaux cas hors de la collectivité et en lien avec le cluster) non contrôlée n'est rapportée. Le communiqué de l'Agence régionale de Santé de la région le 15 septembre désigne : 7 clusters dans des établissements sanitaires, 8 dans des entreprises, 13 dans le milieu scolaire et universitaire, aucun dans les crèches. Parmi les 86 clusters, un foyer de contamination est en cours dans un établissement social et médico-social pour personnes handicapées, et deux foyers sont signalés en établissements sociaux d'hébergement et d'aide à l'insertion. 
  • 90 clusters sont en cours d'investigation dans la région Auvergne-Rhône-Alpes. Le nombre hebdomadaire de nouveaux signalements de clusters a fortement augmenté depuis le 31 août. 30 clusters sont identifiés dans le département du Rhône. A Lyon, ces clusters touchent les Ehpad et l'Enseignement supérieur. Sur 1500 élèves d'une grande école du nord de Lyon, 520 cas contacts tracés ont révélé une positivité de 20%. Le préfet ne donne pas le nom de l'école concernée. Selon Le Progrès, il s'agit de l'École centrale de Lyon. Le 7 septembre, la Ville de Lyon a aussi révélé la présence d'un cluster au sein d'un Ehpad du 5e arrondissement, à L'étoile du jour. Au total, 30 résidents ont été testés positifs au Covid-19. L'l'Agence régionale de santé a par ailleurs recensé un cluster au Puy-en-Velay. Les contaminations auraient eu lieu dans le cadre d'une "soirée amicale". Une dizaine de cas positifs au virus ont été dépistés au début du mois de septembre. Le nombre de cas par cluster varie de 3 à 82 avec une moyenne de 11 cas, selon le communiqué de Santé Publique France du 17 septembre.

32% des clusters en Ile-de-France sont en entreprise.

  • 61 clusters sont en cours en Nouvelle-Aquitaine au 13 septembre selon le point régional de Santé publique France du 17 septembre. Le nombre de clusters signalés chaque semaine en Nouvelle-Aquitaine n'a cessé d'augmenter depuis le début du mois d'août. La moitié des clusters en cours d'investigation concernent le département de la Gironde.
  • Distribution des clusters identifiés depuis le 8 mai, par semaine de signalement et par statut du cluster, données au 17 septembre 2020, région Île-de-France
    Distribution des clusters identifiés depuis le 8 mai, par semaine de signalement et par statut du cluster, données au 17 septembre 2020, région Île-de-France © Santé Publique France
    Une quarantaine de clusters en cours en Ile-de-France, selon le bulletin régional de Santé publique France du 17 septembre. Un rebond épidémique a pris de l'ampleur avec la fin de la période de congé et la rentrée scolaire, comme le montre l'émergence des clusters en milieu professionnel et actuellement en milieu scolaire et universitaire. Au 17 septembre 2020, le bilan (hors Ehpad et milieu familial restreint) s'élève à 351 clusters inclus depuis le 8 mai en région Île-de-France (versus 290 au 2 septembre). Les clusters de la région affectent principalement des entreprises privées et publiques (32,5 %), des établissements de santé (15,4 %), les milieux scolaires et universitaires (13,4 %) et des établissements sociaux d'hébergement et d'insertion (10,3 %). De façon prévisible, la part des clusters en milieu scolaire et universitaire poursuit son augmentation. La part de ces clusters était de 5,2 % en semaine 36, 4,0 % en semaine 35 et atteint 13,4% en S37. Néanmoins, leur criticité reste majoritairement limitée (66,0 %) ou modérée (25,5 %).
  • 37 clusters en cours d'investigation dans les Hauts-de-France, selon le bilan régional publié par Santé Publique France le 17 septembre : 22 sont survenus dans le Nord, 8 dans le Pas-de-Calais, 3 dans la Somme, 2 dans l'Oise et 2 dans l'Aisne. Depuis le 1er septembre, un tiers des clusters de niveau 3 identifiés dans la région des Hauts-de-France concernent le milieu scolaire et universitaire. Le nombre de signalement de cluster en Ehpad est aussi en augmentation depuis 3 semaines indiquant sa réintroduction dans les collectivités de personnes à risque.
  • 34 clusters en cours en Centre Val-de-Loire, rapporte Santé Publique France le 17 septembre (hors Ehpad et milieu familial restreint) : 3 dans le Cher, 5 dans l'Eure-et-Loir, 1 dans l'Indre, 13 dans l'Indre-et-Loire et 15 dans le Loiret. De plus, 3 clusters en Ehpad sont en cours d'investigation, 1 dans le Cher et 2 dans l'Indre-et-Loire.

Les clusters de criticité épidémiologique élevée* en cours d'investigation en région Centre-Val de Loire :

→ Cher (18) : 30 cas au sein d'un chantier en maintenance parmi lesquels 1 est hospitalisé. 24 cas dans un établissement de santé dont 5 soignants et 18 patients parmi les-quels 3 sont décédés. 58 cas dans un EHPAD dont 3 membres du personnel et 55 résidents parmi lesquels 2 sont décédés.

→ Eure-et-Loir (28) : 15 cas dans une entreprise de grande distribution. 48 cas dans une base militaire (37 jeunes et 11 encadrants).

→ Indre (36) : 13 cas parmi les gendarmes mobiles.

→  Indre-et-Loire (37) : 3 clusters indépendants au sein du même établissement de santé mais dans 3 services différents : 5 cas chez des membres du personnel. 12 cas (5 membres du personnel et 7 patients). 5 cas également parmi les membres du personnel. 17 cas dans un club sportif (12 membres du club et 5 cas hors club). 30 cas dans un EHPAD dont 8 membres du personnel et 22 résidents parmi lesquels 2 ont été hospitalisés et 2 sont décédés.

→ Loiret (45) : 14 cas dans un établissement social d'hébergement et d'insertion et 4 cas dans une entreprise où travaille l'un des cas de cet établissement. 5 cas au sein d'un chantier en maintenance.

  • 25 clusters en cours en Normandie selon le communiqué de l'ARS Normandie du 18 septembre : 4 dans le Calvados (dont 1 en Ehpad), 6 dans l'Eure (dont 2 en Ehpad), 2 dans la Manche, 2 dans l'Orne et 11 en Seine-Maritime (dont 2 en Ehpad). "L'apparition de ces clusters reflète une circulation virale réelle, mais contrôlée" commente l'ARS dans son communiqué qui recommande notamment de "privilégier les petits groupes" pour les rassemblements.
  • 21 clusters en cours à La Réunionselon le bulletin de Santé publique France du 17 septembre. Les 21 clusters actifs sont répartis sur toute l'île (Saint-Denis, Saint-Pierre : 5 ; Saint-Paul, Le Port : 3 ; La Possession : 2 ; Le Tampon, Sainte-Marie, Sainte Rose : 1). Les types de collectivité des clusters identifiés sont désormais diversifiés avec le signalement de clusters en milieu familial élargi (6), en milieu professionnel (4), en milieu scolaire ou universitaire (4) ou en lien avec des rassemblements temporaires d'évènements publics ou privés (4). 

15 clusters en cours dans le Loiret

  • 21 clusters sont en cours d'investigation en Bretagne, indique l'Agence régionale de Santé (ARS) Bretagne le 21 septembre : 13 en Ille-et-Vilaine (1 en établissement de santé, 4 en EHPAD, 7 en milieu scolaire et universitaire et 1 en sphère privée) ; 1 dans les Côtes d'Armor (1 en EHPAD) ; 5 dans le Finistère (3 en milieu scolaire et universitaire, 1 en EHPAD et 1 en établissement pour personnes handicapées). 2 dans le Morbihan (1 en milieu scolaire et universitaire et 1 en sphère privée).
  • 9 clusters en cours en Guadeloupe, selon le bulletin de Santé publique France. Au 16 septembre, 20 clusters ont été mis en évidence dont 9 sont en cours d'investigation, 2 sont maitrisés et 9 sont clôturés. Ils totalisent 292 cas. La quasi-totalité des clusters comporte plus de 5 cas. Les clusters concernent majoritairement des entreprises et des rassemblements temporaires de personnes. A Saint-Martin, 1 cluster est maîtrisé et 2 sont clôturés avec un total de 11 cas identifiés. A Saint-Barthélemy, aucun cluster n'a été identifié au 16 septembre 2020.
  • 5 nouveaux clusters en Bourgogne Franche-Comté. Dans un communiqué du 18 septembre, l'ARS Bourgogne-Franche-Comté annonce le signalements de 5 nouveaux clusters sur la semaine du 14 au 20 septembre, en Côte-d'Or, Saône-et-Loire et dans le Pôle métropolitain Belfort Montbéliard. Sur les 7 derniers jours, le nombre de nouveaux cas de coronavirus détectés continue d'augmenter en Bourgogne-Franche-Comté, pour s'établir à 1403, précise l'ARS.
  • 2 clusters en cours en Martinique, selon le bulletin de Santé publique France du 18 septembre.

Comment est identifié un cluster ?

Depuis le 25 juillet, tous les Français peuvent être testés par PCR, sans obligatoirement présenter de symptômes ni avoir d'ordonnance du médecin. Le patient doit respecter sans délai une période d'isolement strict, en attente du résultat du test (et jusqu'à 7 jours après la disparition des symptômes si son test est positif). Le "contact tracing" (tracement des cas contacts, en français) est immédiatement entamé pour identifier les personnes contacts avec le malade de 48h avant l'apparition des premiers symptômes jusqu'à l'isolement. Si le test du patient est positif, les cas contacts à risque sont testés. C'est comme ça que de nouveaux clusters sont identifiés en France. 

Pour permettre le contact tracing de l'ensemble des malades, l'organisation suivante est mise en place : 

  • Niveau 1 – Le médecin consulté par le patient présentant les symptômes de Covid-19 est chargé de réaliser le contact tracing pour l'entourage proche du patient.
  • Niveau 2 – L'Assurance maladie étend la recherche des personnes contacts aux sphères professionnelle, amicale, de loisirs et autres. Elle prescrit aux personnes contacts un test PCR et peut délivrer un arrêt de travail pour les personnes contacts qui ne peuvent pas travailler.
  • Niveau 3 – L'Agence régionale de santé, avec les cellules régionales de Santé publique France, interviendront pour l'identification et l'investigation des clusters et situations complexes, en complément des niveaux 1 et 2.

Que faire si on est cas contact dans un cluster ?

Quand on est "cas contact", il faut : 

  • Porter systématiquement un masque grand public en contact avec d'autres personnes à l'extérieur ; 
  • Contacter un centre de dépistage pour prendre rendez-vous. Le test doit avoir lieu immédiatement si vous vivez dans le même foyer que la personne contaminée ou en observant un délai de 7 jours après votre dernier contact avec cette personne, si vous ne vivez pas avec elle ;
  • Se rendre au centre de dépistage avec sa carte d'identité, sa Carte Vitale et son ordonnance et après avoir rempli un formulaire pour faire le prélèvement ;
  • Rentrer chez soi et rester confiné en attendant les résultats du test qui interviennent généralement dans les 48 heures. 
  • Les cas contacts doivent respecter une période d'isolement pour une durée de 7 jours selon la situation.

Les données collectées dans le cadre des examens de biologie Covid-19 pourront être réutilisées dans le cadre d'enquêtes sanitaires (suivi des patients diagnostiqués positifs au Covid-19 et/ou recherche des " cas contact "), de surveillance épidémiologique et de recherches via la plateforme des données de santé. Elles seront conservées pour une durée maximale d'un an. "Le patient qui effectue un test Covid-19 ne peut pas s'opposer au traitement de ses données dans l'outil SI-DEP, du fait de l'intérêt public que ce suivi représente" précise le gouvernement.

Sources

Protéger, tester, isoler : les mesures pour casser les chaînes de transmission du virus, communiqué de presse ARS Hauts-de-France, 13 mai 2020.

Tests et dépistage, Gouvernement.fr

Gestion de l'épidémie