Cluster de coronavirus : définition, carte, où sont-ils aujourd'hui ?

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"Cluster de coronavirus : définition, carte, où sont-ils aujourd'hui ?"

En France, 68 clusters de coronavirus sont en cours dont 6 en Mayenne qui ne sont pas liés à une campagne de dépistage. Un retour de cas aux Urgences est observé... Nombre de cas positifs au virus Sars-CoV-2 par région, carte, infos et conseils.

[Mise à jour le jeudi 9 juillet à 16h04] Depuis le déconfinement, les personnes présentant des symptômes évocateurs du Covid-19 doivent être testées ainsi que leurs cas contacts si le test est positif. Ces tests massifs mettent en évidence de nouveaux clusters de contamination en France. Au 1er juillet 2020, le bilan s'élève à 304 clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) rapportés depuis le 9 mai : 284 en France métropolitaine et 20 dans les départements et régions d'outre-mer. Le nombre hebdomadaire de clusters signalés est stable sur les 4 dernières semaines, précise Santé Publique France dans son point épidémiologique du 2 juillet. Parmi les zones sous vigilance : l'Ile-de-France, la Mayenne et la région du Grand Est. La majorité des clusters comporte plus de 5 cas avec un nombre moyen de 15 personnes contaminées. Quelle est la définition d'un cluster ? Que faire si on est cas contact ? Où se répartissent les clusters à date ?

Définition : que veut dire "cluster" ?

Le terme de "cluster" a été employé dès le début de l'épidémie de coronavirus en France quand les premiers foyers de contamination ont été identifiés. "Cluster" est un terme anglais qui signifie en français "grappe" ou "groupe". Dans le cas de la pandémie de Covid-19, les autorités sanitaires emploient ce terme lors de la survenue d'au moins 3 cas confirmés ou probables, dans une période de 7 jours et qui appartiennent à une même communauté ou ont participé à un même rassemblement de personnes, qu'ils se connaissent ou non.

Où étaient les premiers clusters de coronavirus en France ?

Le virus Sars-CoV-2 étant très contagieux, plusieurs clusters ont été identifiés en France dès la fin du mois de février. Dans le compte-rendu du Conseil des ministres du 29 février 2020, le gouvernement confirmait :

  • Un premier "cluster" dans l'Oise, et en particulier sur les communes de Creil, Crépy-en-Valois, Vaumoise, Lamorlaye et Lagny-le-Sec ;
  • Un second "cluster" en Haute-Savoie, dans la commune de La Balme
  • Un troisième cluster à Mulhouse causé par un rassemblement évangélique qui s'est tenu du 17 au 24 février. Sans ce rassemblement "la France serait probablement plus proche de l'Allemagne, a déclaré le Pr Jean-François Delfraissy, Président du Conseil Scientifique Covid-19 le 5 juin sur France Info. Ce cluster majeur de Mulhouse a ensuite disséminé dans l'ensemble de la France (le virus, ndlr), dans la deuxième période du mois de février".

"Le virus est encore là, et bien là, c'est certain."

En réaction à ces clusters et pour essayer de freiner la transmission du virus, le gouvernement avait décidé d'appliquer des mesures restrictives : interdiction des rassemblements collectifs dans les villes touchées, fermeture des établissements scolaires, limitation des déplacements... Le virus s'est ensuite largement répandu en France jusqu'au confinement de la population.

Carte des clusters en France

Selon point épidémiologique de Santé Publique France, au 18 juin, la carte des clusters en France est la suivante : 

Répartition des clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) en cours d'investigation par département, inclus entre le 9 mai et le 1er juillet 2020

carte cluster france au 1er juillet
Répartition des clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) en cours d’investigation par département, inclus entre le 9 mai et le 1er juillet 2020 © Santé Publique France

Où se trouvent les nouveaux clusters ?

Du 17 mars au 11 mai 2020, la population française a été confinée pour freiner l'évolution de l'épidémie de coronavirus et éviter un afflux massif de malades dans les hôpitaux. Le dépistage du coronavirus était alors réservé uniquement aux cas à risque et à certains professionnels comme les soignants. Il n'y avait pas de dépistage des cas contacts donc plus d'identification de "cluster". Depuis le déconfinement, les personnes présentant des symptômes évocateurs du Covid-19 doivent être testées ainsi que leurs cas contacts si le test est positif. Le but étant d'éviter de nouvelles chaînes de transmission et une deuxième vague épidémique. Au 9 juillet, Santé Publique France indique que 68 clusters sont en cours en France.

Distribution des clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) par semaine de signalement inclus entre le 9 mai et le 16 juin 2020 et selon leur statut au 24 juin 2020

Courbe évolution des clusters de coronavirus en France
Distribution du nombre de clusters selon leur statut (hors Ehpad et milieu familial restreint) et du nombre de cas (tous clusters) par semaine de signalement inclus entre le 9 mai et le 24 juin 2020 (N=272), au 24 juin 2020 © Santé Publique France

Parmi les clusters connus : 

  • 84 clusters ont été signalés en Ile-de-France au 1er juillet (hors Ehpad), principalement dans des établissements sociaux d'hébergement et d'insertion et des établissements de santé, rapporte Santé Publique France le 2 juillet. Plus de la moitié des clusters (51/84) ont été identifiés grâce aux opérations de dépistage élargi. "Au vu des résultats récents en IIe-de-France, le nombre de clusters signalés, s'il n'augmente plus, reste néanmoins significatif, ce qui reflète une circulation persistante du virus, a commenté le Pr Pascal Astagneau Directeur du Cpias Ile-de-France. Certains de ces nouveaux cas concernent de façon inquiétante le personnel soignant à l'hôpital, alors même qu'il s'agit d'une population particulièrement informée du risque et sensibilisée au respect des mesures barrières. (...) Restons vigilant et continuons à faire respecter les mesures indispensables pour prévenir un rebond de l'épidémie. Le virus est encore là, et bien là, c'est certain."

→ 20 clusters en Ile-de-France concernent des établissements hospitaliers : 4 sont en cours d'investigation, 3 sont considérés comme maîtrisés et 13 ont été clôturés (65 %). Parmi ces clusters, 8 ont concerné moins de 10 cas et un quart 20 cas ou plus. Pour 11 clusters, plus de la moitié des cas ont concerné des professionnels de santé dont 7 ont concerné exclusivement des professionnels.

Liste des 32 communes d'Ile-de-France bénéficiant d'un dépistage massif du Covid-19

→ Seine-et-Marne : Melun, Monterault-Fault-Yonne.

→ Yvelines : Elancourt, Mantes-la Jolie, Mureaux, Limay, Mante-la-ville, Trappes.

→ Essonne : Grigny, Evry-Courcouronnes.

→ Hauts-de-Seine : Garenne-Colombes, Colombes, Nanterre, Gennevilliers.

→ Seine-Saint-Denis : Gagny, Bobigny, Stains, Bondy, Drancy, Bourget, Epinay-sur-Seine, Sevran.

→ Val-de-Marne : Villejuif, Limeil-Brevannes.

→ Val d'Oise : Goussainville, Garges-les-Gonesse, Cergy, Argenteuil, Bezons, Gonesse, Sarcelles, Villiers-le-Bel.

  • 61 clusters ont été signalés depuis le 11 mai dans le Grand Est, Au 1er juillet 2020, dont 34 sont en cours d'investigation. Aucune diffusion communautaire (survenue de nouveaux cas hors de la collectivité et en lien avec le cluster) non contrôlée n'est rapportée.
  • 30 clusters ont été rapportés dans la région Pays de la Loire, dont 7 concernent des EHPAD, selon un communiqué de l'ARS du 24 juin, "mais tous ces clusters ne sont pas apparus en même temps ni ne sont encore actifs" précise l'Agence. L'inquiétude se concentre ces derniers jours en Mayenne où les indicateurs pour le département connaissent une hausse importante et où plusieurs clusters (6 sous la surveillance des autorités sanitaires de la région) ont été identifiés. Dans un communiqué du 8 juillet, l'ARS Pays-de-la-Loire précise que le nombre de nouveaux cas en Mayenne a doublé en 6 jours passant de 109 à 219 personnes testées positives et "ce n'est pas l'intensification du dépistage qui explique cette hausse" ajoute-t-elle, comme "le taux de positivité des tests augmente en parallèle à 8,79%".
  • 32 clusters dans les Hauts-de-France ont été identifiés entre le 9 mai et le 1er juillet : 17 ont été clôturés, 8 sont considérés comme maîtrisés et 7 sont actuellement en cours d'investigation. Parmi les 7 clusters en cours d'investigation, 4 se situent dans le Nord, 1 dans le Pas-de-Calais et 2 dans l'Oise. Parmi les 32 clusters (hors Ehpad et milieu familial restreint) rapportés depuis le début de la surveillance : 34% concernent des établissements de santé, 19% des salariés d'entreprises privées et publiques hors établissements de santé et 16% des communautés en situation de précarité. Depuis le 9 mai, 10 clusters en Ehpad ont été identifiées dans les Hauts-de-France : 3 sont clôturés, 5 sont considérés comme maîtrisés et 2 sont actuellement en cours d'investigation.
  • 31 clusters identifiés en Auvergne-Rhône-Alpes entre le 8 mai et le 1er juillet dont 13 en cours de suivi. La majorité se concentrent en milieu familial. Les clusters touchent 8 départements : 4 dans le Rhône, 3 dans l'Ain, 2 en Drôme/Ardèche, 1 en Isère et 1 dans la Loire, 1 en Savoie, 1 cluster dans des communautés de gens du voyage entre l'Allier et le Puy-de-Dôme. "Actuellement, au niveau régional, plusieurs clusters en milieu familial élargi sont liés à des personnes infectées de retour d'Algérie, ayant entraîné des cas secondaires dans leur famille en France. Ces situations expliquent l'augmentation observée des clusters la semaine dernière" indique Santé Publique France.
  • 16 clusters en Normandie ont été investigués depuis le déconfinement (hors clusters intrafamiliaux et en EHPAD), dont 8 clôturés, 1 maîtrisé et 7 en cours d'investigation.  Parmi les clusters encore en cours d'investigation : 1 cluster dans l'Eure (cluster établissement de santé); 6 clusters en Seine-Maritime dont 2 en milieu professionnel, 2 en cluster familial élargi, 1 en cluster établissement public ou privé (rassemblements temporaires de personnes) et 1 cluster en unité géographique de petite taille. "Une augmentation du taux d'incidence est observée en Normandie depuis mi-juin. Cette tendance est due à la présence de plusieurs clusters en cours d'investigation en Seine-Maritime, plus particulièrement dans l'agglomération de Rouen dont un concerne un EHPAD. Au total, plus de 140 cas positifs ont été recensés dans l'agglomération rouennaise" indique Santé Publique France.
  • 16 clusters ont été identifiés à Mayotte depuis le début de l'épidémie : 13 clusters professionnels (dont 1 caserne de pompier, 4 commissariats ou gendarmeries, 3 sociétés du secteur de la santé), 1 centre pénitentiaire, 1 cluster géographique de quartier et 1 dans un centre de quarantaine. Au 25 juin, Santé Publique France indique dans son bilan que "deux clusters sont encore actifs et à un niveau maîtrisé (pas de nouveau cas dans les 7 jours suivant la date de début des symptômes du dernier cas connu et poursuite de la surveillance) : le cluster identifié en milieu carcéral et celui dans un groupe de santé privé. Aucun nouveau cluster n'a été identifié depuis le 23 mai."
  • 14 clusters en Paca -hors Ehpad et foyers familiaux restreints- ont été identifiés dont 5 sont encore en cours d'investigation, 6 ont été clôturés, 3 sont maîtrisés au 9 juin. Plusieurs cas de COVID-19 ont été détectés dans des exploitations agricoles du pays d'Arles (Bouches-du Rhône) et dans le Vaucluse. Dans un communiqué du 30 juin, l'ARS de la région annonce que trois grandes opérations de dépistage préventif ont été organisées dans les abattoirs des Hautes-Alpes, en dehors de toute identification de cas suspects, à Saint-Bonnet-en-Champsaur, Gap et Guillestre. Les opérations de prélèvements ont eu lieu entre le 16 et le 23 juin dernier et l'ensemble des intervenants au sein des abattoirs ont été testés, soit 51 personnes au total. Tous les tests réalisés sont négatifs. La campagne de dépistage est terminée.
  • 5 clusters en Centre Val-de-Loire sont rapportés au 3 juin dont 4 en cours d'investigation : le premier a été signalé dans un abattoir de Loiret, le 14 mai 2020. Au 3 juin, 96 cas confirmés au sein de l'entreprise ont été recensés dont 5 antérieurs au 11 mai, date du déconfinement. Dans le deuxième cluster, 6 étudiants et un membre de la famille de l'un d'entre eux ont été testés positifs à la cité universitaire de Tours entre 17 et le 22 mai 2020. Les résultats des dépistages des personnes contact sont tous négatifs à ce jour. Ce cluster a été classé comme maîtrisé. Un troisième cluster a été signalé le 25 mai 2020 dans un établissement de soins du Loiret. A ce jour, 14 cas confirmés ont été identifiés dans l'établissement (patients et soignants) et 3 parmi les contacts familiaux.
  • 4 clusters actifs en Occitanie : "Une vigilance reste de mise autour des 4 clusters actuellement actifs en raison de leur importance et de la mobilité potentielle des populations qu'ils affectent. Ces clusters actifs se concentrent dans deux départements : le Gard et la Haute-Garonne. Il s'agit notamment dans le Gard (ainsi que dans les Bouches-du-Rhône et le Vaucluse pour la région PACA) de la population des travailleurs agricoles comprenant de nombreux saisonniers et sur l'agglomération toulousaine, de communautés vulnérables" précise Santé Publique France le 2 juillet.
  • 2 clusters en Bourgogne Franche-Comté. Un cas positif au COVID 19 a été signalé chez un enseignant du lycée Hippolyte Fontaine à Dijon le 19 juin dernier, rapporte l'ARS le 29 juin dans un communiqué. Samedi 27 juin, un second cas positif parmi l'équipe administrative a été signalé. Par mesure de précaution, la rectrice de l'académie de Dijon a demandé la suspension des cours à partir du 29 juin prochain jusqu'à nouvel ordre.
  • 1 seul cluster en Bretagne reste en cours d'investigation, c'est-à-dire pour lequel un cas a été confirmé au cours des 7 derniers jours. Les clusters initialement détectés peu après le déconfinement sont pour la plupart maitrisés. Mais "même si ces clusters sont à l'heure actuelle maitrisés, ils ne sont pas encore considérés comme clos au vu du délai de contamination pouvant atteindre 14 jours" précise Santé Publique France. Parmi les premiers clusters en Bretagne après le 11 mai : 69 personnes travaillant dans l'abattoir Kerméné des Côtes-d'Armor testées positives au Covid-19 (200 ont été testées), et un cluster dans un hôpital de Lannion. Les principaux clusters ont été en entreprise
  • Plus de clusters en Nouvelle-Aquitaine : "Depuis deux semaines, aucun nouveau cluster n'a été identifié dans la région, indique Santé Publique France dans le bilan du 2 juillet. Si ces informations sont rassurantes, la vigilance s'impose. En effet, certaines régions ont encore des chaines de transmission identifiées avec de nombreux malades disséminés parfois sur plusieurs départements et nous ne sommes pas à l'abri qu'une situation identique se produise."

Comment est identifié un cluster ?

Depuis le déconfinement, une personne qui présente des symptômes évocateurs d'une infection au Covid-19 doit être testée par PCR. Le patient doit respecter sans délai une période d'isolement strict, en attente du résultat du test (et jusqu'à 2 jours après la disparition des symptômes si son test est positif). Le "contact tracing" (tracement des cas contacts, en français) est immédiatement entamé pour identifier les personnes contacts avec le malade de 48h avant l'apparition des premiers symptômes jusqu'à l'isolement. Si le test du patient est positif, les cas contacts sont tous testés. C'est comme ça que de nouveaux clusters ont été identifiés depuis le 11 mai en France. 

Pour permettre le contact tracing de l'ensemble des malades, l'organisation suivante est mise en place : 

  • Niveau 1 – Le médecin consulté par le patient présentant les symptômes de Covid-19 est chargé de réaliser le contact tracing pour l'entourage proche du patient.
  • Niveau 2 – L'Assurance maladie étend la recherche des personnes contacts aux sphères professionnelle, amicale, de loisirs et autres. Elle prescrit aux personnes contacts un test PCR et peut délivrer un arrêt de travail pour les personnes contacts qui ne peuvent pas travailler.
  • Niveau 3 – L'Agence régionale de santé, avec les cellules régionales de Santé publique France, interviendront pour l'identification et l'investigation des clusters et situations complexes, en complément des niveaux 1 et 2.

Que faire si on est cas contact dans un cluster ?

Quand on est "cas contact", il faut : 

  • Porter systématiquement un masque grand public en contact avec d'autres personnes à l'extérieur ; 
  • Contacter un centre de dépistage pour prendre rendez-vous. Le test doit avoir lieu immédiatement si vous vivez dans le même foyer que la personne contaminée ou en observant un délai de 7 jours après votre dernier contact avec cette personne, si vous ne vivez pas avec elle ;
  • Se rendre au centre de dépistage avec sa carte d'identité, sa Carte Vitale et son ordonnance pour faire le prélèvement ;
  • Rentrer chez soi et rester confiné en attendant les résultats du test qui interviennent généralement dans les 24 heures au plus tard. 
  • Les cas contacts doivent respecter une période d'isolement pour une durée d'environ 14 jours selon la situation.

Les données collectées dans le cadre des examens de biologie Covid-19 pourront être réutilisées dans le cadre d'enquêtes sanitaires (suivi des patients diagnostiqués positifs au Covid-19 et/ou recherche des " cas contact "), de surveillance épidémiologique et de recherches via la plateforme des données de santé. Elles seront conservées pour une durée maximale d'un an. "Le patient qui effectue un test Covid-19 ne peut pas s'opposer au traitement de ses données dans l'outil SI-DEP, du fait de l'intérêt public que ce suivi représente" précise le gouvernement.

Sources

Protéger, tester, isoler : les mesures pour casser les chaînes de transmission du virus, communiqué de presse ARS Hauts-de-France, 13 mai 2020.

Tests et dépistage, Gouvernement.fr

Gestion de l'épidémie