Variant indien : cas en France, test, contagion, que sait-on ?

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"Variant indien : cas en France, test, contagion, que sait-on ?"

Des cas importés de variants indiens ont été rapportés dans plusieurs régions françaises chez des personnes de retour d'Inde. Au 5 mai, 11 épisodes ont été signalés . Ce "nouveau" variant (B.1.617) est porteur de trois mutations qui entraîneraient une plus grande résistance aux vaccins. Quels sont ses symptômes ? Est-il plus dangereux ? Mortel ? Infos à date.

[Mis à jour le vendredi 7 mai à 17h37] Après les variants anglais, brésilien, sud-africain, breton, une nouvelle souche du virus initial Sars-CoV-2 inquiète. Depuis plusieurs semaines, l'Inde connaît une flambée épidémique qui s'explique en partie par la circulation d'un nouveau variant : le B.1.617. Communément appelé le "variant indien", ce mutant suscite des inquiétudes car il serait porteur de deux mutations particulièrement puissantes et résistantes aux anticorps. Ce variant est officiellement présent en France. "Des cas importés ont été rapportés dans plusieurs régions chez des personnes de retour d'Inde, indique Santé Publique France dans son bulletin épidémiologique du 6 mai. Au 05 mai, 11 épisodes ont été signalés avec au moins un cas B.1.617. Des transmissions secondaires ont été rapportées dans l'entourage familial et amical de certains cas, mais les mesures précoces d'identification et d'isolement des cas et de leurs contacts ont permis de limiter le risque de diffusion. La situation reste suivie avec attention." Où est-il présent exactement ? En Europe ? En France ? Quels sont ses symptômes ? Ses dangers sur le long terme ? Les vaccins nous protègent-ils contre lui ? Ce que l'on sait à date. 

Définition : c'est quoi le variant indien ?

Ce nouveau variant a été "repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur", une ville du centre de l'Inde située dans le Maharashtra, rapporte un article du Monde du 19 avril 2021. Il s'agit d'un nouveau mutant du Sars-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de la Covid-19, qui résulte de "quinze mutations spécifiques", détaille Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi. Selon les épidémiologistes, le variant indien ressemblerait pour le moment aux variants brésiliens et sud-africains. Ce variant concernerait, au 14 avril 2021, 61% des échantillons séquencés dans l'Etat du Maharastra où il a été découvert. En Inde, il représenterait de 15 à 20% des échantillons séquencés. Pour autant, à ce stade, "bien que ce variant soit classé VOC (variant préoccupant) et suivi de près par les autorités sanitaires indiennes, aucun lien n'est établi entre l'émergence de ce variant et la dégradation récente de la situation épidémiologique", tient à rétablir le ministère de la Santé indien. Par précaution, le Royaume-Uni a tout de même restreint les vols en provenance d'Inde à ses seuls résidents, depuis le 19 avril 2021, après la confirmation de 103 cas de ce variant indien sur son territoire. Afin de limiter la diffusion de variants en France, des mesures de protection supplémentaires ont été prises depuis samedi 24 avril pour les voyageurs arrivant d'Inde : le dispositif de test avant l'embarquement a été renforcé, avec l'obligation d'un test PCR négatif de moins de 36h ou un résultat de test PCR négatif de moins de 72h accompagné d'un test antigénique négatif de moins de 24h. De plus, la réalisation d'un test antigénique a été rendue systématique à l'arrivée en France, avant de quitter l'aéroport. Enfin, chaque personne en provenance de ces pays fait dorénavant l'objet d'une mise en quarantaine obligatoire et contrôlée pour 10 jours, décidée par arrêté préfectoral. Un test PCR négatif au 9ème jour permet de sortir de la quarantaine le 10ème jour.

Quel est le nom scientifique du variant indien ?

La variant indien porte le nom scientifique B.1.617. Le lignage B.1.617 comprend 3 sous-lignages, caractérisés par les mutations L452R et P681R et classés VOI : B.1.617.1, B.617.2 et B.1.617.3.

Quelles sont les mutations inquiétantes de ce variant ?

Le variant indien inclut 3 sous-lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement en termes de mutations d'intérêt. Les mutations caractéristiques du lignage B.1.617 incluent les mutations L452R, P681R, et la mutation E484Q (observée uniquement dans les sous-lignages B.1.617.1 et B.1.617.3). Cette dernière -qui ressemble à une mutation présente dans les variants identifiés en Afrique du Sud et au Brésil.- pourrait être associée à un impact significatif en termes d'échappement immunitaire (postinfection et post-vaccinal), bien que cela ne soit pas démontré à ce stade, rapporte Santé Publique France dans son Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France au 5 mai 2021. 

  • La mutation L452R serait associée à un risque d'augmentation de la transmissibilité du virus, et à un possible échappement immunitaire.
  • La mutation P681R pourrait également entrainer une augmentation de la transmissibilité. 

Où est-il présent : en France, en Europe, quels pays ?

Le variant indien a été détecté en France métropolitaine en avril 2021.

Selon les données de GISAID, la majorité des cas de B.1.617 sont actuellement identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux Etats-Unis et à Singapour. Plusieurs pays européens ont rapporté au cours des dernières semaines des cas importés de variant B.1.617.

Au Royaume-Uni, les données de séquençage chez les voyageurs de retour d'Inde montrent une augmentation importante du nombre de cas de B.1.617 à partir de la mi-mars. Depuis début avril, il serait identifié plus fréquemment que le variant anglais 20I/501Y.V1, suggérant une progression importante de ce variant en Inde, en particulier dans les régions dans lesquelles ont séjourné les voyageurs de retour au Royaume-Uni.

En France "des cas importés ont été rapportés dans plusieurs régions chez des personnes de retour d'Inde, indique Santé Publique France dans son bulletin épidémiologique du 6 mai. Au 05 mai, 11 épisodes ont été signalés avec au moins un cas B.1.617. Des transmissions secondaires ont été rapportées dans l'entourage familial et amical de certains cas, mais les mesures précoces d'identification et d'isolement des cas et de leurs contacts ont permis de limiter le risque de diffusion. La situation reste suivie avec attention." Parmi les cas repérés en France, des cas dans le Lot-et-Garonne, dans les Bouches-du-Rhône.

Carte de la présence du variant indien (B.1.617) dans le monde au 30 avril 2021.
Carte de la présence du variant indien (B.1.617) dans le monde au 30 avril 2021. © Gisaid

Qui sont les premières victimes en France ?

  • Le 9 avril : un premier cas a été détecté dans le Lot et Garonne : il s'agit d'une femme résidant dans le département avec un historique de voyage en Inde avant le renforcement des mesures aux frontières. La patiente symptomatique a été testée positive le 9 avril, et s'est isolée avec sa famille à son domicile. Par la suite, le résultat du criblage effectué sur le prélèvement positif a rendu nécessaire la réalisation complémentaire d'un séquençage. Le résultat du séquençage réalisé par le CHU de Toulouse a identifié le variant B.1.617.
  • Le 19 avril et le 27 avril : deux autres cas ont été détectés dans les Bouches-du-Rhône. Il s'agit de deux personnes arrivant d'Inde, sans lien l'une avec l'autre. Ces 2 personnes ont été mises en quarantaine immédiatement après leur arrivée sur le territoire national. Elles ont été testées positives au tout début de leur quarantaine respectivement le 19 et le 27 avril. Les résultats de séquençages des deux tests ont identifié le variant B.1.617. 
  • Le 30 avril : un deuxième cas dans le Lot-et-Garonne (il s'agit du mari de la femme qui avait voyagé en mars en Inde) et un autre à Bordeaux, annonce l'ARS de Nouvelle Aquitaine. Au Havre, plusieurs suspicions de cas de variant indien en investigation, a indiqué l'Agence régionale de santé (ARS) de Normandie. 

Tous les contacts à risque ont été identifiés et immédiatement isolés. 

Quels sont ses symptômes ?

Si le variant indien semble plus contagieux que les autres souches, il entraînerait des symptômes typiques de la Covid-19. Le directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi indique que les malades souffrent "de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaire. On en voit atteints de diarrhée, comme ce fut le cas à New York l'an dernier. Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu'ils toussent ou éternuent davantage".

Test : comment dépister le variant indien ?

Selon l'analyse de risque au 21 avril 2021, le variant B.1.617est classé en variant à suivre, ou VOI ( "variant of interest" en anglais). Cette catégorie implique la mise en place d'un suivi national et international renforcé ainsi que des analyses virologiques spécifiques à ces variants à suivre permettant d'évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques  Selon le ministère de la Santé, lors des dépistages :

► Il est désormais demander aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour en Inde dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fera l'objet d'un renseignement obligatoire de SIDEP (champ "pays de provenance").

► Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d'orienter toute personne ayant séjourné en Inde dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d'un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d'un test RT-PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d'un test antigénique).

► Il est demandé de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 pour une personne ayant séjourné en Inde dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour. Les prélèvements à séquencer seront à adresser à un laboratoire du réseau ANRS-MIE en première intention. Les séquençages devront faire l'objet d'une remontée obligatoire de la séquence et des métadonnées dans la base de données nationale EMERGEN.

Quels sont ses dangers ?

Le variant indien serait donc porteur de deux mutations spécifiques : la première, la substitution L452R qui serait "présente dans deux lignages qui circulent aux États-Unis et qui entraînerait une légère augmentation de la transmissibilité [du virus], aux alentours de 20 à 30 %", explique Bruno Lina, virologue au CHU de Lyon, dans un article de La Croix. La seconde, la substitution E484K, qui a déjà été retrouvée chez des variants préoccupants (brésilien et sud-africain), aurait "un impact significatif en termes d'échappement immunitaire", alerte Santé publique France dans son analyse du 8 avril, en précisant que cela n'a pas encore été formellement démontré. Autrement dit, "si cela se confirme, cela pourrait poser des soucis à moyen terme, car cela fragiliserait l'immunité de la population, vu que les personnes déjà infectées et celles vaccinées par les vaccins qui utilisent un vecteur type adénovirus – comme le vaccin AstraZeneca, Johnson & Johnson ou celui de Chine – sont bien moins protégées face à ces mutations", détaille Samuel Alizon, directeur de recherche au laboratoire des maladies infectieuses et vecteurs du CNRS, au HuffPost.

Plus contagieux chez les jeunes et les enfants ?

Il y a "pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants"

Les données manquent encore sur l'impact en santé publique des sous-lignages B.1.617, qui pourraient être associés à une transmissibilité accrue de ce variant, indique Santé Publique France le 6 mai. La double mutation présente sur le variant indien augmenterait sa capacité de transmission, notamment chez les jeunes et les enfants. En Inde, pour le moment, 65% des nouveaux malades ont moins de 45 ans, selon le chef du gouvernement local de New Delhi. Le variant touche ainsi les personnes jeunes, voire les enfants : "l'année dernière il n'y avait pratiquement pas d'enfants hospitalisés", ce qui n'est désormais plus le cas, signale Khusrav Bakan consultant à l'hôpital P. D. Hinduja National de Bombay. En Europe, il y a "pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants, ajoute le Pr Patrick Berche, microbiologiste et membre de l'Académie de médecine. Cela est assez inquiétant. Mais ça demande vérification. Pour le moment, ce n'est pas étayé par des publications. On a des indications qui pourraient suggérer que le virus devient plus virulent, mais ce n'est pas confirmé".

Est-il résistant au vaccin ?

"Deux positions (les deux mutations préalablement décrites) semblent être particulièrement puissantes, parce qu'elles peuvent échapper aux anticorps", confie le directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi au Monde. Pour le moment, les vaccins administrés comme les sérums d'AstraZeneca, de Johnson & Johnson ou les vaccins chinois (CoronoVac de Sinovac et les deux vaccins de Sinopharm) ne protègeraient pas contre le variant indien. Interrogée sur France Info le 21 avril 2021, l'infectiologue Karine Lacombe ajoute que ce variant pourrait également être "résistant aux traitements [de la Covid] comme les anticorps monoclonaux". 

Sources :

- Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France, 5 mai 2021. 

- Gisaid : banque de données et réseau de surveillance des variants 

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