Variant Delta (indien) : top 10 des symptômes, cas en France

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"Variant Delta (indien) : top 10 des symptômes, cas en France"

Le variant Delta (indien) serait responsable de 2 à 4% des nouvelles contaminations en France, soit 50 à 150 cas positifs par jour, estime Olivier Véran. Quels sont les 10 symptômes les plus fréquents en cas de contamination ? Est-il plus dangereux ? Mortel ? Pour les enfants ? Les vaccins Pfizer ou AstraZeneca sont-ils inefficaces ? Cas et infos à date.

[Mis à jour le mercredi 16 juin à 12h35] Selon le dernier bilan de Santé publique France du 10 juin31 cas de variant indien ont été confirmés en France dans la semaine du 31 mai au 6 juin (dont 17 cas de variant B.1.617.2 (Delta) et 14 cas de variant B.1.617.1 (Kappa)). Deux cas positifs au variant indien ont été détectés au CHRU de Tours (Indre-et-Loire), apprend-on le 15 juin. Par ailleurs, plusieurs clusters liés au variant Delta ont été rapportés : un cluster d'au moins 4 cas (et 43 cas contacts en cours d'investigation) au sein de la Haute Ecole des Arts du Rhin à Strasbourg, des clusters dans deux EHPAD en Provence-Alpes-Côte d'Azur qui semblent désormais contenus et une situation dans les Landes impliquant des clusters dans différents contextes (familiaux, entreprise et établissements scolaires), qui reflète une transmission communautaire localisée. Le variant B.1.617 ("Delta" selon le nouveau nom donné par l'OMS représente 2 à 4% des nouvelles contaminations en France, rapporte Olivier Véran le 15 juin, soit entre 50 et 150 cas positifs par jour. Il a été identifié pour la première fois en Inde où il a fait des milliers de morts.  Selon une étude publiée le 11 juin dans le Public Health England, le variant Delta, désormais majoritaire au Royaume-Uni et représente plus de 96% des cas, serait 60% plus contagieux que le variant britannique. Dans ce contexte, le Premier ministre Boris Johnson a décidé de décaler d'un mois le déconfinement en Angleterre. Comme ses homologues anglais, brésilien et sud-africains, une sous-lignée de ce variant a été classée comme "préoccupante" (VOC) par l'OMS. Où est-il présent exactement ? En Europe ? En France ? Quels sont ses symptômes ? Ses dangers sur le long terme ? Les vaccins nous protègent-ils contre lui ? Ce que l'on sait à date. 

Définition : c'est quoi le variant indien ?

Le variant indien ou "Delta" a été "repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur", une ville du centre de l'Inde située dans le Maharashtra, rapporte un article du Monde du 19 avril 2021. Il s'agit d'un nouveau mutant du Sars-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de la Covid-19, qui résulte de "quinze mutations spécifiques", détaille Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi. Selon les épidémiologistes, le variant indien ressemblerait pour le moment aux variants brésiliens et sud-africains. 

Quel est le nom scientifique du variant indien ?

La variant indien porte le nom scientifique B.1.617. Le lignage B.1.617 comprend 3 sous-lignages, caractérisés par les mutations L452R et P681R :

  • B.1.617.1 (Kappa)
  • B.617.2 (Delta, le plus fréquent en France) : c'est ce sous-lignage qui a été classé comme "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la Santé. "Il est devenu évident que davantage de risques pour le public sont associés au B.1.617.2, tandis que des taux de transmission moindres ont été observés avec les autres sous-lignées", précise l'OMS dans son point épidémiologique hebdomadaire sur la pandémie.
  • B.1.617.3.

Quels sont ses symptômes ?

Le variant Delta ressemblerait à "un mauvais rhume".

Si le variant indien semble plus contagieux que les autres souches, il entraînerait des symptômes typiques de la Covid-19. Le directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi indique que les malades souffrent "de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaire. On en voit atteints de diarrhée, comme ce fut le cas à New York l'an dernier. Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu'ils toussent ou éternuent davantage". Les données recueillies dans le cadre de l'étude des symptômes de l'application Zoe Covid suggèrent que le variant Delta ressemblerait à "un mauvais rhume" chez les personnes jeunes "qui ont de toute manière des symptômes plus légers". Ainsi, le premier symptôme serait le mal de tête, suivi d'un mal de gorge, d'un écoulement nasal et de la fièvre. La toux semblerait être le 5e symptôme le plus courant lors d'une contamination au variant Delta et la perte d'odorat n'apparaît pas dans le top 10 des symptômes les plus fréquents. Quiconque pense avoir des symptômes évocateurs du Covid doit passer un test et s'isoler dans l'attente des résultats.

Top 10 des symptômes les plus courants pour le variant Delta :

  1.  Mal de tête
  2. Mal de gorge
  3. Ecoulement nasal
  4. Fièvre
  5. Toux (continue)
  6. Fatigue
  7.  Frissons
  8.  Perte d'appétit
  9. Douleurs musculaires
  10. Modification/Perte du goût

Quelles sont les mutations inquiétantes de ce variant ?

Le variant indien inclut 3 sous-lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement en termes de mutations d'intérêt. Les mutations caractéristiques du lignage B.1.617 incluent les mutations L452R, P681R, et la mutation E484Q (observée uniquement dans les sous-lignages B.1.617.1 et B.1.617.3). Cette dernière -qui ressemble à une mutation présente dans les variants identifiés en Afrique du Sud et au Brésil.- pourrait être associée à un impact significatif en termes d'échappement immunitaire (postinfection et post-vaccinal), bien que cela ne soit pas démontré à ce stade, rapporte Santé Publique France dans son Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France au 5 mai 2021. 

  • La mutation L452R serait associée à un risque d'augmentation de la transmissibilité du virus, et à un possible échappement immunitaire.
  • La mutation P681R pourrait également entrainer une augmentation de la transmissibilité. 
  • La mutation E484Q pourrait avoir un impact significatif en termes d'échappement immunitaire (postinfection et post-vaccinal)

Est-il résistant aux vaccins ?

Le variant indien diviserait par trois le nombre d'anticorps produits par les vaccins Moderna et Pfizer

Au vaccin AstraZeneca : "Deux positions (les mutations préalablement décrites) semblent être particulièrement puissantes, parce qu'elles peuvent échapper aux anticorps", confie le directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi au Monde. Toutefois, une étude, réalisée notamment par l'Université d'Oxford et dont l'objectif était d'étudier l'efficacité des vaccins COMIRNATY® (Pfizer) et VAXZEVRIA® (AstraZeneca) contre le variant delta, a montré que l'efficacité vaccinale contre les formes symptomatiques de l'infection reste élevée après l'administration de 2 doses de vaccin. Ainsi, la Haute Autorité de Santé recommande de ne pas modifier, à ce stade, l'intervalle actuellement prévu entre deux doses de vaccin VAXZEVRIA®, soit 9 à 12 semaines. L'étude de Public Health England (PHE) du 14 juin montre une protection à 92 % contre les hospitalisations dues au variant Delta après deux doses du vaccin AstraZeneca.

Aux vaccins Pfizer et Moderna : Les vaccins de Moderna et de Pfizer-BioNTech se seraient montrés efficaces contre le variant indien, confirment les chercheurs d'étude préliminaire américaine rendue publique le 17 mai. Ces résultats doivent toutefois être validés avant d'être publiés dans une revue scientifique. "Nous avons conclu que les anticorps produits par les vaccins sont un peu affaiblis contre ces variants (le variant indien diviserait par trois le nombre d'anticorps produits par les vaccins Moderna et Pfizer, ndlr), a expliqué Nathaniel Landau, auteur principal de l'étude. Mais pas assez pour nous laisser penser que cela aura un grand effet sur la protection conférée par les vaccins." L'étude de Public Health England (PHE) du 14 juin montre une protection à 96 % contre les hospitalisations dues au variant Delta après deux doses du vaccin Pfizer/BioNTech.

Pays touchés : où est-il présent ?

Le variant indien a été détecté en France métropolitaine en avril 2021.

Le variant indien a été officiellement signalé dans plus de 70 territoires, selon les dernières données de l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Selon les données de GISAID, la majorité des cas de B.1.617 sont actuellement identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux Etats-Unis, en Allemagne et à Singapour. Il est possible que ce lignage ait diffusé dans d'autres pays, notamment les pays limitrophes, pour lesquels il n'y a pas de séquences dans GISAID (Népal et Bangladesh notamment). Parmi les cas liés au variant B.1.617 détectés en Europe, le sous-lignage B.1.617.2 (Delta) est prédominant.

En France : selon le dernier bulletin hebdomadaire de Santé publique France du 10 juin, lors de la semaine 22, les données de séquençage des quatre plateformes du consortium Emergen montrent un total de 31 cas confirmés au lignage B.1.617 dont 17 cas confirmés de variant B.1.617.2 (Delta) et 14 cas de variant B.1.617.1 (Kappa). Parmi les cas B.1.617.2, cinq ont été identifiés au cours de l'enquête Flash #10 et les cas ont été rapportés pour cinq régions : Île-de-France (8), Auvergne-Rhône-Alpes (4), Provence-Alpes-Côte d'Azur (2), Grand Est (2) et Hauts-de-France (1). Pour les cas séquencés confirmés au variant B.1.617.1, les cas ont été rapportés dans deux régions : la région Provence-Alpes-Côte d'Azur avec 12 cas confirmés provenant d'un cluster en EHPAD et la région Auvergne-Rhône-Alpes avec deux cas confirmés, mais également un cluster dans un hôpital en Loire-Atlantique. Par ailleurs, la situation dans les Landes impliquant des clusters dans différents contextes (familiaux, entreprise et établissements scolaires), qui reflète une transmission communautaire localisée.

  • Le 12 juin, la préfecture du Bas-Rhin a annoncé la fermeture de la Haute Ecole des Arts du Rhin, à Strasbourg, suite à la détection d'un cluster d'au moins 4 cas positifs au variant Delta, et d'au moins 43 cas contacts. Au total, 143 personnes ont été testées vendredi 11 juin.  
  • Le 15 juin, deux cas positifs au variant indien auraient été détectés au CHRU de Tours (Indre-et-Loire). Une nouvelle confirmée par l'Agence Régionale de Santé Centre-Val-de-Loire précisant "qu'il n'y a pas de cluster" de ce variant en Touraine pour l'instant.

Afin de limiter la diffusion de variants en France, un isolement obligatoire des voyageurs allant au Royaume-Uni est mis en place a annoncé le porte-parole du gouvernement le 26 mai. Depuis samedi 24 avril pour les voyageurs arrivant d'Inde : le dispositif de test avant l'embarquement a été renforcé, avec l'obligation d'un test PCR négatif de moins de 36h ou un résultat de test PCR négatif de moins de 72h accompagné d'un test antigénique négatif de moins de 24h. De plus, la réalisation d'un test antigénique a été rendue systématique à l'arrivée en France, avant de quitter l'aéroport. Enfin, chaque personne en provenance de ces pays fait dorénavant l'objet d'une mise en quarantaine obligatoire et contrôlée pour 10 jours, décidée par arrêté préfectoral. Un test PCR négatif au 9ème jour permet de sortir de la quarantaine le 10ème jour.

Au Royaume-Uni, les données de séquençage chez les voyageurs de retour d'Inde montrent une augmentation importante du nombre de cas de B.1.617 depuis la mi-mars. Depuis début avril, il est identifié plus fréquemment que le variant anglais 20I/501Y.V1. Au début du mois de juin, le variant Delta représente 96% des nouveaux cas identifiés au Royaume-Uni. Dans ce contexte, le Premier ministre Boris Johnson décide de décaler de 4 semaines le déconfinement en Angleterre"Dans les zones les plus touchées, les contaminations doublent chaque semaine et le nombre d'admissions dans les hôpitaux anglais a augmenté de 50% en une semaine", s'inquiète le Premier ministre, alors que le nombre de contaminations est passé de 2000 à 7000 par jour ces dernières semaines.

► Aux Etats-Unis : le variant indien représente plus de 6 % des échantillons de virus séquencés, selon les données des Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Il s'agit d'un bond d'environ 1% il y a un mois.

Test : comment dépister le variant indien ?

Selon l'analyse de risque au 21 avril 2021, le variant B.1.617est classé en variant à suivre, ou VOI ( "variant of interest" en anglais). Cette catégorie implique la mise en place d'un suivi national et international renforcé ainsi que des analyses virologiques spécifiques à ces variants à suivre permettant d'évaluer leurs caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques  Selon le ministère de la Santé, lors des dépistages :

► Il est désormais demander aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour en Inde dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné. En cas de réponse positive, cette mention fera l'objet d'un renseignement obligatoire de SIDEP (champ "pays de provenance").

► Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d'orienter toute personne ayant séjourné en Inde dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d'un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d'un test RT-PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d'un test antigénique).

► Il est demandé de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif pour le SARS-CoV-2 pour une personne ayant séjourné en Inde dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour. Les prélèvements à séquencer seront à adresser à un laboratoire du réseau ANRS-MIE en première intention. Les séquençages devront faire l'objet d'une remontée obligatoire de la séquence et des métadonnées dans la base de données nationale EMERGEN.

Quels sont ses dangers ?

Le variant indien serait donc porteur de deux mutations spécifiques : la première, la substitution L452R qui serait "présente dans deux lignages qui circulent aux États-Unis et qui entraînerait une légère augmentation de la transmissibilité [du virus], aux alentours de 20 à 30 %", explique Bruno Lina, virologue au CHU de Lyon, dans un article de La Croix. La seconde, la substitution E484K, qui a déjà été retrouvée chez des variants préoccupants (brésilien et sud-africain), aurait "un impact significatif en termes d'échappement immunitaire", alerte Santé publique France dans son analyse du 8 avril, en précisant que cela n'a pas encore été formellement démontré. Autrement dit, "si cela se confirme, cela pourrait poser des soucis à moyen terme, car cela fragiliserait l'immunité de la population, vu que les personnes déjà infectées et celles vaccinées par les vaccins qui utilisent un vecteur type adénovirus – comme le vaccin AstraZeneca, Johnson & Johnson ou celui de Chine – sont bien moins protégées face à ces mutations", détaille Samuel Alizon, directeur de recherche au laboratoire des maladies infectieuses et vecteurs du CNRS, au HuffPost.

Plus contagieux chez les jeunes et les enfants ?

Il y a "pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants"

Les données manquent encore sur l'impact en santé publique des sous-lignages B.1.617, qui pourraient être associés à une transmissibilité accrue de ce variant, indique Santé Publique France le 6 mai. La double mutation présente sur le variant indien augmenterait sa capacité de transmission, notamment chez les jeunes et les enfants. En Inde, pour le moment, 65% des nouveaux malades ont moins de 45 ans, selon le chef du gouvernement local de New Delhi. Le variant touche ainsi les personnes jeunes, voire les enfants : "l'année dernière il n'y avait pratiquement pas d'enfants hospitalisés", ce qui n'est désormais plus le cas, signale Khusrav Bakan consultant à l'hôpital P. D. Hinduja National de Bombay. En Europe, il y a "pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants, ajoute le Pr Patrick Berche, microbiologiste et membre de l'Académie de médecine. Cela est assez inquiétant. Mais ça demande vérification. Pour le moment, ce n'est pas étayé par des publications. On a des indications qui pourraient suggérer que le virus devient plus virulent, mais ce n'est pas confirmé".

Sources :

- Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France, 5 mai 2021. 

- Gisaid : banque de données et réseau de surveillance des variants