Variant Delta : origine, en France, symptômes, incubation

"Variant Delta : origine, en France, symptômes, incubation"

VARIANT DELTA. Le variant Delta (appelé avant "indien") a longtemps été responsable de la totalité des tests positifs criblés en France, avant d'être peu à peu remplacé par Omicron, devenu majoritaire en cette 5e vague de Covid. Origine, symptômes, incubation, efficacité de Pfizer ou Moderna... Connaissances.

[Mis à jour le 5 janvier 2021 à 15h16] Le variant Delta est l'une des mutations de la souche initiale du Covid. Il a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020 où il a été responsable d'une importante vague épidémique. Plus contagieux que la forme initiale du virus, il s'est développé dans de nombreux pays dans le monde comme la France, les Etats-Unis, l'Australie, le Royaume-Uni ou la Chine. Ce variant est plus transmissible que les autres mutations du Covid (environ 40 à 60% plus transmissible que le variant Alpha, environ 60% que le Bêta et environ 30% que le variant Gamma). Ce variant (mutation L452R) a longtemps représenté 100% des séquences interprétables en France, selon Santé publique France. Mais depuis novembre, il est peu à peu remplacé par le variant Omicron, plus transmissible, qui est désormais majoritaire. Le 27 décembre, 62,4% des tests de criblage indiquaient un profil compatible avec Omicron. Mais Omicron serait 2 à 3 fois moins sévère que Delta, estime le gouvernement. "Delta menace nos réanimations par ses formes graves. Omicron menace nos lits de médecine par ses formes symptomatiques nombreuses. Dans les deux cas, le vaccin avec rappel protège", a tenu à rappeler Olivier Véran, ministre de la Santé sur Twitter. "Le danger est loin d'être écarté, a confirmé Gabriel Attal le 5 janvier. Si la vague Delta atteint un plateau en terme de contaminations, elle est encore très forte dans nos hôpitaux, notamment dans certaines régions du Sud." Quelles sont les particularités du variant Delta ? Ses symptômes ? Quelle est sa contagion ? Son R0 ? Quels dangers sur le long terme ? Les vaccins réduisent-ils sa transmission ? Connaissances. 

Quelle est l'origine du variant Delta ?

Le variant indien ou "Delta" a été "repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur", une ville du centre de l'Inde située dans le Maharashtra. Il s'agit d'un mutant du Sars-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de la Covid-19, qui résulte de "quinze mutations spécifiques", détaille Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi. Le variant indien inclut 3 sous-lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement en termes de mutations d'intérêt :

  • B.1.617.1 (Kappa)
  • B.617.2 (Delta, le plus fréquent en France) : c'est ce sous-lignage qui a été classé comme "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la Santé. "Il est devenu évident que davantage de risques pour le public sont associés au B.1.617.2, tandis que des taux de transmission moindres ont été observés avec les autres sous-lignées", précise l'OMS dans son point épidémiologique hebdomadaire sur la pandémie.
  • B.1.617.3

Le variant Delta présente également un sous-variant : le AY.4.2, détecté dans 10% des tests en Angleterre en Octobre 2021. Ce sous-variant "semble avoir un taux de croissance légèrement accru par rapport à (la souche d'origine de) Delta (...) peut-être dû à une modification du virus (transmissibilité ou évasion immunitaire) ou au contexte épidémiologique", indique le site du gouvernement britannique dans un rapport du 21 octobre 2021. Sur la base de ces considérations et du niveau élevé d'incertitude, AY.4.2 a été désigné comme nouvelle variante sous surveillance : VUI-21OCT-01.

Quels sont les symptômes du variant Delta ?

 

Si le variant Delta semble plus contagieux que les autres souches, il entraînerait des symptômes typiques du Covid-19. Les données recueillies dans le cadre de l'étude des symptômes de l'application Zoe Covid suggèrent que le variant Delta ressemblerait à "un mauvais rhume" chez les personnes jeunes "qui ont de toute manière des symptômes plus légers". Quiconque pense avoir des symptômes évocateurs du Covid doit passer un test et s'isoler dans l'attente des résultats.

Top 10 des symptômes les plus courants pour le variant Delta :
  1.  Mal de tête
  2. Mal de gorge
  3. Ecoulement nasal
  4. Fièvre
  5. Toux (continue)
  6. Fatigue
  7.  Frissons
  8.  Perte d'appétit
  9. Douleurs musculaires
  10. Modification/Perte du goût

L'efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca contre les formes symptomatiques du variant Delta serait de 79%.

Quel est le R0 du variant Delta ?

Le R0, en épidémiologie, est défini comme le nombre moyen de personnes qu'une personne contagieuse peut infecter. Le niveau du R0 du virus Sars-Cov-2 historique est estimé à 3, celui du variant Alpha à environ 4,5 et celui du variant Delta à environ 6,6 (en l'absence de mesures barrières dont la vaccination).

Quelle est la contagiosité du variant Delta ?

Le variant Delta a été responsable de la quatrième vague épidémique de Covid en France en juillet 2021. "Des données robustes confirment que le variant Delta présente une augmentation de la transmissibilité de 60% par rapport au variant Alpha, jusqu'à présent le plus transmissible" informait le Conseil scientifique du Covid le 6 juillet. Dans son analyse de risque du 28 juillet, Santé Publique France indique que le variant Delta est deux fois plus transmissible que le virus historique du Sars-CoV-2, 60% plus transmissible que le variant Beta et 30% de plus que le Gamma. Parmi les facteurs possibles pouvant expliquer cette augmentation de la transmissibilité de Delta, plusieurs sources de données différentes indiquent une augmentation de la charge virale dans le nasopharynx chez les personnes infectées. Pour autant s'il contamine plus de personnes, les données actuelles ne montrent pas de durée d'infectiosité supérieure du variant Delta par rapport aux autres virus circulant (variants ou non-variants).

Quels vaccins sont efficaces contre le variant Delta ?

En cas de schéma vaccinal complet, "l'efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca contre ce variant demeure élevée contre les formes symptomatiques, même si elle semble moindre que pour le VOC Alpha (elle serait de 79%, ndlr), et très élevée contre les formes graves de COVID-19 (94%, ndlr)" informe Santé Publique France en juillet 2021 à partir de données britanniques. De plus, selon une étude américaine menée sur plus de 4 000 employés de centres de soins et d'hôpitaux dans six Etats, l'efficacité des vaccins de Pfizer et de Moderna aurait baissé aux Etats-Unis depuis que le variant delta y est dominant, passant de 91 % à 66 % d'efficacité, indique le Centers for Desease Control and Prevention (CDC) le 24 août. Toutefois, les autorités américaines estiment que les bénéfices de la vaccination sont supérieurs aux risques d'être infectés. "Bien que ces données intermédiaires suggèrent une réduction modérée dans l'efficacité des vaccins contre le Covid-19 pour prévenir l'infection, le fait que la réduction des infections reste de deux tiers souligne l'importance et le bénéfice continus de la vaccination", soulignent les auteurs de ces travaux.

Quels dangers chez les jeunes et les enfants ?

Le variant Delta ne provoquerait pas plus de formes graves du Covid-19 chez les enfants et adolescents.

La double mutation présente sur le variant indien augmenterait sa capacité de transmission. Toutefois, selon des données publiées le 3 septembre 2021 par les Centres de prévention et de lutte contre les maladies (CDC) américains, le variant Delta ne provoquerait pas plus de formes graves du Covid-19 chez les enfants et adolescents. Les chercheurs se sont appuyés sur les données de plusieurs patients hospitalisés du Covid aux Etats-Unis et ils ont comparé les taux d'hospitalisation des 0-17 ans entre deux périodes (mars à mi-juin et mi-juin à fin juillet lorsque le variant Delta était majoritaire aux Etats-Unis). Le taux a été certes multiplié par 5 entre les deux périodes, mais les auteurs notent que "la proportion d'enfants et adolescents hospitalisés pour maladie grave" était "similaire" entre mars et fin juillet. Sur les 3.116 enfants hospitalisés en trois mois et demi avant le variant Delta, 26% ont été admis en soins intensifs. Après que le variant Delta soit devenu majoritaire, sur 164 hospitalisations comptabilisées en un mois et demi, 23% des enfants sont passés par les soins intensifs. 

Sources :

- Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires Mise à jour du 28/07/2021

- Stowe Julia AN, Gower Charlotte , Gallagher Eileen , Utsi Lara , Simmons Ruth , Thelwall Simon , Tessier Elise , Groves Natalie , Dabrera Gavin , Myers Richard , Campbell Colin , Amirthalingam Gayatri , Edmunds Matt , Zambon Maria , Brown Kevin , Hopkins Susan , Chand Meera , Ramsay Mary , Lopez Bernal Jamie Effectiveness of COVID-19 vaccines against hospital admission with the Delta (B.1.617.2) variant. Public Health England Publishing. 2021.

- Gisaid : banque de données et réseau de surveillance des variants