Variant Delta : symptômes, en France, incubation, vaccin

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"Variant Delta : symptômes, en France, incubation, vaccin"

VARIANT DELTA - Le variant Delta est toujours le variant dominant en France, avec une prévalence de 99,5%, selon Santé publique France. Les vaccins Pfizer ou Moderna sont-ils efficaces contre lui ? Quelle est son origine ? Ses symptômes ? Ses dangers chez l'enfant ? Carte et infos à date.

[Mis à jour le vendredi 17 septembre 2021 à 11h33Le variant Delta a été détecté pour la première fois en Inde en octobre 2020 où il a été responsable d'une vague épidémique d'une très grande intensité et où le pic semble avoir été atteint début mai 2021. Plus contagieux que la forme initiale du virus, il s'est propagé à de nombreux pays dans le monde comme la France, les Etats-Unis, l'Australie, le Royaume-Uni ou la Chine. Il demeure le variant dominant en France comme dans la majorité des pays européens, et plus largement au niveau international. Il a pratiquement entièrement remplacé le variant Alpha ainsi que tous les autres variants qui circulaient à bas bruit, attestant d'une compétitivité plus élevée. Delta a provoqué une vague épidémique importante dans de nombreux pays, avec une recrudescence des hospitalisations particulièrement marquée chez les personnes non vaccinées, indique Santé publique France dans son analyse de risque du 8 septembre. Au 12 septembre 2021, ce variant représentait plus de 99% des séquences interprétables en France, selon le dernier bulletin de Santé publique France du 16 septembreCe variant est plus transmissible que les autres mutations du Covid (environ 40 à 60% plus transmissible que le variant Alpha, Beta (environ 60%) et Gamma (environ 30%). D'autant plus qu'il donne du fil à retordre aux vaccins anti Covid. Quelles sont ses particularités ? Ses symptômes ? Quelle est sa contagion ? Son R0 ? Quels dangers sur le long terme ? Les vaccins réduisent-ils sa transmission ? Ce que l'on sait à date.

Définition : c'est quoi, quelle origine ?

Le variant indien ou "Delta" a été "repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur", une ville du centre de l'Inde située dans le Maharashtra. Il s'agit d'un mutant du Sars-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de la Covid-19, qui résulte de "quinze mutations spécifiques", détaille Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi. 

Le variant indien inclut 3 sous-lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement en termes de mutations d'intérêt :

  • B.1.617.1 (Kappa)
  • B.617.2 (Delta, le plus fréquent en France) : c'est ce sous-lignage qui a été classé comme "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la Santé. "Il est devenu évident que davantage de risques pour le public sont associés au B.1.617.2, tandis que des taux de transmission moindres ont été observés avec les autres sous-lignées", précise l'OMS dans son point épidémiologique hebdomadaire sur la pandémie.
  • B.1.617.3

Delta plus : une variante du variant 

Dans un communiqué publié le 22 juin 2021, le ministère indien de la Santé a indiqué avoir placé les États du Maharashtra, du Kerala et du Madhya Pradesh en alerte, à cause d'une nouvelle mutation du variant indien. Baptisée "delta plus",  cette variante aurait été détectée chez 22 personnes et serait encore plus contagieuse que son cousin. D'après le communiqué, le delta plus a été découvert "dans le séquençage génomique d'échantillons prélevés dans les districts de Ratnagiri et de Jalgaon au Maharashtra, dans les districts de Palakkad et de Pathanamthitta au Kerala, et dans les districts de Shivpuri au Madhya Pradesh". Selon le Consortium génomique indien sur le SARS-CoV-2 (INSACOG), le variant delta plus serait lié à :

  • une transmission plus accrue,
  • une liaison plus solide aux récepteurs des cellules pulmonaires
  • une diminution possible de la réponse des anticorps monoclonaux.

Quels sont ses symptômes ?

Top 10 des symptômes les plus courants pour le variant Delta :

  1.  Mal de tête
  2. Mal de gorge
  3. Ecoulement nasal
  4. Fièvre
  5. Toux (continue)
  6. Fatigue
  7.  Frissons
  8.  Perte d'appétit
  9. Douleurs musculaires
  10. Modification/Perte du goût

 

Si le variant indien semble plus contagieux que les autres souches, il entraînerait des symptômes typiques de la Covid-19. Le directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi indique que les malades souffrent de :

  • maux de tête,
  • congestion nasale,
  • maux de gorge,
  • douleurs musculaire,
  • diarrhée

Les données recueillies dans le cadre de l'étude des symptômes de l'application Zoe Covid suggèrent que le variant Delta ressemblerait à "un mauvais rhume" chez les personnes jeunes "qui ont de toute manière des symptômes plus légers". Ainsi, le premier symptôme serait le mal de tête, suivi d'un mal de gorge, d'un écoulement nasal et de la fièvre. La toux semblerait être le 5e symptôme le plus courant lors d'une contamination au variant Delta et la perte d'odorat n'apparaît pas dans le top 10 des symptômes les plus fréquents. Quiconque pense avoir des symptômes évocateurs du Covid doit passer un test et s'isoler dans l'attente des résultats.

L'efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca contre les formes symptomatiques du variant Delta serait de 79%.

Quel est le R0 du variant Delta ?

Le R0, en épidémiologie, est défini comme le nombre moyen de personnes qu'une personne contagieuse peut infecter. Le niveau du R0 du virus Sars-Cov-2 historique est estimé à 3, celui du variant Alpha à environ 4,5 et celui du variant Delta à environ 6,6 (en l'absence de mesures barrières dont la vaccination).

Quelle est la contagiosité du variant Delta ?

Le variant Delta est responsable de la quatrième vague épidémique de Covid en France depuis le début du mois de juillet 2021. "Des données robustes confirment que le variant Delta présente une augmentation de la transmissibilité de 60% par rapport au variant Alpha, jusqu'à présent le plus transmissible" informait le Conseil scientifique du Covid le 6 juillet. Dans son analyse de risque du 28 juillet, Santé Publique France indique que le variant Delta est deux fois plus transmissible que le virus historique du Sars-CoV-2, 60% plus transmissible que le variant Beta et 30% de plus que le Gamma. Parmi les facteurs possibles pouvant expliquer cette augmentation de la transmissibilité de Delta, plusieurs sources de données différentes indiquent une augmentation de la charge virale dans le nasopharynx chez les personnes infectées. Pour autant s'il contamine plus de personnes, les données actuelles ne montrent pas de durée d'infectiosité supérieure du variant Delta par rapport aux autres virus circulant (variants ou non-variants).

Les vaccins sont-ils efficaces ?

En cas de schéma vaccinal complet, "l'efficacité des vaccins Pfizer et AstraZeneca contre ce variant demeure élevée contre les formes symptomatiques, même si elle semble moindre que pour le VOC Alpha (elle serait de 79%, ndlr), et très élevée contre les formes graves de COVID-19 (94%, ndlr)" informe Santé Publique France dans son analyse de risque du 28 juillet à partir de données britanniques. Une récente étude de l'Imperial College de Londres menée auprès de 100.000 personnes, sur la période du 24 juin au 12 juillet au Royaume-Uni, fait état d'un taux d'efficacité des vaccins de seulement 49% face au variant Delta. Ces travaux prennent en compte de manière indifférenciée les vaccins à ARN-Messager et le sérum AstraZeneca et portent des personnes vaccinées symptomatiques et asymptomatiques. 

  • Vaccin Pfizer ou Moderna. Dans un communiqué du 9 juillet 2021, la Haute Autorité de Santé recommande de privilégier l'utilisation de vaccins à ARNm, Pfizer ou Moderna, pour les personnes qui démarrent la vaccination avec un intervalle de 3 à 4 semaines entre les deux doses. Ils seraient efficaces à 94% contre les formes graves, 79% contre les formes symptomatiques. Selon une récente étude américaine menée sur plus de 4 000 employés de centres de soins et d'hôpitaux dans six Etats, l'efficacité des vaccins de Pfizer et de Moderna aurait baissé aux Etats-Unis depuis que le variant delta y est dominant, passant de 91 % à 66 % d'efficacité, indique le Centers for Desease Control and Prevention (CDC) le 24 août. Toutefois, les autorités américaines estiment que les bénéfices de la vaccination sont supérieurs aux risques d'être infectés. "Bien que ces données intermédiaires suggèrent une réduction modérée dans l'efficacité des vaccins contre le Covid-19 pour prévenir l'infection, le fait que la réduction des infections reste de deux tiers souligne l'importance et le bénéfice continus de la vaccination", soulignent les auteurs de ces travaux.
  • Le vaccin AstraZeneca a une efficacité élevée mais moindre que les vaccins à ARN sur la variante Delta. Cette différence est du même ordre que celle observée avec le variant Alpha.
  •  Avec le vaccin Janssen de Johnson & Johnson : si les données actuellement disponibles sont très encourageantes, elles sont à ce stade insuffisantes pour conclure formellement à la conservation de l'efficacité du vaccin sur le variant delta, indique la HAS dans un communiqué du 9 juillet. Des chercheurs de l'Université de New York ont suggéré, dans une étude relayée par le New York Times le 20 juillet, que le vaccin fabriqué par Johnson & Johnson serait beaucoup moins efficace contre les variantes Delta et Lambda que contre le virus d'origine. La dose unique de sérum administré ne serait pas suffisamment efficace pour lutter contre le variant delta. Toutefois prudence, cette nouvelle étude n'a pas encore été évaluée par des pairs ni publiée dans une revue scientifique. "Le message que nous voulions faire passer n'était pas que les gens ne devraient pas recevoir le J.&J. vaccin, mais nous espérons qu'à l'avenir, il sera boosté avec une autre dose de J.&J. ou un coup de pouce avec Pfizer ou Moderna", a déclaré Nathaniel Landau, virologue à la Grossman School of Medicine de N.Y.U., qui a dirigé l'étude.
  • Les anticorps obtenus après infection par le variant Alpha et les virus ayant circulé avant janvier 2021 sont protecteurs vis-à-vis du variant Delta, en revanche les personnes ayant eu une primo-infection avec les variants Gamma (P1) ou surtout Beta (B.1.351) ont une protection croisée qui peut être insuffisante pour empêcher une réinfection avec le variant Delta.

Quels sont ses dangers ?

Des données britanniques, canadiennes et de Singapour indiquent une augmentation du risque d'hospitalisation et de formes sévères en lien avec ce variant par rapport au VOC Alpha (variant "anglais") et autres souches de référence. "C'est un variant plus apte à faire des formes sévères, a informé le Pr Arnaud Fontanet sur BFM-TV le 30 juin. Des gens infectés ont plus de risque d'être hospitalisés, on estime ce risque à 50% supérieur au virus qu'on connaissait en 2020". Les données actuelles ne montrent pas de durée d'infectiosité supérieure du variant Delta par rapport aux autres virus circulant (variants ou non-variants). En revanche, l'excrétion virale est plus élevée avec le variant Delta en comparaison notamment des variants Alpha (Source : Variants of Concern VOC Technical Briefing 17 PHE). Cette excrétion plus importante pourrait expliquer en partie l'augmentation de la transmissibilité du virus, indique le Conseil scientifique dans un avis du 8 juillet. Le variant indien est porteur de plusieurs mutations spécifiques : dont la substitution L452R qui le rend plus contagieux (50% plus que le variant Alpha) et la substitution E484K, déjà retrouvée chez les variants brésiliens et sud-africains qui aurait "un impact significatif en termes d'échappement immunitaire", alertait Santé publique France dans son analyse du 8 avril.

Plus contagieux chez les jeunes et les enfants ?

La double mutation présente sur le variant indien augmenterait sa capacité de transmission. Toutefois, selon des données publiées le 3 septembre 2021 par les Centres de prévention et de lutte contre les maladies (CDC) américains, le variant Delta ne provoquerait pas plus de formes graves du Covid-19 chez les enfants et adolescents. Les chercheurs se sont appuyés sur les données de plusieurs patients hospitalisés du Covid aux Etats-Unis et ils ont comparé les taux d'hospitalisation des 0-17 ans entre deux périodes (mars à mi-juin et mi-juin à fin juillet lorsque le variant Delta était majoritaire aux Etats-Unis). Le taux a été certes multiplié par 5 entre les deux périodes, mais les auteurs notent que "la proportion d'enfants et adolescents hospitalisés pour maladie grave" était "similaire" entre mars et fin juillet. Sur les 3.116 enfants hospitalisés en trois mois et demi avant le variant Delta, 26% ont été admis en soins intensifs. Après que le variant Delta soit devenu majoritaire, sur 164 hospitalisations comptabilisées en un mois et demi, 23% des enfants sont passés par les soins intensifs. 

Variant Delta en France

La mutation L452R (portée principalement par le variant Delta) était détectée dans 95,3% des prélèvements positifs criblés en S36( du 6 au 12 septembre), contre 95,4% la semaine précédente. Les données de séquençage confirment la très nette prédominance du variant Delta parmi les variants circulants. Delta était identifié dans plus de 99% des séquences interprétables en France métropolitaine lors des enquêtes Flash #20 (17/08) et Flash #21 (24/08) (données non consolidées). En Outre-mer, les données de criblage et de séquençage indiquent que Delta est également majoritaire. En S36, la mutation L452R était retrouvée dans 81% des tests criblés positifs en Guadeloupe, 87% en Martinique, 97% en Guyane et 90% à La Réunion.

Part des mutations E484K, E484Q et L452R parmi l’ensemble des tests criblés pour chacune de ces mutations et part des tests criblés pour au moins une de ces trois mutations parmi l’ensemble des tests positifs pour le SARS-CoV-2
Part des mutations E484K, E484Q et L452R parmi l’ensemble des tests criblés pour chacune de ces mutations et part des tests criblés pour au moins une de ces trois mutations parmi l’ensemble des tests positifs pour le SARS-CoV-2 © Santé publique France

En Ile-de-France : Le variant Delta est toujours majoritaire en Île-de-France et poursuit sa diffusion. En semaine 36 (du 6 au 12 septembre), la mutation L452R, portée principalement par ce variant, a été détectée dans 97 % des prélèvements positifs criblés pour lesquels les résultats étaient interprétables et transmis par les laboratoires (données Géodes). Le variant Delta représente :

  • 97.8% des tests positifs à Paris
  • 97.9% dans le Val-de-Marne
  • 98.7% en Seine-Saint-Denis
  • 90% en Seine-et-Marne
  • 97.6% dans le Val-d'Oise
  • 98.5% dans les Yvelines
  • 95.1% dans l'Essonne
  • 98.2% dans les Hauts-de-Seine

Carte du variant Delta en France (focus IDF)

Taux de tests avec présence de la mutation L452R au 13 septembre
Taux de tests avec présence de la mutation L452R au 13 septembre © Géodes

Sources :

- Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée conjointement par Santé publique France et le CNR des virus des infections respiratoires Mise à jour du 28/07/2021

- Stowe Julia AN, Gower Charlotte , Gallagher Eileen , Utsi Lara , Simmons Ruth , Thelwall Simon , Tessier Elise , Groves Natalie , Dabrera Gavin , Myers Richard , Campbell Colin , Amirthalingam Gayatri , Edmunds Matt , Zambon Maria , Brown Kevin , Hopkins Susan , Chand Meera , Ramsay Mary , Lopez Bernal Jamie Effectiveness of COVID-19 vaccines against hospital admission with the Delta (B.1.617.2) variant. Public Health England Publishing. 2021.

- Gisaid : banque de données et réseau de surveillance des variants