Variant Delta : symptômes, vaccin, R0, transmission

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"Variant Delta : symptômes, vaccin, R0, transmission"

VARIANT DELTA - Le variant Delta (indien) est majoritaire en France métropolitaine et représente 82% des nouveaux cas, selon Santé publique France. Il est également majoritaire en Ile-de-France. Quelle est son origine ? Sa contagiosité ? Ses symptômes ? Les vaccins Pfizer, Janssen sont-ils efficaces contre lui ? Carte et infos à date.

[Mis à jour le vendredi 30 juillet à 17h32] Le variant Delta est majoritaire en France où il représente 82,8% tests séquencés dans l'enquête Flash #14 du 13 juillet. Le variant Delta est aussi majoritaire en Île-de-France. En semaine 29 (19-25 juillet), la mutation L452R, portée principalement par ce variant, a été détectée dans 92,8 % des prélèvements positifs criblés pour lesquels les résultats étaient interprétables et transmis par les laboratoires. Les résultats de séquençage confirmaient la diffusion continue du variant Delta., souligne Santé Publique France. Il devient également dominant dans le monde. 104 pays sont désormais confrontés, indique un rapport publié le mardi 6 juillet 2021 par l'OMS. Aucun pays d'Europe n'est épargné. Quelles sont les particularités du variant Delta ? Les symptômes sont-ils différents ? Quelle est sa contagion ? Son R0 ? Quels dangers sur le long terme ? Les vaccins réduisent-ils sa transmission ? Ce que l'on sait à date.

Définition : c'est quoi, quelle origine ?

Le variant indien ou "Delta" a été "repéré pour la première fois le 5 octobre 2020 près de Nagpur", une ville du centre de l'Inde située dans le Maharashtra, rapporte un article du Monde du 19 avril 2021. Il s'agit d'un nouveau mutant du Sars-CoV-2, le virus responsable de la pandémie de la Covid-19, qui résulte de "quinze mutations spécifiques", détaille Anurag Agrawal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de New Delhi. 

Le variant indien inclut 3 sous-lignages (B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3) qui diffèrent légèrement en termes de mutations d'intérêt :

  • B.1.617.1 (Kappa)
  • B.617.2 (Delta, le plus fréquent en France) : c'est ce sous-lignage qui a été classé comme "préoccupant" par l'Organisation mondiale de la Santé. "Il est devenu évident que davantage de risques pour le public sont associés au B.1.617.2, tandis que des taux de transmission moindres ont été observés avec les autres sous-lignées", précise l'OMS dans son point épidémiologique hebdomadaire sur la pandémie.
  • B.1.617.3

Delta plus : une variante du variant ?

Dans un communiqué publié le 22 juin 2021, le ministère indien de la Santé a indiqué avoir placé les États du Maharashtra, du Kerala et du Madhya Pradesh en alerte, à cause d'une nouvelle mutation du variant indien. Baptisée "delta plus",  cette variante aurait été détectée chez 22 personnes et serait encore plus contagieuse que son cousin. D'après le communiqué, le delta plus a été découvert "dans le séquençage génomique d'échantillons prélevés dans les districts de Ratnagiri et de Jalgaon au Maharashtra, dans les districts de Palakkad et de Pathanamthitta au Kerala, et dans les districts de Shivpuri au Madhya Pradesh". Selon le Consortium génomique indien sur le SARS-CoV-2 (INSACOG), le variant delta plus serait lié à :

  • une transmission plus accrue,
  • une liaison plus solide aux récepteurs des cellules pulmonaires
  • une diminution possible de la réponse des anticorps monoclonaux.

Quels sont ses symptômes ?

Le variant Delta ressemblerait à "un mauvais rhume".

Si le variant indien semble plus contagieux que les autres souches, il entraînerait des symptômes typiques de la Covid-19. Le directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi indique que les malades souffrent de :

  • maux de tête,
  • congestion nasale,
  • maux de gorge,
  • douleurs musculaire,
  • diarrhée

"Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu'ils toussent ou éternuent davantage". Les données recueillies dans le cadre de l'étude des symptômes de l'application Zoe Covid suggèrent que le variant Delta ressemblerait à "un mauvais rhume" chez les personnes jeunes "qui ont de toute manière des symptômes plus légers". Ainsi, le premier symptôme serait le mal de tête, suivi d'un mal de gorge, d'un écoulement nasal et de la fièvre. La toux semblerait être le 5e symptôme le plus courant lors d'une contamination au variant Delta et la perte d'odorat n'apparaît pas dans le top 10 des symptômes les plus fréquents. Quiconque pense avoir des symptômes évocateurs du Covid doit passer un test et s'isoler dans l'attente des résultats.

Quel est le R0 du variant Delta ?

Le R0, en épidémiologie, est défini comme le nombre moyen de personnes qu'une personne contagieuse peut infecter. Le niveau du R0 du virus Sars-Cov-2 historique est estimé à 3, celui du variant Alpha à environ 4,5 et celui du variant Delta à environ 6,6 (en l'absence de mesures barrières dont la vaccination).

Quelle est la contagiosité du variant Delta ?

Le variant Delta est responsable de la quatrième vague épidémique de Covid en France depuis le début du mois de juillet 2021. "Des données robustes confirment que le variant Delta présente une augmentation de la transmissibilité de 60% par rapport au variant Alpha, jusqu'à présent le plus transmissible" informait le Conseil scientifique du Covid le 6 juillet. Il entre plus rapidement dans les cellules de l'organisme. Pour autant s'il contamine plus de personnes, les données actuelles ne montrent pas de durée d'infectiosité supérieure du variant Delta par rapport aux autres virus circulant (variants ou non-variants). 

Les vaccins réduisent-ils sa transmission ?

Contre le variant Delta, le Pr Arnaud Fontanet du Conseil Scientifique invité sur BFM-TV le 30 juin a confirmé "avec deux doses d'un vaccin que ce soit à ARN messager (comme Pfizer ou Moderna, ndlr) ou AstraZeneca vous êtes protégés à 95% contre les formes graves et les hospitalisations." A condition d'avoir un schéma vaccinal complet c'est-à-dire de bien réaliser les 2 doses. 

  • Vaccin Pfizer ou Moderna. Dans un communiqué du 9 juillet 2021, la Haute Autorité de Santé recommande de privilégier l'utilisation de vaccins à ARNm, Pfizer ou Moderna, pour les personnes qui démarrent la vaccination avec un intervalle de 3 à 4 semaines entre les deux doses.
  • Le vaccin AstraZeneca a une efficacité élevée mais moindre que les vaccins à ARN sur la variante Delta. Cette différence est du même ordre que celle observée avec le variant Alpha.
  •  Avec le vaccin Janssen de Johnson & Johnson : si les données actuellement disponibles sont très encourageantes, elles sont à ce stade insuffisantes pour conclure formellement à la conservation de l'efficacité du vaccin sur le variant delta, indique la HAS dans un communiqué du 9 juillet. Des chercheurs de l'Université de New York ont suggéré, dans une étude relayée par le New York Times le 20 juillet, que le vaccin fabriqué par Johnson & Johnson serait beaucoup moins efficace contre les variantes Delta et Lambda que contre le virus d'origine. La dose unique de sérum administré ne serait pas suffisamment efficace pour lutter contre le variant delta. Toutefois prudence, cette nouvelle étude n'a pas encore été évaluée par des pairs ni publiée dans une revue scientifique. "Le message que nous voulions faire passer n'était pas que les gens ne devraient pas recevoir le J.&J. vaccin, mais nous espérons qu'à l'avenir, il sera boosté avec une autre dose de J.&J. ou un coup de pouce avec Pfizer ou Moderna", a déclaré Nathaniel Landau, virologue à la Grossman School of Medicine de N.Y.U., qui a dirigé l'étude.
  • Les anticorps obtenus après infection par le variant Alpha et les virus ayant circulé avant janvier 2021 sont protecteurs vis-à-vis du variant Delta, en revanche les personnes ayant eu une primo-infection avec les variants Gamma (P1) ou surtout Beta (B.1.351) ont une protection croisée qui peut être insuffisante pour empêcher une réinfection avec le variant Delta.

Top 10 des symptômes les plus courants pour le variant Delta :

  1.  Mal de tête
  2. Mal de gorge
  3. Ecoulement nasal
  4. Fièvre
  5. Toux (continue)
  6. Fatigue
  7.  Frissons
  8.  Perte d'appétit
  9. Douleurs musculaires
  10. Modification/Perte du goût

Quels sont ses dangers ?

"C'est un variant, comme l'était le variant anglais, plus apte à faire des formes sévères, a informé le Pr Arnaud Fontanet sur BFM-TV le 30 juin. Des gens infectés ont plus de risque d'être hospitalisés, on estime ce risque à 50% supérieur au virus qu'on connaissait en 2020". Les données actuelles ne montrent pas de durée d'infectiosité supérieure du variant Delta par rapport aux autres virus circulant (variants ou non-variants). En revanche, l'excrétion virale est plus élevée avec le variant Delta en comparaison notamment des variants Alpha (Source : Variants of Concern VOC Technical Briefing 17 PHE). Cette excrétion plus importante pourrait expliquer en partie l'augmentation de la transmissibilité du virus, indique le Conseil scientifique dans un avis du 8 juillet. Le variant indien est porteur de plusieurs mutations spécifiques : dont la substitution L452R qui le rend plus contagieux (50% plus que le variant Alpha) et la substitution E484K, déjà retrouvée chez les variants brésiliens et sud-africains qui aurait "un impact significatif en termes d'échappement immunitaire", alertait Santé publique France dans son analyse du 8 avril.

Variant Delta en France

La détection de la mutation L452R (portée principalement par le variant Delta) continue d'augmenter : elle était retrouvée dans 80% des prélèvements positifs criblés en S28 (63% en S27). Les données de séquençage confirment que le variant Delta est devenu le variant majoritaire en France métropolitaine depuis la semaine 26. Les données de séquençage confirment que le variant Delta est devenu le variant majoritaire en France métropolitaine depuis la semaine 26. Il représentait 81% des séquences interprétables de l'enquête Flash #14 du 06 juillet (vs 56% pour Flash #13 le 29 juin). Au 6 juillet 2021, les trois régions ayant le nombre de cas de variant Delta confirmés le plus élevé étaient l'Île-de-France (n=273), la Nouvelle-Aquitaine (n=179), et l'Auvergne-Rhône-Alpes (n=133). L'ensemble des régions rapportait au moins un cas de variant Delta, avec, à ce jour, deux régions encore peu touchées, la Corse et la Guyane, avec une seule séquence identifiée comme variant Delta.

variant delta en france
© Santé Publique France

En Ile-de-France : Le variant Delta est toujours majoritaire en Île-de-France et poursuit sa diffusion. En semaine 29 (19-25 juillet), la mutation L452R, portée principalement par ce variant, a été détectée dans 92,8 % des prélèvements positifs criblés pour lesquels les résultats étaient interprétables et transmis par les laboratoires. Les résultats de séquençage confirmaient la diffusion du variant Delta., souligne Santé Publique France.

Carte du variant Delta en France

Carte du variant delta en France
Carte du variant delta en France du 12 au 18 juillet 2021 © Santé publique France

Dans quels pays est-il présent ?

Le variant indien circule en France métropolitaine depuis avril.

Le variant indien a été officiellement signalé dans 104 territoires, selon les dernières données de l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Tous les pays d'Europe y sont confrontés. Selon les données de GISAID, la majorité des cas de B.1.617 sont actuellement identifiés en Inde, au Royaume-Uni, aux Etats-Unis, en Allemagne et à Singapour. Il est possible que ce lignage ait diffusé dans d'autres pays, notamment les pays limitrophes, pour lesquels il n'y a pas de séquences dans GISAID (Népal et Bangladesh notamment). Parmi les cas liés au variant B.1.617 détectés en Europe, le sous-lignage B.1.617.2 (Delta) est prédominant.

Au Royaume-Uni, depuis début avril, il est identifié plus fréquemment que le variant anglais 20I/501Y.V1. Au Royaume-Uni, le variant Delta est devenu majoritaire en quelques semaines, représentant environ 95% des cas séquencés. Après plusieurs semaines de hausse des cas, l'Angleterre voit son nombre de cas quotidiens baisser à la fin du mois de juillet.

En Espagne : le variant delta représente 10% des cas positifs. Le ministre des Affaires Etrangères Clément Beaune a conseillé aux Français de ne pas s'y rendre pendant les vacances d'été, particulièrement en Catalogne. 

Au Portugal : le pays observe depuis quelques semaines une augmentation du nombre de nouveaux cas quotidiens causée par l'extension du variant Delta. En effet, à l'échelle nationale, le variant représente actuellement approximativement 50% des nouveaux cas, mais plus de 70% à Lisbonne. Pour éviter un rebond épidémique trop élevé, le gouvernement portugais a pris, dès le 24 juin 2021, des mesures dans les villes les plus touchées par le variant Delta. Le 1er juillet 2021, le Portugal a également annoncé rétablir un couvre-feu de 23h à 5h dans 45 communes, incluant les villes de Porto et de Lisbonne.

Plus contagieux chez les jeunes et les enfants ?

La double mutation présente sur le variant indien augmenterait sa capacité de transmission, notamment chez les jeunes et les enfants. En Inde, en mai 2021, 65% des nouveaux malades avaient moins de 45 ans, selon le chef du gouvernement local de New Delhi. Le variant touche ainsi les personnes jeunes, voire les enfants : "l'année dernière il n'y avait pratiquement pas d'enfants hospitalisés", ce qui n'est désormais plus le cas, signale Khusrav Bakan consultant à l'hôpital P. D. Hinduja National de Bombay. En Europe, il y a "pas mal de cas chez des sujets jeunes et même chez des enfants, ajoute le Pr Patrick Berche, microbiologiste et membre de l'Académie de médecine. Cela est assez inquiétant. Mais ça demande vérification. Pour le moment, ce n'est pas étayé par des publications. On a des indications qui pourraient suggérer que le virus devient plus virulent, mais ce n'est pas confirmé".

Sources :

- Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France, 5 mai 2021. 

- Gisaid : banque de données et réseau de surveillance des variants