Variant centaure Covid (BA.2.75) : France, Inde, dangereux ?

Apparu en Inde depuis le mois de mai 2022, un sous-variant de BA.2, lui-même sous-variant d'Omicron, a été détecté en France pour la première fois en juillet 2022 : il s'agit du sous-variant BA.2.75, aussi surnommé "variant centaure" (ou "centaurus" en anglais) de manière non officielle. Il continue de circuler en Asie, principalement en Inde où il est aujourd'hui majoritaire : environ 60% des cas, et à Singapour, indique la dernière analyse de risque des variants de Santé publique France. Entre le 25 septembre et le 24 octobre, il représentait 2,6% des séquences déposées sur GISAID. En France, il est détecté à des niveaux faibles, avec 1.6% des séquences interprétables, indique Santé publique France dans son bulletin du 26 octobre. A date, il a infecté près de 70 personnes en France. Aucun signal préoccupant ne lui a encore été associé, mais il est surveillé de près par les autorités sanitaires, comme Santé publique France ou l'Organisation mondiale de la Santé (OMS). Combien de cas à date ? Où dans le monde ? Quels symptômes spécifiques entraîneraient-ils ? Serait-il plus dangereux que les autres sous-variants ? Connaissances à date. 

Définition : c'est quoi le variant Centaure, sous-variant du Covid ?

La mutation BA.2.75 ou le sous-lignage V-22JUL-01 (surnommée Centaure ou Centaurus, de manière non officielle, autrement dit, les autorités sanitaires ne l'appellent pas ainsi) est un sous-variant de BA.2, lui-même sous-variant du variant d'Omicron du Covid. Le sous-variant BA.2 était majoritaire dans l'Hexagone jusqu'à la mi-juin 2022, mais a été progressivement remplacé par le sous-variant BA.5, indique Santé publique France. "Le BA.2 est un sous-variant d'Omicron, qui est lui-même un "petit cousin" du variant Omicron" expliquait Jean-François Delfraissy, président du Conseil Scientifique Covid, au micro de Franceinfo en janvier 2022.

Le sous-variant Centaure est-il plus dangereux que les autres ?

La capacité de réplication du BA.2.75 dans les poumons pourrait être supérieure à celle de BA.2 et de BA.5.

En Inde, BA.2.75 n'a pas été associé à des signaux épidémiologiques ou cliniques préoccupants, mais ses caractéristiques restent à déterminer, indique Santé publique France dans son analyse de risque des variants du 5 octobre 2022. En cohérence avec de précédents résultats in vitro, une étude in silico (modèle de simulation moléculaire) souligne une affinité de BA.2.75 pour son récepteur ACE2 plus élevée que pour les autres sous-lignages Omicron (8, 9). Si l'affinité au récepteur est un facteur pouvant impacter la transmissibilité d'un variant, ce n'est pas le seul facteur et ces résultats moléculaires sont difficilement transposables. 

► En terme de sévérité, une étude en modèle hamster a montré une capacité de réplication dans les poumons supérieure pour ce sous-lignage par rapport à BA.2 et BA.5, ce qui, d'après les auteurs, pourrait entraîner une sévérité plus importante. Cependant, le modèle hamster est difficilement transposable à l'homme, et ces résultats sont à interpréter avec prudence. 

► De nombreuses mutations. Selon Santé publique France, le sous-variant "BA.2.75 a été repéré par la communauté internationale de bioinformaticiens et de virologistes car il porte un nombre important de mutations additionnelles dans la protéine Spike (K147E, W152R, F157L, I210V, G257S, D339H, G446S, N460K, réversion R493Q...). A ce jour, aucune donnée n'indique que BA.2.75 posséderait des caractéristiques différentes des autres sous-lignages de BA.2". Autrement dit, le variant centaure ne serait pas plus ou moins dangereux que les autres sous-lignages de BA.2. 

► Son sous-lignage BA.2.75.2 qui porte trois mutations supplémentaires dans la protéine Spike (R346T, F486S et D1199N) fait l'objet d'un suivi renforcé justifié par son profil de mutation. Au 03/10/2022, moins de 700 séquences de BA.2.75.2 sont disponibles sur GISAID, majoritairement d'Inde et de Singapour où la détection de ce sous-lignage s'est stabilisée autour de 7% et 8%, respectivement.

Quelle est l'origine du variant Centaure ?

Dans son analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 du 6 juillet 2022, Santé publique France indique que la majorité des séquences correspondant au sous-variant BA.2.75 proviennent d'Inde. Il a été signalé pour la première fois en Inde au mois de mai, puis s'est propagé à d'autres pays : Etats-Unis, Royaume-Uni, Allemagne, Canada, Japon, Pays-Bas, Australie, Népal, Indonésie, Nouvelle-Zélande, Danemark, Italie, Chine, Luxembourg... Et en France depuis juillet 2022.

Combien y a-t-il de cas du variant Centaure en France ?

Au 10 octobre 2022 : 68 cas de BA.2.75 ont été détectés en France métropolitaine, un cas en Martinique et 2 cas sur l'Ile Maurice, rapporte le tracking mondial du scientifique Raj Rajnarayanan.

• 13 dans les Hauts-de-France
• 12 en Occitanie
• 8 dans le Grand Est
• 4 dans le Centre-Val-de-Loire
• 7 en Ile-de-France
• 3 en région PACA
• 3 en Nouvelle-Aquitaine
• 2 en Bretagne
• 3 en Bourgogne-Franche-Comté
• 1 en Pays de la Loire
• 1 en Normandie
• 12 en Auvergne-Rhône-Alpes

Au 5 octobre 2022, il représente 0,7% des séquences interprétables en France, autrement dit 7 personnes positives au Covid sur 1000 sont infectées par ce variant. 

Quels symptômes entraînent le variant Centaure ?

Ce sous-variant aurait les mêmes caractéristiques que le BA.2 et plus globalement le variant Omicron. Il entraînerait donc les mêmes symptômes, à savoir :

• Une importante fatigue
• De la toux
• De la fièvre
• Des maux de tête
• Des douleurs musculaires ou des courbatures
• Des maux de gorge
• Le nez qui coule
• Des symptômes digestifs : nausées, vomissements, diarrhées...
• Parfois, une perte de goût et d'odorat

Le vaccin Covid est-il efficace contre le variant Centaure ?

A priori oui, puisque le variant centaure a les mêmes caractéristiques que le BA.2.

• Après deux doses de vaccin, l'efficacité contre la maladie symptomatique est de 18% pour BA.2
• Après trois doses l'efficacité contre la maladie symptomatique est de 74% pour BA.2.
• L'efficacité tombe à près de 50% deux mois et demi après la 3e dose pour BA.2, indique une étude de l'agence sanitaire britannique publiée le 25 février. 

Concernant les traitements : parmi les anticorps monoclonaux disponibles, BA.2.75 présente une sensibilité globalement similaire à BA.2 et BA.5, avec des disparités selon les anticorps monoclonaux thérapeutiques, rapporte Santé publique France le 7 septembre 2022. D'après une de ces études utilisant des pseudovirus, seuls le Bebtelovimab et l'Evusheld conservent une efficacité (quoique diminuée) contre BA.2.75 sur dix anticorps monoclonaux évalués, indique Santé publique France le 5 octobre 2022. Il reste évident que ces résultats doivent être confirmés sur des virus en circulation et chez l'homme. Parmi les souches de BA.2.75, le sous lignage BA.2.75.2 a attiré l'attention de la communauté internationale sur la base de son profil de mutations. Une étude a montré une plus grande échappement de BA.2.75.2 aux anticorps monoclonaux thérapeutiques disponibles, seuls le Bebtelovimab et le Sotrovimab conservant une activité neutralisante similaire à celles contre BA.5. La sévérité du sous-lignage BA.2.75.2 reste à évaluer mais aucun signal préoccupant n'a été détecté à ce jour.

Sources : Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) / Analyse de risque des variants de Santé publique France / SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, UK Health Security Agency, 22 juillet 2022.