Variant XD : très faible en France, c'est quoi ?

"Variant XD : très faible en France, c'est quoi ?"

Issu de Delta et Omicron (ex "Deltacron"), le variant XD est un recombinant du virus du Covid. Il représente moins de 0,1% des séquences interprétées par Santé Publique France. Quels sont les symptômes du variant XD ? Quels dangers ? Tout savoir.

On peut être infecté par deux variants du Covid en même temps. Le variant XD est un recombinant issu de Delta et Omicron (ex-"Deltacron"). "Le recombinant XD, détecté à des niveaux faibles depuis début janvier 2022, représente moins de 0,1% des séquences interprétables de Flash Semaine 19 (9-15 mai 2022)" indique Santé Publique France dans son point épidémiologique du 26 mai 2022. 77 infections par le variant XD avaient été investigués par les cellules régionales de Santé Publique France le 20 avril 2022. Combien de cas précisément en France ? Quels profils ? Plutôt des jeunes ou des personnes plus âgées ?  Comment savoir si on a le variant XD ? Quels sont les symptômes typiques ? Plus dangereux qu'Omicron ? Les dernières infos. 

Définition : c'est quoi le variant XD ?

"Lorsque deux variants circulent en même temps, certaines personnes peuvent être infectées par deux variants simultanément. Ces co-infections peuvent donner lieu à des phénomènes de recombinaison, c'est-à-dire des échanges de matériel génétique entre les deux variants" rappelle Santé Publique France. Le recombinant possède donc un génome correspondant en partie à celui du premier variant et en partie à celui du second variant. Le variant XD a été détecté pour la première fois au début du mois de janvier 2022"il s'agit bien d'un recombinant car il possède des caractéristiques génétiques issues des deux VOC (variants) parentaux Delta et Omicron (BA.1)" informait Santé Publique France dans son analyse de risque du 25 mars. "Le lignage Pangolin XD a été assigné à ce recombinant et est donc à présent le nom officiel de ce recombinant (ex-Deltacron)." Ce variant a été classé comme VUM (Variant Under Monitoring) c'est-à-dire "variant en cours d'évaluation". Le phénomène de recombinaison est fréquent pour le SARS-CoV-2, et son importance en santé publique dépend de la similarité des caractéristiques (transmissibilité, pouvoir pathogène, échappement immunitaire) entre les deux variants parentaux :

►S'ils ont des caractéristiques différentes, comme Delta et Omicron, une surveillance renforcée est essentielle pour déterminer les caractéristiques du recombinant (transmissibilité, pouvoir pathogène, échappement immunitaire) susceptibles de modifier la dynamique de l'épidémie de COVID-19. 
► Plus les variants parentaux sont similaires, plus la probabilité qu'un recombinant ait des caractéristiques différentes est faible. 

"Aucun cas de variant XD n'a touché de personnes âgées de plus de 70 ans"

Combien de cas de variant XD en France ?

En France, entre décembre 2021 et janvier 2022, la co-circulation Delta/Omicron a été associée à l'émergence du recombinant XD. "Le recombinant XD, détecté à des niveaux faibles depuis début janvier 2022, représente moins de 0,1% des séquences interprétables de Flash Semaine 19 (09-15 mai 2022)" indique Santé Publique France le 26 mai 2022. Au 15 avril 2022, 77 cas d'infection par le variant XD avaient été investigués par les cellules régionales de Santé publique France. Ces séquences correspondent à des cas provenant de plusieurs régions. Le variant XD représente ainsi moins de 0,1% des séquences interprétables. "L'âge médian des cas était de 37 ans, le cas le plus jeune ayant 4 ans et le plus âgé 86 ans. L'âge médian était similaire à celui des cas d'infection par Omicron, investigués entre novembre 2021 et janvier 2022". Six cas d'infection par le variant XD ont rapporté une précédente infection par le SARS-CoV-2 (8,1%), soit une proportion plus faible que pour les cas d'infections par Omicron (14%,). 

Quels sont les symptômes du variant XD ?

Selon Santé Publique France, les symptômes les plus fréquents observés chez les personnes infectées par le variant XD sont : asthénie/fatigue (58%), céphalées (56%), fièvre (46%), toux (42%) et maux de gorge (38%). La différence principale avec les cas d'infections par Omicron investigués précédemment est le taux plus élevé d'agueusie [perte du goût] et d'anosmie [perte d'odorat].

Symptômes variant XD
Symptômes des 77 cas d’infection par le variant XD comparés aux cas d’infection par Omicron précédemment investigués. 20/04/2022 © Santé Publique France

Comment dépister le variant XD ?

"Ces recombinants sont difficiles à détecter car on ne sait pas au premier abord si on a affaire à une co-infection ou un hybride. C'est un travail de haut vol en génomique" indique le Pr Bruno Lina, virologue, sur France Inter mardi 1er mars 2022. C'est dans le cadre du séquençage réalisé lors des enquêtes Flash que sont apparus les premiers cas de co-infections et recombinaisons. "En France, un suivi renforcé des co-infections Delta/Omicron a été mis en place afin de détecter au plus tôt les possibles recombinants" ajoutait Santé Publique France. Avant de rappeler le contexte : "Depuis fin 2021, une vague Omicron s'est superposée avec une vague Delta dans plusieurs régions du monde. Cette co-circulation de deux variants à une échelle importante augmente la probabilité de co-infections et donc celle de recombinants. Plusieurs suspicions de recombinants Delta/Omicron ont été rapportées récemment au Royaume-Uni, aux Etats-Unis et en Australie, et d'autres sont en cours d'investigation".

Le variant XD est-il plus dangereux qu'Omicron ?

Le variant XD n'est pas associé à une dangerosité plus élevé que le variant Omicron ou le variant Delta, selon les observations des autorités sanitaires. Huit hospitalisations ont été rapportées parmi les cas investigués d'infection par le variant XD, dont quatre faisaient partie d'un cluster hospitalier et étaient hospitalisés pour une raison autre que la COVID-19. "Aucune admission en soins critiques et aucun décès n'ont été rapportés" rapporte Santé Publique France le 20 avril. "Ce recombinant est détecté à des niveaux très faibles en France, ce qui est en faveur d'une absence d'avantage de compétitivité de ce variant par rapport à Omicron BA.2" ajoute l'organisme de santé le 18 mai.

Sources :

- Analyse de risque liée aux variants émergents de Sars-Covid-2, 20 avril 2022, Santé Publique France.

Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2, Mis à jour le 23 mars 2022, Santé Publique France.

- Enquêtes Flash : évaluation de la circulation des variants du SARS-CoV-2 en France, Mis à jour le 28 février 2022, Santé Publique France.