Variant Omicron Covid : symptômes, BA.4 et BA.5 en France

"Variant Omicron Covid : symptômes, BA.4 et BA.5 en France"

Le variant Omicron est omniprésent en France via son lignage BA2, même si l'épidémie de Covid continue de bien baisser. Au 16 mai, 15 cas de BA.4 et 31 cas de BA.5 sont reportés en France. Quels dangers ? Quels sont les symptômes de l'infection Omicron ? Quelle est la durée d'incubation ? Quel vaccin est efficace ?

[Mise à jour le 23 mai 2022 à 17h04] Apparu en Afrique du Sud en novembre 2021, le variant Omicron est omniprésent en France. "Les données de séquençage confirment la circulation exclusive du variant Omicron dans toutes les régions de France métropolitaine et en Outre-mer. En France métropolitaine, il représentait 100% des séquences interprétables de l'enquête Flash du 2 mai 2022" indique Santé Publique France dans sa dernière analyse de risque liée aux variants publiée le 18 mai. "Son sous-lignage BA.2 représente 98,7% des séquences interprétables" ajoute Santé Publique France. S'il a été montré que BA.2 était plus transmissible que BA.1, les deux sous-lignages sont similaires en termes d'échappement à la réponse immunitaire et de sévérité. Il existe 5 sous-lignages d'Omicron : BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. "Au 16 mai 2022, 15 cas de BA.4 et 31 cas confirmés de BA.5 ont été détectés au cours d'enquêtes Flash" révèle Santé Publique France. Côté symptômes, une étude publiée dans The Lancet en avril 2022 confirme qu'Omicron entraîne moins de perte d'odorat et plus de maux de gorge. Les auteurs confirment par ailleurs que le Covid causé par Omicron dure moins longtemps, surtout chez les personnes ayant reçu trois doses de vaccinsDéfinition, symptômes fréquents avec Omicron, efficacité des vaccins... Tout savoir sur le variant Omicron.

C'est quoi le variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Le Royaume-Uni a été avec la Norvège et le Danemark un des premiers pays du continent européen touché par le variant Omicron. L'épidémie a débuté à Londres début décembre 2021 puis est arrivée en France. Cette variante appartient à la lignée Pango B.1.1.529."C'est un variant qui a un grand nombre de mutations", expliquait le Dr Maria Van Kerkhove de l'OMS le 25 novembre 2021. Parmi ces mutations spécifiques : la délétion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R. 

L'apparition progressive de sous-lignages est un phénomène attendu.

Dans un Avis de décembre 2021, le Conseil scientifique français rappelait que "la plupart des mutations sont observées sur la protéine de Spicule (30 environ), d'autres mutations sont aussi observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations pouvant avoir un impact sur le niveau de multiplication du virus". Selon Santé Publique France, les trois caractéristiques majeures d'Omicron sont sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité. 

Il existe plusieurs sous lignages de variant Omicron : le VOC Omicron inclut un lignage parental (B.1.1.529, clade 21M) et 5 sous-lignages : BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. "Etant donné l'intensité de la circulation d'Omicron dans le monde, une diversification génétique au sein de ce variant et l'apparition progressive de sous-lignages est un phénomène attendu" rassure Santé Publique France dans l'analyse des variants publiée fin avril. Le variant Omicron a été classé comme "préoccupant" ou VOC par l'OMS le 26 novembre. Il y a trois types de variants selon le classement de l'OMS : les VOC (variant préoccupant comme les variants Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron), les VOI (variant à suivre) et les VUM (variant sous surveillance comme le variant XD).

Qu'est-ce que le variant BA.2 ?

BA.2 est un sous-lignage du variant Omicron. Le sous-lignage BA.2 est majoritaire en France. La progression de BA.2 au détriment de BA.1 est observée sur l'ensemble du territoire métropolitain et dans les DROM. S'il a été montré que BA.2 était plus transmissible que BA.1, les deux sous-lignages sont similaires en termes d'échappement à la réponse immunitaire et de sévérité.

Faut-il s'inquiéter des nouveaux variants BA4 et BA5 ?

Les sous-lignages BA.4 et BA.5 ont été identifiés début avril 2022. Ces deux sous-lignages, détectés majoritairement en Afrique du Sud, sont assez similaires à BA.2 mais leur protéine Spike possède en plus les mutations L452R, F486V et R493Q. L'ECDC, s'appuyant sur ces caractéristiques génétiques, a classé ces sous-lignages en variants à suivre (VOI) et demandé qu'ils soient surveillés attentivement. Parmi les caractéristiques génétiques ayant attiré l'attention de l'ECDC, la mutation L452R, portée par BA.4 et BA.5, a été décrite comme un des facteurs associés à la transmissibilité importante du variant Delta. Ils sont détectés en France depuis Flash S13 pour BA.5 et Flash S16 pour BA.4. "Au 16 mai 2022, 15 cas de BA.4 et 31 cas confirmés de BA.5 ont été détectés au cours d'enquêtes Flash, et des cas supplémentaires ont été identifiés" indique Santé Publique France. "La proportion de BA.4 et BA.5 est toujours faible mais en légère augmentation : 0,3% pour BA.4 et 0,5% pour BA.5 au cours de Flash S18 (02/05), contre 0,1% pour BA.4 et 0,3% pour BA.5 au cours de Flash S17 (25/04)".

Présence par pays de BA.4 et BA.5
Présence par pays de BA.4 et BA.5 © Santé Publique France

Combien de cas du variant Omicron en France ?

Les données de séquençage confirment l'omniprésence d'Omicron en France. En métropole, il représentait 100% des séquences interprétables dans l'enquête Flash S18 (02/05). Dans les DROM, Omicron est le seul variant détecté depuis Flash S06-2022 (07/02). Ces données illustrent la circulation quasi exclusive d'Omicron sur l'ensemble du territoire. Le variant Omicron inclut les cinq sous-lignages BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5. Le sous-lignage BA.2 est majoritaire en France, avec 98,7% des séquences de l'enquête Flash S18 (02/05).

evolution omicron en france au 16 mai
Évolution de la part de chaque variant classé (VOC, VOI et VUM*) au cours des enquêtes Flash, France métropolitaine (données au 16 mai 2022) © Santé Publique France

Parmi les premiers cas identifiés d'Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l'ARS de la région Grand Est, un cas en Ile-de-France, en Seine et Marne déclaré par l'Agence régionale de santé d'Ile-de-France

La charge virale diminuerait au bout de 6 jours.

Combien de jours est-on contagieux ?

Le variant Omicron se transmet beaucoup plus que le virus originel de la Covid et ses variants précédents. Selon des études préliminaires rapportées par Santé Publique France, "Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta". Son sous-lignage BA2 majoritaire en France est "plus contagieux (+30%) et entraine cette remontée de l'épidémie" a informé le Pr Arnaud Fontanet sur France Inter le 14 mars. "Omicron se réplique extrêmement rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui s'est lui-même répliqué plus rapidement que toutes les variantes précédemment caractérisées" ont confirmé des chercheurs anglais dans une analyse publiée fin décembre. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d'entrée supplémentaire dans les cellules : "Omicron est capable d'entrer efficacement dans les cellules d'une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d'infecter un plus grand nombre de cellules dans l' 
épithélium respiratoire, ce qui lui permet d'être plus infectieux à des doses d'exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée."
ont précisé les scientifiques. Par contre il serait "moins susceptible de se répliquer dans les poumons" réduisant le risque de maladie grave. Concernant la durée de contagion, l'étude de chercheurs japonais publiée le 5 janvier suggère qu'il est peu probable que les cas vaccinés d'Omicron excrètent le virus infectieux 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes. La quantité d'ARN viral (que l'on peut assimiler à la "charge virale") était la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l'apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps.

Quelle est la durée d'incubation d'Omicron ?

Le variant Omicron a une période d'incubation "plus rapide" et "se multiplie plus vite dans l'organisme" confirmait Gabriel Attal à l'issue du Conseil des ministres le 5 janvier pour justifier le raccourcissement de la durée d'isolement des cas positifs au Covid (7 jours au lieu de 10). "On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d'incubation, ndlr), avant l'apparition des symptômes, qui est passée de cinq à trois jours" a précisé le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier. 

La durée moyenne des symptômes est de 4 jours.

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

Le rapport des symptômes observés chez les personnes atteintes par Omicron émane des données de Santé Publique France publiées en mars 2022 et d'une étude anglaise publiée par The Lancet en avril 2022, menée sur plus de 60 000 volontaires. La présentation clinique des infections par Omicron diffère de celle des variants circulant précédemment : "L'anosmie (perte d'odorat) et l'agueusie (perte de goût) sont moins fréquentes, et les formes sévères sont plus rares" indique Santé Publique France. Omicron provoque effectivement moins de détresse respiratoire que Delta car il touche moins les poumons. Une étude suédoise a mis en avant des cas d'odynophagie aiguë (douleur ressentie lors de la déglutition et mal de gorge)

Symptômes les plus fréquents (Santé Publique France) Symptômes les plus fréquents (The Lancet)
  • fatigue
  • toux
  • fièvre
  • céphalées
  • myalgies
  • mal de gorge
  • écoulement nasal
  • nez qui coule
  • maux de tête
  • maux de gorge
  • éternuements
  • toux persistante et voix rauque
Symptômes omicron
Fréquence des symptômes rapportés sur 277 cas d’Omicron, Santé Publique France, 23 mars 2022 © Santé Publique France

Quelle est la durée des symptômes ?

Selon les cas observés par Santé Publique France, la durée des symptômes est en moyenne de 4 jours chez les personnes contaminées par Omicron. Dans l'étude anglaise du Lancet, les chercheurs confirment que la durée médiane des symptômes chez les cas Omicron était de 5 jours contre 8 chez les personnes contaminées par le variant Delta. Les personnes vaccinées avec trois doses voyaient leurs symptômes durer moins longtemps (3 jours).

Quels sont les risques de réinfection avec Omicron ?

En mars, 5% des cas de Covid positifs en France sont des réinfections. On peut donc avoir deux fois le Covid. La fréquence des réinfections Covid a nettement augmenté depuis l'introduction et la diffusion en France du variant Omicron, début décembre 2021, observe Santé Publique France. Pour rappel, Omicron est caractérisé par une transmissibilité accrue et un échappement immunitaire "important". "L'échappement à la réponse immunitaire d'Omicron est aussi associé à des taux de réinfection par Omicron (suite à une infection préalable par un autre variant) plus élevés que pour les variants circulant précédemment" ajoute l'organisme de santé. L'émergence du sous-lignage d'Omicron BA.2 jouerait aussi un rôle dans la hausse des réinfections. "Plusieurs études récentes ont mis en évidence la possibilité de survenue d'une réinfection par BA.2 suite à une infection par BA.1, y compris dans un délai très court (inférieur à 60 jours)" rappelle l'agence. Néanmoins elles se rejoignent sur le fait qu'il s'agit vraisemblablement d'évènements rares. Ces réinfections touchent davantage les personnes qui n'ont pas eu leur dose de rappel, les adultes jeunes (18-40 ans) et les professionnels de santé. La majorité des cas possibles de réinfection sont symptomatiques au moment de leur détection par un test positif, sans différence significative par rapport aux cas confirmés de COVID-19.

Pourquoi ce variant s'appelle Omicron ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma... Omicron est le nom d'une lettre de l'alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature "plus accessible à un public non scientifique" et "non stigmatisant" mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l'OMS. L'alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n'ont pas été attribuées à un variant, l'OMS n'ayant pas encore indiqué pour quelle raison. 

Numéro des lettres Nom des lettres dans l'alphabet grec (en gras les noms utilisés pour les variants du Covid)
1 Alpha
2 Bêta
3 Gamma
4 Delta
5 Epsilon
6 Zêta
7 Eta
8 Thêta
9 Iota
10 Kappa
11 Lambda
12 Mu
13 Nu
14 KSI/Xi
15 Omicron

Quelle est l'efficacité des vaccins ?

Si le variant Omicron a rapidement remplacé le variant Delta dans le monde (et notamment en France), c'est en partie parce qu'il est plus contagieux mais aussi parce qu'il échappe davantage à l'immunité que ce soit après avoir eu le Covid ou après la vaccination. "Les études in vitro ont montré une séroneutralisation réduite d'Omicron par les anticorps post-vaccinaux et post-infection" rappelle Santé Publique France dans son analyse de risque des variants publiée en mars 2022. "Les estimations d'efficacité vaccinale, si elles varient selon le type de vaccin administré et le nombre de doses, sont toutes en faveur d'une protection limitée contre l'infection. Les estimations de l'efficacité vaccinale contre Omicron restent très élevées pour les formes graves. L'administration d'une dose de rappel améliore sensiblement l'efficacité vaccinale (...) mais des données supplémentaires sont nécessaires pour estimer si cette réponse perdure dans le temps. L'échappement à la réponse immunitaire est aussi associé à des taux de réinfection par Omicron (suite à une infection préalable par un autre variant) plus élevés que pour les variants circulant précédemment." Selon une étude prépubliée le 16 décembre 2021 dans Biorxiv par des chercheurs de l'Institut Pasteur et du Vaccine Research Institute, en collaboration avec la KU Leuven (Leuven, Belgique), le CHR d'Orléans, l'Hôpital Européen Georges Pompidou (AP-HP), l'Inserm et le CNRS,  les anticorps présents dans le sang de personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ou du vaccin AstraZeneca ne sont plus capables de neutraliser Omicron 5 mois après la vaccination. Pour le Conseil scientifique (comme pour l'OMS d'ailleurs), "le vaccin est un élément majeur de la réponse, mais la stratégie de lutte contre l'épidémie COVID ne peut être exclusivement basée sur la vaccination, en tout cas avec les vaccins actuels".

    Après la 1ère dose de vaccin ARN Après la 2e dose Après la 3e dose
Taux de protection contre les formes graves Omicron 1 mois après la vaccination 50% 64% 92%
  3 mois après la vaccination     83%
Taux de protection contre l'infection symptomatique Omicron 1 mois après la vaccination     70%
  3 mois après la vaccination     50%

Quelle est l'origine du variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue à Omicron en Afrique du Sud provenait d'un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. Le variant Omicron a également été détecté au Botswana dans des échantillons collectés le 11 novembre 2021.

Les tests arrivent-ils à le dépister ?

La stratégie de criblage a été adaptée en France pour pouvoir détecter des cas suspects d'Omicron. Depuis juin 2021, étaient ciblées les mutations E484K (A), E484Q (B) et L452R (C). Mais "le variant Omicron (B.1.1.529) ne présente aucune des trois mutations suivies par le criblage (E484K, E484Q et L452)" explique Santé Publique France. Depuis décembre 2021, la stratégie de criblage a changé : il repose sur une stratégie qui intègre une combinaison de mutations spécifiques à Omicron (comme la délétion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R). Le système d'information SI-DEP s'est adapté pour inclure un nouveau code (D) aux 3 déjà existants (A, B et C,) ce qui permet la saisie par les Laboratoires de biologie médicale des résultats de criblages complémentaires ciblant ces mutations portées par Omicron.

Est-il moins dangereux ?

Santé publique France a publié en mars 2022 les résultats d'une étude de cohorte comparant la sévérité des infections symptomatiques liées aux variants Delta et Omicron. "L'étude confirme la moindre gravité des infections par ce dernier." Parmi les personnes infectées par le SARS-CoV-2 symptomatiques, le risque de connaître un évènement hospitalier grave était moins élevé pour les personnes infectées par Omicron que pour celles du même âge infectées par Delta. Cependant, cette différence entre les variants s'atténuait avec l'âge : le risque d'évènement grave augmentait fortement avec l'âge et était deux fois plus important chez les hommes que chez les femmes. Il augmentait également en cas de comorbidité. Le risque d'évènement grave était plus important chez les personnes non vaccinées que chez les primo-vaccinés, indépendamment du variant en cause. Les données Sud Africaines et Écossaises ont suggéré une réduction de 70-80% du risque d'hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta et les données anglaises une réduction de 50-70%. Cette moindre dangerosité viendrait du fait que le variant Omicron s'attaque moins au système pulmonaire. Omicron "donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans voies aériennes supérieures et moins dans les voies inférieures, donnant moins de pneumopathies (que Delta, ndlr)" a confirmé le Pr Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi 10 janvier. "Le variant Omicron envoie moins les patients en réanimation" a déclaré le ministre de la Santé Olivier Véran ce même jour. Il "provoque des séjours hospitaliers plus courts pour les nouveaux patients que pour ceux contaminés par les variants précédents".  Selon lui, les personnes hospitalisées vont avoir des besoins en oxygène durant trois à quatre jours avant de pouvoir sortir de l'hôpital. Cependant, le variant Omicron étant très contagieux, beaucoup de personnes hospitalisées à cause du Covid sont positives à ce variant. 

Proportion de suspicion d’Omicron parmi les cas confirmés, les patients nouvellement hospitalisés pour COVID-19 selon le type d’hospitalisation et les patients décédés, par semaine calendaire, S48-2021 à S03-2022, France
Proportion de suspicion d’Omicron parmi les cas confirmés, les patients nouvellement hospitalisés pour COVID-19 selon le type d’hospitalisation et les patients décédés, par semaine calendaire, S48-2021 à S03-2022, France © Santé Publique France

Quels sont les traitements contre Omicron ?

Les traitements d'une infection par le variant Omicron ne diffèrent pas d'une infection Covid classique (paracétamol contre le mal de tête...). En revanche, les anticorps monoclonaux qui peuvent être administrés à certains patients ne semblent pas efficaces contre Omicron. "Les études sur l'efficacité des anticorps monoclonaux font état d'une activité neutralisante conservée pour trois anticorps monoclonaux à large activité neutralisante (Sotrovimab, S2X259 et S2H97) mais d'une réduction de l'efficacité des autres" rapporte Santé Publique France le 18 mai. Selon les analyses de chercheurs de l'Institut Pasteur publiées en décembre sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique, six perdent totalement leur activité antivirale, et les trois autres sont de 3 à 80 fois moins efficaces contre Omicron par rapport à Delta. En avril 2022, les chercheurs ont réanalysé ces données sur les sous-lignages BA1 et BA2 d'Omicron. Les conclusions sont identiques : " BA.1, et dans une moindre mesure BA.2, est moins sensible à Evusheld® et Ronapreve® que Delta. L'efficacité clinique de ces traitements contre l'infection Omicron est donc probablement moins bonne que contre Delta" a commenté Olivier Schwartz, auteur principal de l'étude et responsable de l'unité Virus et immunité à l'Institut Pasteur (unité mixte de recherche CNRS).

Comment se protéger d'Omicron ?

Les règles de prévention face au nouveau variant Omicron sont identiques à celles du Sars-Cov-2 originel :

La réduction des contacts.

La vaccination : l'OMS recommande d'accélérer la couverture vaccinale contre le Covid le plus rapidement possible, en particulier parmi les populations désignés comme hautement prioritaires qui ne sont pas vaccinés ou qui ne sont pas encore complètement vaccinés.

Les gestes barrières : masques, distanciation physique, ventilation de l'espace intérieur, évitement des foules, hygiène des mains...

Le dépistage et l'isolement : Utiliser très largement les tests diagnostiques en cas de symptômes ou avant un évènement, y compris chez les personnes vaccinées : tests antigéniques ou autotests au plus proche de l'évènement.

Les grands évènements pouvant conduire à des clusters géants doivent être évités voire interdits provisoirement.

Sources : 

Symptom prevalence, duration, and risk of hospital admission in individuals infected with SARS-CoV-2 during periods of omicron and delta variant dominance: a prospective observational study from the ZOE COVID Study. 7 avril 2022.

Analyse des données disponibles sur les réinfections possibles par le SARS-CoV-2 à partir de la base de données SIDEP 31 mars 2022. Données au 20 mars 2022. Santé Publique France.

Covid-19 : Premières estimations de la place des variants Delta et Omicron chez les patients hospitalisés à l'AP-HP du 1er décembre 2021 au 4 janvier 2022. 10 janvier 2022. AP-HP.

The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG

Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.

Point sur le variant du SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé Publique France. 26 novembre 2021

Les autorités sanitaires françaises surveillent les cas possibles de personnes atteintes du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States World Health Organization HQ 28 Novembre 2021

Un nouveau variant détecté dans plusieurs pays d'Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

Frequently asked questions about the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. National Institute for communicable diseases. 25 novembre 2021.

Focused COVID-19 Media Monitoring Nepal. OMS. 26 novembre 2021.