Variant Omicron : symptômes, incubation, contagion

Apparu en Afrique du Sud en novembre 2021, le variant Omicron du coronavirus circule de manière quasi-exclusive en France depuis 2022, et plus généralement dans les autres pays du monde. Omicron a plusieurs sous-lignages qui se succèdent en France depuis son développement (XBB, BA.5, BA 2.86, JN1 et XFG dominant en 2026....). D'autres lignages, comme NB.1.8.1, PQ.16.1.1 et BA.3.2, font également l'objet d'une surveillance internationale. C'est le variant le plus contagieux du Covid par rapport aux précédents (Alpha, Delta...). Et on peut le contracter plusieurs fois.

C'est quoi le variant Omicron ?

La variante Omicron du virus Sars-Cov-2 du Covid-19 a été signalée pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Le Royaume-Uni a été avec la Norvège et le Danemark un des premiers pays du continent européen touché par Omicron. L'épidémie a débuté à Londres en décembre 2021 puis est arrivée en France. "C'est un variant qui a un grand nombre de mutations", expliquait le Dr Maria Van Kerkhove de l'Organisation Mondiale de la Santé en 2021. 

Selon Santé Publique France, les trois caractéristiques qui distinguaient initialement Omicron étaient sa transmissibilité élevée, son échappement immunitaire et une sévérité globalement moindre que celle observée avec Delta, notamment dans des populations disposant déjà d'une immunité acquise par vaccination et/ou infection. Au sein d'Omicron, de nombreux sous-lignages ont été définis (BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 et BA.5, JN1...). "Cette diversification génétique est une conséquence normale de la circulation soutenue de ce variant", expliquait Santé Publique France dans une analyse de risque des variants en 2022. Le variant Omicron a été classé comme "préoccupant" ou VOC par l'OMS le 26 novembre 2021. Avant lui, les variants Delta, Alpha, Beta et Gamma du Covid-19 ont été classés comme VOC.

Combien de jours est-on contagieux avec Omicron ?

Selon l'étude de chercheurs japonais publiée en 2022, les cas vaccinés d'Omicron seraient contagieux au maximum 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes. La quantité d'ARN viral (que l'on peut assimiler à la "charge virale") est la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l'apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps. Sa transmissibilité serait augmentée car il utilise une voie d'entrée supplémentaire dans les cellules : "Omicron est capable d'entrer efficacement dans les cellules d'une manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), via la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d'infecter un plus grand nombre de cellules dans l'épithélium respiratoire, ce qui lui permet d'être plus infectieux à des doses d'exposition plus faibles, et transmissibilité intrinsèque améliorée." ont précisé les scientifiques. Par contre il serait "moins susceptible de se répliquer dans les poumons" réduisant le risque de maladie grave. Concernant XFG, l'ECDC n'indique pas, dans son évaluation disponible fin août 2026, de preuve d'une augmentation de la transmissibilité, de l'échappement immunitaire ou de la sévérité par rapport au variant de référence utilisé pour son évaluation.

Quelle est la durée d'incubation d'Omicron ?

La durée d'incubation du variant Omicron est plus courte que celle des variants précédents du Covid original : "On est devant un variant (Omicron, ndlr) qui a une durée (d'incubation, ndlr), avant l'apparition des symptômes, qui est passée de 5 à 3 jours" a expliqué le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV, lors des premières vagues. 

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

La présentation clinique des infections par Omicron a différé de celle des variants circulant précédemment avec moins de formes sévères. Omicron provoque moins de détresse respiratoire car il touche moins les poumons. Une étude suédoise a par ailleurs mis en avant des cas d'odynophagie aiguë chez les personnes contaminées par Omicron (douleur ressentie lors de la déglutition et mal de gorge).

Quelle est la durée des symptômes ?

Selon les cas analysés par Santé Publique France, la durée des symptômes est en moyenne de 4 jours chez les personnes contaminées par Omicron.

Pourquoi ce variant s'appelle Omicron ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma... Omicron est le nom d'une lettre de l'alphabet grec (la 15e), le système de nomenclature "plus accessible à un public non scientifique" et "non stigmatisant" mis en place pour baptiser les lignées génétiques du Sars-CoV-2, explique l'OMS. L'alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettre n'ont pas été attribuées à un variant, l'OMS n'ayant pas encore indiqué pour quelle raison. 

Quelle est l'efficacité des vaccins ?

La vaccination protège surtout du risque de forme grave du Covid. Moins de l'infection. Surtout avec le variant Omicron qui échappe davantage à l'immunité que ce soit après avoir eu le Covid ou après avoir été vacciné.