Variant Lambda du Covid : origine, dangers, vaccin efficace ?

Le variant Lambda est une nouvelle mutation du Covid, apparue fin 2020 au Pérou et considéré comme "variant à suivre" par l'OMS depuis le 14 juin. Est-il plus dangereux ? Les vaccins sont-ils efficaces ? Faut-il s'en méfier en France ? Dans quels pays circule-t-il ? Quelle est l'efficacité des vaccins contre lui ? Connaissances à date.

Variant Lambda du Covid : origine, dangers, vaccin efficace ?
© goldenshrimp

[Mise à jour le mardi 20 juillet 2021 à 12h50] Ce nouveau variant appelé "Lambda" (C37) est considéré comme Variant of Interest (variant d'intérêt ou VOI) par l'OMS depuis le 14 juin 2021. Originaire du Pérou, il est également détecté ailleurs dans le monde, bien qu'à une moindre fréquence, y compris en Europe où il a été détecté dans 10 pays, dont la France. En France, il a été détecté pour la première fois début mai. Depuis le mois de mai, 22 cas ont été détectés dans quatre régions (Auvergne-Rhône-Alpes, Nouvelle-Aquitaine, Occitanie, Ile-de-France). Il est aussi classé comme VOI en France par Santé Publique France en raison de données préliminaires en faveur d'une légère augmentation de sa transmissibilité et d'un impact modéré sur l'échappement à la neutralisation, indique l'autorité de Santé dans son Analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2 du 15 juillet 2021. Au 15 juillet, il représente 0,2% des séquences des tests analysés en France. "Le VOI Lambda (21G, C37) a été détecté pour la première fois lors des enquêtes Flash #12 et #13
dans le cadre de cette surveillance, mais que les volumes restent très limités (1 cas par enquête au niveau métropolitain)."
précise Santé Publique France.

Définition : qu'est-ce que le variant Lambda ?

Le variant Lambda est une mutation de la souche originale du SARS-CoV-2.

Quelle est son origine ? 

Selon l'OMS, ce variant dit "Lambda" a été détecté pour la première fois à Lima au Pérou en août 2020, où il est désormais largement
majoritaire (plus de 80% des séquences réalisées depuis avril 2021), et semble avoir diffusé de façon significative en Amérique du Sud (Chili, Equateur, Argentine, Brésil). Il était aussi appelé C37 ou "variant andin". 

Quelle est sa particularité ? 

Le variant lambda est porteur de mutations pouvant avoir un impact sur la transmissibilité ou l'échappement à la réponse anticorps neutralisante (L452Q, F490S, del247-253 notamment), bien que les données sur son impact en santé publique manquent encore à ce stade, notamment sur sa compétitivité vis-à-vis d'autres variants, notamment les VOC, rapporte Santé Publique France le 15 juillet 2021. 

Dans quels pays circule-t-il ? 

Le variant Lambda, détecté au Pérou, serait responsable de 80% des cas recensés dans le pays selon Santé Publique France. Au 15 juillet 2021, plus de 2 759 séquences ont été téléchargées sur GISAID dans le monde, dont 192 en Europe, rapporte Santé Publique France dans son analyse de risque des variants. Une prévalence élevée a été notée en particulier en Amérique du Sud. 

Est-il présent en France ? 

Le Royaume-Uni a donné l'alerte de l'arrivée de ce nouveau variant en Europe début juillet. En France, il a été détecté pour la première fois début mai 2021. Depuis, 22 cas ont été détectés dans quatre régions (Auvergne-Rhône-Alpes, Nouvelle-Aquitaine,
Occitanie, Ile-de-France). 
Depuis le 9 juin, la France classe les pays en fonction de la circulation du virus en trois catégories : verts, orange et rouges. A date, plusieurs pays d'Amérique du Sud sont sur la liste rouge ) cause d'une circulation active du virus et de la présence de variants préoccupants : l'Argentine, l'Uruguay, le Paraguay, le Chili, la Bolivie et le Brésil, informe France Diplomatie. Tous les voyageurs en provenance de ces pays/territoires sont soumis au régime des motifs impérieux pour rentrer en France, Ils doivent présenter à l'embarquement, le résultat négatif d'un test PCR ou d'un test antigénique (TAG) réalisé moins de 48h avant le vol et font l'objet d'un test antigénique obligatoire à l'arrivée. Les voyageurs vaccinés (schéma vaccinal complet) devront s'engager à respecter un auto-isolement de 7 jours. Les voyageurs non vaccinés seront soumis à une quarantaine obligatoire de 10 jours, contrôlée par les forces de sécurité.

Est-il plus transmissible et agressif ? 

Le variant Lambda porte un certain nombre de mutations possiblement responsables d'une augmentation potentielle de la transmissibilité ou de résistance accrue aux anticorps neutralisants, rapporte Santé Publique France le 15 juillet. "Il est porteur de mutations pouvant avoir un impact sur la transmissibilité ou l'échappement à la réponse anticorps neutralisante (L452Q, F490S, del247-253 notamment), bien que les données sur son impact en santé publique manquent encore à ce stade, notamment sur sa compétitivité vis-à-vis d'autres variants, notamment les VOC." Deux études in vitro suggèrent "une augmentation de son pouvoir infectieux et de l'échappement à la réponse neutralisante post-infection et post-vaccinale (Pfizer, Moderna et Sinovac-CoronaVac) supérieurs à ceux de virus de référence, sans élément probant en faveur d'un impact notable sur l'efficacité vaccinale. D'après l'une des deux études, aucun impact significatif sur l'efficacité d'un traitement avec un cocktail d'anticorps monoclonaux n'a été observé (Regeneron)."

Est-il plus mortel ? 

"On ne sait pas encore exactement s'il est plus transmissible ou plus mortel. Cela nécessite beaucoup d'informations que nous n'avons pas encore" a indiqué le microbiologiste Péruvien Pablo Tsukayama. "Nous savons très peu de choses sur l'effet de cette combinaison de mutations sur la biologie du virus."

Est-il résistant aux vaccins ? 

D'après deux études citées par Santé Publique France le 15 juillet, il n'y a pas "d'élément probant en faveur d'un impact notable sur l'efficacité vaccinale", même si les deux études utilisant des pseudotypes "suggèrent une augmentation de son pouvoir infectieux et de l'échappement à la réponse neutralisante post-infection et post-vaccinale (Pfizer, Moderna et Sinovac-CoronaVac) supérieurs à ceux de virus de référence."

→ Aux vaccins Pfizer et AstraZeneca : Au Chili, les vaccins Pfizer et AstraZeneca ne sont administrés que dans une moindre mesure : les données sont donc insuffisantes pour savoir si le variant résiste à ces vaccins. "Les vaccins fonctionnent-ils contre ce variant ? Pour cela, nous avons besoin de données supplémentaires basées sur des infections in vitro, des modèles animaux, des tests de neutralisation, etc. Mais il faut se rappeler qu'aujourd'hui, tous les vaccins protègent contre des variantes connues" explique le microbiologiste Péruvien Pablo Tsukayama.

Au vaccin chinois (CoronaVac) : Une étude menée à l'Université du Chili a observé l'effet du variant Lambda sur des personnes qui avaient reçu deux doses du vaccin chinois CoronaVac. "Nous avons observé une infectivité accrue médiée par la protéine de pointe Lambda qui était encore plus élevée que celle des variantes D614G ou Alpha et Gamma", peut-on lire dans l'étude. "Nos données montrent pour la première fois que les mutations présentes dans la protéine de pointe du variant Lambda confèrent une infectivité accrue et échappent aux anticorps neutralisants provoqués par le vaccin à virus inactivé CoronaVac." 

Sources : 

Infectivity and immune escape of the new SARS-CoV-2 variant of interest Lambda, Mónica L. Acevedo, Luis Alonso-Palomares, Andrés Bustamante Aldo Gaggero Fabio Paredes Claudia P. Cortés Fernando Valiente-Echeverría, Ricardo Soto-Rifo, www.medrxiv.org

Coronavirus lambda variant spreads across Latin America, DW

Compte Twitter Pablo Tsukayama

COVID-19: The 'unusual' new variant that may be more infectious than Delta, Sky News, 5 juillet 2021

First identification of SARS-CoV-2 Lambda (C.37) variant in Southern Brazil, Priscila Lamb Wink, Fabiana Caroline Zempulski Volpato, Francielle Liz Monteiro, Julia Biz Willig, Alexandre Prehn Zavascki, Afonso Luís Barth, Andreza Francisco Martins, Medrxiv, 21/06/2021

Weekly epidemiological update on COVID-19 - 15 June 2021, Edition 44, OMS