Dépistage des variants Covid : comment ça se passe depuis le 31 mai ?

[Mise à jour le vendredi 18 juin 2021 à 15h29] Une nouvelle stratégie de dépistage des variants du Covid a été mise en place en France le 31 mai 2021. Ce ne sont plus les variants (Alpha, Beta, Gamma, Delta) que recherchent les laboratoires mais les mutations E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité ou d'un possible échappement à la réponse immunitaire, informe Santé Publique France le 10 juin. Cette évolution permet un suivi plus réactif de la diffusion des variants porteurs de ces mutations d'intérêt au niveau national et dans les territoires les plus touchés. Le variant anglais, dit "Alpha" reste toujours majoritaire. Le variant Delta est minoritaire mais en augmentation.

Comment se déroule le dépistage des variants ?

Une nouvelle stratégie de dépistage des variants du Covid a été mise en place en France le 31 mai 2021. Ce ne sont plus les variants (Alpha, Beta, Gamma, Delta) que recherchent les laboratoires mais les mutations E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité ou d'un possible échappement à la réponse immunitaire, informe Santé Publique France le 10 juin. Le dépistage des variants se fait via :

• la réalisation de tests RT-PCR de criblage des mutations d'intérêt. En cas de diagnostic positif au Covid d'un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations d'intérêt E484K, E484Q et L452R. Les données sur ces tests de criblage sont analysés par Santé publique France pour évaluer leur circulation sur le territoire. 
• des enquêtes faisant appel au séquençage du génome viral, sur une sélection de prélèvements RT-PCR positifs aujourd'hui aléatoire (enquêtes Flash). Répétées à intervalles réguliers, elles ont pour objectif prioritaire de dresser une cartographie complète des types de virus (VOC, VOI, souches historiques, variants en cours d'évaluation) circulant en France et de contribuer à la détection de l'émergence de nouveaux variants.

PCR de criblage : qu'est-ce que c'est ?

"Pour détecter un maximum de porteurs d'une variante, une PCR de criblage doit donc être obligatoirement réalisée pour l'ensemble des patients testés positifs, qu'ils aient été dépistés par un test RT-PCR ou par un test antigénique" informe le Ministère de la Santé dans un communiqué de février 2021. Ce test PCR de criblage doit être réalisé moins de 36 heures après l'obtention du résultat positif. Pour détecter les mutations des virus variants, les laboratoires doivent utiliser des kits RT-PCR spécifiques. 

PCR de criblage et séquençage, quelles différences ? 

Si le test PCR de criblage permet de dépister le plus de personnes infectées par une mutation du Covid-19 pour les isoler et ralentir la progression des variants, le séquençage "a pour objectif de réaliser une surveillance génomique des virus circulants sur le territoire national. Cette surveillance consiste à la fois à évaluer la diffusion et la répartition spatiale des variantes d'intérêt, mais aussi à identifier l'éventuelle émergence d'autres variantes" explique le Ministère de la Santé. Autre différence : le séquençage concerne un échantillon représentatif de prélèvements en population générale et au sein de populations d'intérêts particuliers (retour de voyage, immunodéprimés…), alors que le test PCR de criblage est réalisé sur tous les patients testés positif à la Covid-19 (via un test PCR ou antigénique). 

Test positif à un variant : que faire ?

Lors qu'un test Covid est positif, il faut rester isolé, qu'il y ait ou non une mutation en cause du virus initial.

• La durée d'isolement est de 10 jours.
• Au 10ème jour, l'isolement est levé en l'absence de fièvre depuis plus de 48h (pour les patients zéro symptomatiques) et après l'obtention d'un résultat de test négatif. Les autorités conseillent quand même de limiter "le plus possible les contacts" pendant 7 jours supplémentaires, expliquait le ministre de la Santé, Olivier Véran, lors de la conférence de presse du jeudi 4 février.
• Si le test revient positif, l'isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.

Que faire si on est cas-contact ?

En février, le Ministère de la Santé a fait part de ses recommandations aux personnes cas-contact d'une personnes positive à un virus variant du Sars-CoV-2 : 

• Les personnes contact à risque d'un porteur d'une variante d'intérêt 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien) se verront proposer un test RT-PCR à J0 afin de démarrer des opérations de contact-tracing complémentaires sans délai. 
• Un test RT-PCR à J+7 doit être réalisé par les personnes contacts.
• Il est demandé au cas-contact de prévenir eux-mêmes les personnes avec qui elles ont été en contact à risque depuis leur dernière exposition.

Si vous êtes cas contact de cas-contact d'une personne positive à un des variants, les recommandations suivantes sont proposées :

• Renforcer l'application des mesures barrières et notamment le port du masque grand public filtration supérieure à 90% ou du masque chirurgical en présence d'autres personnes
• Télétravailler dès lors que cela est possible
• Réduire volontairement ses contacts sociaux durant les 7 jours suivant
• Réaliser un test diagnostic sans délai au premier symptôme.

Sources : 

Coronavirus : circulation des variants du SARS-CoV-2. Santé Publique France.

Circulation des variants : nouvelle stratégie de criblage par la recherche de mutations d'intérêt, Santé Publique France, 10 juin 2021

Stratégie de freinage de la propagation des variantes du SARS-CoV-2 ; renforcement spécifique sur les variantes d'interet20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3, DGS-URGENT N°2021_12, Direction Générale de la Santé, 7 février 2021

Stratégie nationale de lutte contre l'émergence des variantes d'intérêt du SARS-CoV-2, Ministère de la Santé, 7 février 2021