Taux de reproduction Covid : supérieur à 1, l'épidémie progresse en France

"Taux de reproduction Covid : supérieur à 1, l'épidémie progresse en France"

R0 COVID FRANCE. Dans le point épidémiologique du 4 novembre, Santé Publique France annonce que le taux de reproduction du coronavirus ou "R" est repassé au-dessus de 1, signe que l'épidémie repart. Explications.

Dans son point épidémiologique du 4 novembre, Santé Publique France informe ainsi que le "R" est repassé au-dessus de 1 "traduisant une progression de l'épidémie". Il était à 1,16 le 30 octobre selon le site du gouvernement. Il faut distinguer le R0 dont on parlait au début de l'épidémie Covid qui correspondait au nombre de reproduction "naturelle" du virus du R effectif ou "R" qui est le taux constaté par l'épidémie (avec ou sans mesures barrières, vaccination...) C'est quoi le R ? Comment est-il compté ? Et que veut-il dire ? Est-ce pire avec le variant Delta qui est 100% présent en France désormais ? Explications.

Quelle est la définition du taux de reproduction d'un virus ?

Pouvoir quantifier la capacité de transmission d'un virus lors d'une épidémie est essentiel pour mettre en place au bon moment les mesures pour la stopper. Cette capacité appelée "transmissibilité" se mesure par le nombre de reproduction R du virus, aussi appelé "taux de reproduction", c'est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires provoqués par une seule personne infectée au cours de sa période contagieuse. Il faut alors distinguer :

  • le nombre de reproduction du virus pendant la crise épidémique : le "R effectif" (celui que donnent les autorités sanitaires françaises depuis le mois de juin)
  • du nombre de reproduction initial au début de l'épidémie qu'on appelait "R0".
R0 coronavirus
Propagation du virus quand le R est supérieur à 1 © Ministère de la Santé

"L'objectif des efforts de contrôle est de réduire R en-dessous de la valeur seuil de 1 et aussi proche de 0 que possible, maîtrisant ainsi une épidémie" expliquait Anne Cori dans un article de l'American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 voire plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs. 

A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le R0 de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.

Comment est-il calculé ?

Le R0 (taux de reproduction initial du virus) se calcule à partir d'une population qui est entièrement susceptible d'être infectée (c'est-à-dire qui n'a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux). Il correspond au produit de trois facteurs : R0=ßcD. 

  • ß = le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
  • c = le nombre de contacts sur une unité de temps : si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
  • D = le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).

Plusieurs méthodes existent ensuite pour estimer le R effectif. En France, c'est la méthode de Cori (du nom d'Anne Cori, une chercheuse de l'Imperial College de Londres, spécialisée en maladie infectieuse) qui a été retenue précise Santé Publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut se calculer à partir d'indicateurs différents.

  • le Reff calculé à partir des nombres de cas confirmés en France (données virologiques, SI-DEP)
  • le Reff calculé à partir des données de passages aux urgences (OSCOUR® )
  • à partir du 24 septembre, le R effectif calculé à partir des données d'hospitalisation des cas de COVID-19 (données SI-VIC)

→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

→ Les valeurs de R ne doivent pas être interprétées de façon isolée, mais être mises en perspective avec les autres données épidémiologiques disponibles et l'analyse fine de la situation locale, indique Santé publique France.

• Si le R > 1, l'épidémie se développe.

• Si le R < 1, l'épidémie régresse.

Comment interpréter le résultat ?

Le calcul des R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé ne cesse de répéter que l'objectif est que le taux de reproduction du virus descende en-dessous de 1. Le "1" est ainsi le point de vigilance. Un R supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l'épidémie progresse.  Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d'environ 2 semaines.

  • 1 < R <1,5 : seuil de vigilance
  • R > 1,5 : seuil d'alerte

Les taux de reproductions calculés à partir des passages aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité.

Quel taux en France ?

Selon le point épidémiologique du 4 novembre de Santé Publique France, le "R" est repassé au-dessus de 1 "traduisant une progression de l'épidémie". Il était à 1,16 le 30 octobre selon le site du gouvernement. Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin. Il s'établissait à 1.14 le 4 novembre, une semaine après le début du deuxième confinement. 

Quel est le R0 du variant Delta ?

Sans mesures barrières (gestes, vaccins), le niveau du R0 du virus Sars-CoV-2 historique est estimé à 3, celui du variant Alpha à environ 4,5 et celui du variant Delta à environ 6,6. 

Comment évolue le taux de reproduction du Covid en France ?

Au 30 octobre 2021, le taux de reproduction du coronavirus repart à la hausse, preuve que le virus recommence à contaminer les Français et que l'épidémie repart doucement.

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Courbe du taux de reproduction du Covid en France au 30 octobre 2021 © Gouvernement.fr

Sources

Recommandations relatives à la stratégie vaccinale. Conférence de presse du Sénat jeudi 1er juillet 2021.

Covid-19 : point épidémiologique hebdomadaire, Santé Publique France.

Indicateurs et données-clés