R0, R effectif et Covid-19 : carte du taux en France, en Bretagne

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Le taux de reproduction du coronavirus (R effectif, R0) évalue l'évolution de l'épidémie de Covid-19. Ce nombre est stable par rapport à la semaine dernière. Qu'est-ce que cela veut dire ? Comment est-il calculé ? Quel est le taux dans chaque région de France ? Définition, carte et derniers chiffres.

[Mise à jour le vendredi 23 octobre à 10h46] Le R0 (ou le R effectif) désigne le taux de reproduction d'un virus. Il s'agit du nombre moyen de nouveaux cas causés par une personne infectée dans une population sans immunité. Il prend en compte plusieurs paramètres (tests positifs, hospitalisations ou passages aux urgences). Selon le point hebdomadaire de Santé publique France du 22 octobre 2020, le taux de reproduction calculé à partir des tests positifs est de 1.34 en France. Il est stable par rapport à celui de la semaine précédente (1.35). Pour bien comprendre, il faut savoir qu'un taux supérieur à 1 signifie qu'une personne contaminée en contamine en moyenne plus d'une autre et donc que l'épidémie est en progression. Dans quels départements le virus circule-il particulièrement ? Qu'est-ce que le R0 ? Le R effectif ? Comment est-il calculé ? Quel est son taux au niveau national ? Et dans chaque région de France ? Explications. 

Taux de reproduction du virus, "R zéro" : c'est quoi ?

Pouvoir quantifier la capacité de transmission d'un virus lors d'une épidémie est essentiel pour mettre en place au bon moment les mesures pour la stopper (surtout quand il n'y a pas de traitement ou de vaccin comme dans le cas du Covid-19). Cette capacité appelée "transmissibilité" se mesure par le nombre de reproduction R du virus, aussi appelé "taux de reproduction", c'est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires provoqués par une seule personne infectée au cours de sa période contagieuse. Il faut alors distinguer :

  • le nombre de reproduction du virus pendant la crise épidémique : le "R effectif" (celui que donnent les autorités sanitaires françaises depuis le mois de juin)
  • du nombre de reproduction initial au début de l'épidémie qu'on appelait "R0".
R0 coronavirus
Propagation du virus quand le R est supérieur à 1 © Ministère de la Santé

"L'objectif des efforts de contrôle est de réduire R en-dessous de la valeur seuil de 1 et aussi proche de 0 que possible, maîtrisant ainsi une épidémie" expliquait Anne Cori dans un article de l'American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 voire plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs. 

A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le RO de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.

Comment est-il calculé ?

Le R0 (taux de reproduction initial du virus) se calcule à partir d'une population qui est entièrement susceptible d'être infectée (c'est-à-dire qui n'a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux). Il correspond au produit de trois facteurs : R0=ßcD. 

  • ß = le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
  • c = le nombre de contacts sur une unité de temps : si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
  • D = le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).

Plusieurs méthodes existent ensuite pour estimer le R effectif. En France, c'est la méthode de Cori (du nom d'Anne Cori, une chercheuse de l'Imperial College de Londres, spécialisée en maladie infectieuse) qui a été retenue précise Santé Publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut se calculer à partir d'indicateurs différents.

  • le Reff calculé à partir des nombres de cas confirmés en France (données virologiques, SI-DEP)
  • le Reff calculé à partir des données de passages aux urgences (OSCOUR® )
  • à partir du 24 septembre, le R effectif calculé à partir des données d'hospitalisation des cas de COVID-19 (données SI-VIC)

→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

• Si le R > 1, l'épidémie se développe.

• Si le R < 1, l'épidémie régresse.

Comment interpréter le résultat ?

Le calcul des R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé ne cesse de répéter que l'objectif est que le taux de reproduction du virus descende en-dessous de 1. Le "1" est ainsi le point de vigilance. Un R supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l'épidémie progresse.  Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d'environ 2 semaines.

  • 1 < R <1,5 : seuil de vigilance
  • R > 1,5 : seuil d'alerte

Les taux de reproductions calculés à partir des passages aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité ces prochaines semaines.

R0, R effectif en France : quel taux actuellement ?

Depuis la fin du mois de juin, on observe une nette hausse du taux de reproduction. Les estimations du nombre de reproduction hebdomadaire sont basées sur les nombres de tests PCR positifs au SARS-COV-2, sur les passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 et (depuis le 24 septembre) à partir des hospitalisations. Ces trois estimations sont significativement supérieures à 1, ce qui signifie que l'épidémie est en progression, indique le bulletin épidémiologique hebdomadaire de Santé Publique France publié le 1er octobre 2020. Toutefois, les taux de reproduction calculés à partir des passages aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité ces prochaines semaines, précise Santé Publique France. A date :

► Le R calculé à partir des données virologiques (tests positifs au Sars-CoV-2) est de : 1,34, estimation stable par rapport à celle produite la semaine précédente (1,35)

► Le R calculé à partir  des données d'hospitalisations est significativement supérieur à 1 : 1,39, estimation en hausse par rapport à celle de la semaine précédente (1.20)

► Le R calculé à partir des données de passages aux urgences est significativement supérieur à 1 : 1.29, estimation en hausse par rapport à celle de la semaine précédente (1.13)

Courbe de la moyenne de ces trois taux de reproduction entre le 1er juin et le 17 octobre 2020 en France

Nombre de reproduction effectif entre le 1er juin et le 17 octobre en France
Nombre de reproduction effectif entre le 1er juin et le 17 octobre en France © Gouvernement.fr

Pour rappel : Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin. 

Trajectoire du nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2, des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 et des hospitalisations pour COVID-19 en France métropolitaine du 15 mars au 17 octobre 2020

Trajectoire du nombre de reproduction effectif (R-effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2, des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 et des hospitalisations pour COVID-19 en France métropolitaine du 15 mars au 17 octobre 2020
Trajectoire du nombre de reproduction effectif (R-effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2, des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 et des hospitalisations pour COVID-19 en France métropolitaine du 15 mars au 17 octobre 2020 © Santé publique France

Carte du taux de reproduction du coronavirus en France

Carte du taux de reproduction par région en France au 8 octobre
Carte du taux de reproduction par région en France au 8 octobre © Gouvernement.fr

Quel est le R par régions ?

Au 17 octobre, les taux de reproduction les plus hauts étaient observés en Corse (1.75) Bourgogne-Franche-Comté (1.59), dans le Grand Est (1.59) et en Auvergne-Rhône-Alpes (1.52). 

 En France métropolitaine : au 17 octobre :

  •  Les estimations du R-effectif à partir des trois sources de données (données virologiques SI-DEP, hospitalisations rapportées dans SI-VIC et passages aux urgences dans le réseau OSCOUR® ) sont supérieures à 1 significativement dans toutes les régions métropolitaines, sauf en Bretagne.
  • En Bretagne, l'estimation du R-effectif à partir des passages aux urgences OSCOUR® est supérieure à 1 de façon non significative. Le R-effectif estimé à partir des deux autres sources est significativement supérieur à 1.

En Outre-Mer : l'estimation du R-effectif est significativement supérieure à 1 en Martinique à partir des données virologiques (SI-DEP) et est supérieure à 1 de façon non significative à partir des hospitalisations rapportées dans SI-VIC. Dans les autres régions, l'estimation du R-effectif est soit inférieure à 1, soit supérieure à 1 mais de façon non significative.

Nombre de reproduction effectif (R-effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-CoV-2, des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 et des hospitalisations pour COVID-19 par région, France métropolitaine et ultra-marine, sur 7 jours glissants (du 11 au 17 octobre 2020 pour SI-DEP et OSCOUR® , du 12 au 18 octobre pour SI-VIC) (Sources : SI-DEP, OSCOUR® et SI-VIC)

Nombre de reproduction effectif (R-effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-CoV-2, des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 et des hospitalisations pour COVID-19 par région, France métropolitaine et ultra-marine, sur 7 jours glissants (du 11 au 17 octobre 2020 pour SI-DEP et OSCOUR® , du 12 au 18 octobre pour SI-VIC) (Sources : SI-DEP, OSCOUR® et SI-VIC)
Nombre de reproduction effectif par régions de France © Santé publique France

Quels sont les autres indicateurs de suivi de l'épidémie ?

Le taux de reproduction n'est qu'un indicateur et comme tous les indicateurs, elle ne doit pas être appréhendée seule. En effet, ce nombre de reproduction du virus varie dans le temps et dans l'espace. Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l'évolution de l'épidémie de coronavirus en France depuis le déconfinement. "Dès lors qu'un seuil (de vigilance et/ou d'alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d'identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s'avère nécessaire" explique le Ministère de la Santé dans un communiqué du 8 juillet

Carte du taux d'incidence en France au 19 octobre
Carte du taux d'incidence en France au 19 octobre © Gouvernement.fr

→ L'incidence épidémique c'est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine sur 100 000 habitants : estimée sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs. Si le chiffre est compris entre 10 et 50 : seuil d'alerte. S'il est supérieur à 50 : seuil de vigilance.

→ Le nombre de tests virologiques positifs au Covid-19 pour 100 000 habitants par semaine

Depuis le mois de juillet, tous les Français qu'ils présentent ou non des symptômes évocateurs du Covid-19, qu'ils aient ou non une ordonnance peuvent aller se faire tester. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département est un indicateur : si le taux est compris entre 5 et 10% : seuil de vigilance. S'il est supérieur à 10% : seuil d'alerte.

→ Le taux d'occupation des lits en réanimation par des patients COVID par rapport à la capacité initiale en réanimation

Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d'occupation des lits de réanimation par des patients atteints de COVID-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation, par région : si le taux grimpe entre 40 et 60% seuil de vigilance. S'il dépasse les 60%, c'est le seuil d'alerte.

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