Covid : le nouveau variant FLiRT gagne du terrain, quels symptômes ?

Cela faisait longtemps que nous n'avions pas entendu parler du Covid-19... ou d'un de ses variants. Avec l'arrivée d'une nouvelle mutation du virus Sars-Cov-2, surnommée "FLiRT", une nouvelle vague de contaminations est redoutée cet été. Ce nouveau variant semble se répandre rapidement, surtout aux Etats-Unis. "Les virus mutent tout le temps, je ne suis donc pas surpris de voir une nouvelle variante du coronavirus prendre le dessus" a commenté le Dr Scott Roberts, spécialiste des maladies infectieuses à Yale Medicine. En France, le variant JN.1 (descendant d'Omicron) reste majoritaire depuis novembre 2023, selon le dernier rapport de Santé publique France de mai 2024. Il est également majoritaire dans le monde.

Une "propagation rapide"

"Suite à la circulation large de JN.1 dans le monde, ce variant s'est diversifié génétiquement et des sous-lignages ont été définis" explique Santé Publique France. Quatre de ces sous-lignages ont été classés VUM (variant en cours d'évaluation) dont les lignages KP.2 et KP.3 en raison des mutations supplémentaires qu'ils portent (mutations F456L et R346T pour KP.2), "deux mutations associées à des modifications de la transmissibilité et de l'échappement à la réponse immunitaire". C'est en lien avec le nom de ces mutations qu'ils ont été baptisés "FLiRT" ( F456L et R346T).  KP.3 et représente 25% des cas de Covid-19 aux Etats-Unis en juin 2024 ; KP.2 22.5%. Ces nouveaux sous-variants du JN1 gagnent du terrain depuis le début de l'année 2024. "La différence entre eux est que KP.3 possède une mutation supplémentaire appelée F456L, située dans la protéine de pointe. Cette mutation permet au virus de s'accrocher plus facilement à nos récepteurs ACE2 - c'est ce qu'on appelle l'affinité de liaison - ce qui le rend plus infectieux. C'est pourquoi le KP.3 commence désormais à dominer (aux USA, ndlr)", explique le Pr Adrian Asterman, épidémiologiste et professeur de biostatistique à l'Université d'Australie du Sud à Newsweek. En France, "au sein de JN.1, une augmentation des sous-lignages KP.2 et KP.3 est observée depuis le mois de mars 2024", avait observé Santé Publique France dans une analyse du 13 mai mais "à des niveaux faibles." Pour autant, il "suscite des questions en raison de sa propagation rapide dans certains pays et de son profil génétique", estime l'autorité.

Cette propagation fait craindre un regain épidémique cet été, d'autant que pour beaucoup de personnes, la dernière dose de vaccin anti Covid-19 remonte à plusieurs mois. Santé publique France précise dans son rapport du 10 juin 2024 que "les actes de suspicion de Covid-19 sont en hausse de 51%. Toutes les classes d'âges sont concernées, mais plus particulièrement les plus de 75 ans et les moins de 2 ans. Le niveau est supérieur à 2023 et 2021 chez les adultes." Cependant pour le Pr Pekosz "même si les taux de cas continuent d'augmenter et de diminuer tout au long de l'année, nous constatons un nombre de cas d'hospitalisations ou de décès bien inférieur à celui observé au cours des deux premières années de la pandémie". La plus grande question, selon le Dr Roberts, "est peut-être de savoir si le virus nouvellement muté continuera d'évoluer avant l'hiver, lorsque les infections et les hospitalisations augmentent généralement, et si les souches FLiRT seront incluses dans un vaccin anti-Covid d'automne".

En ce qui concerne les symptômes, les sous-variants FLiRT auraient pour l'instant les mêmes que ses prédécesseurs. "Ils sont très similaires en termes de gravité de la maladie et de capacité à échapper à notre système immunitaire", d'après le Pr Adrian Asterman. Le fait qu'il soit génétiquement similaire au variant JN.1 serait plutôt rassurant selon le Dr Roberts puisque celui-ci avait des symptômes "plus légers que ceux provoqués par les variantes au cours des premières années de la pandémie". Pour l'heure, Santé Publique France rappelle que les mesures de prévention des virus respiratoires "restent d'actualité, en particulier de la stratégie vaccinale au regard de l'évolution de la circulation des variants".