Variant sud-africain du Covid : premier cas grave de réinfection en France, symptômes

Des médecins de l'AP-HP rapporte le premier cas grave d'un patient réinfecté par le variant Sud-Africain de la Covid, quelques mois après une première infection par le SARS-CoV-2. Le virus muté arrive à contourner l'immunité. Ce variant pourrait résister davantage aux vaccins. Le Journal des Femmes fait le point.

Variant sud-africain du Covid : premier cas grave de réinfection en France, symptômes
© 123RF-David Tadevosian

[Mise à jour le lundi 15 février à 16h27] Le variant sud-africain inquiète particulièrement la communauté scientifique. Obligatoirement recherché en France -comme le variant anglais et brésilien - dans les tests Covid positif, il peut être responsable de réinfections chez des patients ayant déjà eu la Covid, comme l'avait annoncé Olivier Véran lors d'un point presse le 11 février. "Le virus muté arrive à contourner l'immunité" a expliqué le ministre de la Santé. Dans un communiqué du 12 février, l'équipe du service de médecine intensive et réanimation de l'hôpital Louis-Mourier AP-HP, dirigé par le Pr Jean-Damien Ricard, d'Université de Paris et de l'Inserm rapporte le premier cas grave d'un patient réinfecté par le variant Sud-Africain du SARS-CoV-2, quelques mois après une première infection. Ce premier cas de réinfection par le variant Sud-Africain a fait l'objet d'une publication le 10 février 2021 dans la revue Clinical Infectious Diseases. Le patient de 58 ans sans antécédent notable ayant présenté en septembre 2020 un premier épisode peu sévère de Covid-19 (fièvre et gêne respiratoire modérées), confirmé par RT-PCR avait guéri spontanément et refait deux tests PCR négatifs en décembre 2020. En janvier 2021, il a été réadmis aux urgences de l'hôpital Louis-Mourier AP-HP pour une récurrence de la fièvre avec gêne respiratoire. Le test PCR SARS-COV-2 se révèle à nouveau positif, et le séquençage du virus montre la présence de mutations caractéristiques du variant Sud-Africain. Le patient a rapidement développé un syndrome de détresse respiratoire aiguë nécessitant une prise en charge en réanimation par intubation et ventilation mécanique. La sérologie SARS-CoV-2 en début d'hospitalisation était positive, suggérant que l'immunité développée à l'issue de la première infection n'a pas permis d'éviter la réinfection par le variant Sud-Africain.

Nom du variant sud-africain

Le variant sud-africain, également appelé 501.V2 est désormais majoritaire en Afrique du Sud qui affichait le 1er février plus de 1,5 millions de contaminations. Selon les chiffres donnés par l'agence de presse Reuters, le nombre de cas tend à baisser ces derniers jours avec "5538 nouvelles contaminations recensées en moyenne chaque jour", loin des 20 999 nouvelles contaminations enregistrées le 7 janvier. La découverte du variant sud-africain a été rendue publique par le ministère de la Santé sud-africain le 18 décembre. 

Présence du variant sud-africain en France et dans le monde 

Le variant sud-africain a été détecté pour la première fois en France le 31 décembre 2020 chez un habitant du Haut-Rhin après un séjour en Afrique-de-Sud. "La diffusion de ces deux variants, sud-africain et brésilien, n'est pas encore inéluctable", déclarait Olivier Véran le 11 février. Ils circulent moins que le variant anglais. Dans le monde, au 09 février 2021, le variant sud-africain a été rapporté dans 44 pays selon l'OMS, soit trois pays de plus que la semaine précédente.

Pourquoi les virus mutent-ils ? 

Tous les virus mutent. Le Sars-Cov-2 est un virus à ARN, composé d'une séquence génétique de 30 000 nucléotides. Pour survivre - infecter de nouvelles cellules - il se réplique, "c'est à ce moment que peuvent survenir les erreurs dans son patrimoine génétique. Comme s'il y avait des fautes de frappe dans une recette de cuisine de 30 000 caractères. Ces erreurs sont des mutations", image Vincent Maréchal, professeur de virologie à la Sorbonne, contacté par Le Journal Des Femmes. "Beaucoup de mutations sont silencieuses et ne présentent pas de conséquences sur le fonctionnement du virus, explique-t-il. D'autres sont dites délétères. Dans ce cas, les mutations sont détruites. Enfin, il y a les mutations qui améliorent le virus. Parmi ces améliorations, le virus peut être plus contagieux, échapper à la réponse immunitaire, être capable de franchir la barrière de l'espèce, ou résister aux vaccins... Ces mutations rendent le virus plus performant que celui dont il est issu : "C'est ce qui explique pourquoi ils finissent par prendre l'avantage. C'est l'histoire naturelle des virus : les virus les plus contagieux deviennent les virus dominants", poursuit le professeur de virologie. C'est pourquoi le variant sud-africain a pris aujourd'hui le dessus en Afrique du Sud. 

Quels sont les symptômes ?

Selon le professeur de virologie Vincent Maréchal, "les variants ne présentent pas de signes cliniques majorés" par rapport à la souche classique du Sars-cov-2. Fièvre, maux de tête, toux sèche, fatigue ou encore l'anosmie restent les symptômes majeurs du variant sud-africain.  

Plus contagieux ?

Selon le professeur Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère de la Santé sud-Africain, cité par la chaîne sud-africaine SABCNews, le variant sud-africain serait 50% plus contagieux que la souche classique du Sars-Cov-2. Selon Vincent Maréchal. si le variant sud-africain semble être effectivement plus contagieux que la souche classique, il est difficile d'être aussi précis que pour le variant anglais sur sa contagiosité. "Pour le variant anglais, l'une de ses mutations affecte le test Thermo Fisher, ce qui permet de suspecter une infection à ce variant. Actuellement, il n'existe pas ce type de test pour le variant sud-africain, il faudrait donc pouvoir séquencer un nombre d'échantillons représentatifs pour en tirer de solides données dont on ne dispose pas pour l'heure", développe le professeur de virologie. C'est la présence de mutations dans les régions codant pour la protéine Spike qui lui confèrent une plus grande contagiosité.

Comment est-il dépisté ? 

Pour limiter la transmission du variant sud-africain en France, de nouvelles mesures ont été annoncées le 7 février par la Direction générale de la Santé. Tout test antigénique ou PCR positif doit obligatoirement faire l'objet d'une RT-PCR de criblage en seconde intention, réalisée dans un délai de 36H maximum, afin de déterminer s'il s'agit d'une contamination par une variante d'intérêt. Si le test est positif au variant sud-africain, la durée d'isolement est portée à 10 jours. Un test de sortie d'isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes qui en sont porteuses. Après 10 jours, et en l'absence de fièvre depuis plus de 48h pour les patients qui n'ont plus de symptômes, la levée de l'isolement est conditionnée pour les cas confirmés à l'obtention d'un résultat de test négatif. Si le test revient positif, l'isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat. Une deuxième visite infirmière sera programmée, notamment pour réaliser le test prévu pour autoriser la sortie de l'isolement.

Est-il résistant au vaccin ?

Le variant sud-africain présente plusieurs mutations sur la protéine Spike, "la protéine de pointe qui s'accroche aux cellules et qui intéresse tout particulièrement les scientifiques puisqu'elle permet de contaminer la cellule", explique Vincent Maréchal. L'une d'elles inquiète tout particulièrement la communauté scientifique quant à l'efficacité des vaccins. Nommée E484K, cette modification empêcherait les anticorps développés par l'organisme après une infection ou une vaccination par les sérums disponibles actuellement de détecter le virus. "Des données préliminaires utilisant des sérums de personnes vaccinées avec le sérum de Moderna ont montré une réduction des titres d'anticorps neutralisants du variant 501Y.V2 par rapport aux précédents variants testés", souligne l'Onu dans un communiqué publié le 27 janvier. Ce qui signifie que les anticorps ne sont pas efficaces contre le variant. Autre illustration chez Novavax, selon le communiqué de presse de l'entreprise de biotechnologie publié jeudi 28 janvier, son vaccin qui pourrait être prochainement mis sur le marché n'est efficace qu'à 49,4% selon les résultats d'un essai clinique mené en Afrique du Sud, où domine le variant sud-africain. 

Est-il plus dangereux ?

Selon l'épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim, "rien n'indique que le variant sud-africain est plus sévère que le virus classique." Toutefois, si la maladie causée par le variant ne soit pas plus sévère, le fait qu'il soit plus contagieux, le rend plus dangereux. 

Comment se protéger ?

Face aux variants, les masques artisanaux, de catégorie 2 filtrant à 70 %, ne seraient plus un moyen de protection efficace. "Un masque qui filtre à 70 %, filtrera toujours à 70 %  mais s'il y a plus de virus dans la salive – ce qui semble être le cas - il y a plus de virus qui filtrera à travers le masque. C'est pourquoi on appelle la population à utiliser des masques plus résistants", explique le professeur à la Sorbonne. Pour contrer ces variants, plus contagieux, d'autres mesures ont été prises notamment à l'école. Un seul cas de Covid-19 dans une classe de maternelle, classique ou variant, à l'exception des adultes, suffira désormais à fermer la classe, les élèves étant considérés comme cas contacts. A la cantine, la distanciation sociale à observer entre groupes d'élèves est désormais fixée à deux mètres. Vendredi 29 janvier, le Premier ministre Jean Castex a en outre annoncé un renforcement du télétravail et la fermeture des centres commerciaux non alimentaires de plus de 20 000 m2. 

Pour notre expert, face aux variants, "c'est l'ensemble des mesures barrières qu'il faut relever d'un cran. Il faut bien que les gens aient en tête qu'un variant implique de nouveaux enjeux. Risque d'échappement au vaccin, risque d'échappement à l'immunité, risque de transmission accrue : un variant qui survit est dangereux et il ne faut pas attendre pour agir."  Comme vu plus haut, les vaccins seraient moins efficaces contre le variant sud-africain. Selon notre expert, cela pourrait devenir la norme. "Plus le virus se multiplie – et il se multiplie partout dans le monde aujourd'hui – plus il y aura des mutants et donc des variants qui vont acquérir des propriétés nouvelles. On est rentré dans un dispositif de cycle long. Un virus pourra être contrôlé avec un vaccin mais cela n'empêchera pas d'autres variants d'être sélectionnés et qui échapperont aux vaccins. Il va falloir s'habituer à une course de fond contre le virus, comme avec le vaccin contre la grippe", conclut Vincent Maréchal. Pour exemple, Moderna a déjà annoncé dans un communiqué de presse qu'il préparait un vaccin contre le variant sud-africain. 

Sources : 

Stratégie de freinage de la propagation des variants, DGS, 7 février 2021.

Fiche Afrique du Sud, Covid-19 tracker, Reuters

Bulletin épidémiologique national du 28 janvier, Santé Publique France

Article "New variant of coronavirus 50% more infectious: Professor Karim", SABC News, 18 janvier 2021

Covid-19 : le variant britannique s'étend à 70 pays et le sud-africain à 31, selon l'OMS, ONU Infos, 27 janvier 2021

Novavax COVID-19 Vaccine Demonstrates 89.3% Efficacy in UK Phase 3 Trial, NOVOVAX, 28 janvier 2021

Moderna COVID-19 Vaccine Retains Neutralizing Activity Against Emerging Variants First Identified in the U.K. and the Republic of South Africa, MODERNA, 25 janvier

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