Variant sud-africain (Beta) : en France, symptômes, vaccin

Le variant sud-africain renommé "Beta" par l'OMS en mai 2021 est apparu en Afrique du Sud en mai 2020. Il représente 6% des tests positifs en France et reste stable. Quelles particularités ? Quels sont les vaccins les plus efficaces ? Quels symptômes ? Infos et carte.

Variant sud-africain (Beta) : en France, symptômes, vaccin
© 123RF-Alessandro Biascioli

Apparu en mai 2020 en Afrique du Sud, le variant dit "sud-africain" et renommé "Beta" en mai 2021 par l'OMS reste stable en France. Selon les résultats de l'enquête Flash #10 du 25 mai 2021, il représente 6% des tests criblés dans l'hexagone (contre plus de 85% pour le variant Alpha initialement appelé "anglais"). Quels sont les symptômes en cas d'infection ? Est-il très contagieux ? Quelles mesures pour éviter les contaminations ? Les vaccins sont-ils efficaces ? Infos.

Quel est le nom du variant sud-africain ?

Le variant sud-africain a été nommé 501.V2 par l'Afrique du Sud, en raison de sa mutation N501Y. Il est appelé 20H/501Y.V2 par Santé Publique France ou encore B.1.351La découverte du variant sud-africain a été rendue publique par le ministère de la Santé sud-africain le 18 décembre. Au 9 mars, il était rapporté dans 58 pays du monde. Le 31 mai 2021, l'OMS a annoncé le renommer et l'appeler "Beta".

Quelles différences avec les variant anglais et brésilien ?

Le variant sud-africain a des points communs et des différences avec les deux autres variants en France. "Ces 3 virus présentent des modifications qui sont réparties sur le génome viral (du virus), mais dont les modifications les plus importantes sont sur la protéine S (ou Spike) qui est la cible principale de la réponse immunitaire" expliquait le Conseil Scientifique du Covid en France, dans un Avis du 12 février 2021.

Points communs : ils présentent tous une mutation en position 501 (N501Y) qui entraine une augmentation de la transmissibilité (+30 à +60%), plus précisément en Angleterre et en Afrique du Sud.

Différences : Seuls les variants sud-africains et brésiliens présentent en plus la mutation en position 484 (E484K) qui entraine un échappement immunitaire significatif, notamment lorsqu'elle est associée à d'autres modifications de la protéine S, explique le Conseil. Par ailleurs, le variant sud-africain a un niveau de transmission peut être moins élevé que le variant anglais.

Où est-il présent en France ?  

Le variant sud-africain a été détecté pour la première fois en France le 31 décembre 2020 chez un habitant du Haut-Rhin après un séjour en Afrique-de-Sud. Ils circulent moins que le variant anglais. Selon les résultats de l'enquête Flash #10 du 25 mai 2021 publiés par Santé Publique France, il représente 6% des tests criblés dans l'hexagone (contre plus de 85% pour le variant Alpha initialement appelé "anglais"). 

Pourquoi les virus mutent-ils ? 

Tous les virus mutent. Le Sars-Cov-2 est un virus à ARN, composé d'une séquence génétique de 30 000 nucléotides. Pour survivre - infecter de nouvelles cellules - il se réplique, "c'est à ce moment que peuvent survenir les erreurs dans son patrimoine génétique. Comme s'il y avait des fautes de frappe dans une recette de cuisine de 30 000 caractères. Ces erreurs sont des mutations", image Vincent Maréchal, professeur de virologie à la Sorbonne, contacté par Le Journal Des Femmes. "Beaucoup de mutations sont silencieuses et ne présentent pas de conséquences sur le fonctionnement du virus, explique-t-il. D'autres sont dites délétères. Dans ce cas, les mutations sont détruites. Enfin, il y a les mutations qui améliorent le virus. Parmi ces améliorations, le virus peut être plus contagieux, échapper à la réponse immunitaire, être capable de franchir la barrière de l'espèce, ou résister aux vaccins... Ces mutations rendent le virus plus performant que celui dont il est issu : "C'est ce qui explique pourquoi ils finissent par prendre l'avantage. C'est l'histoire naturelle des virus : les virus les plus contagieux deviennent les virus dominants", poursuit le professeur de virologie. C'est pourquoi le variant sud-africain a pris aujourd'hui le dessus en Afrique du Sud. 

Quels sont les symptômes ?

Selon le professeur de virologie Vincent Maréchal, "les variants ne présentent pas de signes cliniques majorés" par rapport à la souche classique du Sars-cov-2. Fièvre, maux de tête, toux sèche, fatigue ou encore l'anosmie restent les symptômes majeurs du variant sud-africain.  

Est-il plus contagieux ?

Selon le professeur Salim Abdool Karim, épidémiologiste et coprésident du comité scientifique au ministère de la Santé sud-Africain, cité par la chaîne sud-africaine SABCNews, le variant sud-africain serait 50% plus contagieux que la souche classique du Sars-Cov-2. Ce qui est validé par les autorités sanitaires françaises. Selon Vincent Maréchal. si le variant sud-africain semble être effectivement plus contagieux que la souche classique, il est difficile d'être aussi précis que pour le variant anglais sur sa contagiosité. "Pour le variant anglais, l'une de ses mutations affecte le test Thermo Fisher, ce qui permet de suspecter une infection à ce variant. Actuellement, il n'existe pas ce type de test pour le variant sud-africain, il faudrait donc pouvoir séquencer un nombre d'échantillons représentatifs pour en tirer de solides données dont on ne dispose pas pour l'heure", développe le professeur de virologie. C'est la présence de mutations dans les régions codant pour la protéine Spike qui lui confèrent une plus grande contagiosité.

"Il va falloir s'habituer à une course de fond contre le virus"

Comment est-il dépisté ? 

Les tests de criblage utilisés permettaient jusqu'en mai 2021 de distinguer le variant 20I/501Y.V1 (Alpha) et de manière non distincte les variants 20H/501Y.V2 (Bêta) ou 20J/501Y.V3 (Gamma). "Au regard de la diversité croissante des variants émergents du SARS-CoV-2, cette stratégie de criblage se doit d'évoluer" explique Santé Publique France le 10 juin. L'évolution de la stratégie de criblage consiste non plus à assigner l'infection à un variant spécifique mais à rechercher des mutations d'intérêt. Actuellement, trois d'entre elles sont qualifiées de mutation d'intérêt : E484K (portée par le variant Beta), E484Q et L452R

Quels sont les vaccins efficaces ?

"Globalement, le variant sud-africain est moins sensible aux vaccins, aux anticorps de sujets déjà infectés, aux anticorps monoclonaux" expliquait le Conseil scientifique du Covid en France, dans son Avis du 12 février. Une personne ayant déjà eu la Covid-19 ne sera donc pas plus protégée face à ce variant. Dans un communiqué du 12 février, l'équipe du service de médecine intensive et réanimation de l'hôpital Louis-Mourier AP-HP rapportait le premier cas grave d'un patient réinfecté par le variant Sud-Africain du SARS-CoV-2, quelques mois après une première infection. En cause dans cette moindre sensibilité, la présence de la mutation E484K recherchée lors de tests Covid réalisés en France. 

Par types de vaccins :

  • Vaccin ARN (Pfizer, Moderna, les plus efficaces) : sensibilité conservée "avec une légère diminution de 30% environ"  rapporte le Conseil scientifique. Ces vaccins étant efficaces à environ 90-95%, ils le seraient à hauteur de 60-65% contre le variant Beta.
  • Vaccin Janssen (Johnson&Johnson) et Novavax : sensibilité "conservée" de l'ordre de 50%, et pour le vaccin Janssen, une protection de 85% contre les formes sévères.
  • Vaccin AstraZeneca (moins efficace) : sensibilité diminuée. "Une efficacité de 30% (toutes populations confondues) ne serait pas étonnante" selon le Conseil scientifique.

Pour Vincent Maréchal, "on est rentré dans un dispositif de cycle long". "Plus le virus se multiplie – et il se multiplie partout dans le monde aujourd'hui – plus il y aura des mutants et donc des variants qui vont acquérir des propriétés nouvelles. Un virus pourra être contrôlé avec un vaccin mais cela n'empêchera pas d'autres variants d'être sélectionnés et qui échapperont aux vaccins. Il va falloir s'habituer à une course de fond contre le virus, comme avec le vaccin contre la grippe".

Est-il plus dangereux ?

Selon l'épidémiologiste sud-africain Salim Abdool Karim, "rien n'indique que le variant sud-africain est plus sévère que le virus classique." Toutefois, si la maladie causée par le variant n'est pas plus sévère, le fait qu'il soit plus contagieux, le rend plus dangereux. 

Comment se protéger ?

Face aux variants, il a été décidé de déconseiller le port de masques artisanaux, de catégorie 2 filtrant à 70 %. "Un masque qui filtre à 70 %, filtrera toujours à 70 %  mais s'il y a plus de virus dans la salive – ce qui semble être le cas - il y a plus de virus qui filtrera à travers le masque. C'est pourquoi on appelle la population à utiliser des masques plus résistants", explique le professeur à la Sorbonne. Le gouvernement français soutient également la vaccination de la population pour faire barrage à la diffusion des variants. Pour notre expert, face aux variants, "c'est l'ensemble des mesures barrières qu'il faut relever d'un cran. Il faut bien que les gens aient en tête qu'un variant implique de nouveaux enjeux. Risque d'échappement au vaccin, risque d'échappement à l'immunité, risque de transmission accrue : un variant qui survit est dangereux et il ne faut pas attendre pour agir".

Merci à Vincent Maréchal, professeur de virologie à la Sorbonne.

Sources : 

Circulation des variants : nouvelle stratégie de criblage par la recherche de mutations d'intérêt. Santé Publique France. 10 juin 2021.

Conseil d'Orientation de la Stratégie Vaccinale Avis du 12 février 2021 – variant 501Y.V2 et vaccination en Moselle.

Avis du Conseil scientifique COVID-19 12 février 2021 Variant Sud-Africain 501Y.V2 et départements de l'Est de la France. 

Stratégie de freinage de la propagation des variants, DGS, 7 février 2021.

Fiche Afrique du Sud, Covid-19 tracker, Reuters

Bulletin épidémiologique national du 28 janvier, Santé Publique France

Article "New variant of coronavirus 50% more infectious: Professor Karim", SABC News, 18 janvier 2021

Salim S. Abdool Karim. The 501Y.V2 variant of SARS-COV-2: Impact on vaccine efficacy in South Africa. WHO/AFRO webinar on COVID-19 resurgence and variants. 10 janvier 2021.

Covid-19 : le variant britannique s'étend à 70 pays et le sud-africain à 31, selon l'OMS, ONU Infos, 27 janvier 2021

Novavax COVID-19 Vaccine Demonstrates 89.3% Efficacy in UK Phase 3 Trial, NOVOVAX, 28 janvier 2021

Moderna COVID-19 Vaccine Retains Neutralizing Activity Against Emerging Variants First Identified in the U.K. and the Republic of South Africa, MODERNA, 25 janvier