Contagion du Covid : incubation, combien de temps ça dure ?

"Contagion du Covid : incubation, combien de temps ça dure ?"

La circulation du Covid repart à la hausse et le virus est toujours très contagieux. Le Sars-CoV-2 initial contaminait 3 personnes, le variant Omicron près de 10 et son sous-variant BA5 encore plus. Période de contagion, avant et après les symptômes, durée d'incubation, asymptomatique...

Apparue en Chine en décembre 2019, la maladie Covid-19 avait contaminé plus d'un million de personnes dans le monde au début du mois d'avril 2020, preuve de la forte contagiosité de son virus, le Sars-CoV-2. La capacité de transmission du coronavirus Sars-CoV-2 est évaluée à travers la mesure du "R0". Ce "R" correspond au taux de reproduction du virus et indique le nombre de personnes que contamine un cas positif au Covid-19. Plus il est élevé, plus la maladie se transmet. La diffusion de variants, d'abord l'Alpha venu d'Angleterre puis le Delta venu d'Inde et l'Omicron d'Afrique du Sud ont changé la donne car ils étaient beaucoup plus contagieux que la souche initiale du Sars-Cov-2 de 2020. Le sous-variant BA.5 d'Omicron majoritaire en France depuis la mi-juin est plus contagieux que le BA.2, lui-même déjà plus transmissible que le sous-lignage BA1 d'Omicron ce qui "montre la capacité évolutive du virus capable d'échapper aux vaccins, en même temps qu'augmenter sa transmission" a expliqué l'infectiologue Anne-Claude Crémieux sur FranceInfo le 22 juin. La circulation du covid repart à la hausse depuis la mi-septembre avec un taux de reproduction du virus à nouveau supérieur à 1 (une personne contaminée en contamine plus d'une autre) : 1,4 au 27 septembre selon Santé Publique France. Combien de jours est-on contagieux quand on est positif au Covid ? 5 jours ? 10 jours soit le temps de l'isolement ? Est-on contagieux si on n'a pas de symptômes ? Pendant la période d'incubation ? Point sur les connaissances.

Taux de reproduction effectif du virus du Covid en France septembre 2022
Taux de reproduction effectif du virus du Covid en France-Septembre 2022 © Gouvernement.fr

Quelle est la définition du terme "contagion" ?

Le mot "contagion" vient du latin "cum" qui veut dire "avec" et "tangere" pour " toucher". Dans le langage médical, la contagion est définie par la transmission d'un agent infectieux et le cas échéant de la maladie correspondante, depuis un sujet contaminé vers un individu sain, par contact direct (peau, muqueuse) ou indirect (transmission aérienne (salive, postillons...), digestive...).

Comment le Covid se transmet d'une personne à une autre ?

Le virus Sars-CoV-2 se propage essentiellement en cas de contact étroit avec une personne infectée, par des petites particules liquides expulsées par la bouche ou par le nez si la personne contaminée tousse, éternue, parle ou respire profondément. "On peut aussi contracter la Covid-19 lorsque le virus entre dans la bouche, le nez ou les yeux, une situation plus probable lorsque les personnes sont en contact direct ou étroit (moins d'un mètre de distance) avec une personne infectée" indique l'OMS. On peut aussi être contaminé si on se touche les yeux, le nez ou la bouche avant de s'être lavé les mains, après avoir touché une surface contaminée. La transmission du virus est majorée dans des espaces intérieurs, bondés et insuffisamment ventilés. 

Durée : combien de temps est-on contagieux quand on a le Covid ?

La phase contagieuse d'un patient positif au Covid-19 est initialement de 8 jours en moyenne et commence environ 2 jours avant le début de ses symptômes. Avec le variant Omicron, "la réplication est plus rapide, a confirmé le Pr Alain Fisher à la tête du Conseil de la stratégie vaccinale pour la France, aux Echos. Donc, tout se raccourcit, y compris la phase symptomatique - ou asymptomatique mais contagieuse".

Selon l'étude de chercheurs japonais publiée en janvier 2022, il est peu probable que les cas vaccinés d'Omicron excrètent le virus infectieux 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes (comme c'était le cas avec le virus originel, ndlr). La quantité d'ARN viral (ou "charge virale") était la plus élevée 3 à 6 jours après le diagnostic (test) ou 3 à 6 jours après l'apparition des symptômes, puis a progressivement diminué au fil du temps. On serait ainsi contagieux moins longtemps (6 jours contre une dizaine) et pas forcément avant la survenue des symptômes avec le variant Omicron.

Quelle est la contagiosité du variant Omicron ?

Le variant Omicron est devenu majoritaire en France fin 2021 en quelques semaines seulement. Le nombre d'infections doublait tous les 2-3 jours fin novembre-début décembre, bien plus vite qu'à l'époque de la diffusion du Delta. Selon les études rapportées par Santé Publique France, "Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta". "Un professeur de médecine au Royaume-Uni affirme que, sans mesures barrières, le R0, le taux de reproduction serait proche de 10" a informé l'épidémiologiste Éric d'Ortenzio de l'Inserm sur TV5Monde, le 31 décembre. Sa durée d'incubation est aussi plus courte : "La réplication est plus rapide, a confirmé le Pr Alain Fisher à la tête du Conseil de la stratégie vaccinale pour la France, aux Echos. Donc, tout se raccourcit, y compris la phase symptomatique - ou asymptomatique mais contagieuse." Selon une étude japonaise publiée en janvier 2022, la charge virale est élevée les 3 à 6 jours suivant le diagnostic d'Omicron (test) ou le début de ses symptômes. Le sous-variant BA.2 d'Omicron majoritaire en France jusqu'à début juin était "plus contagieux que son prédécesseur" (BA1) avait indiqué le Pr Arnaud Fontanet sur France Inter le 14 mars. Environ 30% de plus. Et le sous-variant BA5 désormais majoritaire  "se propage mieux que le BA.2" ce qui "montre la capacité évolutive du virus capable d'échapper aux vaccins, en même temps qu'augmenter sa transmission" a expliqué l'infectiologue Anne-Claude Crémieux sur FranceInfo le 22 juin. 

Quelle est la durée d'incubation du Covid ?

L'incubation couvre la période entre la contamination par le virus et l'apparition des premiers symptômes. La durée médiane d'incubation de la Covid-19 est initialement de 5 jours mais elle s'est réduite avec Omicron. Comme l'a expliqué le Pr Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier 2022, "on est devant un variant qui a une durée (d'incubation, ndlr), avant l'apparition des symptômes, qui est passée de 5 à 3 jours". On peut ainsi être en contact avec le virus et avoir les premiers signes de contamination trois jours après. Pendant cette période, la personne peut être contagieuse. Une méta-analyse publiée en août 2022 dans le JAMA Network par des chercheurs chinois s'appuyant sur 142 publications (8112 patients Covid) a confirmé la réduction de la durée d'incubation du virus avec Omicron. Précisément :

  • 5 jours d'incubation avec le variant Alpha
  • 4,4 jours avec le variant Delta
  • 3,4 jours avec le variant Omicron.

La charge virale culmine au cours de la première semaine de la maladie.

Combien de temps est-on contagieux avant le début des symptômes du Covid ?

"D'après les données de laboratoire, c'est surtout juste avant que les personnes infectées développent des symptômes (à savoir deux jours avant l'apparition de symptômes) et au tout début de la maladie qu'elles sont les plus contagieuses" a expliqué l'Organisation mondiale de la santé au début de l'épidémie de coronavirus en 2020. Aujourd'hui, face au variant Omicron, les recherches n'ont pas démontré la contagion des personnes avant leur diagnostic (test) ou symptômes mais plutôt au cours de la première semaine. Une méta-analyse britannique rassemblant 79 études sur le Sars-CoV-2 (5340 personnes) publiée le 19 novembre 2020 dans la revue scientifique The Lancet avait déjà montré que la charge virale du coronavirus Sars-CoV-2 dans les voies respiratoires supérieures culminait au cours de la première semaine de la maladie.

Combien de temps est-on contagieux après le début des symptômes du Covid ?

Après le 5e jour, la charge virale diminue.

Selon les auteurs anglais de l'étude du Lancet publiée en novembre 2020, le pic de contagiosité d'une personne positive au Covid-19 court jusqu'au 5e jour suivant l'apparition des symptômes. Après, la charge virale diminue. Selon les analyses japonaises de janvier 2022 sur des cas Omicron, cette charge virale serait maximale 3 à 6 jours après le diagnostic ou le début des symptômes puis diminuerait. Les auteurs ont par ailleurs estimé qu'il était "peu probable que les cas vaccinés d'Omicron excrètent le virus infectieux 10 jours après leur diagnostic ou l'apparition de leurs symptômes". La contagion est donc particulièrement forte la première semaine suivant le début des symptômes. L'OMS informe par ailleurs que "les personnes qui développent une forme grave de la maladie peuvent être contagieuses plus longtemps".

Est-on contagieux quand on n'a pas de symptômes du Covid (asymptomatique) ?

Une personne contaminée par le virus Sars-CoV-2 mais qui n'a pas de symptômes est contagieuse et peut contaminer d'autres personnes. De même, quelqu'un qui ne développe jamais de symptômes peut aussi transmettre le virus même si "on ne sait pas encore très bien dans quelle mesure cela se produit" précise l'OMS. A noter que si les cas asymptomatiques sont contagieux, "la transmission de la Covid-19 se produit principalement à partir de personnes présentant des symptômes" indique l'agence. 

Quel est le risque d'avoir le Covid 2 fois ou plus ?

Santé Publique France a rapporté en juillet 2022 une augmentation de la proportion de réinfections Covid depuis décembre 2021, début de la diffusion du variant Omicron (12 % des cas confirmés de COVID-19 en semaine 23 (6-12 juin 2022) étaient des cas possibles de réinfection). Un nombre élevé de réinfections par Omicron après une première infection par ce même variant est observée. Néanmoins, la probabilité qu'une réinfection survienne après une première infection par un autre variant (Alpha, Delta ou autre) est encore plus élevée. "La probabilité de réinfection augmente avec l'ancienneté de la première infection pour atteindre un plateau environ 6 mois après la première infection".

Quel risque d'être contaminé si on est cas contact ?

Un cas contact est une personne qui a été en contact sans mesures de protection (comme un masque de type 1) avec une personne positive au Covid. Plus le contact est long et rapproché, plus le risque de contamination augmente (plus de 15 minutes, à moins de deux mètres), souligne le ministère de la Santé. Une personne contact doit se faire tester à J+2.

Sources :

The SARS-CoV-2 variant, Omicron, shows rapid replication in human primary nasal epithelial cultures and efficiently uses the endosomal route of entry. Thomas P. Peacock1. Department of Infectious Disease, Imperial College London, UK, W2 1PG

Recommandations relatives à la stratégie vaccinale. Conférence de presse du Sénat jeudi 1er juillet 2021.

Covid-19 – Se vacciner ? Décider avec son médecin. 29 janvier 2021. HAS

Vaccination contre la Covid-19 : transparence, pragmatisme et flexibilité sont les clés d'une campagne efficace. Communiqué de presse. 9 novembre 2020. HAS. 

Réponses rapides dans le cadre de la Covid-19 – Prise en charge de premier recours des patients suspectés de Covid-19. Validée par le Collège le 18 juin 2020. Mise à jour le 5 novembre 2020. HAS.

Comment se transmet la COVID-19 ? 9 juillet 2020. OMS.