Variant Epsilon : origine, vaccins, dangers, en France ?

Un variant de la Covid-19, détecté en Californie entre mars et juillet 2020 est arrivé en France début 2021, en Alsace précisément. Il n'est plus détecté dans l'Hexagone en juillet. Sa circulation aux Etats-Unis est en forte diminution. Baptisé "Epsilon" par l'OMS, ce variant porte la mutation "L452R" (comme le variant Delta) associée à un potentiel échappement immunitaire. Il n'aurait pas d'impact significatif sur la transmissibilité du virus selon l'analyse de risque de Santé Publique France publiée le 28 juillet. Il est classé comme "VUM" c'est-à-dire un "variant en cours d'évaluation". Selon le GISAID, il a été identifié dans 15 pays d'Europe. Que sait-on du variant Epsilon ? Est-il plus mortel que les autres variants ? Quelle est sa transmissibilité ? Y a-t-il eu des cas en France ?  Etat des lieux à date. 

Quelle est l'origine du variant Epsilon ?

Le virus SRAS-CoV-2, responsable de la pandémie Covid-19, ne cesse d'évoluer et mute régulièrement. C'est un virus à ARN qui, pour survivre, doit se répliquer. Après la détection des variants anglais, sud-africain, brésilien, une nouvelle variante du SRAS-CoV-2 a émergé dans le sud de la Californie entre mars et juillet 2020. Ce variant (B.1.427/B.1.429) a été baptisé Epsilon par l'OMS en mai 2021 et est classé comme "variant à suivre" (VOI). On l'appelle aussi CAL.20C. Selon une étude menée par des chercheurs américains (notamment des médecins du Centre médical Cedars-Sinaï, un grand hôpital de Los Angeles) et publiée le 11 février 2021 sur la plateforme scientifique Jama Network, ce variant est définie par trois mutations dans la protéine Spike, la "clé" qui permet au virus de pénétrer dans nos cellules et contre laquelle les vaccins sont dirigés. Ces trois mutations sont S13I, W152C et L452R.

Le variant Epsilon est-il en France ?

Le variant Epsilon est classé par les autorités françaises comme Variant en cours d'évaluation, ou VUM ("variant under monitoring" c'est-à-dire que les données épidémiologiques montrent l'absence de diffusion importante/en progression et/ou l'absence d'éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d'un impact significatif en santé publique, malgré la présence de mutations partagées avec un ou plusieurs variants préoccupant(s) à suivre. Il n'a pas été détecté dans l'enquête Flash #15, informe Santé Publique France le 28 juillet. Le variant Epsilon a été détecté en Alsace en janvier 2021, soit un peu avant le variant anglais ou le variant sud-africain, rapportait les Dernières Nouvelles d'Alsace le 17 février. 180 séquençages du Sars-CoV-2, dont 60 provenaient de patients hospitalisés pour la Covid-19, ont été réalisés au sein des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg entre le 18 janvier et le 9 février 2021. Le séquençage est un procédé permettant de déterminer l'ordre des acides aminés d'une protéine ou des bases dans les acides nucléiques (ADN ou ARN). "Cela permet de connaître au jour le jour la part de variants dans l'épidémie", précisait Olivier Véran, ministre de la Santé, lors d'une conférence de presse le 18 février. Parmi les patients atteints de la Covid-19, plus de 70% avaient dans leur organisme un variant inconnu (ni anglais, ni sud-africain, ni brésilien). 6 d'entre eux présentaient une trace du variant Epsilon. En analysant les génomes de ces patients, il a été prouvé que le variant Epsilon était apparu au sein d'un cluster à Saverne, une commune du Bas-Rhin.  

Combien a-t-il fait de cas aux Etats-Unis ?

La circulation du variant Epsilon est en forte diminution aux Etats-Unis au 28 juillet, rapporte Santé Publique France. Les chercheurs de cette étude américaine ont analysé plus de 10 000 échantillons de Californie, dont la moitié provenait du sud de la Californie. Au terme de leurs analyses, ils ont pu montrer que :

• En juillet 2020, le variant californien a été observé pour la première dans l'un des 1 247 échantillons du comté de Los Angeles.
• De juillet à octobre 2020, le variant californien n'a pas été détecté dans le sud de la Californie.
• Dès octobre 2020, la prévalence du variant californien a augmenté dans l'État de Californie et dans le sud de la Californie.
• En novembre 2020, 30 cas du variant californien ont été identifiés en Californie du Nord et des cas individuels dans 5 États américains supplémentaires.
• Au 22 janvier 2021, le variant californien représentait 44% de tous les échantillons collectés en janvier en Californie du Sud et a été détecté dans 26 états et/ou autres pays. 
• Au 30 avril, il est détecté dans 34 pays du monde. 

Est-il plus mortel, plus résistant au vaccin ?

Selon l'étude américaine publiée dans la revue Science en juillet 2021, le variant Epsilon peut être plus résistant aux vaccins du Covid. Les chercheurs rapportent que le plasma d'individus vaccinés avec un vaccin à base d'ARNm présentait des titres neutralisants réduits de 2 à 3,5 fois contre le variant B.1.427/B.1.429. "La mutation L452R a réduit l'activité neutralisante de 14 des 34 anticorps monoclonaux. Les mutations S13I et W152C ont entraîné une perte totale de neutralisation pour 10 des 10 anticorps monoclonaux." Dans le Figaro, en mars 2021, Samira Fafi-Kremer, responsable du laboratoire de virologie des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg estimait qu' "il ne faut pas s'en inquiéter, mais simplement les considérer comme d'autres déclinaisons du Sars-CoV-2. Ils se transmettent très facilement, mais ne sont pas forcément préoccupants".

Fusion du variant anglais et du variant californien : quel risque ?

Les variants britannique (B.1.1.7) et californien (B.1.429) auraient fusionné et combiné leurs génomes pour donner naissance à un variant-hybride, qui pourraient présenter les mêmes caractéristiques que ses deux "parents", rapporte un article du New Scientist du 16 février 2021. Cette "recombinaison" aurait été détectée par Bette Korber, un chercheur du Los Alamos National Laboratory (Nouveau-Mexique) dans un échantillon de virus en Californie. Les scientifiques le savent : le SARS-CoV-2 a la capacité de muter régulièrement. Mais, jusqu'à présent, ces mutations se faisaient à l'intérieur du génome d'un seul virus, avec des petits changements dans le code génétique qui s'effectuaient seulement l'un à la fois. Donc si cette découverte est confirmée, il s'agirait du premier virus "recombinant" a être détecté depuis le début de la pandémie. La sphère scientifique surveille de près cette recombinaison, dont on ignore pour le moment sa contagiosité ou sa dangerosité. 

Sources : 

Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France  au 28 juillet 2021. 

Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California, 11 février 2021, JAMA NETWORK. 

SARS-CoV-2 immune evasion by the B.1.427/B.1.429 variant of concern. Science  01 Jul 2021.