R0 Covid-19 France : taux, carte, évolution, par département

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Le suivi du taux de reproduction du Covid-19 en France (R effectif, R0) permet d'observer l'évolution de l'épidémie. Selon le dernier bulletin de Santé publique France du 14 janvier, le R0 repasse au dessus de 1 en France. Définition, calcul, taux de R0 par département, courbe d'évolution : on fait le point.

[Mise à jour le vendredi 15 janvier à 12h31] Le R0 (ou le R effectif) désigne le taux de reproduction d'un virus. Il s'agit du nombre moyen de nouveaux malades causés par une personne infectée dans une population sans immunité. Il permet de suivre les tendances récentes de la dynamique de transmission. Il prend en compte plusieurs indicateurs (tests positifs, hospitalisations ou passages aux urgences). Les deux à suivre particulièrement sont ceux des hospitalisations et des urgences. Au 9 janvier, selon les données de Santé Publique France, il se situe au dessus de 1 de façon significative dans les trois sources de données : les données virologiques (tests PCR et tests antigéniques SI-DEP), les passages aux urgences (OSCOUR®), les données d'hospitalisations pour Covid-19. Un taux supérieur à 1 signifie qu'une personne contaminée en contamine en moyenne plus d'une autre et donc que l'épidémie progresse. A l'inverse, quand elle descend sous le 1, elle diminue. Qu'est-ce que le R0 ? Le R effectif ? Comment est-il calculé ? Quel est son taux au niveau national ? Et dans chaque région de France ? Carte par région et explications.

Taux de reproduction du virus, "R zéro" : c'est quoi ?

Pouvoir quantifier la capacité de transmission d'un virus lors d'une épidémie est essentiel pour mettre en place au bon moment les mesures pour la stopper. Cette capacité appelée "transmissibilité" se mesure par le nombre de reproduction R du virus, aussi appelé "taux de reproduction", c'est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires provoqués par une seule personne infectée au cours de sa période contagieuse. Il faut alors distinguer :

  • le nombre de reproduction du virus pendant la crise épidémique : le "R effectif" (celui que donnent les autorités sanitaires françaises depuis le mois de juin)
  • du nombre de reproduction initial au début de l'épidémie qu'on appelait "R0".
R0 coronavirus
Propagation du virus quand le R est supérieur à 1 © Ministère de la Santé

"L'objectif des efforts de contrôle est de réduire R en-dessous de la valeur seuil de 1 et aussi proche de 0 que possible, maîtrisant ainsi une épidémie" expliquait Anne Cori dans un article de l'American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 voire plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs. 

A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le R0 de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.

Comment est-il calculé ?

Le R0 (taux de reproduction initial du virus) se calcule à partir d'une population qui est entièrement susceptible d'être infectée (c'est-à-dire qui n'a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux). Il correspond au produit de trois facteurs : R0=ßcD. 

  • ß = le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
  • c = le nombre de contacts sur une unité de temps : si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
  • D = le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).

Plusieurs méthodes existent ensuite pour estimer le R effectif. En France, c'est la méthode de Cori (du nom d'Anne Cori, une chercheuse de l'Imperial College de Londres, spécialisée en maladie infectieuse) qui a été retenue précise Santé Publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut se calculer à partir d'indicateurs différents.

  • le Reff calculé à partir des nombres de cas confirmés en France (données virologiques, SI-DEP)
  • le Reff calculé à partir des données de passages aux urgences (OSCOUR® )
  • à partir du 24 septembre, le R effectif calculé à partir des données d'hospitalisation des cas de COVID-19 (données SI-VIC)

→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

→ Les valeurs de R ne doivent pas être interprétées de façon isolée, mais être mises en perspective avec les autres données épidémiologiques disponibles et l'analyse fine de la situation locale, indique Santé publique France.

• Si le R > 1, l'épidémie se développe.

• Si le R < 1, l'épidémie régresse.

Comment interpréter le résultat ?

Le calcul des R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé ne cesse de répéter que l'objectif est que le taux de reproduction du virus descende en-dessous de 1. Le "1" est ainsi le point de vigilance. Un R supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l'épidémie progresse.  Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d'environ 2 semaines.

  • 1 < R <1,5 : seuil de vigilance
  • R > 1,5 : seuil d'alerte

Les taux de reproductions calculés à partir des passages aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité.

R0, R effectif en France : quel taux actuellement ?

Au 9 janvier, l'estimation du nombre de reproduction effectif en France métropolitaine est supérieure à 1 de façon significative dans les trois sources de données. Ainsi, à partir à partir des données virologiques (tests PCR et tests antigéniques SI-DEP), l'estimation au 09 janvier est de 1,19 (IC95% [1,18-1,20]). À partir des passages aux urgences (OSCOUR®) pour suspicion de COVID-19, l'estimation du nombre de reproduction au 09 janvier est de 1,02 (IC95% [1,00-1,05]). À partir des données d'hospitalisations pour COVID-19 (SI-VIC), l'estimation au 10 janvier est de 1,06 (IC95% [1,04-1,09])

Courbe de l'évolution du R en France

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Trajectoire du nombre de reproduction effectif (R-effectif) à partir des tests RT-PCR et antigéniques positifs au SARS-CoV-2 (SI-DEP), des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 (OSCOUR®) et des hospitalisations pour COVID-19 (SI-VIC), du 15 mars au 9 janvier 2021, France métropolitaine © SI-DEP, OSCOUR®, SI-VIC

Pour rappel : Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin. Il s'établissait à 1.14 le 4 novembre, une semaine après le début du deuxième confinement. Le 9 janvier 2021 (dernière donnée disponible), il est de 1,19 (dernière donnée disponible).

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Taux de reproduction en France au 9 janvier. © Gouvernement.fr

Quel est le R par régions ?

Selon le bulletin épidémiologique de Santé Publique France du 14 janvier : 

→ Au 9 janvier 2021, les estimations des R-effectif à partir des données virologiques SI-DEP sont significativement supérieures dans toutes les régions métropolitaines. À partir des trois sources de données, les estimations du nombre de reproduction sont significativement supérieures à 1 dans 4 régions : Normandie, Nouvelle-Aquitaine, Occitanie et Provence-Alpes-Côte d'Azur.

→ À partir des passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 (OSCOUR® ), les estimations du nombre de reproduction au 09 janvier 2021 sont significativement supérieures à 1 dans 4 régions métropolitaines : Normandie, Nouvelle-Aquitaine, Occitanie et Provence-Alpes-Côte d'Azur. Elles sont supérieures à 1 mais de façon non significative dans 3 autres régions : Auvergne-Rhône-Alpes, Île-deFrance et Pays de la Loire.

→ À partir des hospitalisations pour Covid-19 rapportées dans SI-VIC, les estimations du nombre de reproduction au 10 janvier sont significativement supérieures à 1 dans 6 régions métropolitaines : CentreVal de Loire, Normandie, Nouvelle-Aquitaine, Occitanie, Pays de la Loire et Provence-Alpes-Côte d'Azur. Elles sont supérieures à 1 mais de façon non significative dans les régions Auvergne-Rhône-Alpes, Bourgogne-Franche-Comté et Bretagne.

→ En Outre-mer, les estimations du nombre de reproduction au 9 janvier à partir des données virologiques SI-DEP sont significativement supérieures à 1 en Guadeloupe, Guyane, La Réunion et Mayotte, et sont supérieures à 1, mais de façon non significative, en Martinique. L'estimation du nombre de reproduction est supérieure à 1 significativement en Guyane à partir des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 (OSCOUR® ). À partir des hospitalisations rapportées dans SI-VIC, les estimations du nombre de reproduction au 10 janvier sont également supérieures à 1, mais de façon non significative, en Guyane et à La Réunion.

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Nombre de reproduction effectif du 9 janvier 2021 à partir des tests RT-PCR et antigéniques positifs au SARS-CoV-2 (SI-DEP) et des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 (OSCOUR®), et nombre de reproduction effectif du 10 janvier à partir des hospitalisations pour COVID-19 (SI-VIC) par région, France © Santé Publique France

Quels sont les autres indicateurs de suivi de l'épidémie ?

Le taux de reproduction n'est qu'un indicateur et comme tous les indicateurs, il ne doit pas être appréhendé seul. En effet, ce nombre de reproduction du virus varie dans le temps et dans l'espace. Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l'évolution de l'épidémie Covid-19 en France. "Dès lors qu'un seuil (de vigilance et/ou d'alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d'identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s'avère nécessaire" expliquait le Ministère de la Santé dans un communiqué du 8 juillet

→ L'incidence épidémique c'est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine sur 100 000 habitants : estimée sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs. Si le chiffre est compris entre 10 et 50 : seuil d'alerte. S'il est supérieur à 50 : seuil de vigilance. En semaine 1, soit du 4 au 10 janvier 2020, le taux d'incidence du virus en France est à 187,9.

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Taux d'incidence au 11 janvier 2021 © Gouvernement.fr
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Taux d'incidence au 11 janvier 2021 © Gouvernement.fr

→ Le taux d'occupation des lits en réanimation par des patients COVID par rapport à la capacité initiale en réanimation

Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d'occupation des lits de réanimation par des patients atteints de COVID-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation, par région : si le taux grimpe entre 40 et 60%, c'est le seuil de vigilance. S'il dépasse les 60%, c'est le seuil d'alerte. Le taux d'occupation des lits de réanimation pour Covid est de 53,7% au 14 janvier. 

→ Le nombre de tests virologiques positifs au Covid-19 pour 100 000 habitants par semaine

Depuis le mois de juillet, tous les Français qu'ils présentent ou non des symptômes évocateurs du Covid-19, qu'ils aient ou non une ordonnance peuvent aller se faire tester. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département est un indicateur : si le taux est compris entre 5 et 10% : seuil de vigilance. S'il est supérieur à 10% : seuil d'alerte. Au 11 janvier, le taux de positivité des tests RT-PCR en France est de 6,52%

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Carte du taux de positivité des tests RT-PCR au 11 janvier. © Gouvernement.fr
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Carte du taux de positivité des tests RT-PCR au 11 janvier © Gouvernement.fr

Source

Covid-19 : point épidémiologique du 14 janvier 2021. Santé Publique France.

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