R0 du Covid en France : calcul, définition, taux en juin 2021

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"R0 du Covid en France : calcul, définition, taux en juin 2021"

L'estimation du nombre de reproduction effectif en France métropolitaine est significativement inférieure à 1 à partir des trois sources de données depuis neuf semaines, ce qui confirme la forte baisse de l'épidémie de Covid-19. Définition, calcul, cartes, taux de R0 par département, courbe d'évolution : infos pour tout comprendre.

[Mis à jour le vendredi 18 juin à 15h05] L'estimation du nombre de reproduction effectif en France métropolitaine était significativement inférieure à 1 à partir des trois sources de données pour la neuvième semaine consécutive, rapporte Santé Publique France dans son point épidémiologique du 17 juin. Le R0 (ou le R effectif) désigne le taux de reproduction d'un virus. Il s'agit du nombre moyen de nouveaux malades causés par une personne infectée dans une population sans immunité. Il permet de suivre les tendances récentes de la dynamique de transmission d'un virus. Il prend en compte plusieurs indicateurs (tests positifs, hospitalisations ou passages aux urgences). Les deux à suivre particulièrement sont ceux des hospitalisations et des urgences. Un taux supérieur à 1 signifie qu'une personne contaminée en contamine en moyenne plus d'une autre et donc que l'épidémie progresse. A l'inverse, quand elle descend sous le 1, elle diminue. Qu'est-ce que le R0 ? Le R effectif ? Comment est-il calculé ? Quel est son taux au niveau national ? Et dans chaque région de France ? Carte par région et explications.

Taux de reproduction du virus, "R zéro" : c'est quoi ?

Pouvoir quantifier la capacité de transmission d'un virus lors d'une épidémie est essentiel pour mettre en place au bon moment les mesures pour la stopper. Cette capacité appelée "transmissibilité" se mesure par le nombre de reproduction R du virus, aussi appelé "taux de reproduction", c'est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires provoqués par une seule personne infectée au cours de sa période contagieuse. Il faut alors distinguer :

  • le nombre de reproduction du virus pendant la crise épidémique : le "R effectif" (celui que donnent les autorités sanitaires françaises depuis le mois de juin)
  • du nombre de reproduction initial au début de l'épidémie qu'on appelait "R0".
R0 coronavirus
Propagation du virus quand le R est supérieur à 1 © Ministère de la Santé

"L'objectif des efforts de contrôle est de réduire R en-dessous de la valeur seuil de 1 et aussi proche de 0 que possible, maîtrisant ainsi une épidémie" expliquait Anne Cori dans un article de l'American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 voire plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs. 

A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le R0 de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.

Comment est-il calculé ?

Le R0 (taux de reproduction initial du virus) se calcule à partir d'une population qui est entièrement susceptible d'être infectée (c'est-à-dire qui n'a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux). Il correspond au produit de trois facteurs : R0=ßcD. 

  • ß = le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
  • c = le nombre de contacts sur une unité de temps : si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
  • D = le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).

Plusieurs méthodes existent ensuite pour estimer le R effectif. En France, c'est la méthode de Cori (du nom d'Anne Cori, une chercheuse de l'Imperial College de Londres, spécialisée en maladie infectieuse) qui a été retenue précise Santé Publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut se calculer à partir d'indicateurs différents.

  • le Reff calculé à partir des nombres de cas confirmés en France (données virologiques, SI-DEP)
  • le Reff calculé à partir des données de passages aux urgences (OSCOUR® )
  • à partir du 24 septembre, le R effectif calculé à partir des données d'hospitalisation des cas de COVID-19 (données SI-VIC)

→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

→ Les valeurs de R ne doivent pas être interprétées de façon isolée, mais être mises en perspective avec les autres données épidémiologiques disponibles et l'analyse fine de la situation locale, indique Santé publique France.

• Si le R > 1, l'épidémie se développe.

• Si le R < 1, l'épidémie régresse.

Comment interpréter le résultat ?

Le calcul des R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé ne cesse de répéter que l'objectif est que le taux de reproduction du virus descende en-dessous de 1. Le "1" est ainsi le point de vigilance. Un R supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l'épidémie progresse.  Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d'environ 2 semaines.

  • 1 < R <1,5 : seuil de vigilance
  • R > 1,5 : seuil d'alerte

Les taux de reproductions calculés à partir des passages aux urgences et des hospitalisations sont ceux à suivre en priorité.

R0, R effectif en France : quel taux actuellement ?

L'estimation du nombre de reproduction effectif en France métropolitaine était toujours significativement inférieure à 1 à partir des trois sources de données. Selon site Carte-et-données du gouvernement, au 12 juin, le R0 est de 0,6 en baisse de 20,3% en 7 jours. 

Courbe de l'évolution du R en France

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Trajectoire du nombre de reproduction effectif (R-effectif) à partir des tests positifs au SARS-CoV-2 (SI-DEP), des passages aux urgences avec suspicion de COVID-19 (OSCOUR®) et des hospitalisations pour COVID-19 (SI-VIC), du 15 mars 2020 au 13 juin 2021, France métropolitaine © Santé Publique France

Pour rappel : Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin. Il s'établissait à 1.14 le 4 novembre, une semaine après le début du deuxième confinement. Le 29 mai 2021, il était de 0,84. Au 12 juin, il est de 0,6.

Quel est le R par régions ?

Selon le bulletin épidémiologique de Santé Publique France du 17 juin : 

→ Les estimations du nombre de reproduction effectif étaient inférieures à 1 à partir des trois sources de
données dans toutes les régions métropolitaines.
→ À La Réunion, l'estimation du nombre de reproduction était supérieure à 1 de façon non significative à partir des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 (OSCOUR®) et des hospitalisations pour suspicion de COVID-19 (SI-VIC), mais restait inférieure à 1 à partir des données virologiques (SI-DEP). En Guyane, l'estimation du nombre de reproduction était supérieure à 1 de façon non significative à partir des hospitalisations pour suspicion de COVID-19 (SI-VIC), mais était inférieure à 1 dans les deux autres sources. Dans les autres régions ultra-marines, les estimations restaient inférieures à 1.

Nombre de reproduction effectif du 1er mai 2021 à partir des tests positifs au SARS-CoV-2 (SI-DEP) et des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 (OSCOUR®), et nombre de reproduction effectif du 12 juin 2021 à partir des hospitalisations pour COVID-19 (SI-VIC), par région, France

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Nombre de reproduction effectif du 1er mai 2021 à partir des tests positifs au SARS-CoV-2 (SI-DEP) et des passages aux urgences pour suspicion de COVID-19 (OSCOUR®), et nombre de reproduction effectif du 5 juin à partir des hospitalisations pour COVID-19 (SI-VIC), par région, France © Santé Publique France

Quels sont les autres indicateurs de suivi de l'épidémie ?

Le taux de reproduction n'est qu'un indicateur et comme tous les indicateurs, il ne doit pas être appréhendé seul. En effet, ce nombre de reproduction du virus varie dans le temps et dans l'espace. Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l'évolution de l'épidémie Covid-19 en France. "Dès lors qu'un seuil (de vigilance et/ou d'alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d'identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s'avère nécessaire" expliquait le Ministère de la Santé dans un communiqué du 8 juillet

→ L'incidence épidémique c'est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine sur 100 000 habitants : estimée sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs. Si le chiffre est compris entre 10 et 50 : seuil d'alerte. S'il est supérieur à 50 : seuil de vigilance. Au 14 juin 2021, le taux d'incidence du virus en France est à 35 (dernière donnée disponible).

→ Le taux d'occupation des lits en réanimation par des patients COVID par rapport à la capacité initiale en réanimation

Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d'occupation des lits de réanimation par des patients atteints de Covid-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation, par région : si le taux grimpe entre 40 et 60%, c'est le seuil de vigilance. S'il dépasse les 60%, c'est le seuil d'alerte. Le taux d'occupation des lits de réanimation pour Covid est en dessous du seuil d'alerte au 17 juin : 35,6%.

→ Le nombre de tests virologiques positifs au Covid-19 pour 100 000 habitants par semaine

Depuis le mois de juillet, tous les Français qu'ils présentent ou non des symptômes évocateurs du Covid-19, qu'ils aient ou non une ordonnance peuvent aller se faire tester. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département est un indicateur : si le taux est compris entre 5 et 10% : seuil de vigilance. S'il est supérieur à 10% : seuil d'alerte. Au 14 juin, le taux de positivité des tests RT-PCR en France est de 1,3%. 

Source : Covid-19 : point épidémiologique du 17 juin 2021. Santé Publique France.