R0 et coronavirus : carte des taux en France, par régions, départements

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"R0 et coronavirus : carte des taux en France, par régions, départements"

Le taux de reproduction du coronavirus (R effectif ou R0) est une estimation du nombre moyen de personnes contaminées par une personne malade. Alors que la France connaît un véritable rebond épidémique, à combien est aujourd'hui le R0 ? Définition, méthode de calcul, courbe en France et carte par département, région.

[Mise à jour le vendredi 18 septembre à 14h55] L'épidémie de Covid-19 est encore bien présente en France. Le virus circule fortement chez les jeunes adultes et les plus de 75 ans. Néanmoins, selon le point épidémiologique du 17 septembre de Santé publique France, le taux de reproduction du virus est en baisse par rapport à la semaine précédente, même s'il reste légèrement supérieur à 1, ce qui signifie qu'une personne infectée en contamine plus d'une et donc que l'épidémie progresse au lieu de régresser. Dans quels départements le virus circule particulièrement ? Qu'est-ce que le R0 ? Le R effectif ? Comment est-il calculé ? Quel est-il au niveau national ? Et dans chaque région ? Explications. 

Taux de reproduction du virus, "R zéro" : c'est quoi ?

Pouvoir quantifier la capacité de transmission d'un virus lors d'une épidémie est essentiel pour mettre en place au bon moment les mesures pour la stopper (surtout quand il n'y a pas de traitement ou de vaccin comme dans le cas du Covid-19). Cette capacité appelée "transmissibilité" se mesure par le nombre de reproduction R du virus, aussi appelé "taux de reproduction", c'est-à-dire le nombre moyen de cas secondaires provoqués par une seule personne infectée au cours de sa période contagieuse. Il faut alors distinguer :

  • le nombre de reproduction du virus pendant la crise épidémique : le "R effectif" (celui que donnent les autorités sanitaires françaises depuis le mois de juin)
  • du nombre de reproduction initial au début de l'épidémie qu'on appelait "R0".
R0 coronavirus
Propagation du virus quand le R est supérieur à 1 © Ministère de la Santé

"L'objectif des efforts de contrôle est de réduire R en-dessous de la valeur seuil de 1 et aussi proche de 0 que possible, maîtrisant ainsi une épidémie" expliquait Anne Cori dans un article de l'American Journal of Epidemiology en 2013. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était avant le confinement à 3 voire plus. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs. 

A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le RO de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.

Comment est-il calculé ?

Le R0 (taux de reproduction initial du virus) se calcule à partir d'une population qui est entièrement susceptible d'être infectée (c'est-à-dire qui n'a pas encore été vaccinée ni immunisée contre un agent infectieux). Il correspond au produit de trois facteurs : R0=ßcD. 

  • ß = le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
  • c = le nombre de contacts sur une unité de temps : si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
  • D = le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).

Plusieurs méthodes existent ensuite pour estimer le R effectif. En France, c'est la méthode de Cori (du nom d'Anne Cori, une chercheuse de l'Imperial College de Londres, spécialisée en maladie infectieuse) qui a été retenue précise Santé Publique France dans ses points épidémiologiques hebdomadaires. Ce R peut se calculer à partir d'indicateurs différents dont le délai moyen d'apparition d'un nouveau cas contaminé par une personne porteuse du virus (appelé intervalle de génération). le nombre quotidien de tests positifs provenant de Si-DEP et les données de passages aux Urgences. "L'avantage de cet indicateur (SI-DEP) est de reposer sur les données des cas confirmés de COVID-19 et de s'appuyer sur un recours au test qui a vocation à intervenir rapidement après la survenue des signes évocateurs de COVID-19" expliquait Santé Publique France dans son bulletin du 9 juillet.  

→ Le R effectif est un indicateur de la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours).

• Si le R > 1, l'épidémie se développe.

• Si le R < 1, l'épidémie régresse.

Comment interpréter le résultat ?

Le calcul des R est important pour évaluer la situation épidémiologique dans un département ou une région. Depuis le début de l'épidémie de Covid-19 en France, le ministère de la Santé n'a eu de cesse de répéter avant le confinement que l'objectif était que le R0 descende en-dessous de 1 et lors du déconfinement qu'il ne remonte pas au-delà. Le "1" est ainsi le point de vigilance. Un R0 supérieur à 1 signifie que le virus recommence à circuler et donc que l'épidémie progresse.  Un R de 1,4 correspond à un temps de doublement des cas d'environ 2 semaines.

  • 1 < R <1,5 : seuil de vigilance
  • R > 1,5 : seuil d'alerte

A savoir :  Santé Publique France rappelle néanmoins que le suivi du taux de reproduction d'un virus ne suffit pas à tirer le signal d'alarme : "La valeur du R peut augmenter sans que cela soit nécessairement le signe d'une intensification de la circulation du virus. Par exemple, la survenue d'un cluster dans une entreprise peut conduire à des actions de dépistage et un afflux de patients dans un service d'urgence ou dans un laboratoire, faisant augmenter ponctuellement le R sans pour autant qu'il y est une diffusion dans la communauté. Ainsi, ces estimations doivent systématiquement être mises en perspective avec les autres indicateurs épidémiologiques disponibles, en particulier le nombre de cas, l'incidence, la présence de clusters."

R0 en France : à quel niveau est-il actuellement ?

 

courbe r0 france
Evolution du taux de reproduction du coronavirus en France jusqu'au 5 septembre 2020 © Gouvernement.fr

Les estimations du nombre de reproduction hebdomadaire sont basées sur les nombres de tests PCR positifs au SARS-COV-2 ainsi que sur les passages aux urgences pour suspicion de COVID-19. Selon le bulletin épidémiologique hebdomadaire de Santé Publique France publié le 17 septembre, le nombre de reproduction calculé à partir des données virologiques (tests positifs) est à 1.09 (vs 1,19 la semaine précédente) et celui calculé à partir des données de passages aux urgences est de 1,40 (contre 1.20 la semaine précédente). Depuis la fin du mois de juin, on observe une nette hausse du taux de reproduction.

Pour rappel : Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France du 11 juin. 

Carte du taux de reproduction du coronavirus en France

carte R0 france
Carte du taux de reproduction du coronavirus Sars-CoV-2 par régions de France © Visactu

→ Les régions avec les taux de reproduction les plus hauts sont : dans les Hauts-de-France (1.33), dans le Grand Est (1.23), en Bretagne (1.20) et en Auvergne-Rhône-Alpes (1.19)

Quel est le R0 par régions ?

Santé Publique France indique depuis le mois de juin le R0 pour chaque région de France. Ces données sont également disponibles sur le site des données du gouvernement.

 Au 17 septembre, les nombres de reproduction estimés à partir de SI-DEP et OSCOUR® sont significativement supérieurs à 1 dans 10 régions : en Auvergne-Rhône-Alpes, Bourgogne-Franche-Comté, Bretagne, Centre-Val-de-Loire, Grand Est, Hauts-de-France, Normandie, Nouvelle-Aquitaine, Occitanie et Pays-de-la-Loire. En Ile-France et en Provence-Alpes-Côte d'Azur, le nombre de reproduction calculé à partir des données OSCOUR® est significativement supérieur à 1, sans qu'il soit significativement supérieur à 1 à partir de SI-DEP. En outre-mer, le nombre de reproduction est significativement supérieur à 1 en Guadeloupe. 

Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 et des passages aux urgences avec suspicion de SARS-COV-2 par région, France, sur 7 jours glissants, du 6 au 12 septembre 2020 (Sources : SI-DEP et OSCOUR®)

Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 et des passages aux urgences avec suspicion de SARS-COV-2 par région, France métropolitaine et ultra-marine, sur 7 jours glissants, du 06 au 12 septembre 2020
Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 et des passages aux urgences avec suspicion de SARS-COV-2 par région, France métropolitaine et ultra-marine, sur 7 jours glissants, du 06 au 12 septembre 2020 © Santé publique France

L'immunité collective

Des pays comme les Pays-Bas et la Suède ont décidé de ne pas freiner le R0 en confinant la population mais de miser plutôt sur l'immunité collective. Si le R0 est supérieur à 1, les contaminations augmentent jusqu'à ce que l'épidémie culmine et finisse par diminuer en raison de l'acquisition d'une immunité collective par la population. Elle est atteinte quand 50% à 60% de la population a été infectée et a donc produit des anticorps. En France, selon l'analyse de chercheurs de l'Institut Pasteur publiée le 21 avril, seuls 6% des Français en moyenne auraient été infectés à cette date. Si l'immunité collective se fait naturellement depuis le déconfinement, elle ne sera pas suffisante pour arrêter la pandémie dans le pays : "En empêchant la circulation du virus (avec le confinement, ndlr), on a empêché la population de s'immuniser naturellement et de fait dans les zones les plus touchées on a à peu près 10% de la population qui a été infectée alors que dans les moins touchées on descend à moins de 2%. On ne peut donc pas compter sur l'immunité collective donc il faut maintenir un contrôle très fort du virus" a prévenu le Pr Arnaud Fontanet lors d'une audition au Sénat le 30 avril. 

Quels sont les autres indicateurs de suivi de l'épidémie ?

Le taux de reproduction n'est qu'un indicateur et comme tous les indicateurs, elle ne doit pas être appréhendée seule. En effet, ce nombre de reproduction du virus varie dans le temps et dans l'espace. Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l'évolution de l'épidémie de coronavirus en France depuis le déconfinement. "Dès lors qu'un seuil (de vigilance et/ou d'alerte) est franchi, une analyse de risque approfondie est lancée afin d'identifier les causes du signal et déclencher une alerte si cela s'avère nécessaire" explique le Ministère de la Santé dans un communiqué du 8 juillet

carte du taux d'incidence du covid-19 en France
Carte du taux d'incidence du Covid-19 en France au 14 septembre 2020, par département © Gouvernement.fr

→ L'incidence épidémique c'est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine sur 100 000 habitants : estimée sur la base du nombre de tests RT-PCR (tests effectués dans le nez) positifs. Si le chiffre est compris entre 10 et 50 : seuil d'alerte. S'il est supérieur à 50 : seuil de vigilance.

→ Le nombre de tests virologiques positifs au Covid-19 pour 100 000 habitants par semaine

Depuis le mois de juillet, tous les Français qu'ils présentent ou non des symptômes évocateurs du Covid-19, qu'ils aient ou non une ordonnance peuvent aller se faire tester. Le taux de positivité des tests RT-PCR correspondant au taux de positivité des prélèvements virologiques (tests effectués dans le nez) réalisés dans chaque département est un indicateur : si le taux est compris entre 5 et 10% : seuil de vigilance. S'il est supérieur à 10% : seuil d'alerte.

→ Le taux d'occupation des lits en réanimation par des patients COVID par rapport à la capacité initiale en réanimation

Les tensions hospitalières sur les lits de réanimation correspondant au taux moyen d'occupation des lits de réanimation par des patients atteints de COVID-19, par rapport à la capacité initiale de lits en réanimation, par région : si le taux grimpe entre 40 et 60% seuil de vigilance. S'il dépasse les 60%, seuil d'alerte.

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