R0 et coronavirus : taux inférieur à 1 en France sauf dans 4 régions

Le R0 permet de savoir si le nouveau coronavirus circule encore beaucoup en France et si l'épidémie poursuit sa baisse ou non. Taux en juin, régions au-dessus de 1... Ce que dit le dernier bilan de Santé Publique France.

R0 et coronavirus : taux inférieur à 1 en France sauf dans 4 régions
© melpomen -123RF

[Mise à jour le vendredi 26 juin 2020 à 15h21] L'épidémie de coronavirus continue de baisser en France, un mois après le déconfinement. Mais elle n'est pas terminée. La preuve, selon le dernier bilan épidémiologique de Santé Publique France le 25 juin, le R0 reste très proche de 1. Les régions Centre Val de Loire, Auvergne-Rhône-Alpes et Grand-Est ont des estimations légèrement supérieures à 1. La Normandie est à 1,72 en raison de plusieurs clusters. Il faut rester vigilant et continuer de porter le masque et d'appliquer la distanciation sociale le plus possible. Quel est le taux national en France à date ? Et par régions ? 

Le R0 ou "R zéro" : c'est quoi ?

Le R0 dit "R zéro" est le taux de reproduction de base d'un virus. Sa mesure permet de dire combien de personnes en moyenne seront infectées par une personne contaminée par ce virus. Ce taux est le produit de trois facteurs : 

  • le risque de contracter le virus lors d'un contact (d'où le respect d'une distance sociale d'au moins 1 mètre recommandée en ce moment),
  • le nombre de contacts par jour (d'où la mise en place du confinement actuel) :  si l'on diminue le nombre de contacts de moitié, on diminue le R0 de moitié.
  • le nombre de jours où une personne infectée est contagieuse (jusqu'à 14 jours pour le coronavirus).

 Les mesures de prévention et de contrôle visent à abaisser les valeurs de chacun de ces trois paramètres. "Si le R0 est supérieur à 1, un malade va contaminer plus d'une personne donc l'épidémie va prendre de l'ampleur. S'il est inférieur à 1, petit à petit les malades contaminent moins de personnes et donc l'épidémie peut s'atténuer voire disparaître" rappelait Olivier Véran lors du point de situation de l'épidémie en France le 6 avril. Dans le cas du coronavirus qui est un virus très contagieux, ce R0 était à 3 voire plus. L'objectif en cas de pandémie était de le ramener à moins de 1. Pour un même virus, le R0 peut varier d'une population à l'autre en fonction de la densité de population, de la susceptibilité et d'autres facteurs. 

A titre de comparaison : le R0 de la grippe en France a été ramené à moins de 1 grâce à la politique vaccinale qui immunise une partie de la population. Le RO de la rougeole est de 16. Le RO du SRAS en 2003 était de 3 et a été ramené à 0,5 ce qui a permis d'arrêter l'épidémie.

R0 en France : à quel niveau est-il ?

 

Le R effectif indique la dynamique de transmission du virus environ 1 à 2 semaines auparavant (intégrant le délai entre la contamination et le test, et le fait que le calcul est effectué sur une période de 7 jours). Le 15 mars 2020, juste avant le confinement de la France et le pic de l'épidémie, le R0 effectif avait été estimé à 2,8. Il avait ensuite baissé pour tomber à 0,8 le 11 mai 2020, au début du déconfinement et était descendu à 0,73 selon le bilan de Santé Publique France au 11 juin. Dans le bilan du 25 juin, l'Agence de santé annonce que le R0 est à 0,92 (calculé à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2), stable depuis la semaine précédenteL'indicateur reste donc inférieur à 1, ce qui signifie qu'une personne infectée en contamine en moyenne moins d'une autre et que par conséquent l'épidémie est en régression en France

Quel est le R0 par régions ?

Santé Publique France indique depuis le mois de juin le R0 pour chaque région de France. Au 25 juin, il est inférieur à 1 dans la majorité des régions sauf en Guyane où il est toujours élevé (2,50), la Normandie (1,72) à cause de la survenue de plusieurs clusters dans cette région, et en Centre Val de Loire, Auvergne-Rhône-Alpes et Grand-Est où les estimations sont légèrement supérieures à 1.

Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 par région, France entière, sur 7 jours glissants, du 14 au 20 juin 2020

Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 par région, France entière, sur 7 jours glissants, du 14 au 20 juin 2020
Nombre de reproduction effectif (R effectif) à partir des tests PCR positifs au SARS-COV-2 par région, France entière, sur 7 jours glissants, du 14 au 20 juin 2020 © Santé Publique France

L'immunité collective

Des pays comme les Pays-Bas et la Suède ont décidé de ne pas freiner le R0 en confinant la population mais de miser plutôt sur l'immunité collective. Si le R0 est supérieur à 1, les contaminations augmentent jusqu'à ce que l'épidémie culmine et finisse par diminuer en raison de l'acquisition d'une immunité collective par la population. Elle est atteinte quand 50% à 60% de la population a été infectée et a donc produit des anticorps. En France, selon l'analyse de chercheurs de l'Institut Pasteur publiée le 21 avril, seuls 6% des Français en moyenne auraient été infectés à date. Si l'immunité collective se fait naturellement depuis le déconfinement, elle ne sera pas suffisante pour arrêter la pandémie dans le pays : "En empêchant la circulation du virus (avec le confinement, ndlr), on a empêché la population de s'immuniser naturellement et de fait dans les zones les plus touchées on a à peu près 10% de la population qui a été infectée alors que dans les moins touchées on descend à moins de 2%. On ne peut donc pas compter sur l'immunité collective donc il faut maintenir un contrôle très fort du virus" a prévenu le Pr Arnaud Fontanet lors d'une audition au Sénat le 30 avril. 

Quels sont les autres indicateurs du déconfinement ?

Trois autres indicateurs sont suivis par le gouvernement français pour observer l'évolution de l'épidémie de coronavirus en France depuis le déconfinement. Ce sont ces indicateurs que le gouvernement et les autorités scientifiques observent pour élaborer la carte des départements de France répartis en deux couleurs selon la circulation du virus (vert/orange). 

→ L'incidence épidémie c'est-à-dire le nombre de personnes infectées sur une semaine sur 100 000 habitants.

Courbe tests positifs au coronavirus
Nombre de tests virologiques positifs pour 100 000 habitants par semaine © Ministère de la Santé

→ Le nombre de tests virologiques positifs au Covid-19 pour 100 000 habitants par semaine

Depuis le 11 mai, chaque Français qui présente des symptômes évocateurs du Covid-19 peut, après consultation de son médecin traitant, se voir prescrire par ordonnance un test de dépistage du coronavirus Sars-CoV-2.

→ Le taux d'occupation des lits en réanimation par des patients COVID par rapport à la capacité initiale en réanimation

Le ministère de la Santé indique chaque jour le bilan des cas de coronavirus en France dont le nombre de personnes supplémentaires hospitalisées en réanimation dans les 24 dernières heures. "C'est un indicateur important qui permet de percevoir la tension dans les établissements de santé" annonçait le directeur général de la santé Jérôme Salomon dans le point du 4 avril. Plus la tension est élevée, plus l'épidémie persiste sur le territoire. De même, les professionnels de santé observent aussi le nombre de patients qui sortent de réanimation. Au 28 mai, la tension hospitalière persiste en Ile-de-France et en Guyane.

"On pourrait se retrouver en septembre avec une bouffée épidémique plus importante"

Un reconfinement possible après en septembre ?

Après avoir amorcé une phase de plateau de l'épidémie autour du 12 avril, Emmanuel Macron a annoncé le déconfinement progressif de la population à partir du 11 mai ce qui ne veut pas dire que nous ne pourrons pas être de nouveau confinés si l'épidémie reprend. Le gouvernement a d'ailleurs décidé d'avancer par étape avec une première phase d'observation du 11 mai au 2 juin puis du 2 juin au 22 juin. Le 28 mai, le Premier ministre a confirmé que "les résultats sont bons sur le plan sanitaire" permettant un assouplissement des mesures de déconfinement avec la réouverture des bars, restaurants, cafés, collèges, lycées (en zones vertes), parcs et jardins. Un nouveau point d'étape sera établi le 22 juin. Lors de la conférence de presse, Edouard Philippe et Olivier Véran ont néanmoins rappelé les précautions du Conseil scientifique sur la saisonnalité de ce virus, à savoir que dans 50% des cas, ces types de virus diminuent l'été pour revenir à 70% durant l'automne. Le 15 avril, le Pr Jean-François Delfraissy, Président du Conseil Scientifique Covid-19 avait indiqué qu'il était possible qu'on se retrouve avec une "bouffée épidémique en septembre".

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