Flore intestinale : rôle, composition, comment la reconstituer ?

Composée de milliards de micro-organismes et de "bonnes" bactéries, la flore intestinale est le microbiote le plus important de l'organisme. Quel est son rôle dans le système immunitaire, la digestion ou le maintien du poids ? Comment reconstituer une flore fragile ? A-t-elle un lien avec le Covid-19 ? Réponses du Pr Jean-Christophe Saurin, Chef du service d'hépato-gastroentérologie au CHU de Lyon.

Flore intestinale : rôle, composition, comment la reconstituer ?
© Kateryna Kon - 123RF

La flore intestinale est le microbiote le plus important de l'organisme. Quel est son rôle dans l'immunité, la digestion ou encore le maintien du poids ? De quels micro-organismes et bactéries est-elle composée ? Une flore fragilisée favorise-t-elle l'apparition de maladies, notamment les infections au coronavirus ? Quels aliments manger pour la reconstituer ? Le point. 

Définition : c'est quoi la flore intestinale ?

La flore intestinale également appelée "microbiote intestinal", est constituée d'un ensemble de micro-organismes (bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes) naturellement présents dans les organes composants le tube digestif. "Le microbiote intestinal est composée de milliards de micro-organismes et de bactéries qui ont une importance dans la régulation de la santé intestinale, dans l'immunité et dans l'absorption de certains nutriments", définit le Pr Jean-Christophe Saurin, chef du service d'hépato-gastroentérologie au CHU de Lyon. Cette flore est surtout localisée dans l'intestin grêle et le côlon. La flore intestinale est en perpétuel mouvement : chaque instant, des bactéries meurent et d'autres naissent, d'où l'intérêt de conserver un bon équilibre grâce à l'alimentation

Rôle : pour le système immunitaire,  le poids,  la digestion...

La flore intestinale assure plusieurs fonctions :

  • Elle agit comme une barrière contre les bactéries pathogènes et fait donc partie intégrante du système immunitaire intestinal.
  • Elle est essentielle à la digestion et contribue à un bon transit : "Plus le microbiote intestinal est composé de micro-organismes variés, meilleure est la santé intestinale", indique le Pr Jean-Christophe Saurin.
  • Elle assure la fermentation des substrats et des résidus alimentaires non digestibles.
  • Elle facilite l'assimilation des nutriments grâce à un ensemble d'enzymes dont l'organisme n'est pas pourvu.
  • Elle participe à la synthèse de certaines vitamines (vitamine K, B12, B8).
  • Elle assure l'hydrolyse de l'amidon, de la cellulose et des polysaccharides (glucides constituées d'un nombre important de sucres simples), régule l'absorption des acides gras et contribue donc au maintien du poids.

Composition de la flore intestinale

La flore intestinale "abrite pas moins de 1012 à 1014 micro-organismes, soit 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps", indique l'Inserm sur son site internet. Et comme l'empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu :

  • Chez l'adulte, le microbiote intestinal est composé de différents micro-organismes : parmi les 160 espèces de bactéries qui composent le microbiote intestinal d'un individu sain, Firmicutes, Bacteroidetes, et Actinobacteria sont les bactéries les plus récurrentes. La flore intestinale serait constituée de 2 kg de micro-organismes. 
  • Chez l'enfant, la composition du microbiote intestinal évolue selon le mode d'accouchement, l'alimentation, l'environnement, l'hygiène et les éventuels traitements médicaux, jusqu'à ressembler au microbiote intestinal de l'adulte.

Flore intestinale fragile : les antibiotiques en cause, quelles maladies ?

"Schématiquement, plus il y a de bactéries dans le microbiote, plus on a une bonne santé intestinale. En revanche, lorsque les bactéries du microbiote sont en nombre réduit ou peu diversifiées, la flore est fragilisée. C'est notamment le cas des gens qui ont été en réanimation par exemple ou qui ont reçu pleins d'antibiotiques"résume le gastroentérologue. La flore intestinale peut en effet être fragilisée par la prise de certains médicaments comme les antibiotiques qui ont tendance à détruire les "bonnes" bactéries. Et une modification de la qualité ou de la quantité de la flore intestinale entraîne un déséquilibre (appelé dysbiose), potentiellement à l'origine de réactions immunitaires inappropriées ou de troubles métaboliques. "Une flore intestinale déséquilibrée ou ne contenant pas un ensemble de micro-organismes assez riche peut entraîner l'apparition de pathologies chroniques ou de troubles fonctionnels comme une maladie de Crohn, une rectocolite hémorragique ou un syndrome de l'intestin irritable", alerte notre interlocuteur. Sur le long terme, une flore déséquilibrée et insuffisamment diversifiée peut également favoriser le risque de cancer colorectal. 

schéma étapes dysbiose
Schéma des étapes de la dysbiose © Iryna Timonina - 123rf

Flore intestinale et coronavirus

Fin mars, une information relayée sur différents sites de santé, indiquait que la bactérie Prevotella, naturellement présente dans la flore intestinale de beaucoup d'humains, serait responsable de l'apparition du Covid-19. Cette information, basée sur une étude chinoise publiée fin janvier sur la plateforme de pré-publication scientifique BiorXiv, rapportait que le taux de bactéries Prevotella était plus élevé chez les patients atteints du Covid-19. Or, cette étude n'a jamais été publiée dans une revue médicale ni validée par des comités scientifiques. "Cette étude se base sur trois patients et ne comprend pas de groupe contrôle. C'est très insuffisant pour pouvoir en conclure que la Prevotella est plus présente chez les patients malades du coronavirus. En réalité, on ne le sait pas. Et d'ailleurs, la Prevotella se trouve en abondance chez un quart des gens sains", justifie Harry Sokol, professeur en gastroentérologie et nutrition à l'hôpital Saint-Antoine à Paris, et spécialiste du microbiote, dans un article de Sciences et Avenir. En revanche, il pourrait y avoir un lien possible entre microbiote intestinal et Covid-19 : "On s'intéresse au tube digestif dans le cas du Covid-19 parce que des symptômes digestifs apparaissent chez 5 a 20% des gens, avec essentiellement de la diarrhée, mais aussi des nausées et vomissements", poursuit le Professeur en gastroentérologie. Cela pourrait notamment s'expliquer par le fait que le virus responsable de l'épidémie Covid-19 est capable de se répliquer dans l'intestin et peut se retrouver dans les selles. Mais pour le moment, rien n'a été prouvé : seules des études scientifiques permettront de déterminer une corrélation entre la flore intestinale et infection au coronavirus.  

Examen de la flore intestinale

"Des prélèvements de selles permettent de quantifier le nombre de bactéries ainsi que la variété des souches", tient à souligner le Pr Saurin. C'est ce qu'on appelle une coproculture. Bien que cet examen bactériologique des selles ne donne pas la composition exacte de la flore intestinale, il permet de savoir si la flore est en bonne santé ou pas. Il sert à rechercher et à identifier des bactéries ou virus pathogènes pouvant être responsables d'infections digestives, notamment en cas de diarrhées ou d'une infection alimentaire. Les bactéries les plus communément recherchées lors d'une coproculture sont les Salmonelles, les Shigelles, les Campylobacter ou certaines Escherichia Coli

Comment la reconstituer : probiotiques, aliments à manger...

Bonnes et mauvaises bactéries du microbiote intestinal
Bonnes et mauvaises bactéries
du microbiote intestinal © designua - 123RF

Que manger pour refaire sa flore ? L'alimentation joue un rôle considérable sur la flore intestinale. Certains aliments peuvent aider à reconstituer sa flore intestinale :

  • les yaourts contenant des ferments lactiques et des probiotiques naturels (Activia© ou yaourts au bifidus actif)
  • les laits fermentés comme le kéfir ou le lait ribot
  • les légumineuses qui sont sources de fibres (pois cassés haricots rouges, flageolets, lentilles, haricots blancs...)
  • les céréales complètes, également riches en fibres (blé complet, avoine complet, seigle complet, riz sauvage, boulgour, quinoa, épeautre...)
  • les choux fermentés ou la choucroute qui renforcent les bactéries bénéfiques pour les intestins et qui sont riches en calcium, en vitamine C, en phosphore et en potassium.
  • le miel qui est un antibactérien et un antioxydant naturel et qui stimule la prolifération de bonnes bactéries. 
  • le kombucha, une boisson gazeuse obtenue par la fermentation de levures et de bactéries cultivées dans du thé vert ou du thé noir. 
  • les plantes dont on consomme les bulbes comme l'ail, l'oignon, l'échalote ou le poireau sont des prébiotiques qui servent de nourritures au bactéries et favorisent leur développement. 

Prendre des probiotiques (des lactobacilles (genre Lactobacillus) et des bifidobactéries (genre Bifidobacterium longum), soit des levures (Saccharomyces) en compléments alimentaires permet de rétablir la flore intestinale et de la repeupler avec des "bonnes" bactéries. Avant de faire une cure, demandez conseil à votre médecin ou à votre pharmacien.

Probiotiques, prébiotiques : quelle différence ?

Probiotique Micro-organisme (bactérie, levure...) qui, lorsqu'il est ingéré en quantité suffisante, peut rééquilibrer la flore intestinale
Prébiotique Aliment qui contient des fibres non digestibles qui sert de nourriture à la flore intestinale. Ingéré en quantité suffisante, il stimule la croissance ou le développement des bonnes bactéries de la flore intestinale. 
Symbiotique Association d'un probiotique et d'un prébiotique

Merci au Pr Jean-Christophe Saurin, chef du service d'hépato-gastroentérologie au CHU de Lyon.

Anatomie