Comment améliorer son microbiote ?

On parle beaucoup du "microbiote intestinal" mais sans toujours savoir à quoi cela fait référence dans l'organisme. Le microbiote désigne en fait ce qu'on appelait avant la "flore intestinale". Il est composé de tout ce qu'on ne voit pas à l'œil nu dans nos intestins : des bactéries, des virus, des petits champignons... On estime qu'il y a environ 100 000 milliards de micro-organismes dans nos intestins. "C'est énorme. Ce sont des centaines d'espèces différentes qui cohabitent", nous explique le Pr Benoit Chassaing, chercheur en microbiologie et directeur de recherche à l'Inserm. "A partir du moment où on est en contact avec l'environnement extérieur, il y a un microbiote. Il existe un microbiote de la peau, des cheveux, des poumons ou encore du vagin", précise-t-il.

Pendant longtemps, on pensait que ces bactéries étaient reliées à des infections, des maladies et à un danger pour la santé, "mais la recherche a montré que c'était bien plus complexe que ça". Le microbiote intestinal est en réalité très important pour nous protéger contre certaines maladies chroniques inflammatoires de l'intestin comme la colite, la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique ou encore des maladies métaboliques telles que l'obésité et le diabète. "Il faut donc en prendre soin et faire attention à ne pas l'agresser."

Ce sont nos habitudes alimentaires qui vont directement jouer sur notre microbiote intestinal. Pour le Pr Chassaing, cela passe d'abord par la diversité de nos assiettes. "On sait qu'il y a plusieurs centaines de bactéries qui vont coexister dans notre intestin, manger diversifié va permettre de nourrir tous les types de bactéries." Il insiste spécifiquement sur l'apport en fibres. "Ce sont des composés que nous ne sommes pas capables de digérer nous-mêmes. Les bactéries de notre microbiote vont se nourrir des fibres pour créer des molécules bonnes pour notre santé." Le Pr Chassaing recommande de manger 40 grammes de fibres par jour. Elles se trouvent principalement dans les fruits, les oléagineux (noix, graines...), l'avoine et les légumineuses. Manger des yaourts peut aussi être bon pour le microbiote car ils contiennent des probiotiques : "Il y a de belles données épidémiologiques d'association santé, mais les mécanismes exactes restent peu clairs" informe notre interlocuteur.

"Tout ce qui est emballé au supermarché..."

La prise de probiotiques peut aussi être bénéfique au microbiote mais "les impacts sont très microbiote dépendant. Qu'il y ait une bactérie magique capable de fonctionner pour tout le monde est utopique. Mais est-ce qu'une souche particulière chez certains patients peut conduire à des effets santé ciblés, oui, probablement". Par ailleurs, en participant à des études épidémiologiques, le Pr Chassaing et son équipe ont découvert un lien entre un mauvais microbiote et la consommation d'additifs alimentaires. Particulièrement les agents émulsifiants. "On les pensait inoffensifs, mais depuis qu'on étudie le microbiote en lien avec ces additifs, on se rend compte que ce sont des molécules capables d'altérer de manière négative notre microbiote et de conduire à la dérégulation de ce dernier." Il faut donc les éviter au maximum.

Les additifs émulsifiants sont omniprésents dans l'alimentation transformée et ultra-transformée. Ils sont utilisés par les industriels pour garder une certaine texture et pour améliorer la durée de conservation. "Tout ce qui est emballé au supermarché et qui a une durée de conservation longue va contenir des agents émulsifiants", prévient le spécialiste. On les retrouve par exemple dans la composition des glaces, des barres chocolatées, du lait en poudre, dans certains laits végétaux comme le lait d'amande et de soja, ou encore certaines crèmes allégées en matières grasses.

Vous l'aurez compris, manger de tout et éviter les aliments transformés, en prenant notamment le réflexe de cuisiner, est la meilleure manière de garder un microbiote intestinal en bonne santé. Enfin, l'activité physique peut avoir un impact sur la qualité du microbiote. L'inverse est aussi vrai, certains microbiotes peuvent favoriser les compétences sportives. "Il faut prendre conscience de la chance qu'on a de posséder cet écosystème et en prendre soin au quotidien" conclut le Pr Chassaing.