Variant brésilien : en France, évolution, vaccin, contagiosité

La France a mis en place plusieurs restrictions pour les voyageurs arrivant du Brésil, du Chili et de l'Argentine pour éviter la propagation du variant brésilien. Un risque d'extension de ce variant doit être pris en compte durant l'été 2021, prévient le Conseil scientifique. Origine, mutation, danger, évolution, transmission... Tout savoir.

Variant brésilien : en France, évolution, vaccin, contagiosité
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[Mise à jour le vendredi 30 avril à 15h40] Actuellement, le variant brésilien "BR-P1" diffuse de façon rapide et non-contrôlée dans un certain nombre de pays d'Amérique du Sud. Un signal d'alerte a été donné mi-avril au Brésil et au Chili en raison de l'ampleur de l'épidémie, de la contagiosité du variant et du fait qu'une proportion significative des patients avec une forme sévère soient âgés de moins de 50 ans au Brésil. L'incidence augmente fortement en Guyane depuis 4 semaines avec une présence très majoritaire du variant brésilien. En France où il est encore minoritaire, des mesures de protection supplémentaires ont été prises depuis samedi 24 avril pour les voyageurs arrivant d'Inde, du Brésil, d'Argentine, du Chili et d'Afrique du Sud où la présence de variants d'intérêt est observée. Le dispositif de test avant l'embarquement a été renforcé, avec l'obligation d'un test PCR négatif de moins de 36h ou un résultat de test PCR négatif de moins de 72h accompagné d'un test antigénique négatif de moins de 24h. De plus, la réalisation d'un test antigénique a été rendue systématique à l'arrivée en France, avant de quitter l'aéroport. Enfin, chaque personne en provenance de ces pays fait dorénavant l'objet d'une mise en quarantaine obligatoire et contrôlée pour 10 jours, décidée par arrêté préfectoral. Un test PCR négatif au 9ème jour permet de sortir de la quarantaine le 10ème jour. "Un risque d'extension du variant brésilien P1 doit être pris en compte durant l'été 2021 si on observe une baisse du variant anglais et une couverture vaccinale avec les vaccins à ARNm en hausse", prévient le Conseil scientifique du Covid dans un Avis du 16 avril "mais à un niveau encore insuffisant." Le variant brésilien est considéré comme "préoccupant" au même titre que le variant anglais et sud-africain. Ils présentent tous les trois des modifications qui sont réparties sur le génome viral, mais dont les modifications les plus importantes sont sur la protéine S (ou Spike) qui est la cible principale de la réponse immunitaire. Pour Vincent Maréchal, il faut vacciner davantage à l'échelle mondiale. "Plus le virus se multiplie – et il se multiplie partout dans le monde aujourd'hui – plus il y aura des mutants et donc des variants qui vont acquérir des propriétés nouvelles. Si on veut limiter la multiplication du virus et donc l'apparition des variants, ce n'est pas seulement les Français qu'il faut vacciner, il va falloir vacciner les gens dans les tous les pays du monde." Toutes les infos à date sur le variant brésilien.

Quel est le nom du variant brésilien ?

Le variant brésilien est désigné par l'appellation : 20J/501Y.V3 et également BR-P1 et P2

Variant brésilien P1 et P2 : c'est quoi ? 

Il y a deux variants brésilien du Covid 19, nommés P1 et P2. En France, c'est le variant P1 qui circule et qui a été classé par les autorités sanitaires comme "préoccupant" au même titre que le variant anglais 20I/501Y.V1 et le variant sud-africain 20H/501Y.V2. "Ces 3 virus présentent des modifications qui sont réparties sur le génome viral, mais dont les modifications les plus importantes sont sur la protéine S (ou Spike) qui est la cible principale de la réponse immunitaire" explique le Conseil scientifique du Covid en France, dans un Avis publié le 16 avril et dédié au variant brésilien.

  • Le variant brésilien P1 a provoqué en décembre 2020 une flambée épidémique à Manaus, la capitale de l'état brésilien d'Amazonas. Il a été détecté pour la première fois chez un touriste japonais au retour d'un voyage au Brésil le 2 janvier 2021. En un mois seulement, ce variant est devenu dominant dans la région de Manaus. Il est rapidement devenu majoritaire au Brésil, où il représente entre 60 et 80% des nouveaux cas.
  • Le variant P2 aurait lui été détecté dans l'état de Rio de Janeiro par des chercheurs brésiliens au mois d'octobre selon cet article scientifique publié sur Medrxiv. Ces deux variants P1 et P2 sont proches et issus d'un autre variant B.1.128 qui circulerait au Brésil depuis février 2020, une première mutation "sans mutation notable de la protéine Spike."

Variant brésilien en France

Actuellement, aucun signal d'une évolution particulière du variant brésilien n'a été observé en France. Le variant est présent "en toute petite quantité" souligne le Conseil scientifique du Covid. Ce virus BR-P1 (ou 20J/501Y.V3) ne représente que 0.3% des détections de virus observés lors de l'enquête Flash du 30 mars 2021. Aucun cluster n'a été identifié. Quatre premiers cas de contamination au variant brésilien ont été annoncés en France le 4 décembre 2020 par le ministre de la Santé Olivier Véran lors d'une conférence de presse. Il s'agissait d' "une femme qui revenait de Manaus au Brésil" et qui a transité par Sao Paulo, Francfort, Paris et Marseille a précisé le ministre. Les autres cas ont été identifiés dans le Var, le Haut-Rhin et à la Réunion. "La proportion de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien) restait stable à environ 5,0% au niveau national, avec, cependant des hétérogénéités départementales à suivre avec la plus grande attention dans les prochaines semaines" indique toutefois Santé Publique France dans son point épidémiologique du 29 avril. En métropole, 7 départements ont une proportion de suspicions de variant 20H/501Y.V2 ou 20J/501Y.V3 supérieure à 10%. Cette proportion a particulièrement augmenté en Haute-Saône en semaine 16 du 19 au 25 avril (25% vs 17% en S15) et dans les Vosges (15% vs 10,2% en S14). Elle a diminué dans la Creuse (17,4% vs 30,5% en S15) et en Moselle (15,9% vs 18,5% en S15)

→ En France, les personnes positives au variant brésilien doivent s'isoler pendant 10 jours. Un test de sortie d'isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes qui en sont porteuses. Après 10 jours, et en l'absence de fièvre depuis plus de 48h pour les patients sans symptômes, la levée de l'isolement est conditionnée pour les cas confirmés à l'obtention d'un résultat de test négatif. Si le test revient positif, l'isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.

Quelles sont les mutations de ce variant brésilien ? 

Le variant brésilien P1 présente deux mutations E484K et N501Y sur la protéine Spyke (comme le variant sud-africain). Des mutations qui inquiètent tout particulièrement la communauté scientifique. La première permettrait aux virus d'échapper aux anticorps lors d'une réinfection ou après une vaccination. La seconde augmente la transmissibilité du virus de +30 à +60%. Les informations concernant le variant P2 sont très parcellaires. "Toutes les mutations ne posent pas autant de questions que celles qui touchent la Spyke, la protéine de pointe qui accroche la particule virale sur la cellule et qui joue le rôle d'interface avec le récepteur. Il s'agit la protéine qu'on a mis dans tous les vaccins. Les anticorps doivent venir s'y accrocher et empêcher les cellules d'être infectées, soit séroneutraliser l'interaction entre le virus et la cellule. Les effets des mutations sur la protéine Spyke sont observés de très près car elles peuvent empêcher les anticorps de cibler le virus", explique le professeur de virologie Vincent Maréchal, contacté par le Journal des Femmes. D'autres virus présentant des modifications dans cette protéine ont été détectés en France et à l'étranger, mais aucun ne présente à ce jour le potentiel de diffusion observé avec les 3 variants (anglais, sud-africain et brésilien). 

D'où viennent ces variants ?  

Tous les virus mutent pour survivre et le Sars-Cov-2 n'échappe pas à la règle. Le virus du Covid-19 est composé d'une séquence génétique de 30 000 nucléotides. Pour infecter de nouvelles cellules, il se réplique, "c'est à ce moment que peuvent survenir les erreurs dans son patrimoine génétique. Comme s'il y avait des fautes de frappe dans une recette de cuisine de 30 000 caractères", image notre expert. Ces erreurs, ce sont les mutations. "Beaucoup de mutations sont silencieuses et ne présentent pas de conséquences sur le fonctionnement du virus, poursuit-il. D'autres sont dites délétères, dans ce cas, la mutation est détruite. Enfin, il y a les mutations qui améliorent le virus.Parmi ces améliorations, le virus peut être plus contagieux, échapper à la réponse immunitaire ou encore être capable de franchir la barrière de l'espèce...  Ces mutations rendent le virus plus performant que celui dont il est issu : "C'est ce qui explique pourquoi il prend l'avantage. C'est l'histoire naturelle des virus : les virus les plus contagieux deviennent les virus dominants, poursuit le professeur de virologie. Ce serait la raison pour laquelle le variant brésilien a pris le dessus très rapidement dans la région de Manaus."

Est-il plus contagieux ?

Parce qu'il présente une mutation en position 501 (N501Y) sur la protéine Spyke, le variant brésilien est 40 à 120% plus transmissible que la souche initiale du Sars-CoV-2.

Les vaccins ARNm ont une efficacité conservée mais diminuée vis-à-vis du variant brésilien.

Plus dangereux ?

Sa "dangerosité" est difficile à estimer, indique le Conseil scientifique du Covid-19. On ne sait pas encore s'il est plus létal. "Les premières estimations suggèrent que la mortalité associée aux infections par le variant BR-P1 serait de 10% à 80% supérieure à celle observée avec le virus historique, sans que l'on puisse dire si cette augmentation de mortalité est due au variant lui-même, ou au stress mis sur les services de santé par cette nouvelle vague épidémique (au Brésil, ndlr). Même s'il manque des études épidémiologiques robustes qui expliquent l'augmentation du nombre de jeunes en réanimation, il parait probable que cela est dû au variant BR-P1."  En France, les médecins s'inquiètent. "On ne peut pas plaisanter avec le variant brésilien" a estimé le Pr Gilles Pialoux sur BFM-TV le 13 avril. Même son de cloche pour le Pr Rémi Salomon : "Il y a toutes les raisons d'être inquiets. S'il vient et qu'il prend de l'ampleur en Europe, il peut faire une quatrième vague qui peut être à nouveau très meurtrière", a-t-il jugé sur France Info

Les vaccins sont-ils efficaces ?

A cause de la la mutation en position 484 (E484K) qui entraine un échappement immunitaire significatif, le variant brésilien peut échapper à l'action des vaccins. Une communication scientifique publiée dans le New England Journal of Medicine a cependant montré que le vaccin Pfizer/BioNTech pouvait avoir un effet neutralisant. "Les vaccins ARNm ont une efficacité conservée mais diminuée vis-à-vis du variant brésilien", indique le Conseil scientifique du Covid. Dans une analyse de risque du 21 avril 2021, Santé Publique France indique que des données récentes suggèrent un impact différent en termes d'échappement immunitaire (post-infection et post-vaccinal) entre les deux VOC V2 (sud-africain) et V3 (brésilien) qui sont porteurs de la mutation E484K. Les vaccins seraient moins efficaces sur le variant sud-africain que sur le variant brésilien

A quelle évolution s'attendre ?

"Les variants observés (dont le variant brésilien, ndlr) développent tous la même stratégie évolutive" indique le Conseil scientifique du Covid dans son Avis du 16 avril 2021. Cela peut signifier deux choses :

  • Que cette évolution ne peut survenir que dans un nombre restreint de positions sur la protéine S, ce qui peut conduire l'hypothèse que ce virus risque d'épuiser rapidement l'ensemble des possibilités évolutives, ce qui conduira à terme à un cul-de-sac évolutif, et donc une stabilisation rapide du virus et une absence d'évolution significative ultérieurement, ou seulement à la marge.
  • Que cette évolution présage d'une capacité évolutive sur le plus long terme, avec des nœuds évolutifs (principe de l'évolution épistatique), qui peut entrainer des modifications en permanence, comme observée pour les virus de la grippe. "Cette seconde hypothèse semble moins vraisemblable, à la lumière de la stabilité génétique et antigénique des autres beta-coronavirus humain, qui circulent actuellement sans présenter de modifications antigéniques, mais elle ne peut être éliminée."

Selon Vincent Maréchal, "on est rentré dans un dispositif de cycles longs avec un virus qu'on pourra contrôler avec un vaccin mais qui n'empêchera pas d'autres variants d'être sélectionnés, des variants qui échapperont aux vaccins. Je pense qu'il va falloir s'habituer à être dans une course de fond contre le virus, comme avec la grippe." Le fait que le laboratoire américain Moderna ait annoncé préparer une nouvelle forme de son vaccin pour lutter contre le sud-africain en est une bonne illustration.

Comment se protéger ?

Face à la menace de diffusion du variant brésilien en France, le gouvernement a décidé d'instaurer une quarantaine obligatoire de 10 jours pour les voyageurs en provenance du Brésil, d'Argentine, du Chili à compter du 24 avril.

  • Le dispositif de test avant l'embarquement sera également renforcé : un test PCR négatif de moins de 36 heures (au lieu de 72 heures), ou un PCR négatif de moins de 72 heures accompagné d'un test antigénique négatif de moins de 24 heures seront désormais nécessaires. 
  • La réalisation d'un test antigénique sera rendue systématique à l'arrivée en France, avant de quitter l'aéroport. 

Selon les membres du Conseil quand les vols avec l'Amérique du Sud reprendront :

  • il faudrait qu'ils soient limités aux passagers justifiant soit d'un retour en France pour des français vivant à l'étranger, soit pour des raisons impérieuses et limitées pour des ressortissants sud-américains souhaitant venir en France.
  • il faudra un test PCR 48h avant le départ + un test PCR ou antigénique à 24H et à J8 après le retour + un isolement strict à l'arrivée.

Le Conseil recommande aussi d'anticiper l'arrivée possible du variant dans les précommandes de vaccins ciblés sur les nouveaux variants qui pourraient être disponibles à l'automne, en particulier avec Moderna. "Face aux variants, c'est l'ensemble des mesures barrières qu'il faut relever d'un cran" rappelle par ailleurs notre virologue Vincent Maréchal. "Il faut bien que les gens aient en tête qu'un variant implique de nouveaux enjeux. Risque d'échappement au vaccin, risque d'échappement à l'immunité, risque de transmission accrue : un variant qui survit est dangereux et il ne faut pas attendre pour agir." 

Merci au Professeur de virologie Vincent Maréchal.

Sources : 

Avis du Conseil scientifique COVID-19 16 avril 2021 LE VARIANT " BRESILIEN " P1 : ANTICIPER POUR L'ETE.

Analyse de risque liée aux variants émergents de SARS-CoV-2 réalisée conjointement par le CNR des virus des infections respiratoires et Santé publique France (08/04/2021)

Etude Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil, Medrxiv, 26 décembre 2020

Article Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic, AAAS Science, 15 janvier 2021

Etude SARS-CoV-2 reinfection by the new Variant of Concern (VOC) P.1 in Amazonas, Brazil, Virological.org, 18 janvier 2021

Etude Pfizer BioNTech vaccine likely to be effective against B1.1.7 strain of SARS-CoV-2, Université de Cambridge, 2 février 2021

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