Variant brésilien du Covid : plus résistant aux vaccins ?

Que sait-on du variant brésilien du Covid-19 qui a poussé le gouvernement français à prolonger l'isolement à 10 jours en cas de test positif et à rendre obligatoire les masques de catégorie 1 ? Le journal des Femmes fait le point sur ce variant du nouveau coronavirus qui pourrait être plus résistant aux vaccins que la souche classique.

Variant brésilien du Covid : plus résistant aux vaccins ?
© drmicrobe/123RF

La circulation du variant brésilien est minoritaire en France, indique la Direction générale de la Santé le 7 février mais "présente un risque d'échappement immunitaire et vaccinal". En conséquence, les personnes positives au variant brésilien en France doivent s'isoler pendant 10 jours (contre 7 jours pour les autres) - même chose pour les personnes positives au variant sud-africain. Du fait de la contagiosité accrue de ces deux variantes, un test de sortie d'isolement doit être systématiquement réalisé pour les personnes qui en sont porteuses. Après 10 jours, et en l'absence de fièvre depuis plus de 48h pour les patients sans symptômes, la levée de l'isolement est conditionnée pour les cas confirmés à l'obtention d'un résultat de test négatif. Si le test revient positif, l'isolement est prolongé de 7 jours après ce résultat.

Variant brésilien : P1 ou P2 ? 

Il y aurait en réalité deux variants brésilien du Covid 19, nommés P1 et P2. Le variant brésilien P1 provoque depuis le mois de décembre une nouvelle flambée épidémique à Manaus, la capitale de l'état brésilien d'Amazonas. Le variant a été détecté au Japon chez quatre voyageurs de retour de ce même état au début du mois de janvier. Il avait été détecté par des chercheurs brésiliens en décembre et présenté par une équipe internationale en janvier sur le site virological.org. En un mois seulement, ce variant est devenu dominant dans la région de Manaus. Le variant P2 aurait lui été détecté dans l'état de Rio de Janeiro par des chercheurs brésiliens qui l'auraient détectée au mois d'octobre selon cet article scientifique publié sur Medrxiv. Ces deux variants P1 et P2 sont proches et issus d'un autre variant B.1.128 qui circulerait au Brésil depuis février 2020, une première mutation "sans mutation notable de la protéine Spyke."  

Variant brésilien en France et dans le monde 

Quatre premiers cas de contamination au variant brésilien ont été découverts en France, a annoncé jeudi 4 décembre le ministre de la Santé Olivier Véran lors d'une conférence de presse. Il s'agit notamment d' "une femme qui revenait de Manaus au Brésil" et qui a transité par Sao Paulo, Francfort, Paris et Marseille a précisé le ministre. Les autres cas ont été identifiés dans le Var, le Haut-Rhin et à la Réunion. En Europe, le variant brésilien a déjà été détecté dans plusieurs autres pays dont la Grande-Bretagne, l'Allemagne et les Pays-Bas. Selon les dernières données de l'OMS, datées du 3 février, le variant brésilien a été signalé dans dix pays, soit deux de plus que la semaine dernière. 

Quelles sont les mutations de ce variant brésilien ? 

Le variant brésilien P1 présente deux mutations E484K et N501Y sur la protéine Spyke. Des mutations qui inquiètent tout particulièrement la communauté scientifique. La première permettrait aux virus d'échapper aux anticorps lors d'une réinfection ou après une vaccination. La seconde pourrait augmenter la transmissibilité du virus. Les informations concernant le variant P2 sont très parcellaires. "Toutes les mutations ne posent pas autant de questions que celles qui touchent la Spyke, la protéine de pointe qui accroche la particule virale sur la cellule et qui joue le rôle d'interface avec le récepteur. Il s'agit la protéine qu'on a mis dans tous les vaccins. Les anticorps doivent venir s'y accrocher et empêcher les cellules d'être infectées, soit séroneutraliser l'interaction entre le virus et la cellule. Les effets des mutations sur la protéine Spyke sont observés de très près car elles peuvent empêcher les anticorps de cibler le virus", explique le professeur de virologie Vincent Maréchal, contacté par le Journal des Femmes. 

D'où viennent ces variants ?  

Tous les virus mutent pour survivre et le Sars-Cov-2 n'échappe pas à la règle. Le virus du Covid-19 est composé d'une séquence génétique de 30 000 nucléotides. Pour infecter de nouvelles cellules, il se réplique, "c'est à ce moment que peuvent survenir les erreurs dans son patrimoine génétique. Comme s'il y avait des fautes de frappe dans une recette de cuisine de 30 000 caractères", image notre expert. Ces erreurs, ce sont les mutations. "Beaucoup de mutations sont silencieuses et ne présentent pas de conséquences sur le fonctionnement du virus, poursuit-il. D'autres sont dites délétères, dans ce cas, la mutation est détruite. Enfin, il y a les mutations qui améliorent le virus.Parmi ces améliorations, le virus peut être plus contagieux, échapper à la réponse immunitaire ou encore être capable de franchir la barrière de l'espèce...  Ces mutations rendent le virus plus performant que celui dont il est issu : "C'est ce qui explique pourquoi il prend l'avantage. C'est l'histoire naturelle des virus : les virus les plus contagieux deviennent les virus dominants, poursuit le professeur de virologie. Ce serait la raison pour laquelle le variant brésilien a pris le dessus très rapidement dans la région de Manaus."

Est-il plus contagieux ?

En décembre, le variant brésilien apparaissant dans "51 % des échantillons séquencés", a déclaré à l'AFP Felipe Naveca, virologue qui étudie les mutations du virus au Brésil. "Le 13 janvier, c'était 91 %." Si les informations concernant ce variant demandent encore à être confirmées, les premiers indicateurs montrent que ce variant est effectivement plus contagieux que la souche classique. 

"Un variant qui survit est dangereux et il ne faut pas attendre pour agir." 

Plus dangereux ?

En septembre dernier, une étude annonçait que la ville de Manaus avait atteint l'immunité collective avec près de 66 % d'habitants infectés. Lorsque l'étude a été publiée en octobre, le pourcentage de la population qui avait été infecté grimpait à 76 %, une chiffre normalement suffisant pour y atteindre la fameuse immunité de groupe : le virus ne circule plus ou quasiment plus sur un territoire car trop de personnes y vivant n'y sont plus sensibles. L'épidémie avait fait des ravages à Manaus en mai dernier. Pourtant, c'est là, qu'elle flambe à nouveau au Brésil, second pays le plus endeuillé après les Etats-Unis avec plus de 227 000 morts en tout le 3 février, selon le CovidTrack de Guillaume Rozier. Depuis le début du mois de janvier, la capitale de l'Amazonas connait une très forte résurgence du nombre de cas de Covid et plusieurs cas de réinfection y ont été documentés, ici pour un homme de 29 ans, et ici pour une femme de 45 ans. Dans les deux cas, il s'agit d'une réinfection par le virus porteur de la mutation E484K sur la protéine Spike, plusieurs mois après une première infection. Les anticorps avaient-ils disparu ? Se trouvaient-ils en nombre insuffisant pour cibler le virus ? Rien n'indique toutefois que les formes de la maladie seraient plus sévères avec ce variant. "Il faut se mettre dans la peau d'un virus, explique Vincent Maréchal. Les mutations retenues sont celles qui profitent au virus, à savoir circuler plus rapidement et plus facilement dans la population. Rendre quelqu'un plus malade, tuer davantage les contaminés, ça ne lui sert à rien." 

Peut-il résister aux vaccins ?

Ces variants et surtout la mutation E484K qu'on observe sur la protéine Spyke des variants brésiliens, sud-africain et même britannique depuis le début de la semaine inquiètent quant à l'efficacité du vaccin. Et alors que les vaccins ciblent spécifiquement cette protéine, qui fixe le virus sur la cellule, la mutation pourrait permettre au virus d'échapper au sérum des personnes vaccinées. Selon une étude préliminaire de l'université de Cambridge publiée mardi 2 février, les anticorps des personnes vaccinées seraient 10 fois inférieurs à la quantité nécessaire pour neutraliser le virus porteur de la mutation. Selon Vincent Maréchal, "on est rentré dans un dispositif de cycles longs avec un virus qu'on pourra contrôler avec un vaccin mais qui n'empêchera pas d'autres variants d'être sélectionnés, des variants qui échapperont aux vaccins. Je pense qu'il va falloir s'habituer à être dans une course de fond contre le virus, comme avec la grippe." Le fait que le laboratoire américain Moderna ait annoncé préparer une nouvelle forme de son vaccin pour lutter contre le sud-africain en est une bonne illustration. 

Comment se protéger ?

Face au variant, les masques artisanaux, de catégorie 2 filtrant à 70 %, ne seraient plus un moyen de protection efficace. "Un masque qui filtre à 70 %, filtrera toujours à 70 %  mais s'il y a plus de virus dans la salive, il y a plus de virus qui filtrera à travers le masque. C'est pourquoi on appelle la population à utiliser des masques plus résistants", explique le professeur de virologie Vincent Maréchal. La question ne doit toutefois pas restée cantonnée aux masques. "Face aux variants, c'est l'ensemble des mesures barrières qu'il faut relever d'un cran", poursuit-il. "Il faut bien que les gens aient en tête qu'un variant implique de nouveaux enjeux. Risque d'échappement au vaccin, risque d'échappement à l'immunité, risque de transmission accrue : un variant qui survit est dangereux et il ne faut pas attendre pour agir." 

Si un troisième confinement reste une option pour le gouvernement, il préfère, pour l'heure, durcir le protocole sanitaire, à l'école notamment et en entreprise, où le télétravail doit être la règle quand c'est possible. Vincent Maréchal met également l'accent sur la nécessité de vacciner davantage à l'échelle mondiale. "Ce qui est très préoccupant, c'est que plus le virus se multiplie – et il se multiplie partout dans le monde aujourd'hui – plus il y aura des mutants et donc des variants qui vont acquérir des propriétés nouvelles. Si on veut limiter la multiplication du virus et donc l'apparition des variants, ce n'est pas seulement les Français qu'il faut vacciner, il va falloir vacciner les gens dans les tous les pays du monde." 

Merci au Professeur de virologie Vincent Maréchal.

Sources : 

Etude Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil, Medrxiv, 26 décembre 2020

Article Three-quarters attack rate of SARS-CoV-2 in the Brazilian Amazon during a largely unmitigated epidemic, AAAS Science, 15 janvier 2021

Etude SARS-CoV-2 reinfection by the new Variant of Concern (VOC) P.1 in Amazonas, Brazil, Virological.org, 18 janvier 2021

Etude Pfizer BioNTech vaccine likely to be effective against B1.1.7 strain of SARS-CoV-2, Université de Cambridge, 2 février 2021

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